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赖氨酰氧化酶LOXL2稳定性的理论计算研究
1
作者
林李锐
林凯
+3 位作者
邹海鹰
许丽艳
李恩民
东庚
《中国生物化学与分子生物学报》
CAS
CSCD
北大核心
2024年第5期685-695,共11页
赖氨酰氧化酶LOXL2是一种依赖于铜离子的胺氧化酶,催化胶原蛋白和弹性蛋白的赖氨酸残基侧链发生氧化脱氨,发挥着稳固细胞外基质的作用。而稳定性是蛋白质的一个重要特性,直接影响蛋白质的分子动态及其正常功能发挥,这与人类的健康和疾...
赖氨酰氧化酶LOXL2是一种依赖于铜离子的胺氧化酶,催化胶原蛋白和弹性蛋白的赖氨酸残基侧链发生氧化脱氨,发挥着稳固细胞外基质的作用。而稳定性是蛋白质的一个重要特性,直接影响蛋白质的分子动态及其正常功能发挥,这与人类的健康和疾病密切相关。然而,关于LOXL2的稳定性目前鲜有报道,哪些位点对其稳定性有显著影响尚不清楚。本研究采用冷冻电镜和Alphafold2的数据,建立LOXL2的全长结构,通过分子动力学模拟得到其优化构象。再通过4种方法(mCSM,PremPS,DeepDDG和FoldX),计算所有位点的稳定性属性,筛选出对稳定性有显性影响的位点(定义为关键位点)。结果表明,95个关键位点对LOXL2的稳定性具有显著影响,在5个结构域上的分布数量依次为14、13、8、11和26,而结构域间的连接肽段上也有23个关键位点。在这些关键位点中,类型及数量分别为Leu(24个)、Val(20个)、Ile(12个)、Trp(11个)、Phe(11个)、Tyr(6个)、Cys(6个)、Met(4个)和Arg(1个)。其中大部分关键位点(88个)为疏水性质,这与蛋白质折叠的主要力量为疏水作用的情况是一致的,而Cys两两成对,构成二硫键,对LOXL2的结构及功能发挥重要作用。讨论中,我们将预测结果与实验值进行比较,并用自由能微扰方法,对部分关键位点进行比较,从多方面论证此项工作的可信度。此项研究,可为靶向LOXL2的疾病治疗研究,提供重要指导。
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关键词
赖氨酰氧化酶样2
稳定性
分子动力学模拟
计算预测
吉布斯自由能
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职称材料
磷酸化或乙酰化修饰使Fascin的促癌功能翻转
被引量：
2
2
作者
李大嘉
许丽艳
+1 位作者
程银伟
李恩民
《中国生物化学与分子生物学报》
CAS
CSCD
北大核心
2024年第5期674-684,共11页
大量研究结果表明,食管鳞癌等恶性肿瘤中,Fascin异常高表达并发挥促癌功能,其与癌症患者的不良预后密切相关。近年来,包括本实验室在内,多家实验室的研究结果一致表明,磷酸化或乙酰化修饰可使Fascin的促癌功能翻转,犹如川剧中的“变脸...
大量研究结果表明,食管鳞癌等恶性肿瘤中,Fascin异常高表达并发挥促癌功能,其与癌症患者的不良预后密切相关。近年来,包括本实验室在内,多家实验室的研究结果一致表明,磷酸化或乙酰化修饰可使Fascin的促癌功能翻转,犹如川剧中的“变脸”。最近,本室进一步研究发现,Fascin的翻译后修饰明显影响Fascin小分子抑制剂的抑癌效果,提示以Fascin为靶点的抗肿瘤药物研究应该将Fascin翻译后修饰状态纳入是否适合用药的评价体系中。为此,本文在系统评述Fascin促癌功能的基础上,重点讨论了翻译后修饰对Fascin功能的调控作用,以及翻译后修饰对Fascin小分子抑制剂抑癌功效的影响;同时还对相关领域针对Fascin的未来研究趋势进行了展望。
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关键词
FASCIN
蛋白质翻译后修饰
肿瘤
微丝成束蛋白抑制剂
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职称材料
题名
赖氨酰氧化酶LOXL2稳定性的理论计算研究
1
作者
林李锐
林凯
邹海鹰
许丽艳
李恩民
东庚
机构
汕头
大学
医学
院生物化学与分子生物学教研室
汕头
大学
医学
院生物信息学教研室
汕头
大学
医学
院
医学
信息学研究中心
汕头
大学
医学
院广东省沿海高发地区分子生物学重点实验室
汕头
大学
医学
院肿瘤研究中心
汕头市医学科学院
出处
《中国生物化学与分子生物学报》
CAS
CSCD
北大核心
2024年第5期685-695,共11页
基金
国家自然科学青年基金(No.21907063,No.81472613)
