Myf5基因8个SNPs位点与京海黄鸡生长和繁殖性状的关联分析 被引量：10

1

作者 唐莹 王金玉 +5 位作者 张跟喜 樊庆灿 陈学森 张涛 魏岳 施会强 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2014年第6期863-870,共8页

旨在探讨Myf5基因与鸡生长繁殖性状的关联性。本研究采用PCR-SSCP方法,检测Myf5基因在京海黄鸡群体中的多态性,并对这些多态位点进行单倍型关联分析。结果表明:在Myf5基因外显子处共检测到8个SNPs位点。在379只京海黄鸡的群体中形成了9... 旨在探讨Myf5基因与鸡生长繁殖性状的关联性。本研究采用PCR-SSCP方法,检测Myf5基因在京海黄鸡群体中的多态性,并对这些多态位点进行单倍型关联分析。结果表明:在Myf5基因外显子处共检测到8个SNPs位点。在379只京海黄鸡的群体中形成了9种单倍型。最小二乘分析结果显示,在生长性状方面,单倍型组合H1H5对8和12周龄体重影响显著(P<0.05),单倍型组合H2H6则对12和14周龄体重影响显著(P<0.05);在繁殖性状方面,单倍型组合H1H5在开产体重上为优势单倍型组合,显著高于单倍型组合H1H4和H2H4(P<0.05),极显著高于单倍型组合H1H3(P<0.01)。就300d蛋重均值来说,单倍型组合H1H3为劣势单倍型组合;对300d的产蛋数数据分析显示,单倍型组合H1H3的300d产蛋数极显著高于H1H4(P<0.01)。因此,京海黄鸡Myf5基因外显子的多态性对其生长和繁殖性状都有一定影响,为探索鸡育种过程中的标记辅助选择提供了参考资料。 展开更多

关键词 京海黄鸡 Myf5基因 生长和繁殖性状 SNPS 单倍型

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京海黄鸡体组成性状的全基因组关联分析 被引量：9

2

作者 张涛 樊庆灿 +3 位作者 张向前 张跟喜 王金玉 顾玉萍 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2015年第9期1502-1514,共13页

为了获得影响京海黄鸡体组成性状的SNPs标记及候选基因,为京海黄鸡的进一步遗传改良提供新的方法,本研究使用Illumina公司的鸡60KSNP芯片,对京海黄鸡13个体组成性状进行全基因组关联分析。共筛选出13个与体组成性状达到5%Bonferroni全... 为了获得影响京海黄鸡体组成性状的SNPs标记及候选基因,为京海黄鸡的进一步遗传改良提供新的方法,本研究使用Illumina公司的鸡60KSNP芯片,对京海黄鸡13个体组成性状进行全基因组关联分析。共筛选出13个与体组成性状达到5%Bonferroni全基因组显著相关的SNPs(P<1.8E-6),130个达到5%Bonferroni全基因组潜在相关的SNPs(P<3.59E-5)。13个显著SNPs位于GRIK1、NCAPG、KCNIP4和CACNA2 D2等12个基因的附近或内部,其中6个SNPs位于4号染色体上一个1.6Mb区域(74.3~75.9Mb)。130个潜在显著的SNPs中,有25个集中分布在4号染色体上的一个7.4Mb(71.5~78.9Mb)的区域内。共构建了5 650种单倍型,其中,14个与京海黄鸡6个体组成性状显著相关,14个单倍型中,9个位于4号染色体74.3~75.9Mb区域内,该区域内包括LCORL、QDPR、KCNIP4、LDB2和FAM184B在内的多个功能基因。本研究结果表明,位于4号染色体的71.5~78.9 Mb区域以及该区域附近的GRIK1、NCAPG、KCNIP4、CACNA2 D2、LCORL、QDPR、KCNIP4、LDB2和FAM184B基因对京海黄鸡的体组成有重要影响。 展开更多

关键词 京海黄鸡 全基因组关联分析 体组成 单倍型

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京海黄鸡IGFBP-3基因外显子1和内含子1部分序列多态性及其与生长繁殖性状的相关性 被引量：8

