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基于生物信息学对结肠癌潜在枢纽基因的筛选及验证
被引量：
8
1
作者
丁志祥
史兵伟
+2 位作者
王永仿
葛贤
刘迁(指导)
《中国免疫学杂志》
CAS
CSCD
北大核心
2021年第2期201-205,共5页
目的:利用生物信息学方法挖掘结肠癌的枢纽基因及潜在标志物。方法:利用GEO2R分析结肠癌相关芯片集GSE41258、GSE41328和GSE44861中的差异基因;DAVID数据库进行GO富集分析和KEGG通路分析;STRING在线软件分析差异基因的蛋白质相互作用网...
目的:利用生物信息学方法挖掘结肠癌的枢纽基因及潜在标志物。方法:利用GEO2R分析结肠癌相关芯片集GSE41258、GSE41328和GSE44861中的差异基因;DAVID数据库进行GO富集分析和KEGG通路分析;STRING在线软件分析差异基因的蛋白质相互作用网络(PPI),并通过Cytoscape筛选枢纽基因;GEPIA在线软件验证枢纽基因的表达及预后价值。结果:共筛选出67个上调差异基因和75个下调差异基因。GO富集分析显示差异基因主要参与的细胞生物学过程包括细胞黏附、细胞外基质形成及胶原蛋白分解代谢过程;KEGG通路分析显示差异基因主要富集于PI3K-AKT信号通路、细胞因子与细胞因子受体相互作用及癌症通路;通过PPI分析筛选出的枢纽基因包括CCND1、COL1A1、COL1A2、CXCL1、CXCL8、CXCL12、MMP1、MMP3、MYC和SPP1。经验证,CCND1、COL1A1、COL1A2、CXCL1、CXCL8、MMP1、MMP3、MYC和SPP1在结肠腺癌组织中表达显著高于正常结肠组织,而CXCL12在癌组织中表达显著低于正常组织。生存分析显示,COL1A2过表达与结肠腺癌患者总生存率(OS)和无病生存率(DFS)呈负相关(P<0.05,P<0.01),COL1A1过表达与结肠腺癌DFS呈负相关(P<0.05)。结论:通过生物信息学筛选出结肠癌10个潜在枢纽基因和2个预后相关基因,为结肠癌的分子机制研究及预后判断提供了新靶点。
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关键词
结肠癌
枢纽基因
生物信息学
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职称材料
结肠癌核心基因和独立预后因子筛选的生物信息学分析
被引量：
6
2
作者
刘迁
祁国萍
+3 位作者
于华裔
戴宇阳
陆文斌
金建华
《吉林大学学报（医学版）》
CAS
CSCD
北大核心
2022年第3期755-765,共11页
目的:挖掘基因表达综合(GEO)数据库和癌症基因组图谱(TCGA)数据库中结肠癌基因表达数据,探讨引发结肠癌的潜在核心基因及独立预后因子。方法:采用TCGA数据库检索结肠癌中基因表达水平和临床特征数据,采用GEO数据库检索结肠癌和癌旁组织...
