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基于GEO数据库对颅内动脉瘤形成与破裂相关基因的挖掘与分析
被引量：
3
1
作者
白晶波
张婷
+1 位作者
涂悦
刘洋
《海南医学院学报》
CAS
2019年第17期1281-1286,共6页
目的:基于GEO数据库挖掘与颅内动脉瘤(IA)形成和破裂相关的潜在基因。方法:从GEO数据库中收集IA人群研究的mRNA基因芯片共计133例。在GEO2R平台内对各组的数据做差异mRNA基因分析,筛选出共同差异基因并完成基因本体(GO)富集分析和京都...
目的:基于GEO数据库挖掘与颅内动脉瘤(IA)形成和破裂相关的潜在基因。方法:从GEO数据库中收集IA人群研究的mRNA基因芯片共计133例。在GEO2R平台内对各组的数据做差异mRNA基因分析,筛选出共同差异基因并完成基因本体(GO)富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。将筛选出的差异基因导入String在线数据库,获得差异基因所编码的蛋白质之间的相互作用。结果:筛选出共同差异基因42个,主要参与的生物学过程包括RNA聚合酶Ⅱ启动子对氧化应激反应的转录调控、趋化因子产生的正向调节、巨细胞自噬的阳性调节;主要发挥的分子功能包括蛋白质结合、RNA聚合酶Ⅱ转录辅阻遏活性、转录激活因子活性和蛋白激酶C结合;在细胞组分方面不呈现富集状态。主要覆盖的信号通路包括缺氧诱导因子-1信号通路、胰高血糖素信号通路和代谢途径信号通路。结论:初步筛选出IA的形成与破裂可能与偕胺肟还原组件1、肿瘤坏死因子-α诱导蛋白6、结合珠蛋白、肥大细胞膜表达蛋白1、ZAK、磷脂酶Cβ4以及血液和神经系统表达因子1等蛋白所介导的生物学功能过程相关,除了既往已知的IA机制外,细胞自噬和HIF-1通路可能也参与了IA的形成。
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关键词
颅内动脉瘤
数据挖掘
基因
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职称材料
题名
基于GEO数据库对颅内动脉瘤形成与破裂相关基因的挖掘与分析
被引量：
3
1
作者
白晶波
张婷
涂悦
刘洋
机构
武警特色医学中心麻醉手术二科
武警
后勤学院研究生大队
武警
特色
医学
中心
脑
科
中心
上海市闵行区
中心
医院神经内
科
出处
《海南医学院学报》
CAS
2019年第17期1281-1286,共6页
基金
国家自然科学基金(31200809)
上海市虹口区卫计委项目(虹卫1802-06)
同济大学"中央高校基本科研业务费专项资金"项目(22120180282)~~
文摘
目的:基于GEO数据库挖掘与颅内动脉瘤(IA)形成和破裂相关的潜在基因。方法:从GEO数据库中收集IA人群研究的mRNA基因芯片共计133例。在GEO2R平台内对各组的数据做差异mRNA基因分析,筛选出共同差异基因并完成基因本体(GO)富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。将筛选出的差异基因导入String在线数据库,获得差异基因所编码的蛋白质之间的相互作用。结果:筛选出共同差异基因42个,主要参与的生物学过程包括RNA聚合酶Ⅱ启动子对氧化应激反应的转录调控、趋化因子产生的正向调节、巨细胞自噬的阳性调节;主要发挥的分子功能包括蛋白质结合、RNA聚合酶Ⅱ转录辅阻遏活性、转录激活因子活性和蛋白激酶C结合;在细胞组分方面不呈现富集状态。主要覆盖的信号通路包括缺氧诱导因子-1信号通路、胰高血糖素信号通路和代谢途径信号通路。结论:初步筛选出IA的形成与破裂可能与偕胺肟还原组件1、肿瘤坏死因子-α诱导蛋白6、结合珠蛋白、肥大细胞膜表达蛋白1、ZAK、磷脂酶Cβ4以及血液和神经系统表达因子1等蛋白所介导的生物学功能过程相关,除了既往已知的IA机制外,细胞自噬和HIF-1通路可能也参与了IA的形成。
关键词
颅内动脉瘤
数据挖掘
基因
Keywords
Intracranial aneurysm
Data mining
Gene
分类号
R743 [医药卫生—神经病学与精神病学]
TP311.13 [自动化与计算机技术—计算机软件与理论]
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出处
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被引量
操作
1
基于GEO数据库对颅内动脉瘤形成与破裂相关基因的挖掘与分析
白晶波
张婷
涂悦
刘洋
《海南医学院学报》
CAS
2019
3
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