3

作者 金崇富 王金玉 +3 位作者 王慧华 张跟喜 施会强 俞亚波 《中国畜牧兽医》 CAS 北大核心 2010年第9期132-135,共4页

以京海黄鸡母鸡为材料,采用PCR-SSCP技术对IGFBP-3基因外显子1及内含子1部分序列多态位点进行研究,并计算基因型频率、基因频率、卡方值和部分遗传多态性指标。结果表明,在外显子1上没有检测到多态位点,在内含子1上检测到1个多态位点,... 以京海黄鸡母鸡为材料,采用PCR-SSCP技术对IGFBP-3基因外显子1及内含子1部分序列多态位点进行研究,并计算基因型频率、基因频率、卡方值和部分遗传多态性指标。结果表明,在外显子1上没有检测到多态位点,在内含子1上检测到1个多态位点,该位点为中度多态,在160 bp处发生T到G的突变,导致BB、AB型的56日龄体重显著大于AA型(P<0.05),AA型的11月产蛋数显著大于BB、AB型(P<0.05)。由此初步推断,内含子1对产蛋及生长发育很可能有一定的促进作用,A为产蛋的优势基因,B为体重的优势基因。 展开更多

关键词 京海黄鸡 IGFBP-3 SNP位点 多态性

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基于RNA-Seq技术的京海黄鸡卵巢组织转录本预测及新基因挖掘 被引量：9

4

作者 董新龙 张向前 +4 位作者 韩昆鹏 凌姣姣 张跟喜 王金玉 王永娟 《中国畜牧兽医》 CAS 北大核心 2017年第2期497-504,共8页

鸡及许多物种的全基因组测序及相关基因图谱都已宣告完成,但由于注释方法的局限性,还存在许多遗漏的新基因及对现有基因的误差注释。RNA-Seq技术是基于第2代测序技术的转录组学研究方法,该研究利用高通量测序技术对8只(高产组4只、低产... 鸡及许多物种的全基因组测序及相关基因图谱都已宣告完成,但由于注释方法的局限性,还存在许多遗漏的新基因及对现有基因的误差注释。RNA-Seq技术是基于第2代测序技术的转录组学研究方法,该研究利用高通量测序技术对8只(高产组4只、低产组4只)300日龄体重一致、饲养条件相同、产蛋数存在差异的京海黄鸡的卵巢组织所有RNA反转录而成的cDNA文库进行测序,通过分析RNA-Seq获得的京海黄鸡卵巢组织转录组数据,共发现4 431个新转录本,并将所有新转录本与GO、NR、Swiss-Prot、KEGG数据库进行比对和分析,发现了很多潜在的新基因并进行功能注释,为鸡基因组的进一步完善及功能基因的挖掘提供了数据基础。 展开更多

关键词 转录组测序 京海黄鸡 新转录本 新基因 功能注释

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京海黄鸡LYZ基因SNPs检测及其与生长、产蛋性能的联系 被引量：4

5

作者 侯启瑞 王金玉 +2 位作者 王慧华 李源 施会强 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2010年第5期524-530,共7页

旨在探讨溶菌酶(lysozyme,LYZ)基因与生长和产蛋性能的关系。本研究以京海黄鸡育种场培育的慢速J+和常速J-两个品系F2代育种群为试验材料,对鸡LYZ基因外显子进行了SNP检测,分析了LYZ基因与生长和产蛋性能的关系。结果,在京海黄鸡LYZ基... 旨在探讨溶菌酶(lysozyme,LYZ)基因与生长和产蛋性能的关系。本研究以京海黄鸡育种场培育的慢速J+和常速J-两个品系F2代育种群为试验材料,对鸡LYZ基因外显子进行了SNP检测,分析了LYZ基因与生长和产蛋性能的关系。结果,在京海黄鸡LYZ基因外显子1和2上发现了3个突变位点(G111A、T1426C、C1492T);统计分析表明,AA基因型个体12、16周龄体质量显著高于GG和GA基因型个体,开产日龄小于GG和GA基因型个体(P<0.05);TT基因型个体4、8周龄体质量和开产体质量显著低于其他基因型个体,而TN基因型个体4、8周龄体质量和开产体质量显著高于其他基因型个体(P<0.05);不同单倍型在4～16周龄体质量和开产体质量差异显著(P<0.05);群体遗传学分析表明,3个突变位点的基因型在两品系间差异显著(P≤0.05)。初步推断鸡LYZ基因可能是控制京海黄鸡生长发育的主基因或与主基因紧密连锁。 展开更多

关键词 鸡 LYZ基因 SNP 生长 产蛋性能 主基因

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京海黄鸡体重性状全基因组关联分析 被引量：6

6

作者 张涛 王文浩 +3 位作者 张跟喜 王金玉 薛倩 顾玉萍 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2015年第8期811-820,共10页