目的:挖掘基因表达综合(GEO)数据库和癌症基因组图谱(TCGA)数据库中结肠癌基因表达数据,探讨引发结肠癌的潜在核心基因及独立预后因子。方法:采用TCGA数据库检索结肠癌中基因表达水平和临床特征数据,采用GEO数据库检索结肠癌和癌旁组织中核心基因表达水平,行加权基因共表达网络分析(WGCNA)、维恩分析、蛋白-蛋白互作(PPI)网络构建和Hub基因筛选、基因本体(GO)及京都基因和基因组百科全书(KEGG)富集分析、泛癌基因的免疫细胞亚型分析、核心基因的泛癌热图和相关性分析、核心基因与肿瘤微环境的相关性分析和核心基因的风险回归模型分析,实时荧光定量PCR(RT-qPCR)、Westernblotting和免疫组织化学法检测结肠癌组织及癌旁组织中NKD1与AXIN2表达水平,进一步证实筛选结果。结果:TCGA数据分析得出1208个基因高表达;GSE37182芯片中有252个基因高表达。对4组差异分析数据取交集,维恩分析获得13个共有基因,并进行PPI网络构建,发现7个基因(ARID3A、SALL4、NKD1、KND2、AXIN2、CA9和TACSTD2)为结肠癌潜在的核心基因。GO富集分析,这7个基因主要参与Wnt信号通路进行正/负调控,基底外侧质膜或结合泛素蛋白连接酶;KEGG富集分析,这7个基因主要作用于Hippo信号通路和Wnt信号通路。泛癌基因分析,7个核心基因在结肠癌组织中均明显高表达,NKD1和AXIN2基因在结肠癌组织中的表达呈正相关关系(r=0.69);TACSTD2基因在C1、C2、C3和C6免疫细胞亚型中呈高表达。核心基因的表达与样品中肿瘤微环境之间的相关性分析,结肠癌组织中NKD2、AXIN2、ARID3A和NKD1基因的表达与综合打分呈负相关关系(P<0.01)。结肠癌患者生存预后分析,只有AXIN2为显著独立预后因子(P<0.05),在结肠癌患者中为低风险独立预后因子。RT-qPCR、Westernblotting和免疫组织化学法检测,NKD1在结肠癌肿瘤标本和结肠癌细胞中均呈高表达,并且NKD1与AXIN2基因表达水平呈显著正相关关系(P<0.01)。结论:基于生物信息学分析结肠癌数据库筛选出7个核心基因,其中AXIN2为结肠癌患者独立预后因子,结肠癌组织中NKD1的AXIN2基因表达水平呈正相关关系。
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关键词
结肠肿瘤
核心基因
预后因子
加权基因共表达网络分析
生物信息学
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职称材料
题名
基于生物信息学对结肠癌潜在枢纽基因的筛选及验证
被引量：
8
1
作者
丁志祥
史兵伟
王永仿
葛贤
刘迁(指导)
机构
南京中医药
大学
附属
常州市中医
医院
检验科
江苏
大学
附属
武进
医院
江苏
大学
附属
武进
医院
出处
《中国免疫学杂志》
CAS
CSCD
北大核心
2021年第2期201-205,共5页
基金
国家自然科学基金面上项目(81872275)
常州市科技局应用基础研究计划项目(CJ20180005)。
文摘
目的:利用生物信息学方法挖掘结肠癌的枢纽基因及潜在标志物。方法:利用GEO2R分析结肠癌相关芯片集GSE41258、GSE41328和GSE44861中的差异基因;DAVID数据库进行GO富集分析和KEGG通路分析;STRING在线软件分析差异基因的蛋白质相互作用网络(PPI),并通过Cytoscape筛选枢纽基因;GEPIA在线软件验证枢纽基因的表达及预后价值。结果:共筛选出67个上调差异基因和75个下调差异基因。GO富集分析显示差异基因主要参与的细胞生物学过程包括细胞黏附、细胞外基质形成及胶原蛋白分解代谢过程;KEGG通路分析显示差异基因主要富集于PI3K-AKT信号通路、细胞因子与细胞因子受体相互作用及癌症通路;通过PPI分析筛选出的枢纽基因包括CCND1、COL1A1、COL1A2、CXCL1、CXCL8、CXCL12、MMP1、MMP3、MYC和SPP1。经验证,CCND1、COL1A1、COL1A2、CXCL1、CXCL8、MMP1、MMP3、MYC和SPP1在结肠腺癌组织中表达显著高于正常结肠组织,而CXCL12在癌组织中表达显著低于正常组织。生存分析显示,COL1A2过表达与结肠腺癌患者总生存率(OS)和无病生存率(DFS)呈负相关(P<0.05,P<0.01),COL1A1过表达与结肠腺癌DFS呈负相关(P<0.05)。结论:通过生物信息学筛选出结肠癌10个潜在枢纽基因和2个预后相关基因,为结肠癌的分子机制研究及预后判断提供了新靶点。
