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基于分子对接技术研究漆酶与介质间的结合模式与相互作用机制 被引量:4
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作者 陶国翔 李爱秀 +2 位作者 封加栋 张敏 战丽 《化学与生物工程》 CAS 2016年第12期42-47,共6页
为深入研究漆酶-介质体系中漆酶与介质间的相互作用,基于分子对接技术计算模拟了变色栓菌漆酶与5种典型介质之间的结合模式,并在分子水平阐明了漆酶与介质的相互作用机制。结果表明,漆酶活性位点的Leu164、Asn264、Phe265、Gly392、Ala... 为深入研究漆酶-介质体系中漆酶与介质间的相互作用,基于分子对接技术计算模拟了变色栓菌漆酶与5种典型介质之间的结合模式,并在分子水平阐明了漆酶与介质的相互作用机制。结果表明,漆酶活性位点的Leu164、Asn264、Phe265、Gly392、Ala393、Ile455等氨基酸残基与介质发生疏水作用,Asp206与介质中的羟基发生氢键作用;漆酶与介质作用时His458远离了T1Cu,对漆酶氧化电势的提高具有较大贡献。为漆酶与介质结构的进一步改造以及从天然资源中挖掘新介质提供了理论指导。 展开更多
关键词 漆酶 介质 漆酶-介质体系 分子对接 结合模式 相互作用机制
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木质素降解产物用于漆酶-介质体系的结构理论研究 被引量:3
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作者 陶国翔 李爱秀 +2 位作者 刘子泉 张敏 罗力 《化学与生物工程》 CAS 2017年第4期28-33,共6页
为从天然产物中寻找廉价、低毒、高效的漆酶新介质,利用分子模型和分子对接技术在分子水平研究木质素降解产物在漆酶-介质体系中与漆酶活性位点的结合模式与反应能力,以探明其结构特征。结果表明,10种木质素降解产物小分子介质酚羟基邻... 为从天然产物中寻找廉价、低毒、高效的漆酶新介质,利用分子模型和分子对接技术在分子水平研究木质素降解产物在漆酶-介质体系中与漆酶活性位点的结合模式与反应能力,以探明其结构特征。结果表明,10种木质素降解产物小分子介质酚羟基邻位取代基可保持与漆酶作用过程中介质构象的稳定,邻位取代基的给电子能力可增强介质自由基中间体的稳定性,介质酚羟基对位取代基的吸电子性有利于加强与Phe265间的π-π堆积作用,但对位取代基吸电子性过强反而不利于提高介质反应活性及苯氧自由基稳定性。该研究为新介质的发现及介质结构的改造与修饰奠定了理论基础与研究方向。 展开更多
关键词 木质素降解产物 漆酶 介质 漆酶-介质体系 分子对接 结构特征
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漆酶与ABTS间的结合模式与作用机制研究 被引量:4
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作者 陶国翔 李爱秀 +1 位作者 张敏 刘子泉 《化学与生物工程》 CAS 2017年第11期23-26,共4页
选择常见的电子转移介质2,2′-连氮基-双(3-乙基-苯并二氢噻唑啉-6-磺酸)(ABTS)为研究对象,通过探究漆酶与ABTS之间的结合模式,在分子水平上揭示两者的相互作用机制,为发掘漆酶新介质、拓宽漆酶应用范围奠定理论基础。首先,基于分子对... 选择常见的电子转移介质2,2′-连氮基-双(3-乙基-苯并二氢噻唑啉-6-磺酸)(ABTS)为研究对象,通过探究漆酶与ABTS之间的结合模式,在分子水平上揭示两者的相互作用机制,为发掘漆酶新介质、拓宽漆酶应用范围奠定理论基础。首先,基于分子对接建立变色栓菌漆酶-ABTS复合物模型;然后,与枯草芽孢杆菌漆酶-ABTS复合物晶体结构进行对比,综合两复合物结合特点,在分子水平上阐明漆酶与ABTS间的作用机制。结果表明,ABTS结构中的富电子基团深入活性位点,且靠近电子接收位点组氨酸;漆酶活性位点内多个中性氨基酸与ABTS发生疏水作用,稳定结合构象;最终在漆酶作用下ABTS生成阳离子中间体发挥介导作用。 展开更多
关键词 漆酶 ABTS 漆酶-ABTS体系 分子对接 作用机制
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4-氨基-1-羟基-2-氧-1,8-萘啶-3-甲酰胺类化合物抑制HIV整合酶链转移活性的主要微观结构因素探究
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作者 康家雄 李爱秀 +1 位作者 靳玉瑞 肖泽云 《化学与生物工程》 CAS 2023年第6期16-21,34,共7页
以25个4-氨基-1-羟基-2-氧-1,8-萘啶-3-甲酰胺类化合物为研究对象,利用遗传函数逼近法(GFA)构建了10个二维定量构效关系(2D-QSAR)模型,从中选取最优模型并检验其预测可靠性,并分析4-氨基-1-羟基-2-氧-1,8-萘啶-3-甲酰胺类化合物抑制HIV... 以25个4-氨基-1-羟基-2-氧-1,8-萘啶-3-甲酰胺类化合物为研究对象,利用遗传函数逼近法(GFA)构建了10个二维定量构效关系(2D-QSAR)模型,从中选取最优模型并检验其预测可靠性,并分析4-氨基-1-羟基-2-氧-1,8-萘啶-3-甲酰胺类化合物抑制HIV整合酶链转移活性的主要微观结构因素。结果表明,最优2D-QSAR模型的R^(2)=0.7776、Q^(2)=0.6421、r^(2)=0.87、(r^(2)-r′02)/r^(2)=0.01、k′=0.97、r^(2)_(m)=0.58,具有较高的稳定性和外部预测能力;热力学描述符AlogP、电拓扑状态描述符ES_Sum_sssN、ES_Sum_ssCH 2和空间描述符Shadow_nu是影响4-氨基-1-羟基-2-氧-1,8-萘啶-3-甲酰胺类化合物抑制HIV整合酶链转移活性的主要微观结构因素,其中Shadow_nu是最重要的微观结构因素。 展开更多
关键词 4-氨基-1-羟基-2-氧-1 8-萘啶-3-甲酰胺 整合酶链转移 抑制剂 遗传函数逼近法 二维定量构效关系
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