体重性状是肉鸡重要的经济性状。为了寻找可用于京海黄鸡体重性状遗传改良的分子标记及候选基因，本文以400只京海黄鸡核心群母鸡为基础，测定了0～14周龄体重，利用简化基因组测序技术（Specific—locusamplifiedfragmentsequencing，S... 体重性状是肉鸡重要的经济性状。为了寻找可用于京海黄鸡体重性状遗传改良的分子标记及候选基因，本文以400只京海黄鸡核心群母鸡为基础，测定了0～14周龄体重，利用简化基因组测序技术（Specific—locusamplifiedfragmentsequencing，SLAF—seq）对京海黄鸡体重性状进行全基因组关联研究（Genome—wideassociationstndy，GWAS），筛选与京海黄鸡体重性状相关的SNPs位点。结果共检测到100个与京海黄鸡体重相关的SNPs位点，其中15个位点效应达到全基因组显著水平（P〈1．87E-06），85个位点效应达到全基因组潜在显著水平（P〈3．73E-05）。通过筛选每个显著SNP周围1Mb区域内的基因，共找到9个可能的候选基因，其中FAMl24A（Familywithsequencesimilarity124A）、QDPR（Quinoiddihydropteridinereductase）、WDRI（WDrepeatdomain1）和SLC2A9（Solutecarrierfamily2（facilitatedglucosetransporter），member9）4个基因可能是影响体重性状的重要候选基因。同时还发现，4号染色体75．6～80．7Mb区域集中了大部分与京海黄鸡中后期体重性状显著相关的SNPs位点，该区域可能是影响京海黄鸡中后期生长体重的重要候选区域。 展开更多

关键词 京海黄鸡 全基因组关联分析 体重性状 简化基因组测序

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京海黄鸡LYZ基因外显子的遗传多态性及其与体重的关联分析 被引量：6

7

作者 侯启瑞 王金玉 +2 位作者 王慧华 李源 施会强 《中国畜牧兽医》 CAS 北大核心 2010年第7期124-128,共5页

试验旨在研究鸡溶菌酶基因(LYZ)对鸡体重的影响。以200只京海黄鸡为研究群体,采用PCR-SSCP和DNA测序的方法检测LYZ基因单核苷酸多态性,并将所发现的SNPs与体重进行关联分析。结果发现,共3个突变位点,且均为沉默突变,未引起氨基酸序列的... 试验旨在研究鸡溶菌酶基因(LYZ)对鸡体重的影响。以200只京海黄鸡为研究群体,采用PCR-SSCP和DNA测序的方法检测LYZ基因单核苷酸多态性,并将所发现的SNPs与体重进行关联分析。结果发现,共3个突变位点,且均为沉默突变,未引起氨基酸序列的改变;经χ2适合性检验,除1411位点外,其他2个突变位点均显著偏离Hardy-Weinberg平衡;111位点AA基因型个体12和16周龄体重显著高于GG基因型个体(P<0.05),1411位点AA和GA基因型个体各周龄体重均高于GG基因型个体,且4周龄体重差异达到了显著水平(P<0.05),1426位点各基因型对体重没有显著影响(P>0.05)。单倍型分析结果显示,除4周龄外,ANC个体各周龄体重均较大,GAC个体4周龄体重较大,这与上述各位点基因型对体重影响的分析结果相一致,暗示在选种、育种过程中,可将鸡LYZ基因作为京海黄鸡体重候选基因应用于遗传标记辅助选择。 展开更多

关键词 鸡 溶菌酶基因LYZ 体重 SNP PCR-SSCP

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京海黄鸡MyoG基因密码子特性分析 被引量：6

8

作者 张涛 张跟喜 +5 位作者 韩昆鹏 王金玉 樊庆灿 李婷婷 段炼 王永娟 《华北农学报》 CSCD 北大核心 2014年第4期71-79,共9页

为了解鸡MyoG基因的密码子特性,以便于为MyoG基因的表达选择合适的外源表达系统,使用在线工具CUSP和CHIPS以及codonW软件对鸡MyoG基因进行分析,并与鸡基因、模式动物基因组和其他动物MyoG基因进行比较。结果表明,MyoG基因偏好于G/C结尾... 为了解鸡MyoG基因的密码子特性,以便于为MyoG基因的表达选择合适的外源表达系统,使用在线工具CUSP和CHIPS以及codonW软件对鸡MyoG基因进行分析,并与鸡基因、模式动物基因组和其他动物MyoG基因进行比较。结果表明,MyoG基因偏好于G/C结尾的密码子,CDS序列中,GC含量大于AT含量。MyoG基因与鸡其他31个基因密码子偏好性相似,均偏好于G/C结尾的密码子。与其他物种基因组密码子偏好性比较结果显示,密码子偏好性与小鼠差异最小,说明小鼠可以作为MyoG基因外源表达的宿主。与其他动物MyoG基因密码子偏好性比较显示,MyoG基因在包括京海黄鸡在内的32个物种中均有较高表达,几乎所有MyoG基因编码区对GC有较强的偏好性。基于RSCU值的聚类和基于CDS区系统发育树结果显示,亲缘关系近的物种之间倾向于拥有相似的密码子偏好性。 展开更多

