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基于能量因子的基因调控网络重构
1
作者
谭左平
徐红林
+1 位作者
王士同
堵国成
《食品与生物技术学报》
CAS
CSCD
北大核心
2010年第1期134-138,共5页
重构基因调控网络有助于探索生命系统的本质问题。线性组合模型以其形式简单和易于求解的特点被成功应用于基因网络的重构过程中。作者针对线性组合模型只考虑了基因之间的线性调控关系的缺陷,引入了能量因子的概念,从而使得模型具备了...
重构基因调控网络有助于探索生命系统的本质问题。线性组合模型以其形式简单和易于求解的特点被成功应用于基因网络的重构过程中。作者针对线性组合模型只考虑了基因之间的线性调控关系的缺陷,引入了能量因子的概念,从而使得模型具备了分析基因间的非线性调控关系的特性。将模型应用于大肠杆菌(Escherichia coli)的SOS DNA修复过程中,实验证明:该模型能较好地拟合大肠杆菌的SOS DNA修复过程,进一步提高了调控网络的构建精度。
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关键词
基因表达
能量因子
调控网络
DNA修复
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职称材料
定点突变提高克雷伯氏菌普鲁兰酶的耐酸性
被引量：
2
2
作者
牟国翠
聂尧
+2 位作者
穆晓清
徐岩
肖荣
《食品与生物技术学报》
CAS
CSCD
北大核心
2016年第12期1247-1252,共6页
通过分析Klebsiella variicola SHN-1普鲁兰酶的活性中心,并将K.variicola SHN-1普鲁兰酶与来自K.pneumoniae,Bacillus acidopullulyticus,B.naganoensis的普鲁兰酶氨基酸序列进行同源性比较,确定了H626D、R756E、H852D、R908E、I619N、...
通过分析Klebsiella variicola SHN-1普鲁兰酶的活性中心,并将K.variicola SHN-1普鲁兰酶与来自K.pneumoniae,Bacillus acidopullulyticus,B.naganoensis的普鲁兰酶氨基酸序列进行同源性比较,确定了H626D、R756E、H852D、R908E、I619N、F723Y、S850T、K851S八个突变位点,采用定点突变的方法获得了8个突变酶,经过酶学性质分析,发现H852D的最适反应pH由原来的pH 5.0降低为pH 4.7,且在pH 4.5下的稳定性得到提高。通过同源建模及结构分析发现,852位点突变为天冬氨酸后与周围的氨基酸多形成了2个氢键,因此提高了结构的稳定性,且由于活性中心p Ka值的改变,造成了普鲁兰酶最适pH发生了迁移。
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关键词
普鲁兰酶
定点突变
耐酸性
最适PH值
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职称材料
题名
基于能量因子的基因调控网络重构
1
作者
谭左平
徐红林
王士同
堵国成
机构
江南大学
信息工程学院
江南大学工业技术教育部重点实验室
出处
《食品与生物技术学报》
CAS
CSCD
北大核心
2010年第1期134-138,共5页
基金
国家863计划项目(2006AA10Z313)
国家自然科学基金项目(60704047)
+1 种基金
国家自然科学基金重大研究计划项目(9082002)
2008年江苏省普通高校研究生科研创新计划项目
文摘
重构基因调控网络有助于探索生命系统的本质问题。线性组合模型以其形式简单和易于求解的特点被成功应用于基因网络的重构过程中。作者针对线性组合模型只考虑了基因之间的线性调控关系的缺陷,引入了能量因子的概念,从而使得模型具备了分析基因间的非线性调控关系的特性。将模型应用于大肠杆菌(Escherichia coli)的SOS DNA修复过程中,实验证明:该模型能较好地拟合大肠杆菌的SOS DNA修复过程,进一步提高了调控网络的构建精度。
关键词
基因表达
能量因子
调控网络
DNA修复
Keywords
gene expression
energy factor
regulator network
DNA repair
分类号
Q78 [生物学—分子生物学]
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职称材料
题名
定点突变提高克雷伯氏菌普鲁兰酶的耐酸性
被引量：
2
2
作者
牟国翠
聂尧
穆晓清
徐岩
肖荣
机构
江南大学工业技术教育部重点实验室
食品科学与
技术
国家
重点
实验室
罗格斯
大学
高级生物
技术
与医学中心
出处
《食品与生物技术学报》
CAS
CSCD
北大核心
2016年第12期1247-1252,共6页
基金
国家自然科学基金项目(21376107、21336009)
国家863计划项目(2011CB710800)
+3 种基金
国家973计划项目(2012AA022207)
高等学校学科创新引智计划(111计划)(111-2-06)
高端外国专家项目(GDW20133200113)
江苏高校优势学科建设工程项目
文摘
通过分析Klebsiella variicola SHN-1普鲁兰酶的活性中心,并将K.variicola SHN-1普鲁兰酶与来自K.pneumoniae,Bacillus acidopullulyticus,B.naganoensis的普鲁兰酶氨基酸序列进行同源性比较,确定了H626D、R756E、H852D、R908E、I619N、F723Y、S850T、K851S八个突变位点,采用定点突变的方法获得了8个突变酶,经过酶学性质分析,发现H852D的最适反应pH由原来的pH 5.0降低为pH 4.7,且在pH 4.5下的稳定性得到提高。通过同源建模及结构分析发现,852位点突变为天冬氨酸后与周围的氨基酸多形成了2个氢键,因此提高了结构的稳定性,且由于活性中心p Ka值的改变,造成了普鲁兰酶最适pH发生了迁移。
关键词
普鲁兰酶
定点突变
耐酸性
最适PH值
Keywords
pullulanase, site-directed mutagenesis, acid resistance, optimum pH value
分类号
Q55 [生物学—生物化学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
基于能量因子的基因调控网络重构
谭左平
徐红林
王士同
堵国成
《食品与生物技术学报》
CAS
CSCD
北大核心
2010
0
在线阅读
下载PDF
职称材料
2
定点突变提高克雷伯氏菌普鲁兰酶的耐酸性
牟国翠
聂尧
穆晓清
徐岩
肖荣
《食品与生物技术学报》
CAS
CSCD
北大核心
2016
2
在线阅读
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职称材料
已选择
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参考文献
引证文献
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