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基于囊性纤维化疾病分子特征及其作用机制的生物信息学分析
1
作者
王小燕
张秋月
+1 位作者
胡雨洁
莫之婧
《吉林大学学报（医学版）》
CAS
CSCD
北大核心
2022年第5期1290-1297,共8页
目的:筛选囊性纤维化(CF)特异性相关基因,预测其靶基因,并探讨其作用机制。方方法法:从基因表达汇编(GEO)数据库获取CF样本和正常对照样本的高通量芯片数据集GSE71799、GSE24206、GSE98925和GSE69764,并分为CF组和对照组。采用R软件limm...
目的:筛选囊性纤维化(CF)特异性相关基因,预测其靶基因,并探讨其作用机制。方方法法:从基因表达汇编(GEO)数据库获取CF样本和正常对照样本的高通量芯片数据集GSE71799、GSE24206、GSE98925和GSE69764,并分为CF组和对照组。采用R软件limma包筛选CF组和对照组差异表达基因(DEGs),使用基因本体(GO)功能注释和京都基因与基因组百科全书(KEGG)对DEGs进行功能和通路富集分析,使用基因集富集分析(GSEA)获取DEGs显著富集的基因集,采用STRING数据库建立蛋白-蛋白互作(PPI)网络,采用Cytoscape软件可视化并筛选hub基因。结果:GEO数据库获取并筛选共429个DEGs (|log2 (FC)|>1, P<0.05), CF组中显著高表达DEGs 105个,对照组中显著高表达DEGs 324个。GO富集分析,DEGs主要富集于中性粒细胞介导的免疫、趋化因子活动和细胞黏附分子结合等方面;KEGG通路分析,DEGs主要富集于白细胞介素17 (IL-17)信号通路(P<0.05)。GSEA分析,DEGs主要富集于信号通路翻译、核糖体RNA(rRNA)处理和线粒体翻译等相关基因集。STRING数据库和Cytoscape软件分析共筛选出基质金属蛋白酶9 (MMP9)、C-X-C基序趋化因子配体2 (CXCL2)、C-X-C基序趋化因子配体3 (CXCL3)等35个hub基因,其中CXCL2和CXCL3 hub基因与DNA甲基化有关联。结论:hub基因可能是CF中调节中性粒细胞免疫的关键基因,通过中性粒细胞介导的免疫和与免疫密切相关的IL-17信号通路相关基因失调可促进CF发生发展,CXCL2和CXCL3基因可能成为CF的DNA甲基化治疗的生物标志物。
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关键词
囊性纤维化
生物信息学
差异表达基因
hub基因
分子机制
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职称材料
EB病毒微小RNA在鼻咽癌中的表达及意义
被引量：
2
2
作者
熊伟明
范才文
+5 位作者
黄辉
王建红
李璐
向秋
田晶
雷迅
《广西师范大学学报（自然科学版）》
CAS
北大核心
2015年第1期134-138,共5页
采用实时荧光定量PCR分析EB病毒微小RNA(ebv-miR)ebv-miR-BART19-5p和ebv-miRBART21-3p在鼻咽癌和鼻咽炎症组织中的表达,以便探明其表达在EB病毒(EBV)致鼻咽癌中的内在联系和意义。结果表明,鼻咽癌组织中ebv-miR-BART19-5p和ebv-miR-BAR...