关键词 京海黄鸡 MYOG 密码子 偏好性 聚类分析

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京海黄鸡GnRHR基因克隆、生物信息学及组织表达分析 被引量：3

9

作者 张涛 张跟喜 +4 位作者 王金玉 樊庆灿 王文浩 韩昆鹏 王永娟 《华北农学报》 CSCD 北大核心 2014年第5期45-53,共9页

旨在根据GenBank上公布的原鸡GnRHR基因序列设计2对引物,采用RT-PCR方法,从京海黄鸡肌肉组织中克隆GnRHR基因的编码区序列,并使用多种生物软件和在线工具对目的序列进行生物信息学分析,分析GnRHR基因与其他物种的同源性、蛋白质的理化... 旨在根据GenBank上公布的原鸡GnRHR基因序列设计2对引物,采用RT-PCR方法,从京海黄鸡肌肉组织中克隆GnRHR基因的编码区序列,并使用多种生物软件和在线工具对目的序列进行生物信息学分析,分析GnRHR基因与其他物种的同源性、蛋白质的理化性质、蛋白质序列的跨膜区、亚细胞定位、亲水性、潜在的磷酸化位点、保守结构域及该基因编码蛋白的二级结构、三级结构等。同时为GnRHR基因和β-actin基因各设计1对引物,采用RT-qPCR的方法研究GnRHR基因在京海黄鸡12个组织和器官中的表达情况。最终成功克隆了京海黄鸡GnRHR基因完整的编码区序列和部分侧翼序列,Blast结果显示,京海黄鸡GnRHR基因与原鸡、番鸭、藏羚羊、野猪、马、小鼠、大鼠、家兔、绵羊、人、牛、黑猩猩和斑马鱼的同源性分别为99.7%,86.7%,55.7%,54.6%,52%,51.6%,50.8%,50%,49.9%,49.6%,49.4%,47.4%和39.3%,并成功构建系统发育树。蛋白质结构分析显示,GnRHR蛋白分子量为45.432 kDa,理论等电点为9.55,包含20种氨基酸,其中,亮氨酸含量最高,占13.8%,赖氨酸含量最低,占0.7%;不稳定系数为65.35,显示该蛋白不稳定;脂溶指数为95.54,总平均疏水指数为0.312,为非水溶性蛋白;该蛋白不属于分泌型蛋白,主要存在于胞膜上,没有信号肽结构,存在16个潜在磷酸化位点和11个糖基化位点;保守结构域分析显示存在2个低复杂度序列和7段跨膜结构,跨膜分析显示该蛋白为7次跨膜蛋白,二级结构预测结果显示,在GnRHR二级结构中,α-螺旋占29.83%,β-折叠占17.18%,无规则卷曲占52.98%,GnRHR蛋白三级结构为复杂的7次跨膜螺旋结构,且为单链蛋白。组织表达分析显示,GnRHR基因主要在垂体中高表达,表达量显著高于其他组织,在其他11个组织和器官中表达量较低。 展开更多

关键词 京海黄鸡 GnRHR 克隆 生物信息学分析 组织表达

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京海黄鸡IGFⅡ基因外显子2多态性分析及其对繁殖性能的影响 被引量：2

10

作者 李源 王金玉 +3 位作者 顾玉萍 施会强 王慧华 侯启瑞 《中国畜牧兽医》 CAS 北大核心 2010年第4期131-133,共3页

试验采用PCR-SSCP技术对京海黄鸡的IGFⅡ基因的第2外显子进行SNPs检测和基因型分析,并进一步研究了各基因型对京海黄鸡繁殖性能的影响。结果表明,该外显子的扩增产物在6707 bp处出现1个G→C突变位点,分为AA、BB、AB 3种基因型,基因型频... 试验采用PCR-SSCP技术对京海黄鸡的IGFⅡ基因的第2外显子进行SNPs检测和基因型分析,并进一步研究了各基因型对京海黄鸡繁殖性能的影响。结果表明,该外显子的扩增产物在6707 bp处出现1个G→C突变位点,分为AA、BB、AB 3种基因型,基因型频率为AA>AB>BB。经χ2检验,京海黄鸡在该区域处于Hardy-Weinberg平衡状态,3种基因型与开产日龄、300日龄体重、300日龄产蛋数、300日龄平均蛋重及642日龄产蛋数均无显著相关。 展开更多

