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基于核基因LEAFY的中国珍稀濒危植物中华水韭的遗传多样性分析 被引量:3
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作者 黄钰倩 李想 +2 位作者 周亚东 李小燕 刘星 《植物科学学报》 CAS CSCD 北大核心 2017年第1期73-78,共6页
利用核基因LEAFY第二个内含子片段对中国现存中华水韭(Isoetes sinensis Palmer)的遗传多样性进行分析,探讨了中华水韭自然居群的遗传多样性结构及其形成机制。结果显示:现存中华水韭7个自然居群共105个样本中存在78个单倍型,单倍型多样... 利用核基因LEAFY第二个内含子片段对中国现存中华水韭(Isoetes sinensis Palmer)的遗传多样性进行分析,探讨了中华水韭自然居群的遗传多样性结构及其形成机制。结果显示:现存中华水韭7个自然居群共105个样本中存在78个单倍型,单倍型多样性(H_d)为0.989,核苷酸多样性(π)为0.021,遗传差异主要存在于居群内(72%),且存在较高的基因流(N_m=0.59)。同时,居群遗传学分析结果发现中华水韭居群不存在明显的谱系地理格局(G_(ST)>N_(ST));Mantel检验中Rxy值为-0.286,P(rxy-rand≥rxy-data)值为0.370,表明居群遗传距离和地理距离之间没有明显相关性;UPGMA聚类分析显示处于海拔较高位置的2个居群与其它5个居群遗传关系较远;中性检验(Taijima's D、Fu&Li's D*和F*)检测结果均为负值,基于稳定模型的失配分布检测显示为多峰。根据中华水韭居群的地理位置,推测中华水韭的遗传结构可能与水系、海拔分布及其杂交后代多倍化的物种形成过程相关。 展开更多
关键词 中华水韭 LEAFY基因 遗传多样性
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黑藻cpDNA分子标记的筛选及其遗传多样性的初步研究 被引量:3
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作者 付春霖 戴小康 +1 位作者 李小燕 刘星 《植物科学学报》 CAS CSCD 北大核心 2017年第1期87-92,共6页
本研究从18个叶绿体DNA(cpDNA)分子标记中筛选出3个有效分子标记trnL-trnF、trnH-psb A和RPL16,利用它们对中国黑藻(Hydrilla verticillata(L.f.)Royle)8个居群进行了遗传多样性研究。结果显示,黑藻8个居群40个样本共有12个单倍型,总变... 本研究从18个叶绿体DNA(cpDNA)分子标记中筛选出3个有效分子标记trnL-trnF、trnH-psb A和RPL16,利用它们对中国黑藻(Hydrilla verticillata(L.f.)Royle)8个居群进行了遗传多样性研究。结果显示,黑藻8个居群40个样本共有12个单倍型,总变异位点数为135个;单倍型多样性指数为0.9064,遗传多样性主要存在于居群间(89.6%)。其中单倍型Hap4同时存在于地理距离相隔较远的陕西汉中(SXHZ)和浙江余姚(YY)居群中。研究结果表明黑藻可以通过无性繁殖的方式快速完成居群扩张,同时,地理隔离和生境差异可能导致居群间基因流较低,奠基者效应和遗传漂变可能对黑藻的遗传结构产生重要影响。 展开更多
关键词 黑藻 叶绿体DNA分子标记 遗传多样性
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中国穗状狐尾藻遗传多样性的初步分析 被引量:2
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作者 吕天锋 蒿飞 +1 位作者 熊争 刘星 《植物科学学报》 CAS CSCD 北大核心 2016年第1期109-116,共8页
利用叶绿体DNA三个片段(trnK-matK、trnL-trnF、rpl32-trnL)对中国大陆广布的水生植物穗状狐尾藻(Myriophyllum spicatum L.)的遗传多样性进行了初步分析,以探讨其自然居群的遗传结构及具有广泛分布格局的可能机制。AMOVA分析显示,穗状... 利用叶绿体DNA三个片段(trnK-matK、trnL-trnF、rpl32-trnL)对中国大陆广布的水生植物穗状狐尾藻(Myriophyllum spicatum L.)的遗传多样性进行了初步分析,以探讨其自然居群的遗传结构及具有广泛分布格局的可能机制。AMOVA分析显示,穗状狐尾藻8个居群间的遗传变异为84.97%,而居群内的遗传变异为15.03%,居群遗传分化系数(Fst)为0.85,表明穗状狐尾藻具有较高的遗传多样性(Hd=0.83)且主要存在于居群间,奠基者效应可能导致了最初的遗传差异,而隔离障碍(Nm=0.09)又进一步导致了居群间的遗传分化。基于17个单倍型构建的系统发育树和网络关系图均显示,单倍型H5和H6在居群中的分布范围最广且出现频率最高,表明H5和H6可能为最古老的祖先单倍型。Mantel检验表明居群间的遗传距离与地理距离之间不存在显著的相关性,失配分布检测结果显示穗状狐尾藻在历史上曾发生过扩张事件,而Tajima’s、Fu&Li’s D*和F*检测发现,该物种不存在明显的谱系地理格局,这可能与穗状狐尾藻种子的长距离扩散有关。 展开更多