关键词
结肠癌
枢纽基因
生物信息学
Keywords
Colon cancer
Hub gene
Bioinformatics
分类号
R735.3 [医药卫生—肿瘤]
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职称材料
题名
结肠癌核心基因和独立预后因子筛选的生物信息学分析
被引量：
6
2
作者
刘迁
祁国萍
于华裔
戴宇阳
陆文斌
金建华
机构
江苏大学附属武进医院徐州医科大学武进临床学院肿瘤科
出处
《吉林大学学报（医学版）》
CAS
CSCD
北大核心
2022年第3期755-765,共11页
基金
国家自然科学基金面上项目(81872275)
江苏省卫健委科研项目(M2020002)
江苏省常州市科技局应用基础研究计划项目(CJ20200004,CJ20210015)。
文摘
目的:挖掘基因表达综合(GEO)数据库和癌症基因组图谱(TCGA)数据库中结肠癌基因表达数据,探讨引发结肠癌的潜在核心基因及独立预后因子。方法:采用TCGA数据库检索结肠癌中基因表达水平和临床特征数据,采用GEO数据库检索结肠癌和癌旁组织中核心基因表达水平,行加权基因共表达网络分析(WGCNA)、维恩分析、蛋白-蛋白互作(PPI)网络构建和Hub基因筛选、基因本体(GO)及京都基因和基因组百科全书(KEGG)富集分析、泛癌基因的免疫细胞亚型分析、核心基因的泛癌热图和相关性分析、核心基因与肿瘤微环境的相关性分析和核心基因的风险回归模型分析,实时荧光定量PCR(RT-qPCR)、Westernblotting和免疫组织化学法检测结肠癌组织及癌旁组织中NKD1与AXIN2表达水平,进一步证实筛选结果。结果:TCGA数据分析得出1208个基因高表达;GSE37182芯片中有252个基因高表达。对4组差异分析数据取交集,维恩分析获得13个共有基因,并进行PPI网络构建,发现7个基因(ARID3A、SALL4、NKD1、KND2、AXIN2、CA9和TACSTD2)为结肠癌潜在的核心基因。GO富集分析,这7个基因主要参与Wnt信号通路进行正/负调控,基底外侧质膜或结合泛素蛋白连接酶;KEGG富集分析,这7个基因主要作用于Hippo信号通路和Wnt信号通路。泛癌基因分析,7个核心基因在结肠癌组织中均明显高表达,NKD1和AXIN2基因在结肠癌组织中的表达呈正相关关系(r=0.69);TACSTD2基因在C1、C2、C3和C6免疫细胞亚型中呈高表达。核心基因的表达与样品中肿瘤微环境之间的相关性分析,结肠癌组织中NKD2、AXIN2、ARID3A和NKD1基因的表达与综合打分呈负相关关系(P<0.01)。结肠癌患者生存预后分析,只有AXIN2为显著独立预后因子(P<0.05),在结肠癌患者中为低风险独立预后因子。RT-qPCR、Westernblotting和免疫组织化学法检测,NKD1在结肠癌肿瘤标本和结肠癌细胞中均呈高表达,并且NKD1与AXIN2基因表达水平呈显著正相关关系(P<0.01)。结论:基于生物信息学分析结肠癌数据库筛选出7个核心基因,其中AXIN2为结肠癌患者独立预后因子,结肠癌组织中NKD1的AXIN2基因表达水平呈正相关关系。
关键词
结肠肿瘤
核心基因
预后因子
加权基因共表达网络分析
生物信息学
Keywords
Colon neoplasms
Core genes
Prognostic factors
Weighted correlation network analysis
Bioinformatics
分类号
R735.35 [医药卫生—肿瘤]
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题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
基于生物信息学对结肠癌潜在枢纽基因的筛选及验证
丁志祥
史兵伟
王永仿
葛贤
刘迁(指导)
《中国免疫学杂志》
CAS
CSCD
北大核心
2021
8
在线阅读
下载PDF
职称材料
2
结肠癌核心基因和独立预后因子筛选的生物信息学分析
刘迁
祁国萍
于华裔
戴宇阳
陆文斌
金建华
《吉林大学学报（医学版）》
CAS
CSCD
北大核心
2022
6
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