关键词 京海黄鸡 IGFⅡ 单核苷酸多态性 繁殖性能

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ACVR1基因对京海黄鸡生长和繁殖性状的遗传效应研究 被引量：3

11

作者 王文浩 王金玉 +3 位作者 张跟喜 赵秀华 俞亚波 施会强 《中国畜牧兽医》 CAS 北大核心 2012年第7期70-73,共4页

以京海黄鸡为材料,采用PCR-SSCP和DNA测序技术对ACVR1基因外显子多态性进行研究。结果表明,ACVR1基因20190bp处发生G→A突变,检测到AA、AB和BB 3种基因型。A等位基因频率为0.9075,B等位基因频率为0.0925。基因型与生长和繁殖性状的关联... 以京海黄鸡为材料,采用PCR-SSCP和DNA测序技术对ACVR1基因外显子多态性进行研究。结果表明,ACVR1基因20190bp处发生G→A突变,检测到AA、AB和BB 3种基因型。A等位基因频率为0.9075,B等位基因频率为0.0925。基因型与生长和繁殖性状的关联性分析发现,BB基因型鸡的开产体重极显著高于AA基因型鸡(P<0.01),AA基因型鸡300日龄体重显著高于BB基因型鸡(P<0.05)。由此初步推断,ACVR1基因可能对京海黄鸡的产蛋和发育有一定的影响,A为体重的优势基因,B为产蛋的优势基因。 展开更多

关键词 京海黄鸡 ACVR1基因 多态位点

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京海黄鸡γ-干扰素水平的全基因组关联分析 被引量：2

12

作者 王文浩 张涛 +3 位作者 张跟喜 王金玉 李国辉 王永娟 《中国畜牧兽医》 CAS 北大核心 2015年第2期245-250,共6页

试验旨在寻找影响京海黄鸡γ-干扰素(IFN-γ)水平的分子标记。本研究以京海黄鸡核心群母鸡为基础,测定了血清中INF-γ的浓度,利用简化基因组测序技术进行全基因组关联分析(GWAS),检测与INF-γ浓度相关的SNPs位点。结果共检测到1个在基... 试验旨在寻找影响京海黄鸡γ-干扰素(IFN-γ)水平的分子标记。本研究以京海黄鸡核心群母鸡为基础,测定了血清中INF-γ的浓度,利用简化基因组测序技术进行全基因组关联分析(GWAS),检测与INF-γ浓度相关的SNPs位点。结果共检测到1个在基因组水平上与其潜在显著相关的SNP位点,并达到染色体显著水平。该SNP位于2号染色体上MYOM1基因内部。使用GO数据库对该基因的细胞组分、分子功能和参与的生物进程进行分析,由结果推断MYOM1基因可能为影响京海黄鸡细胞因子INF-γ水平的重要候选基因。 展开更多

关键词 简化基因组测序 京海黄鸡 INF—γ 全基因组关联分析

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京海黄鸡中HOXC10基因表达规律及其生物信息学分析 被引量：2

13

作者 张向前 董新龙 +4 位作者 凌姣姣 韩昆鹏 张涛 王金玉 王永娟 《中国畜牧兽医》 CAS 北大核心 2016年第7期1702-1708,共7页

同源异型盒基因（homeobox genes,HOX）是在酵母乃至人类等几乎所有的真核细胞中均表达的一类基因。为了探究HOXC10基因表达规律及其生物信息学,采用qRT-PCR方法研究HOXC10基因在8周龄京海黄鸡心脏、肝脏、脾脏、肺脏、肾脏、胸肌、腿... 同源异型盒基因（homeobox genes,HOX）是在酵母乃至人类等几乎所有的真核细胞中均表达的一类基因。为了探究HOXC10基因表达规律及其生物信息学,采用qRT-PCR方法研究HOXC10基因在8周龄京海黄鸡心脏、肝脏、脾脏、肺脏、肾脏、胸肌、腿肌、下丘脑和卵巢组织中的表达规律,检测其在300日龄高、低产组卵巢组织的表达差异,并通过多种在线软件对原鸡HOXC10基因进行生物信息学分析。结果显示,HOXC10基因在京海黄鸡腿肌中表达丰度极显著高于其他组织（P〈0.01）,且300日龄高产组中HOXC10基因表达丰度显著低于低产组（P〈0.05）。原鸡HOXC10基因序列与火鸡、野鸽、绿头鸭、人、小鼠、牛、猪、山羊及非洲爪蟾的同源性分别为77.4%、94.8%、98.6%、68.3%、67.9%、66.0%、59.0%、68.1%和79.4%;HOXC10基因共编码354个氨基酸,其中丝氨酸的含量最高,潜在的磷酸化位点有24个,在280~342的氨基酸序列内存在一个同源结构域,蛋白质亚细胞主要定位在细胞核中,且不包含跨膜结构。HOXC10基因在京海黄鸡生长和繁殖的基因调控网络中发挥了重要作用。 展开更多