关键词 穗状狐尾藻 叶绿体DNA片段 遗传多样性
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基于核基因和叶绿体基因的台湾水韭遗传多样性和遗传结构的分析
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作者 李想 周亚东 +2 位作者 黄钰倩 李小燕 刘星 《植物科学学报》 CAS CSCD 北大核心 2017年第6期851-855,共5页
利用核基因和叶绿体基因对台湾水韭(Isoetes taiwanensis Devol)2个居群20个样本的遗传多样性和遗传结构进行了分析,并对台湾水韭的保育提出了建议。核基因的检测结果显示,2个居群共存在18个单倍型,单倍型多样性为0.9842,核苷酸多样性为... 利用核基因和叶绿体基因对台湾水韭(Isoetes taiwanensis Devol)2个居群20个样本的遗传多样性和遗传结构进行了分析,并对台湾水韭的保育提出了建议。核基因的检测结果显示,2个居群共存在18个单倍型,单倍型多样性为0.9842,核苷酸多样性为0.00215,居群间基因流N_m为4.26,居群间分化系数G_(st)值为0.05543;叶绿体DNA的检测结果显示,单倍型数目为6,单倍型多样性为0.6211,核苷酸多样性为0.00326。其中台北居群的单倍型多样性和核苷酸多样性均比金门居群高。核基因和叶绿体基因的AMOVA分析显示,居群内的遗传差异远高于居群间。台湾水韭的核苷酸多样性相对其他水韭属植物较低,可能与台湾水韭的染色体倍型以及狭域分布有关。居群结构的形成可能和基因流以及奠基者效应有关。宜采用原地和迁地保护的方法对居群进行保护。 展开更多
关键词 台湾水韭 遗传多样性 遗传结构
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香格里拉水韭磷酸烯醇式丙酮酸羧化酶基因(PEPC)的克隆及其表达载体构建
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作者 鲁维维 刘星 《植物科学学报》 CAS CSCD 北大核心 2020年第6期812-819,共8页
以中国特有植物香格里拉水韭(Isoetes shangrilaensis X.Liu)为材料,通过转录组测序数据分析筛选出磷酸烯醇式丙酮酸羧化酶基因(IsPEPC),根据该基因序列,从香格里拉水韭cDNA中克隆获得磷酸烯醇式丙酮酸羧化酶(PEPCase)的编码基因IsPEPC... 以中国特有植物香格里拉水韭(Isoetes shangrilaensis X.Liu)为材料,通过转录组测序数据分析筛选出磷酸烯醇式丙酮酸羧化酶基因(IsPEPC),根据该基因序列,从香格里拉水韭cDNA中克隆获得磷酸烯醇式丙酮酸羧化酶(PEPCase)的编码基因IsPEPC,并将此基因插入pCAMBIA-2300-N-eGFP及pMD质粒载体上,再采用农杆菌介导的花序浸染法将2个重组载体分开转入野生型拟南芥(Arabidopsis thaliana(L.)Heynh.)中。结果显示:IsPEPC基因蛋白编码序列长度为2928 bp,编码975个氨基酸;同源性检索分析结果表明,该蛋白与其近源物种江南卷柏(Selaginella moellendorffii Hieron.)的PEPC基因蛋白序列同源性为79.8%。对转基因的T1代拟南芥通过抗性筛选并在gDNA水平上阳性鉴定,初步鉴定得到pC2300-N-eGFP-IsPEPC转基因株系26个和pMD-IsPEPC转基因株系32个。 展开更多
关键词 香格里拉水韭 CAM代谢 磷酸烯醇式丙酮酸羧化酶基因 拟南芥 载体构建 遗传转化
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基于RNA-seq探究东方水韭对高原环境潜在的适应性
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作者 邵静静 刘泰龙 +1 位作者 张文才 刘星 《植物科学学报》 CAS 北大核心 2023年第1期70-78,共9页
本研究以移栽到不同海拔地区的东方水韭(Isoetes orientalis Liu Hong)为材料,利用转录组测序技术分析基因表达情况,探究其在不同海拔条件下水生和陆生环境中的适应机制。结果显示,与低海拔相比,移栽到高海拔的植株中存在较多的差异表... 本研究以移栽到不同海拔地区的东方水韭(Isoetes orientalis Liu Hong)为材料,利用转录组测序技术分析基因表达情况,探究其在不同海拔条件下水生和陆生环境中的适应机制。结果显示,与低海拔相比,移栽到高海拔的植株中存在较多的差异表达基因,显著富集在磷酸肌醇代谢、光合作用、天线蛋白、黄酮类化合物和苯丙素生物合成的通路中,特别是移栽到西藏的植株中存在许多特异性表达的基因,这些基因大多注释为核糖体蛋白、DNA损伤修复酶和不饱和脂肪酸生物合成相关的酶。而这种基因表达模式可能与植物适应高海拔、低氧强辐射、温度变化剧烈的环境相关。研究结果也表明,长期生长在低海拔的东方水韭可以在高海拔环境中生存,而且基因表达模式方面存在一定规律。 展开更多
关键词 东方水韭 转录组 海拔梯度 环境压力 适应性
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