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陆地棉TRM基因家族的鉴定及纤维品质相关优异单倍型分析
1
作者
王凯迪
高晨旭
+7 位作者
裴文锋
杨书贤
张文庆
宋吉坤
马建江
王莉
于霁雯
陈全家
《新疆农业科学》
CAS
CSCD
北大核心
2024年第3期521-536,共16页
【目的】鉴定陆地棉TRM基因家族序列及理化性质,分析与棉纤维品质相关的优异单倍型基因差异。【方法】利用生物信息学分析陆地棉TRM基因家族进化关系、理化性质和聚类表达;利用基因单倍型效应分析筛选调控纤维品质性状(纤维长度、比强...
【目的】鉴定陆地棉TRM基因家族序列及理化性质,分析与棉纤维品质相关的优异单倍型基因差异。【方法】利用生物信息学分析陆地棉TRM基因家族进化关系、理化性质和聚类表达;利用基因单倍型效应分析筛选调控纤维品质性状(纤维长度、比强度、马克隆值)的候选基因。【结果】陆地棉TRM基因家族编码的氨基酸为376~1093,等电点为4.64~9.56。亚细胞定位预测发现多达60个陆地棉TRM基因家族定位于细胞核中。TRM基因家族含有较多的光响应、激素响应、胁迫响应和生长发育相关的元件。60个TRM基因家族在纤维发育时期优势表达,调控棉花纤维发育。每个基因的单倍型个数为1~8,并筛选到纤维长度、强度以及马克隆值相关的优异单倍型TRM基因分别有14、18和15个,其中有11个基因同时具有长度、强度、马克隆值3种改良纤维品质的优异单倍型。GH_D09G0775的Hap_4单倍型和GH_D03G1434的Hap_3单倍型在增加纤维长度、强度的同时降低了马克隆值。【结论】在陆地棉(Gossypium hirsutum L.)中鉴定出75个TRM基因家族成员分布在24条染色体上,系统进化将其分为ClusterⅠ~Ⅲ3个亚族。
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关键词
陆地棉
基因家族
基因表达
纤维品质
单倍型
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职称材料
题名
陆地棉TRM基因家族的鉴定及纤维品质相关优异单倍型分析
1
作者
王凯迪
高晨旭
裴文锋
杨书贤
张文庆
宋吉坤
马建江
王莉
于霁雯
陈全家
机构
新疆
农业
大学农
学院
/教育部
棉花
工程
研究
中心
棉花生物育种及产业技术国家工程中心/中国农业科学院棉花研究所
出处
《新疆农业科学》
CAS
CSCD
北大核心
2024年第3期521-536,共16页
基金
河南省农业良种联合攻关项目(2022010301)
新疆维吾尔自治区自然科学基金项目(2021D01B113)
中央级公益性科研院所基本科研业务费专项(1610162022013)。
文摘
【目的】鉴定陆地棉TRM基因家族序列及理化性质,分析与棉纤维品质相关的优异单倍型基因差异。【方法】利用生物信息学分析陆地棉TRM基因家族进化关系、理化性质和聚类表达;利用基因单倍型效应分析筛选调控纤维品质性状(纤维长度、比强度、马克隆值)的候选基因。【结果】陆地棉TRM基因家族编码的氨基酸为376~1093,等电点为4.64~9.56。亚细胞定位预测发现多达60个陆地棉TRM基因家族定位于细胞核中。TRM基因家族含有较多的光响应、激素响应、胁迫响应和生长发育相关的元件。60个TRM基因家族在纤维发育时期优势表达,调控棉花纤维发育。每个基因的单倍型个数为1~8,并筛选到纤维长度、强度以及马克隆值相关的优异单倍型TRM基因分别有14、18和15个,其中有11个基因同时具有长度、强度、马克隆值3种改良纤维品质的优异单倍型。GH_D09G0775的Hap_4单倍型和GH_D03G1434的Hap_3单倍型在增加纤维长度、强度的同时降低了马克隆值。【结论】在陆地棉(Gossypium hirsutum L.)中鉴定出75个TRM基因家族成员分布在24条染色体上,系统进化将其分为ClusterⅠ~Ⅲ3个亚族。
关键词
陆地棉
基因家族
基因表达
纤维品质
单倍型
Keywords
Gossypium hirsutum L.
gene family
gene expression
fiber quality
haploidgenotype
分类号
S562 [农业科学—作物学]
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题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
陆地棉TRM基因家族的鉴定及纤维品质相关优异单倍型分析
王凯迪
高晨旭
裴文锋
杨书贤
张文庆
宋吉坤
马建江
王莉
于霁雯
陈全家
《新疆农业科学》
CAS
CSCD
北大核心
2024
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