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鲥[鱼侯]淀不同基质附着细菌群落结构特征及PICRUSt功能预测分析
被引量：
2
1
作者
邓茹
陈曦
+2 位作者
裘丽萍
孟顺龙
陈家长
《淡水渔业》
CSCD
北大核心
2021年第2期13-22,共10页
为了解湖泊生态系统中微生物群落的组成及其在生态系统中的作用和功能,实验基于高通量测序技术分析了鲥[鱼侯]淀芦苇、棕榈片、人工水草、网片四种不同基质附着细菌的群落结构组成,并采用PICRUSt对菌群功能进行了预测分析。结果显示:鲥...
为了解湖泊生态系统中微生物群落的组成及其在生态系统中的作用和功能,实验基于高通量测序技术分析了鲥[鱼侯]淀芦苇、棕榈片、人工水草、网片四种不同基质附着细菌的群落结构组成,并采用PICRUSt对菌群功能进行了预测分析。结果显示:鲥[鱼侯]淀四种基质附着细菌群落组成丰富,共检测出38门91纲183目338科646属,优势菌门为变形菌门(Proteobacteria)、绿弯菌门(Chloroflexi)、蓝细菌门(Cyanobacteria)、拟杆菌门(Bacteroidetes)、疣微菌门(Verrucomicrobia)、放线菌门(Actinobacteria)、酸杆菌门(Acidobacteria)、浮霉菌门(planctomycetes)。通过α-多样性分析发现四种基质附着细菌多样性指数大小依次为芦苇基质>棕榈片基质>人工水草基质>网片基质,丰富度依次为棕榈片基质>芦苇基质>网片基质>人工水草基质。进行PCoA分析和聚类分析,发现棕榈片基质与芦苇基质的附着细菌群落较为相似,而网片基质与人工水草基质较为相似。采用PICRUSt进行菌群功能预测分析,表明主要的COG功能包括氨基酸运输和代谢、细胞壁/细胞膜/膜结构的生物合成、能量产生和转换、信号转导机制、无机离子转运与代谢、碳水化合物的运输和代谢等共涉及22个功能基因家族。以上结果表明,生态修复中天然芦苇的微生物多样性最优且自我净化能力最强,其次是棕榈片。
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关键词
附着细菌
生物膜
高通量测序
PICRUSt功能预测
微生物群落
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题名
鲥[鱼侯]淀不同基质附着细菌群落结构特征及PICRUSt功能预测分析
被引量：
2
1
作者
邓茹
陈曦
裘丽萍
孟顺龙
陈家长
机构
水产
科学
国家级
实验教学
示范
中心
(
上海
海洋大学
)/
农业
农村部
淡水
水产
种质
资源
重点
实验室
(
上海
海洋大学
)/
农业
农村部
鱼类
营养与
环境
生态
研究
中心
(
上海
海洋大学
)
中国
水产
科学
研究
院
淡水
渔业
研究
中心
/
农业
农村部
水产
品质量安全
环境
因子风险评估
实验室
(无锡)/中国
水产
科学
研究
院内陆渔业
生态
环境
和
资源
重点
开放
实验室
出处
《淡水渔业》
CSCD
北大核心
2021年第2期13-22,共10页
基金
国家重点研发计划“浅水湖泊生境修复技术与生态渔业模式示范”(2020YFD0900502)
农业农村部白洋淀专项“白洋淀水生生物资源环境调查及渔业生态修复示范”。
文摘
为了解湖泊生态系统中微生物群落的组成及其在生态系统中的作用和功能,实验基于高通量测序技术分析了鲥[鱼侯]淀芦苇、棕榈片、人工水草、网片四种不同基质附着细菌的群落结构组成,并采用PICRUSt对菌群功能进行了预测分析。结果显示:鲥[鱼侯]淀四种基质附着细菌群落组成丰富,共检测出38门91纲183目338科646属,优势菌门为变形菌门(Proteobacteria)、绿弯菌门(Chloroflexi)、蓝细菌门(Cyanobacteria)、拟杆菌门(Bacteroidetes)、疣微菌门(Verrucomicrobia)、放线菌门(Actinobacteria)、酸杆菌门(Acidobacteria)、浮霉菌门(planctomycetes)。通过α-多样性分析发现四种基质附着细菌多样性指数大小依次为芦苇基质>棕榈片基质>人工水草基质>网片基质,丰富度依次为棕榈片基质>芦苇基质>网片基质>人工水草基质。进行PCoA分析和聚类分析,发现棕榈片基质与芦苇基质的附着细菌群落较为相似,而网片基质与人工水草基质较为相似。采用PICRUSt进行菌群功能预测分析,表明主要的COG功能包括氨基酸运输和代谢、细胞壁/细胞膜/膜结构的生物合成、能量产生和转换、信号转导机制、无机离子转运与代谢、碳水化合物的运输和代谢等共涉及22个功能基因家族。以上结果表明,生态修复中天然芦苇的微生物多样性最优且自我净化能力最强,其次是棕榈片。
关键词
附着细菌
生物膜
高通量测序
PICRUSt功能预测
微生物群落
Keywords
adherent bacteria
biological film
high-throughput sequencing
PICRUSt function predicts
microflora
分类号
S917.1 [农业科学—水产科学]
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1
鲥[鱼侯]淀不同基质附着细菌群落结构特征及PICRUSt功能预测分析
邓茹
陈曦
裘丽萍
孟顺龙
陈家长
《淡水渔业》
CSCD
北大核心
2021
2
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