关键词 HOXC10基因 京海黄鸡 组织表达分析 生物信息学

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京海黄鸡促性腺激素释放激素受体基因密码子特性分析 被引量：2

14

作者 张涛 王文浩 +5 位作者 张跟喜 王金玉 樊庆灿 韩昆鹏 唐莹 王永娟 《中国畜牧兽医》 CAS 北大核心 2014年第12期7-15,共9页

为了了解鸡促性腺激素释放激素受体(gonadotropin releasing hormone receptor,GnRHR)基因的密码子特性,以便于为GnRHR基因的表达选择合适的外源表达系统,本研究使用在线工具CUSP、CHIPS及CodonW软件对鸡GnRHR基因的密码子特性进行分析... 为了了解鸡促性腺激素释放激素受体(gonadotropin releasing hormone receptor,GnRHR)基因的密码子特性,以便于为GnRHR基因的表达选择合适的外源表达系统,本研究使用在线工具CUSP、CHIPS及CodonW软件对鸡GnRHR基因的密码子特性进行分析,并与鸡、模式动物基因组和其他动物GnRHR基因密码子特性进行比较。结果显示,京海黄鸡GnRHR基因的ENc值较小,具有较强的密码子偏好性,且偏好以G/C结尾的密码子,GnRHR基因CDS序列中,GC含量大于AT含量;CodonW软件计算结果表明,京海黄鸡GnRHR基因密码子中,密码子GCC、ATC、CTC、CTG、CGC、CGG、AGC、TCC和GTG(RSCU>2)偏好性较强,且均以G/C结尾。对31条鸡基因分析表明鸡偏好密码子中有12种G/C结尾的密码子。与大肠杆菌、酵母菌和小鼠基因组密码子使用频率比较显示,京海黄鸡GnRHR基因密码子偏好性与3种生物相差很大,不适合进行外源表达。与其他动物GnRHR基因密码子偏好性比较显示,禽类GnRHR基因偏好含有或以G/C结尾的密码子,而其他物种的GnRHR基因无强烈的偏好性。聚类分析结果表明,亲缘关系近的物种之间倾向于拥有相同的密码子偏好性。 展开更多

关键词 京海黄鸡 促性腺激素释放激素受体基因 密码子偏好性

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京海黄鸡连续3个世代类胰岛素样生长因子-Ⅰ外显子3的多态性研究 被引量：1

15

作者 王慧华 王金玉 +3 位作者 李源 侯启瑞 张跟喜 施会强 《中国畜牧兽医》 CAS 北大核心 2010年第5期126-129,共4页

以7、8、9世代京海黄鸡母鸡为试验材料,采用PCR-SSCP技术对IGF-Ⅰ基因外显子3多态位点进行研究,并计算基因型、基因频率、卡方值和部分遗传多态性指标。结果表明,A等位基因随着世代数的增加不断减少;3个世代之间基因型分布达到显著(P<... 以7、8、9世代京海黄鸡母鸡为试验材料,采用PCR-SSCP技术对IGF-Ⅰ基因外显子3多态位点进行研究,并计算基因型、基因频率、卡方值和部分遗传多态性指标。结果表明,A等位基因随着世代数的增加不断减少;3个世代之间基因型分布达到显著(P<0.05)或极显著(P<0.01)差异;遗传杂合度随世代数的增加而升高;该位点3个世代均为中度多态。初步推断选留的确对IGF-Ⅰ基因31位点造成了影响,该位点可应用于育种实践中。 展开更多

关键词 京海黄鸡 类胰岛素样生长因子-Ⅰ SNP位点 多态性

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京海黄鸡甲状腺激素应答蛋白Spot14α基因外显子1多态性与屠体和腹脂性状的相关性分析 被引量：1

