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泛癌症分析DEAH盒解旋酶16的表达及其预后意义
被引量：
1
1
作者
胡明
张淑红
+5 位作者
陈跟林
凌存宝
樊伟平
孙海燕
刘爽
张虎
《中国医科大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2019年第3期201-204,共4页
目的泛癌症分析DEAH盒解旋酶16 (DHX16)的表达、预后意义及作用机制。方法利用癌症基因组图谱组织(TCGA)门户网站UALCAN泛癌症分析DHX16的表达及其与预后关系;通过蛋白之间相互作用平台InBio MapTM下载与DHX16相互作用的蛋白质谱,经DAVI...
目的泛癌症分析DEAH盒解旋酶16 (DHX16)的表达、预后意义及作用机制。方法利用癌症基因组图谱组织(TCGA)门户网站UALCAN泛癌症分析DHX16的表达及其与预后关系;通过蛋白之间相互作用平台InBio MapTM下载与DHX16相互作用的蛋白质谱,经DAVID 6.8进行基因本体(GO)和KEGG信号通路分析。结果 DHX16在膀胱尿路上皮癌、头颈部鳞状细胞癌、食管癌、肝脏肝细胞癌和胆管癌中高表达(均P <0.001);DHX16高表达利于膀胱尿路上皮癌预后,而不利于肾上腺皮质癌、肉瘤、脑低级别胶质瘤、肝脏肝细胞癌和急性髓样白血病的预后。DHX16相互作用蛋白主要定位于剪接体、细胞核、质膜、胞内核糖核蛋白复合体等,参与mRNA剪接、加工过程等,主要结合多聚腺苷酸RNA、核苷酸、核酸、m RNA内含子等,具有RNA解旋酶活性等功能;参与的信号通路主要包括剪接体、mRNA监测、RNA降解和RNA转运过程。结论 DHX16在膀胱尿路上皮癌、头颈部鳞状细胞癌、食管癌、肝脏肝细胞癌和胆管癌中高表达,DHX16高表达有利于膀胱尿路上皮癌预后,而不利于肾上腺皮质癌、肉瘤、脑低级别胶质瘤、肝脏肝细胞癌和急性髓样白血病预后,因此可作为上述肿瘤预后的潜在标志物。
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关键词
泛癌症分析
DEAH盒解旋酶16
预后
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职称材料
乳腺癌中DEAH盒解旋酶16的表达及临床意义
被引量：
1
2
作者
庄莹
张淑红
+4 位作者
樊伟平
赵小芳
孙海燕
刘爽
张虎
《中国医科大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2019年第4期305-308,共4页
目的揭示乳腺癌组织中DEAH盒解旋酶16 (DHX16)基因表达变化及其与乳腺癌患者预后的关系。方法利用c BioPortal分析DHX16基因突变、拷贝数变化、mRNA表达变化、m RNA差异表达与预后的关系,DHX16基因甲基化水平与其mRNA水平的关系。利用UA...
目的揭示乳腺癌组织中DEAH盒解旋酶16 (DHX16)基因表达变化及其与乳腺癌患者预后的关系。方法利用c BioPortal分析DHX16基因突变、拷贝数变化、mRNA表达变化、m RNA差异表达与预后的关系,DHX16基因甲基化水平与其mRNA水平的关系。利用UALCAN数据平台分析乳腺癌组织与正常乳腺组织中DHX16基因的差异表达。利用LinkedOmics分析乳腺癌组织中DHX16表达与临床指标的相关性,DHX16基因拷贝数变化与mRNA水平的关系。结果 cBioPortal结果显示,16%(170/1 093)的乳腺癌患者发生了DHX16基因改变,包括基因突变、拷贝数变化、mRNA水平改变,其中DHX16 mRNA水平上调(超过对照组平均值2倍)的患者比例为12%,且DHX16高表达不利于患者预后(P <0.01);DHX16 mRNA表达水平与其基因甲基化水平呈负相关(r=-0.32,P <0.05)。UALCAN结果显示,乳腺癌组织中DHX16基因表达水平显著高于正常乳腺组织(P <0.001)。Linked Omics结果显示,乳腺癌患者中DHX16表达水平分别受PAM50分子分型、种族、病理分期、T分期和M分期影响(均P <0.05);DHX16 mRNA表达水平与其基因拷贝数变化呈正相关(r=0.56,P <0.01)。结论乳腺癌中DHX16基因拷贝数增加和低甲基化促进其高表达,DHX16高表达不利于预后,可作为乳腺癌预后的潜在标志物。
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关键词
乳腺癌
DEAH盒解旋酶16
预后
拷贝数变化
甲基化
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职称材料
基于CRISPR-Cas9的筛选文库的类型与应用
被引量：
1
3
作者
杜欣娜
戚家峰
张虎
《中国生物化学与分子生物学报》
CAS
CSCD
北大核心
2019年第9期931-938,共8页
文库筛选技术广泛应用于生命科学研究各领域,加速了生物医药基础科研和临床实践的进展。本文对基于CRISPR-Cas9的文库类型和应用进行综述。CRISPR-Cas9文库包括敲除、活化和抑制文库。敲除文库通过Cas9/sgRNA靶向切割DNA序列,产生移码...
