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基于转录组测序分析SOX18在湖羊毛囊毛乳头细胞中的功能
1
作者
何明亮
吕晓阳
+5 位作者
蒋永清
宋正海
王叶青
杨会国
王善禾
孙伟
《畜牧兽医学报》
CAS
CSCD
北大核心
2024年第6期2409-2420,共12页
旨在初步探究SOX18基因在湖羊毛囊毛乳头细胞中的功能。本研究首先采用免疫荧光染色试验对从湖羊毛囊中分离的细胞进行鉴定,然后构建SOX18基因过表达载体并通过qRT-PCR和Western blot检测其过表达效率。将经过鉴定且生长状态良好的毛乳...
旨在初步探究SOX18基因在湖羊毛囊毛乳头细胞中的功能。本研究首先采用免疫荧光染色试验对从湖羊毛囊中分离的细胞进行鉴定,然后构建SOX18基因过表达载体并通过qRT-PCR和Western blot检测其过表达效率。将经过鉴定且生长状态良好的毛乳头细胞分为两组,分别转染SOX18过表达载体和空载质粒,每组3个重复。采用Trizol法提取6个样本的总RNA并构建cDNA文库,利用Illumina Novaseq6000平台进行测序,然后对样本相关性和差异表达基因进行分析,并对差异表达基因进行GO功能分类和KEGG通路注释,寻找SOX18基因调控的相关候选基因和通路。为确认转录组数据的准确性,随机选取9个差异表达基因进行qRT-PCR验证。免疫荧光结果显示,毛乳头相关基因在所分离的细胞中高表达,表明所分离的毛乳头细胞纯度高。qRT-PCR和Western blot检测发现,SOX18基因过表达能够增加毛乳头细胞中SOX18的mRNA和蛋白水平,表明构建的SOX18基因过表达载体可用于后续试验。转录组分析结果表明样本间相关性好,SOX18过表达组和对照组相比共发现157个基因差异表达,其中103个基因在SOX18过表达后上调,54个基因下调,qRT-PCR分析表明转录组数据准确性高。GO功能分析显示,一些差异基因富集于细胞进展和毛囊发育过程。KEGG富集分析表明,一些差异表达基因富集于细胞增殖和毛囊发育相关信号通路。GO功能分析和KEGG富集分析表明SOX18在毛乳头细胞的增殖和毛囊发育过程中起作用。本研究通过转录组测序分析发现SOX18可能通过影响细胞增殖和毛囊发育相关的基因和信号通路来影响毛乳头细胞增殖和毛囊生长发育,研究结果为解析SOX18基因在湖羊毛乳头细胞和毛囊中的分子调控机制提供了理论基础。
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关键词
转录组测序
SOX18
毛囊
毛乳头细胞
湖羊
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题名
基于转录组测序分析SOX18在湖羊毛囊毛乳头细胞中的功能
1
作者
何明亮
吕晓阳
蒋永清
宋正海
王叶青
杨会国
王善禾
孙伟
机构
扬州大学动物科学技术学院
教育部农业与农产品安全
国际
联合
实验室
江苏省普通高校家畜种质资源与遗传改良国际联合研究实验室
浙江省农业科学院
苏州市吴中区东山动物防疫站
苏州太湖东山湖羊产业发展有限公司
新疆畜牧科学院
出处
《畜牧兽医学报》
CAS
CSCD
北大核心
2024年第6期2409-2420,共12页
基金
江苏省自然科学基金(BK20210810)
国家自然科学基金(32172689)
+6 种基金
江苏省农业重大新品种创制项目(PZCZ201739)
江苏省“333工程”计划项目((2022)2-323)
江苏省高等学校自然科学研究项目(20KJB230003,22KJA230001)
江苏省农业科技自主创新资金项目(CX(23)1036)
扬州大学“高端人才计划-领军人才”培养项目
教育部农业与农产品安全国际合作联合实验室开放课题(JILAR-KF202103)
江苏省研究生科研与实践创新计划(KYCX23_3593)。
文摘
旨在初步探究SOX18基因在湖羊毛囊毛乳头细胞中的功能。本研究首先采用免疫荧光染色试验对从湖羊毛囊中分离的细胞进行鉴定,然后构建SOX18基因过表达载体并通过qRT-PCR和Western blot检测其过表达效率。将经过鉴定且生长状态良好的毛乳头细胞分为两组,分别转染SOX18过表达载体和空载质粒,每组3个重复。采用Trizol法提取6个样本的总RNA并构建cDNA文库,利用Illumina Novaseq6000平台进行测序,然后对样本相关性和差异表达基因进行分析,并对差异表达基因进行GO功能分类和KEGG通路注释,寻找SOX18基因调控的相关候选基因和通路。为确认转录组数据的准确性,随机选取9个差异表达基因进行qRT-PCR验证。免疫荧光结果显示,毛乳头相关基因在所分离的细胞中高表达,表明所分离的毛乳头细胞纯度高。qRT-PCR和Western blot检测发现,SOX18基因过表达能够增加毛乳头细胞中SOX18的mRNA和蛋白水平,表明构建的SOX18基因过表达载体可用于后续试验。转录组分析结果表明样本间相关性好,SOX18过表达组和对照组相比共发现157个基因差异表达,其中103个基因在SOX18过表达后上调,54个基因下调,qRT-PCR分析表明转录组数据准确性高。GO功能分析显示,一些差异基因富集于细胞进展和毛囊发育过程。KEGG富集分析表明,一些差异表达基因富集于细胞增殖和毛囊发育相关信号通路。GO功能分析和KEGG富集分析表明SOX18在毛乳头细胞的增殖和毛囊发育过程中起作用。本研究通过转录组测序分析发现SOX18可能通过影响细胞增殖和毛囊发育相关的基因和信号通路来影响毛乳头细胞增殖和毛囊生长发育,研究结果为解析SOX18基因在湖羊毛乳头细胞和毛囊中的分子调控机制提供了理论基础。
关键词
转录组测序
SOX18
毛囊
毛乳头细胞
湖羊
Keywords
transcriptome sequencing
SOX 18
hair follicles
dermal papilla cells
Hu sheep
分类号
S826.2 [农业科学—畜牧学]
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作者
出处
发文年
被引量
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1
基于转录组测序分析SOX18在湖羊毛囊毛乳头细胞中的功能
何明亮
吕晓阳
蒋永清
宋正海
王叶青
杨会国
王善禾
孙伟
《畜牧兽医学报》
CAS
CSCD
北大核心
2024
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