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长链非编码RNA(lncRNA)在甘蓝型油菜分枝角度调控中的功能分析与预测
1
作者
孙程明
周晓婴
+8 位作者
陈锋
张维
王晓东
彭琦
郭月
高建芹
胡茂龙
付三雄
张洁夫
《作物学报》
北大核心
2025年第3期559-567,I0001-I0676,共685页
分枝角度是影响油菜种植密度和机收效率的关键株型性状,适度紧凑的株型结构有利于提高油菜种植密度、降低机收损失。本研究以2个分枝角度差异大的株系为材料,对抽苔期幼嫩分枝进行链特异性RNA-seq。分析表明,6305个基因在2个株系间差异...
分枝角度是影响油菜种植密度和机收效率的关键株型性状,适度紧凑的株型结构有利于提高油菜种植密度、降低机收损失。本研究以2个分枝角度差异大的株系为材料,对抽苔期幼嫩分枝进行链特异性RNA-seq。分析表明,6305个基因在2个株系间差异表达,包括FUL、SGR5、SGR6、SGR9、AXR1、ARG1、PIN1和PIN5等分枝角度相关途径基因在油菜中的同源拷贝,GO富集通路包括色氨酸、生长素和磷脂酰肌醇等重力反应相关物质的合成、代谢通路。基于转录组数据,鉴定了4467个在分枝中活跃表达的lncRNA,包括3460个lincRNA、778个lncNAT和229个ilncRNA。50.3%的lncRNA包含转座子序列,其中Gypsy和Copia家族LTR逆转座子是2种主要插入类型。分析发现,1713个lncRNA在2个株系间差异表达,比较与50个分枝角度关联位点的位置关系,37个差异lncRNA落在26个关联位点的置信区间内。利用本研究和已公开的共计103份分枝转录组数据进行表达相关性分析,共鉴定了17,782个lncRNA-基因间靶向关系,包括1003个lncRNA和4592个基因,靶向基因包括LAZY1、SGR5、FUL1、WRKY40等分枝角度已知基因在油菜中的同源拷贝。本研究结果有助于解析lncRNA在油菜分枝角度调控中的作用,为今后分子调控机制的研究奠定了基础。
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关键词
甘蓝型油菜
株型
分枝角度
长链非编码RNA
转录组
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职称材料
题名
长链非编码RNA(lncRNA)在甘蓝型油菜分枝角度调控中的功能分析与预测
1
作者
孙程明
周晓婴
陈锋
张维
王晓东
彭琦
郭月
高建芹
胡茂龙
付三雄
张洁夫
机构
江苏省农业科学院经济作物研究所/农业农村部长江下游棉花与油菜重点实验室/江苏省现代作物生产协同创新中心
出处
《作物学报》
北大核心
2025年第3期559-567,I0001-I0676,共685页
基金
国家自然科学基金项目(32472192)
财政部和农业农村部国家现代农业产业技术体系建设专项(CARS-12)
江苏省种业振兴揭榜挂帅项目[JBGS(2021)061]资助。
文摘
分枝角度是影响油菜种植密度和机收效率的关键株型性状,适度紧凑的株型结构有利于提高油菜种植密度、降低机收损失。本研究以2个分枝角度差异大的株系为材料,对抽苔期幼嫩分枝进行链特异性RNA-seq。分析表明,6305个基因在2个株系间差异表达,包括FUL、SGR5、SGR6、SGR9、AXR1、ARG1、PIN1和PIN5等分枝角度相关途径基因在油菜中的同源拷贝,GO富集通路包括色氨酸、生长素和磷脂酰肌醇等重力反应相关物质的合成、代谢通路。基于转录组数据,鉴定了4467个在分枝中活跃表达的lncRNA,包括3460个lincRNA、778个lncNAT和229个ilncRNA。50.3%的lncRNA包含转座子序列,其中Gypsy和Copia家族LTR逆转座子是2种主要插入类型。分析发现,1713个lncRNA在2个株系间差异表达,比较与50个分枝角度关联位点的位置关系,37个差异lncRNA落在26个关联位点的置信区间内。利用本研究和已公开的共计103份分枝转录组数据进行表达相关性分析,共鉴定了17,782个lncRNA-基因间靶向关系,包括1003个lncRNA和4592个基因,靶向基因包括LAZY1、SGR5、FUL1、WRKY40等分枝角度已知基因在油菜中的同源拷贝。本研究结果有助于解析lncRNA在油菜分枝角度调控中的作用,为今后分子调控机制的研究奠定了基础。
关键词
甘蓝型油菜
株型
分枝角度
长链非编码RNA
转录组
Keywords
Brassica napus L.
plant architecture
branch angle
lncRNA
transcriptome
分类号
S565.4 [农业科学—作物学]
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作者
出处
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1
长链非编码RNA(lncRNA)在甘蓝型油菜分枝角度调控中的功能分析与预测
孙程明
周晓婴
陈锋
张维
王晓东
彭琦
郭月
高建芹
胡茂龙
付三雄
张洁夫
《作物学报》
北大核心
2025
0
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