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梨树CDPK基因家族进化和表达分析
被引量：
6
1
作者
韩艳丽
李静
+2 位作者
操庆国
徐银
颜志明
《西北农业学报》
CAS
CSCD
北大核心
2017年第7期1026-1032,共7页
钙依赖蛋白激酶(CDPK或CPK)在植物生长和发育、逆境信号刺激及其对病原物的防御反应过程中发挥着非常重要的作用。本研究利用梨树全基因组数据,采用生物信息学的方法,在全基因组水平上对梨树CDPK基因家族进行系谱进化关系、基因结构、...
钙依赖蛋白激酶(CDPK或CPK)在植物生长和发育、逆境信号刺激及其对病原物的防御反应过程中发挥着非常重要的作用。本研究利用梨树全基因组数据,采用生物信息学的方法,在全基因组水平上对梨树CDPK基因家族进行系谱进化关系、基因结构、共线性关系及表达情况等分析。结果表明,梨树基因组中共存在31个CDPK基因,命名为PbCDPK1~PbCDPK31。系谱分析结果表明,这些CDPK基因归属于4个亚家族。共线性分析检测到12对CDKP基因间存在显著的共线性关系,其中10对由最近一次发生的全基因组复制事件形成。非同义/同义置换率的比率(dN/dS)说明CDPK基因在功能上进化得非常保守。荧光定量PCR结果发现,5个梨树CDPK基因对干旱逆境有响应。试验结果可为进一步开展梨树CDPK基因家族的功能鉴定和分子进化机制的研究提供参考。
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关键词
梨树
CDPK基因
生物信息学
进化
干旱
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职称材料
题名
梨树CDPK基因家族进化和表达分析
被引量：
6
1
作者
韩艳丽
李静
操庆国
徐银
颜志明
机构
江苏
农林职业
技术
学院
江苏现代园艺技术中心
出处
《西北农业学报》
CAS
CSCD
北大核心
2017年第7期1026-1032,共7页
基金
江苏省自然科学基金(BK20131243)
江苏省农业三新工程(SXGC[2015]311)
江苏省青蓝工程~~
文摘
钙依赖蛋白激酶(CDPK或CPK)在植物生长和发育、逆境信号刺激及其对病原物的防御反应过程中发挥着非常重要的作用。本研究利用梨树全基因组数据,采用生物信息学的方法,在全基因组水平上对梨树CDPK基因家族进行系谱进化关系、基因结构、共线性关系及表达情况等分析。结果表明,梨树基因组中共存在31个CDPK基因,命名为PbCDPK1~PbCDPK31。系谱分析结果表明,这些CDPK基因归属于4个亚家族。共线性分析检测到12对CDKP基因间存在显著的共线性关系,其中10对由最近一次发生的全基因组复制事件形成。非同义/同义置换率的比率(dN/dS)说明CDPK基因在功能上进化得非常保守。荧光定量PCR结果发现,5个梨树CDPK基因对干旱逆境有响应。试验结果可为进一步开展梨树CDPK基因家族的功能鉴定和分子进化机制的研究提供参考。
关键词
梨树
CDPK基因
生物信息学
进化
干旱
Keywords
Pear（Pyrus spp.）
CDPK gene
Bioinformatics
Evolution
Drought
分类号
Q943.2 [生物学—植物学]
S661.2 [农业科学—果树学]
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作者
出处
发文年
被引量
操作
1
梨树CDPK基因家族进化和表达分析
韩艳丽
李静
操庆国
徐银
颜志明
《西北农业学报》
CAS
CSCD
北大核心
2017
6
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