文库筛选技术广泛应用于生命科学研究各领域,加速了生物医药基础科研和临床实践的进展。本文对基于CRISPR-Cas9的文库类型和应用进行综述。CRISPR-Cas9文库包括敲除、活化和抑制文库。敲除文库通过Cas9/sgRNA靶向切割DNA序列,产生移码突变进行基因敲除。活化文库包括两种:一种是dCas9/sgRNA与转录活化蛋白质融合,例如dCas9-SAM,dCas9-SunTag和dCas9-VPR系统;另一种是dCas9与表观遗传修饰酶融合,例如d Cas9-Tet1和d Cas9-p300系统。CRISPR-Cas9抑制文库通过dCas9与表观遗传修饰蛋白质融合,抑制转录,例如d Cas9-KRAB和d Cas9-Dnmt3a系统。目前,CRISPR-Cas9文库广泛用于功能基因筛选、药物靶点和耐药靶点筛选、病毒靶点筛选和揭示信号通路,并在基因互作筛选及揭示顺式调节元件功能等方面初步展现其优势。CRISPR-Cas9文库优势在于其设计灵活、操作便捷、筛选高效。伴随基因编辑系统的研发,新的筛选文库靶向性和突变将更加精准,应用将更加拓展和深化。基于CRISPR-Cas9筛选文库不仅可以筛选病理和生理过程中的关键基因和非编码DNA,还可以揭示其发挥功能的分子机制,是剖析生命复杂调控网络的手术刀。
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关键词
CRISPR-Cas9文库
功能基因筛选
基因互作
顺式调节元件
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职称材料
题名
泛癌症分析DEAH盒解旋酶16的表达及其预后意义
被引量：
1
1
作者
胡明
张淑红
陈跟林
凌存宝
樊伟平
孙海燕
刘爽
张虎
机构
佳木斯大学附属第一医院普外三科
佳木斯大学
基础医学
院生物学教研室
江苏医药职业学院基础医学部
生物化学教研室
江苏
医药
职业
学院
护理
学院
内科护理学教研室
出处
《中国医科大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2019年第3期201-204,共4页
基金
国家自然科学基金(31471312)
江苏医药职业学院科技创新团队建设计划(20188104)
江苏省"青蓝工程"项目(2016)
文摘
目的泛癌症分析DEAH盒解旋酶16 (DHX16)的表达、预后意义及作用机制。方法利用癌症基因组图谱组织(TCGA)门户网站UALCAN泛癌症分析DHX16的表达及其与预后关系;通过蛋白之间相互作用平台InBio MapTM下载与DHX16相互作用的蛋白质谱,经DAVID 6.8进行基因本体(GO)和KEGG信号通路分析。结果 DHX16在膀胱尿路上皮癌、头颈部鳞状细胞癌、食管癌、肝脏肝细胞癌和胆管癌中高表达(均P <0.001);DHX16高表达利于膀胱尿路上皮癌预后,而不利于肾上腺皮质癌、肉瘤、脑低级别胶质瘤、肝脏肝细胞癌和急性髓样白血病的预后。DHX16相互作用蛋白主要定位于剪接体、细胞核、质膜、胞内核糖核蛋白复合体等,参与mRNA剪接、加工过程等,主要结合多聚腺苷酸RNA、核苷酸、核酸、m RNA内含子等,具有RNA解旋酶活性等功能;参与的信号通路主要包括剪接体、mRNA监测、RNA降解和RNA转运过程。结论 DHX16在膀胱尿路上皮癌、头颈部鳞状细胞癌、食管癌、肝脏肝细胞癌和胆管癌中高表达,DHX16高表达有利于膀胱尿路上皮癌预后,而不利于肾上腺皮质癌、肉瘤、脑低级别胶质瘤、肝脏肝细胞癌和急性髓样白血病预后,因此可作为上述肿瘤预后的潜在标志物。
关键词
泛癌症分析
DEAH盒解旋酶16
预后
Keywords
pan-cancer analysis
DEAH-box helicase
prognosis
分类号
R73 [医药卫生—肿瘤]
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职称材料
题名
乳腺癌中DEAH盒解旋酶16的表达及临床意义
被引量：
1
2
作者
庄莹
张淑红
樊伟平
赵小芳
孙海燕
刘爽
张虎
机构
江苏医药职业学院基础医学部
生化教研室
佳木斯大学
基础医学
院生物教研室
江苏
医药
职业
学院
护理
学院
内科护理教研室
出处
《中国医科大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2019年第4期305-308,共4页
基金
国家自然科学基金(31471312)
江苏省卫生计生委科研课题(Y2018101)
+1 种基金
江苏省高等学校自然科学研究面上项目(18KJB310002)
黑龙江省卫生计生委科研课题(2018509)
文摘