采用实时荧光定量PCR分析EB病毒微小RNA(ebv-miR)ebv-miR-BART19-5p和ebv-miRBART21-3p在鼻咽癌和鼻咽炎症组织中的表达,以便探明其表达在EB病毒(EBV)致鼻咽癌中的内在联系和意义。结果表明,鼻咽癌组织中ebv-miR-BART19-5p和ebv-miR-BART21-3p的表达水平明显高于鼻咽黏膜炎症组织。EBV可能通过ebv-miR-BART19-5p和ebv-miR-BART21-3p的表达上调介导鼻咽组织癌变,它们可能是鼻咽癌治疗的分子靶点和鼻咽癌诊断的分子标志物。
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关键词
鼻咽癌
诊断标志物
EB病毒微小RNA
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职称材料
题名
基于囊性纤维化疾病分子特征及其作用机制的生物信息学分析
1
作者
王小燕
张秋月
胡雨洁
莫之婧
机构
桂林
医学院
生物技术
学院
实验教学中心
桂林医学院生物技术学院生物化学与分子生物学教研室
出处
《吉林大学学报（医学版）》
CAS
CSCD
北大核心
2022年第5期1290-1297,共8页
基金
国家自然科学基金项目(32060159)
广西壮族自治区科技厅自然科学基金项目(2019JJA140462)
广西壮族自治区教育厅大学生创新创业训练计划项目(202110601033)。
文摘
目的:筛选囊性纤维化(CF)特异性相关基因,预测其靶基因,并探讨其作用机制。方方法法:从基因表达汇编(GEO)数据库获取CF样本和正常对照样本的高通量芯片数据集GSE71799、GSE24206、GSE98925和GSE69764,并分为CF组和对照组。采用R软件limma包筛选CF组和对照组差异表达基因(DEGs),使用基因本体(GO)功能注释和京都基因与基因组百科全书(KEGG)对DEGs进行功能和通路富集分析,使用基因集富集分析(GSEA)获取DEGs显著富集的基因集,采用STRING数据库建立蛋白-蛋白互作(PPI)网络,采用Cytoscape软件可视化并筛选hub基因。结果:GEO数据库获取并筛选共429个DEGs (|log2 (FC)|>1, P<0.05), CF组中显著高表达DEGs 105个,对照组中显著高表达DEGs 324个。GO富集分析,DEGs主要富集于中性粒细胞介导的免疫、趋化因子活动和细胞黏附分子结合等方面;KEGG通路分析,DEGs主要富集于白细胞介素17 (IL-17)信号通路(P<0.05)。GSEA分析,DEGs主要富集于信号通路翻译、核糖体RNA(rRNA)处理和线粒体翻译等相关基因集。STRING数据库和Cytoscape软件分析共筛选出基质金属蛋白酶9 (MMP9)、C-X-C基序趋化因子配体2 (CXCL2)、C-X-C基序趋化因子配体3 (CXCL3)等35个hub基因,其中CXCL2和CXCL3 hub基因与DNA甲基化有关联。结论:hub基因可能是CF中调节中性粒细胞免疫的关键基因,通过中性粒细胞介导的免疫和与免疫密切相关的IL-17信号通路相关基因失调可促进CF发生发展,CXCL2和CXCL3基因可能成为CF的DNA甲基化治疗的生物标志物。
关键词
囊性纤维化
生物信息学
差异表达基因
hub基因
分子机制
Keywords
Cystic fibrosis
Bioinformatics
Differentially expressed genes
Hub gene
Molecular mechanism
分类号
R34 [医药卫生—基础医学]
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职称材料
题名
EB病毒微小RNA在鼻咽癌中的表达及意义
被引量：
2
2
作者
熊伟明
范才文
黄辉
王建红
李璐
向秋
田晶
雷迅
机构
桂林
医学院
附属医院耳鼻咽喉头颈外科
桂林医学院生物技术学院生物化学与分子生物学教研室
出处
《广西师范大学学报（自然科学版）》
CAS
北大核心
2015年第1期134-138,共5页
基金
国家自然科学基金资助项目(81260344)
广西自然科学基金资助项目(2011GXNSFD018034)
+1 种基金
广西教育厅科研项目基金资助(2013YB168)
广西医学科学实验中心开放基金项目(KFJJ2010-51)
文摘
采用实时荧光定量PCR分析EB病毒微小RNA(ebv-miR)ebv-miR-BART19-5p和ebv-miRBART21-3p在鼻咽癌和鼻咽炎症组织中的表达,以便探明其表达在EB病毒(EBV)致鼻咽癌中的内在联系和意义。结果表明,鼻咽癌组织中ebv-miR-BART19-5p和ebv-miR-BART21-3p的表达水平明显高于鼻咽黏膜炎症组织。EBV可能通过ebv-miR-BART19-5p和ebv-miR-BART21-3p的表达上调介导鼻咽组织癌变,它们可能是鼻咽癌治疗的分子靶点和鼻咽癌诊断的分子标志物。
关键词
鼻咽癌
诊断标志物
EB病毒微小RNA
Keywords
nasopharyngeal carcinoma
diagnosis marker
ebv-miR
分类号
R739.6 [医药卫生—肿瘤]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
基于囊性纤维化疾病分子特征及其作用机制的生物信息学分析
王小燕
张秋月
胡雨洁
莫之婧
《吉林大学学报（医学版）》
CAS
CSCD
北大核心
2022
0
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职称材料
2
EB病毒微小RNA在鼻咽癌中的表达及意义
熊伟明
范才文
黄辉
王建红
李璐
向秋
田晶
雷迅
《广西师范大学学报（自然科学版）》
CAS
北大核心
2015
2
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