16

作者 薛倩 王金玉 +4 位作者 张跟喜 王亚男 唐莹 魏岳 施会强 《中国畜牧兽医》 CAS 北大核心 2014年第7期169-174,共6页

本研究旨在寻找甲状腺激素应答蛋白Spot14α(thyroid hormone responsive Spot14α,THRSPα)基因的多态位点,并分析其对京海黄鸡屠体和腹脂性状产生的影响。针对THRSPα基因外显子区,利用PCR-SSCP结合测序技术对379只140日龄京海黄鸡进... 本研究旨在寻找甲状腺激素应答蛋白Spot14α(thyroid hormone responsive Spot14α,THRSPα)基因的多态位点,并分析其对京海黄鸡屠体和腹脂性状产生的影响。针对THRSPα基因外显子区,利用PCR-SSCP结合测序技术对379只140日龄京海黄鸡进行SNP检测,结果发现,该基因第1外显子区存在9bp插入缺失多态位点,形成3种基因型:AA、AB和BB,2种等位基因:A、B,基因频率分别为0.4485、0.5515。相关分析结果表明,该位点对京海黄鸡140日龄活重、屠体性状(包括屠体重、头重、脚重、翅重、胸肌重、腿肌重、全净膛重、半净膛重)和腹脂性状均没有显著影响(P>0.05)。因此推断该多态位点在京海黄鸡分子辅助标记育种中不能作为屠体和腹脂性状筛选的候选分子辅助标记。 展开更多

关键词 甲状腺激素应答蛋白Spot14a基因 外显子 多态性 京海黄鸡 屠体和腹脂性状

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肌细胞生成素基因多态性对京海黄鸡繁殖性状的遗传效应研究 被引量：1

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作者 唐莹 王金玉 +4 位作者 张跟喜 葛莹 薛倩 王亚男 王永娟 《中国畜牧兽医》 CAS 北大核心 2014年第4期170-174,共5页

本研究旨在探讨肌细胞生成素(myogenin,MyoG)基因多态性与鸡繁殖性状间的相关性。以378只京海黄鸡为研究对象,采用PCR-SSCP技术研究MyoG基因外显子的多态性。运用最小二乘法分析这些突变位点形成的基因型与京海黄鸡繁殖性状间的相关性... 本研究旨在探讨肌细胞生成素(myogenin,MyoG)基因多态性与鸡繁殖性状间的相关性。以378只京海黄鸡为研究对象,采用PCR-SSCP技术研究MyoG基因外显子的多态性。运用最小二乘法分析这些突变位点形成的基因型与京海黄鸡繁殖性状间的相关性。结果表明,MyoG基因外显子1上存在1个G102A突变,外显子3上存在1个T36C突变,分别形成基因型AA、AB、BB和CC、CD、DD。关联分析结果显示,基因型AA、AB和BB在京海黄鸡繁殖性状上无显著差异(P>0.05);基因型CC和DD在京海黄鸡开产体重上存在显著差异(P<0.05),在其余性状上各基因型差异均不显著(P>0.05)。因此,推测MyoG基因对京海黄鸡的繁殖性状无显著影响,为探索鸡育种过程中的标记辅助选择提供参考资料。 展开更多

关键词 肌细胞生成素基因 多态性 京海黄鸡 繁殖性状 相关性

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京海黄鸡腹脂重性状的全基因组关联分析 被引量：1

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作者 段炼 王文浩 +3 位作者 李婷婷 王金玉 韩昆鹏 王永娟 《中国畜牧兽医》 CAS 北大核心 2016年第5期1140-1147,共8页

试验旨在揭示京海黄鸡腹脂重性状的遗传基础,寻找可用于京海黄鸡腹脂重性状改良的分子标记。本研究以京海黄鸡核心群母鸡为研究对象,测定屠宰时的腹脂重,利用简化基因组测序技术进行全基因组关联研究(GWAS),检测与腹脂重相关的SNPs位点... 试验旨在揭示京海黄鸡腹脂重性状的遗传基础,寻找可用于京海黄鸡腹脂重性状改良的分子标记。本研究以京海黄鸡核心群母鸡为研究对象,测定屠宰时的腹脂重,利用简化基因组测序技术进行全基因组关联研究(GWAS),检测与腹脂重相关的SNPs位点。结果显示,共检测到5个在全基因组水平上与腹脂重存在潜在显著关联的SNP位点(P<1.1×10-5),并且4个处于染色体水平显著,分别为rs18144674、rs18144680、rs12246236、rs12257795。其中rs18144674、rs18144680、rs19745739位于2号染色体上一个1.6 Mb区域内,rs12246236、rs12257795位于14号染色体上1个12kb区域内。筛选这2个区域0.1Mb范围内的基因,共找到11个可能的候选基因,分别为VIM、TRDMT1、AXIN1、PDIA2、ARHGDIG、gga-mir-1763、gga-mir-1564、CLCN7、ECL1、DNASE1和SDOS基因。使用GO数据库对该基因的细胞组分、分子功能和参与的生物进程进行分析,由结果推断出这些基因可能为影响京海黄鸡腹脂重性状的候选基因。 展开更多