李嘉诚基金会(No.LD0101,No.2020LKSFG07B)
+1 种基金
广东省普通高校创新团队项目(No.2021KCXTD005)
汕头大学医学院科研启动经费项目(No.510858063)资助。
文摘
赖氨酰氧化酶LOXL2是一种依赖于铜离子的胺氧化酶,催化胶原蛋白和弹性蛋白的赖氨酸残基侧链发生氧化脱氨,发挥着稳固细胞外基质的作用。而稳定性是蛋白质的一个重要特性,直接影响蛋白质的分子动态及其正常功能发挥,这与人类的健康和疾病密切相关。然而,关于LOXL2的稳定性目前鲜有报道,哪些位点对其稳定性有显著影响尚不清楚。本研究采用冷冻电镜和Alphafold2的数据,建立LOXL2的全长结构,通过分子动力学模拟得到其优化构象。再通过4种方法(mCSM,PremPS,DeepDDG和FoldX),计算所有位点的稳定性属性,筛选出对稳定性有显性影响的位点(定义为关键位点)。结果表明,95个关键位点对LOXL2的稳定性具有显著影响,在5个结构域上的分布数量依次为14、13、8、11和26,而结构域间的连接肽段上也有23个关键位点。在这些关键位点中,类型及数量分别为Leu(24个)、Val(20个)、Ile(12个)、Trp(11个)、Phe(11个)、Tyr(6个)、Cys(6个)、Met(4个)和Arg(1个)。其中大部分关键位点(88个)为疏水性质,这与蛋白质折叠的主要力量为疏水作用的情况是一致的,而Cys两两成对,构成二硫键,对LOXL2的结构及功能发挥重要作用。讨论中,我们将预测结果与实验值进行比较,并用自由能微扰方法,对部分关键位点进行比较,从多方面论证此项工作的可信度。此项研究,可为靶向LOXL2的疾病治疗研究,提供重要指导。
关键词
赖氨酰氧化酶样2
稳定性
分子动力学模拟
计算预测
吉布斯自由能
Keywords
lysyl oxidase-like 2(LOXL2)
stability
molecule dynamics simulation
computational prediction
Gibbs free energy
分类号
Q180 [生物学—普通生物学]
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职称材料
题名
磷酸化或乙酰化修饰使Fascin的促癌功能翻转
被引量：
2
2
作者
李大嘉
许丽艳
程银伟
李恩民
机构
汕头
大学
医学
院生物化学与分子生物学教研室
汕头
大学
医学
院肿瘤病理研究室
汕头
大学
医学
院肿瘤研究中心
汕头市医学科学院
肿瘤分子生物学研究室
出处
《中国生物化学与分子生物学报》
CAS
CSCD
北大核心
2024年第5期674-684,共11页
基金
国家自然科学基金项目(No.81872372,No.82273108,No.82173034
No.81902469)
+1 种基金
广东省教育创新团队资助项目(No.2021KCXTD005)
2020年李嘉诚基金跨学科研究资助重点项目(No.2020LKSFG07B)。
文摘
大量研究结果表明,食管鳞癌等恶性肿瘤中,Fascin异常高表达并发挥促癌功能,其与癌症患者的不良预后密切相关。近年来,包括本实验室在内,多家实验室的研究结果一致表明,磷酸化或乙酰化修饰可使Fascin的促癌功能翻转,犹如川剧中的“变脸”。最近,本室进一步研究发现,Fascin的翻译后修饰明显影响Fascin小分子抑制剂的抑癌效果,提示以Fascin为靶点的抗肿瘤药物研究应该将Fascin翻译后修饰状态纳入是否适合用药的评价体系中。为此,本文在系统评述Fascin促癌功能的基础上,重点讨论了翻译后修饰对Fascin功能的调控作用,以及翻译后修饰对Fascin小分子抑制剂抑癌功效的影响;同时还对相关领域针对Fascin的未来研究趋势进行了展望。
关键词
FASCIN
蛋白质翻译后修饰
肿瘤
微丝成束蛋白抑制剂
Keywords
Fascin
post-translational modifications(PTMs)
tumor
Fascin inhibitors
分类号
Q245 [生物学—细胞生物学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
赖氨酰氧化酶LOXL2稳定性的理论计算研究
林李锐
林凯
邹海鹰
许丽艳
李恩民
东庚
《中国生物化学与分子生物学报》
CAS
CSCD
北大核心
2024
0
在线阅读
下载PDF
职称材料
2
磷酸化或乙酰化修饰使Fascin的促癌功能翻转
李大嘉
许丽艳
程银伟
李恩民
《中国生物化学与分子生物学报》
CAS
CSCD
北大核心
2024
2
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