目的揭示乳腺癌组织中DEAH盒解旋酶16 (DHX16)基因表达变化及其与乳腺癌患者预后的关系。方法利用c BioPortal分析DHX16基因突变、拷贝数变化、mRNA表达变化、m RNA差异表达与预后的关系,DHX16基因甲基化水平与其mRNA水平的关系。利用UALCAN数据平台分析乳腺癌组织与正常乳腺组织中DHX16基因的差异表达。利用LinkedOmics分析乳腺癌组织中DHX16表达与临床指标的相关性,DHX16基因拷贝数变化与mRNA水平的关系。结果 cBioPortal结果显示,16%(170/1 093)的乳腺癌患者发生了DHX16基因改变,包括基因突变、拷贝数变化、mRNA水平改变,其中DHX16 mRNA水平上调(超过对照组平均值2倍)的患者比例为12%,且DHX16高表达不利于患者预后(P <0.01);DHX16 mRNA表达水平与其基因甲基化水平呈负相关(r=-0.32,P <0.05)。UALCAN结果显示,乳腺癌组织中DHX16基因表达水平显著高于正常乳腺组织(P <0.001)。Linked Omics结果显示,乳腺癌患者中DHX16表达水平分别受PAM50分子分型、种族、病理分期、T分期和M分期影响(均P <0.05);DHX16 mRNA表达水平与其基因拷贝数变化呈正相关(r=0.56,P <0.01)。结论乳腺癌中DHX16基因拷贝数增加和低甲基化促进其高表达,DHX16高表达不利于预后,可作为乳腺癌预后的潜在标志物。
关键词
乳腺癌
DEAH盒解旋酶16
预后
拷贝数变化
甲基化
Keywords
breast cancer
DEAH-box helicase 16
prognosis
copy number variation
methylation
分类号
R737.9 [医药卫生—肿瘤]
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职称材料
题名
基于CRISPR-Cas9的筛选文库的类型与应用
被引量：
1
3
作者
杜欣娜
戚家峰
张虎
机构
江苏医药职业学院基础医学部
生物化学教研室
佳木斯大学
基础医学
院生物教研室
哈尔滨市儿童医院心胸外科
出处
《中国生物化学与分子生物学报》
CAS
CSCD
北大核心
2019年第9期931-938,共8页
基金
江苏省卫生计生委科研课题(No.Y2018101)
江苏省高等学校自然科学研究面上项目(No.18KJB310002)
+4 种基金
黑龙江省卫生厅面上项目(No.2017-406
No.2018-383
No.2018-509)
哈尔滨市科技局科技创新人才项目(No.2017RAQXJ241)
盐城市医学科技发展计划项目(No.YK2017050)资助~~
文摘
文库筛选技术广泛应用于生命科学研究各领域,加速了生物医药基础科研和临床实践的进展。本文对基于CRISPR-Cas9的文库类型和应用进行综述。CRISPR-Cas9文库包括敲除、活化和抑制文库。敲除文库通过Cas9/sgRNA靶向切割DNA序列,产生移码突变进行基因敲除。活化文库包括两种:一种是dCas9/sgRNA与转录活化蛋白质融合,例如dCas9-SAM,dCas9-SunTag和dCas9-VPR系统;另一种是dCas9与表观遗传修饰酶融合,例如d Cas9-Tet1和d Cas9-p300系统。CRISPR-Cas9抑制文库通过dCas9与表观遗传修饰蛋白质融合,抑制转录,例如d Cas9-KRAB和d Cas9-Dnmt3a系统。目前,CRISPR-Cas9文库广泛用于功能基因筛选、药物靶点和耐药靶点筛选、病毒靶点筛选和揭示信号通路,并在基因互作筛选及揭示顺式调节元件功能等方面初步展现其优势。CRISPR-Cas9文库优势在于其设计灵活、操作便捷、筛选高效。伴随基因编辑系统的研发,新的筛选文库靶向性和突变将更加精准,应用将更加拓展和深化。基于CRISPR-Cas9筛选文库不仅可以筛选病理和生理过程中的关键基因和非编码DNA,还可以揭示其发挥功能的分子机制,是剖析生命复杂调控网络的手术刀。
关键词
CRISPR-Cas9文库
功能基因筛选
基因互作
顺式调节元件
Keywords
CRISPR-Cas9 based library
functional gene screening
gene interaction
cis-regulatory element
分类号
Q78 [生物学—分子生物学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
泛癌症分析DEAH盒解旋酶16的表达及其预后意义
胡明
张淑红
陈跟林
凌存宝
樊伟平
孙海燕
刘爽
张虎
《中国医科大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2019
1
在线阅读
下载PDF
职称材料
2
乳腺癌中DEAH盒解旋酶16的表达及临床意义
庄莹
张淑红
樊伟平
赵小芳
孙海燕
刘爽
张虎
《中国医科大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2019
1
在线阅读
下载PDF
职称材料
3
基于CRISPR-Cas9的筛选文库的类型与应用
杜欣娜
戚家峰
张虎
《中国生物化学与分子生物学报》
CAS
CSCD
北大核心
2019
1
在线阅读
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职称材料
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