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整合关联分析和共表达网络分析挖掘甘蓝型油菜籽粒质量候选基因
被引量：
1
1
作者
陈元军
马娟娟
+12 位作者
史睿
李伟龙
王婷
彭琦
张维
陈锋
王晓东
高建芹
付三雄
张洁夫
孙程明
季彪俊
胡茂龙
《江苏农业学报》
CSCD
北大核心
2023年第4期913-930,共18页
甘蓝型油菜是中国重要的油料作物,籽粒质量是油菜产量构成的重要因素。本研究利用A-D Test模型对496份油菜的籽粒质量进行全基因组关联分析,共检测到19个显著位点,联合解释34.1%的表型变异。整合A-D Test及前期混合线性模型和一般线性...
甘蓝型油菜是中国重要的油料作物,籽粒质量是油菜产量构成的重要因素。本研究利用A-D Test模型对496份油菜的籽粒质量进行全基因组关联分析,共检测到19个显著位点,联合解释34.1%的表型变异。整合A-D Test及前期混合线性模型和一般线性模型结果后得到71个位点,联合解释50.1%的表型变异。在22个位点置信区间内找到ARF2、NPC6、TTG2和WRI1等已被报道的拟南芥中的籽粒质量基因的同源基因。同时,利用大粒品种中双11和中小粒品种中油821的籽粒和角果皮转录组数据进行加权基因共表达网络分析,构建了13个共表达模块,其中紫色(purple)和洋红色(magenta)模块与籽粒质量表型显著相关。GO富集分析结果表明,2个模块在L-苯丙氨酸氨基转移酶活性、硫双加氧酶活性、焦磷酸酶活性和RNA解旋酶活性等显著富集。2个模块中的枢纽基因BnaA06g00850D、BnaA01g00990D、BnaC06g10000D和BnaC02g44260D等的同源基因为ETHE1、DAR1、GLN1;1和SMG7等拟南芥籽粒质量已知基因。整合全基因组关联分析和加权基因共表达网络分析的分析结果,在42个显著位点的置信区间内找到90个属于purple和magenta模块的基因,其中BnaA01g06210D、BnaA07g14990D和BnaA07g03030D等拟南芥同源基因已被报道参与种子发育进程调控。本研究整合GWAS与WGCNA 2种分析方法,挖掘甘蓝型油菜的籽粒质量候选基因,为研究籽粒质量的调控机制、指导籽粒质量的遗传改良提供参考。
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关键词
甘蓝型油菜
籽粒质量
产量
全基因组关联分析
共表达网络分析
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职称材料
题名
整合关联分析和共表达网络分析挖掘甘蓝型油菜籽粒质量候选基因
被引量：
1
1
作者
陈元军
马娟娟
史睿
李伟龙
王婷
彭琦
张维
陈锋
王晓东
高建芹
付三雄
张洁夫
孙程明
季彪俊
胡茂龙
机构
福建农林大学农
学院
江苏省农业科学院经济作物研究所/农业农村部长江下游棉花与油菜重点实验室/江苏省农业生物学重点实验室/江苏省现代作物生产协同创新中心
南京
农业
大学
作物
遗传与种质
创新
国家
重点
实验室
江苏
大学生命
科学
研究
院
出处
《江苏农业学报》
CSCD
北大核心
2023年第4期913-930,共18页
基金
国家自然科学基金项目(32001581)
江苏省基础研究计划(自然科学基金)项目(BK20190260)
+1 种基金
江苏省区域现代农业与环境保护协同创新中心专项(HSXT3015)
江苏省种业振兴揭榜挂帅项目[JBGS(2021)061]。
文摘
甘蓝型油菜是中国重要的油料作物,籽粒质量是油菜产量构成的重要因素。本研究利用A-D Test模型对496份油菜的籽粒质量进行全基因组关联分析,共检测到19个显著位点,联合解释34.1%的表型变异。整合A-D Test及前期混合线性模型和一般线性模型结果后得到71个位点,联合解释50.1%的表型变异。在22个位点置信区间内找到ARF2、NPC6、TTG2和WRI1等已被报道的拟南芥中的籽粒质量基因的同源基因。同时,利用大粒品种中双11和中小粒品种中油821的籽粒和角果皮转录组数据进行加权基因共表达网络分析,构建了13个共表达模块,其中紫色(purple)和洋红色(magenta)模块与籽粒质量表型显著相关。GO富集分析结果表明,2个模块在L-苯丙氨酸氨基转移酶活性、硫双加氧酶活性、焦磷酸酶活性和RNA解旋酶活性等显著富集。2个模块中的枢纽基因BnaA06g00850D、BnaA01g00990D、BnaC06g10000D和BnaC02g44260D等的同源基因为ETHE1、DAR1、GLN1;1和SMG7等拟南芥籽粒质量已知基因。整合全基因组关联分析和加权基因共表达网络分析的分析结果,在42个显著位点的置信区间内找到90个属于purple和magenta模块的基因,其中BnaA01g06210D、BnaA07g14990D和BnaA07g03030D等拟南芥同源基因已被报道参与种子发育进程调控。本研究整合GWAS与WGCNA 2种分析方法,挖掘甘蓝型油菜的籽粒质量候选基因,为研究籽粒质量的调控机制、指导籽粒质量的遗传改良提供参考。
关键词
甘蓝型油菜
籽粒质量
产量
全基因组关联分析
共表达网络分析
Keywords
Brassica napus L.
seed weight
yield
genome-wide association study(GWAS)
weighted gene co-expression network analysis(WGCNA)
分类号
S634.3 [农业科学—蔬菜学]
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题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
整合关联分析和共表达网络分析挖掘甘蓝型油菜籽粒质量候选基因
陈元军
马娟娟
史睿
李伟龙
王婷
彭琦
张维
陈锋
王晓东
高建芹
付三雄
张洁夫
孙程明
季彪俊
胡茂龙
《江苏农业学报》
CSCD
北大核心
2023
1
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