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利用高密度Bin遗传图谱定位水稻抽穗期QTL
被引量：
4
1
作者
赵凌
梁文化
+5 位作者
赵春芳
魏晓东
周丽慧
姚姝
王才林
张亚东
《作物学报》
CAS
CSCD
北大核心
2023年第1期119-128,共10页
挖掘新的控制水稻抽穗期相关位点和候选基因,对抽穗期的遗传机制研究和品种改良具有重要的意义。利用抽穗期存在明显差异的粳稻TD70和籼稻Kasalath杂交衍生的包含186个家系的重组自交系群体,构建了基于深度重测序的高密度Bin遗传图谱,...
挖掘新的控制水稻抽穗期相关位点和候选基因,对抽穗期的遗传机制研究和品种改良具有重要的意义。利用抽穗期存在明显差异的粳稻TD70和籼稻Kasalath杂交衍生的包含186个家系的重组自交系群体,构建了基于深度重测序的高密度Bin遗传图谱,图谱共包含12,328个Bin标记。RIL群体及亲本2018年和2021年正季种植于江苏省南京市江苏省农业科学院。以家系从播种到抽穗所经历的天数作为抽穗期表型值,使用IciMapping软件3.4版的完备区间作图法,对控制水稻抽穗期的QTL进行鉴定。2年共检测到15个抽穗期的QTL,分布在3号、6号、7号、8号、10号和12号染色体上,LOD值为2.58~10.68,其中7个QTL和已知抽穗期QTL的位置存在重叠或者部分重叠。共有4个QTL在2年均检测到,表现出较强的稳定性。对2年重复鉴定到的4个QTL区间进行基因功能注释和亲本间序列分析,共发现7个注释有功能,且在2个亲本间编码区存在非同义突变的基因。根据候选基因SNP的类型对RIL群体家系进行基因等位型分类和效应分析,发现4个基因其不同等位型的RIL家系在抽穗期上存在显著或者极显著差异,推测可能为候选基因,可用于后续水稻抽穗期的分子机制研究。
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关键词
水稻
重组自交系
高密度Bin图谱
抽穗期
QTL
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职称材料
题名
利用高密度Bin遗传图谱定位水稻抽穗期QTL
被引量：
4
1
作者
赵凌
梁文化
赵春芳
魏晓东
周丽慧
姚姝
王才林
张亚东
机构
江苏省农业科学院粮食作物研究所/国家水稻改良中心南京分中心/国家耐盐碱水稻技术创新中心华东中心/江苏省优质水稻工程技术研究中心
出处
《作物学报》
CAS
CSCD
北大核心
2023年第1期119-128,共10页
基金
江苏省重点研发计划项目(BE2019375)资助。
文摘
挖掘新的控制水稻抽穗期相关位点和候选基因,对抽穗期的遗传机制研究和品种改良具有重要的意义。利用抽穗期存在明显差异的粳稻TD70和籼稻Kasalath杂交衍生的包含186个家系的重组自交系群体,构建了基于深度重测序的高密度Bin遗传图谱,图谱共包含12,328个Bin标记。RIL群体及亲本2018年和2021年正季种植于江苏省南京市江苏省农业科学院。以家系从播种到抽穗所经历的天数作为抽穗期表型值,使用IciMapping软件3.4版的完备区间作图法,对控制水稻抽穗期的QTL进行鉴定。2年共检测到15个抽穗期的QTL,分布在3号、6号、7号、8号、10号和12号染色体上,LOD值为2.58~10.68,其中7个QTL和已知抽穗期QTL的位置存在重叠或者部分重叠。共有4个QTL在2年均检测到,表现出较强的稳定性。对2年重复鉴定到的4个QTL区间进行基因功能注释和亲本间序列分析,共发现7个注释有功能,且在2个亲本间编码区存在非同义突变的基因。根据候选基因SNP的类型对RIL群体家系进行基因等位型分类和效应分析,发现4个基因其不同等位型的RIL家系在抽穗期上存在显著或者极显著差异,推测可能为候选基因,可用于后续水稻抽穗期的分子机制研究。
关键词
水稻
重组自交系
高密度Bin图谱
抽穗期
QTL
Keywords
rice(Oryza sativa L.)
recombinant inbred lines
high-density bin map
heading date
QTLs
分类号
S511 [农业科学—作物学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
利用高密度Bin遗传图谱定位水稻抽穗期QTL
赵凌
梁文化
赵春芳
魏晓东
周丽慧
姚姝
王才林
张亚东
《作物学报》
CAS
CSCD
北大核心
2023
4
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