关键词 简化基因组测序 京海黄鸡 腹脂重 全基因组关联分析

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京海黄鸡肌细胞生成素基因的克隆和生物信息学分析

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作者 张涛 张跟喜 +6 位作者 王金玉 樊庆灿 王文浩 魏岳 陈学森 唐莹 王永娟 《中国畜牧兽医》 CAS 北大核心 2014年第8期1-8,共8页

本试验根据GenBank中公布的原鸡肌细胞生成素(myogenin,MyoG)基因序列设计1对引物,采用RT-PCR方法,从京海黄鸡肌肉组织中克隆MyoG基因的编码区序列,并使用多种生物软件和在线工具对目的序列进行生物信息学分析,分析MyoG基因与其他物种... 本试验根据GenBank中公布的原鸡肌细胞生成素(myogenin,MyoG)基因序列设计1对引物,采用RT-PCR方法,从京海黄鸡肌肉组织中克隆MyoG基因的编码区序列,并使用多种生物软件和在线工具对目的序列进行生物信息学分析,分析MyoG基因与其他物种的同源性、蛋白质的理化性质、蛋白质序列的跨膜区、亚细胞定位、亲水性、潜在的磷酸化位点、保守结构域及该基因编码蛋白的二级结构和三级结构。最终获得了包括编码区在内的长754bp的MyoG基因序列,生物信息学分析显示,京海黄鸡MyoG基因的保守性较低,与GenBank中原鸡、火鸡、鹌鹑、马、人、野猪、牛、山羊、大鼠、绵羊的同源性分别为99.7%、94.4%、92.0%、70.0%、70.0%、73.3%、69.0%、67.9%、67.8%、73.5%;氨基酸分析发现,MyoG蛋白为水溶性蛋白,分子质量为25854u,理论等电点为5.46,不属于跨膜蛋白;亚细胞定位显示,大部分蛋白位于细胞质内,不属于分泌蛋白;预测含有6个潜在的磷酸化位点,1段碱性序列,1段HLH序列,1段低复杂度序列;二级结构以无规则卷曲为主,三级结构显示MyoG蛋白的结构域呈螺旋状。 展开更多

关键词 京海黄鸡 肌细胞生成素 克隆 生物信息学分析

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京海黄鸡促性腺激素释放激素1基因克隆与原核表达研究

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作者 张涛 王金玉 +5 位作者 张跟喜 王文浩 魏岳 陈学森 唐莹 王永娟 《中国畜牧兽医》 CAS 北大核心 2014年第5期94-98,共5页

本试验根据GenBank公布的原鸡（Gallusgallus）促性腺激素释放激素1（gonadotropinreleasinghormone1，GnRH1）基因mRNA序列设计1对引物，采用RT—PCR方法，从京海黄鸡下丘脑组织克隆GnRHl基因编码区序列，对其进行生物信息学分析，并... 本试验根据GenBank公布的原鸡（Gallusgallus）促性腺激素释放激素1（gonadotropinreleasinghormone1，GnRH1）基因mRNA序列设计1对引物，采用RT—PCR方法，从京海黄鸡下丘脑组织克隆GnRHl基因编码区序列，对其进行生物信息学分析，并构建原核表达载体pET32a—GnRH1，在大肠杆菌BL21感受态细胞中表达。最终获得了包括编码区、大部分启动子区和部分3’区域在内的长度为352bp京海黄鸡GnRH1基因序列，该核酸序列与火鸡、鸽子、人、牛、野猪、山羊、绵羊、藏羚羊、马和大鼠的GnRH1基因序列同源性分别为93％、81％、54％、58％、61％、76％、76％、59％、76％和66％。酶切测序鉴定结果显示，成功构建了原核表达载体pET32aGnRH1；SDS-PAGE检测结果显示，构建的重组质粒在大肠杆菌BL21感受态细胞中成功表达，分子质量为25～28ku，且上清表达量高于沉淀；Westernblotting检测结果显示，在大肠杆菌BL21感受态细胞中表达的蛋白为目的蛋白，且主要为可溶性表达。结果表明，成功克隆了京海黄鸡GnRH1基因，构建了GnRH1原核表达体系，并成功表达目的蛋白，为后续相关研究打下了基础。 展开更多

关键词 京海黄鸡 促性腺激素释放激素1 克隆 原核表达

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