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基于16S核糖体RNA高通量测序前瞻性分析50岁及以上重度烧伤患者早期肠道菌群变化
1
作者
秦浩
谢卫国
+2 位作者
陈小红
刘蒙
田霞
《南京医科大学学报(自然科学版)》
北大核心
2025年第4期523-534,共12页
目的:借助16S核糖体RNA(16S ribosomal RNA,16S rRNA)高通量测序分析50岁及以上重度烧伤患者早期肠道菌群变化,为50岁及以上重度烧伤患者应用肠道菌群干预策略提供依据。方法:按照入排标准纳入13例重度烧伤患者(Burn组)和同期12例健康...
目的:借助16S核糖体RNA(16S ribosomal RNA,16S rRNA)高通量测序分析50岁及以上重度烧伤患者早期肠道菌群变化,为50岁及以上重度烧伤患者应用肠道菌群干预策略提供依据。方法:按照入排标准纳入13例重度烧伤患者(Burn组)和同期12例健康志愿者(Control组)。收集两组临床资料及粪便样本,并对样本进行16S rRNA V4区基因测序,分析各类菌属的相对丰度;用Rarefy方法进行操作分类单元(operational taxonomic unit,OTU)划分,使用Z-score对差异菌群进行标准化,构建差异菌群热图,通过QIIME软件分析粪便菌群OTU数目及多样性指数;利用线性判别分析效应大小(linear discriminant analysis effect size,LEfSe)解析优势菌群;通过PICRUSt2软件预测菌群功能丰度;使用R语言中的igraph包对试验样本属水平差异菌行相关性可视化分析。结果:重度烧伤患者早期肠道菌群以厚壁菌门(Firmicutes)、拟杆菌门(Bacteroidota)为主。23种菌属在两组间的差异有统计学意义(P<0.05)。差异菌群热图可见Control组的菌群丰度略优于Burn组。LEfSe分析表明,与Control组相比,Burn组的肠道菌群物种数目在1个门、2个纲、6个目、6个科和10个属中显著增加,两组差异微生物分布分支图提示Burn组以芽孢杆菌纲为主要区别标志菌群,Control组以梭菌纲为主要标志菌群。京都基因和基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)功能预测分析提示两组间差异无统计学意义(P>0.05)。联合网络可视化分析发现厚壁菌门影响最大,在可检测到的菌属中共有136对菌属彼此间具有一定的正相关或负相关性(|r|>0.3,P<0.05),以协同作用为主。结论:50岁及以上重度烧伤患者早期肠道菌群与健康同龄人存在显著差异,有益菌种类及丰度减少,厌氧菌比例显著升高,不同菌群间存在一定的协同及拮抗作用。
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关键词
烧伤
肠道菌群
菌群多样性
高通量核苷酸测序
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职称材料
题名
基于16S核糖体RNA高通量测序前瞻性分析50岁及以上重度烧伤患者早期肠道菌群变化
1
作者
秦浩
谢卫国
陈小红
刘蒙
田霞
机构
武汉
科技
大学
医学部医学院
武汉大学同仁医院暨武汉市第三医院消化内科
武汉大学
同仁医院
暨
武汉市
第三
医院
烧伤科
出处
《南京医科大学学报(自然科学版)》
北大核心
2025年第4期523-534,共12页
基金
国家自然科学基金(82100559)
湖北省自然科学基金(2019CFB749)。
文摘
目的:借助16S核糖体RNA(16S ribosomal RNA,16S rRNA)高通量测序分析50岁及以上重度烧伤患者早期肠道菌群变化,为50岁及以上重度烧伤患者应用肠道菌群干预策略提供依据。方法:按照入排标准纳入13例重度烧伤患者(Burn组)和同期12例健康志愿者(Control组)。收集两组临床资料及粪便样本,并对样本进行16S rRNA V4区基因测序,分析各类菌属的相对丰度;用Rarefy方法进行操作分类单元(operational taxonomic unit,OTU)划分,使用Z-score对差异菌群进行标准化,构建差异菌群热图,通过QIIME软件分析粪便菌群OTU数目及多样性指数;利用线性判别分析效应大小(linear discriminant analysis effect size,LEfSe)解析优势菌群;通过PICRUSt2软件预测菌群功能丰度;使用R语言中的igraph包对试验样本属水平差异菌行相关性可视化分析。结果:重度烧伤患者早期肠道菌群以厚壁菌门(Firmicutes)、拟杆菌门(Bacteroidota)为主。23种菌属在两组间的差异有统计学意义(P<0.05)。差异菌群热图可见Control组的菌群丰度略优于Burn组。LEfSe分析表明,与Control组相比,Burn组的肠道菌群物种数目在1个门、2个纲、6个目、6个科和10个属中显著增加,两组差异微生物分布分支图提示Burn组以芽孢杆菌纲为主要区别标志菌群,Control组以梭菌纲为主要标志菌群。京都基因和基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)功能预测分析提示两组间差异无统计学意义(P>0.05)。联合网络可视化分析发现厚壁菌门影响最大,在可检测到的菌属中共有136对菌属彼此间具有一定的正相关或负相关性(|r|>0.3,P<0.05),以协同作用为主。结论:50岁及以上重度烧伤患者早期肠道菌群与健康同龄人存在显著差异,有益菌种类及丰度减少,厌氧菌比例显著升高,不同菌群间存在一定的协同及拮抗作用。
关键词
烧伤
肠道菌群
菌群多样性
高通量核苷酸测序
Keywords
burn
intestinal microbiota
microbial diversity
high-throughput nucleotide sequencing
分类号
R372 [医药卫生—病原生物学]
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作者
出处
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被引量
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1
基于16S核糖体RNA高通量测序前瞻性分析50岁及以上重度烧伤患者早期肠道菌群变化
秦浩
谢卫国
陈小红
刘蒙
田霞
《南京医科大学学报(自然科学版)》
北大核心
2025
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