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河八王转录组SSR和SNP序列特征及系统发育分析
被引量：
3
1
作者
李海碧
吴杨
+7 位作者
祝开
桂意云
韦金菊
周会
张荣华
唐利球
覃天贤
刘昔辉
《南方农业学报》
CAS
CSCD
北大核心
2023年第3期849-858,共10页
【目的】对甘蔗野生种河八王转录组SSR和SNP序列特征及系统发育进行分析,为深入研究甘蔗属植物分子标记开发、种质资源利用、种群遗传结构和分化历史动态提供参考。【方法】基于河八王转录组数据,利用MISA和SOAPsnp软件对获得的Unigene...
【目的】对甘蔗野生种河八王转录组SSR和SNP序列特征及系统发育进行分析,为深入研究甘蔗属植物分子标记开发、种质资源利用、种群遗传结构和分化历史动态提供参考。【方法】基于河八王转录组数据,利用MISA和SOAPsnp软件对获得的Unigenes进行SSR和SNP位点发掘及序列特征分析,并从JGI数据库下载二穗短柄草、水稻、谷子、高粱、玉米物和拟南芥转录组数据,采用最大似然(ML)方法构建系统发育进化树,并估算物种分歧时间。【结果】通过河八王转录组测序共获得171000000条Raw reads,经过数据过滤获得156800000条Clean reads,经进一步组装后获得130393条Unigenes,其中有14233条Unigenes含有16372个SSR位点,发生频率为12.56%。含有1个以上SSR位点的Unigenes有1839条,复合型SSR位点有656个。SSR重复基元类型丰富,从单核苷酸到六核苷酸重复均有分布,共有612种SSR重复基元种类,数量最多的类型为三核苷酸重复类型(49.16%),其次是二核苷酸重复(25.54%)和单核苷酸重复(18.30%)。在所有的核苷酸重复类型中,重复基元占SSR位点总数比例<0.50%的类型有14种,出现频率较高的3种重复基元分别为CCG/CGG、A/T和AG/CT。SSR序列长度为12~191 bp,其中长度≤25 bp的SSR位点共有15123个,占SSR位点总数的96.23%,其中长度为15 bp的数量最多,占SSR位点总数的32.16%。SSR重复基元的重复次数为4~24次,且以5、6和7次重复为主。河八王转录组序列共有222106个SNP位点,平均每条Unigenes上有1.70个SNP位点,核苷酸转换类型的比例(65.92%)明显高于颠换类型(34.08%),6种单核苷酸变异类型中,A/G发生频率最高(33.07%),其次是C/T(32.84%)。系统发育分析和物种分化时间估算结果显示,河八王与高粱的亲缘关系最近,分化时间为14.6百万年(Ma)。【结论】河八王转录组中SSR和SNP位点非常丰富,具有较高的遗传多态性,说明利用转录组测序开发甘蔗SSR和SNP分子标记是一种切实可行的方法。利用转录组数据构建系统发育进行树的方法可用于其他缺乏基因组数据的物种系统发育研究。
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关键词
河八王
SSR
SNP
转录组
系统发育分析
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职称材料
浅谈母猪难产的原因与处理方法
被引量：
2
2
作者
李欢
《猪业科学》
2023年第7期114-116,共3页
母猪难产是猪养殖业中常见且具有挑战性的问题,其发生不仅严重影响母猪的生产性能、健康和福利,还降低了繁殖效率和养殖业的经济效益。难产的原因涉及解剖性、功能性、胎儿因素以及环境和管理等多个方面。因此,深入了解母猪难产的原因...
母猪难产是猪养殖业中常见且具有挑战性的问题,其发生不仅严重影响母猪的生产性能、健康和福利,还降低了繁殖效率和养殖业的经济效益。难产的原因涉及解剖性、功能性、胎儿因素以及环境和管理等多个方面。因此,深入了解母猪难产的原因和处理方法对于减少难产发生率、提高繁殖效果具有重要意义。本综述将对母猪难产的原因进行分析,探讨各种处理方法,以及阐述预防措施,旨在为养殖户提供科学的养殖和繁殖管理建议,从而降低母猪难产发生率,提高养殖业的生产效益和动物福利。
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关键词
母猪难产
动物福利
繁殖效率
养殖业
繁殖效果
解剖性
预防措施
难产发生率
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职称材料
题名
河八王转录组SSR和SNP序列特征及系统发育分析
被引量：
3
1
作者
李海碧
吴杨
祝开
桂意云
韦金菊
周会
张荣华
唐利球
覃天贤
刘昔辉
机构
广西南亚热带
农业
科学研究所
中国
农业
科学院甘蔗研究
中心
/广西
农业
科学院甘蔗研究所/
农业
农村
部广西甘蔗生物技术与遗传改良重点实验室/广西甘蔗遗传改良重点实验室
福建
农业
职业技术学院现代
农业
工程学院
柳城县东泉镇农业农村服务中心
出处
《南方农业学报》
CAS
CSCD
北大核心
2023年第3期849-858,共10页
基金
中央引导地方科技发展资金项目(桂科ZY20198005)
广西科技重大专项(桂科AA22117002-6)。
文摘
【目的】对甘蔗野生种河八王转录组SSR和SNP序列特征及系统发育进行分析,为深入研究甘蔗属植物分子标记开发、种质资源利用、种群遗传结构和分化历史动态提供参考。【方法】基于河八王转录组数据,利用MISA和SOAPsnp软件对获得的Unigenes进行SSR和SNP位点发掘及序列特征分析,并从JGI数据库下载二穗短柄草、水稻、谷子、高粱、玉米物和拟南芥转录组数据,采用最大似然(ML)方法构建系统发育进化树,并估算物种分歧时间。【结果】通过河八王转录组测序共获得171000000条Raw reads,经过数据过滤获得156800000条Clean reads,经进一步组装后获得130393条Unigenes,其中有14233条Unigenes含有16372个SSR位点,发生频率为12.56%。含有1个以上SSR位点的Unigenes有1839条,复合型SSR位点有656个。SSR重复基元类型丰富,从单核苷酸到六核苷酸重复均有分布,共有612种SSR重复基元种类,数量最多的类型为三核苷酸重复类型(49.16%),其次是二核苷酸重复(25.54%)和单核苷酸重复(18.30%)。在所有的核苷酸重复类型中,重复基元占SSR位点总数比例<0.50%的类型有14种,出现频率较高的3种重复基元分别为CCG/CGG、A/T和AG/CT。SSR序列长度为12~191 bp,其中长度≤25 bp的SSR位点共有15123个,占SSR位点总数的96.23%,其中长度为15 bp的数量最多,占SSR位点总数的32.16%。SSR重复基元的重复次数为4~24次,且以5、6和7次重复为主。河八王转录组序列共有222106个SNP位点,平均每条Unigenes上有1.70个SNP位点,核苷酸转换类型的比例(65.92%)明显高于颠换类型(34.08%),6种单核苷酸变异类型中,A/G发生频率最高(33.07%),其次是C/T(32.84%)。系统发育分析和物种分化时间估算结果显示,河八王与高粱的亲缘关系最近,分化时间为14.6百万年(Ma)。【结论】河八王转录组中SSR和SNP位点非常丰富,具有较高的遗传多态性,说明利用转录组测序开发甘蔗SSR和SNP分子标记是一种切实可行的方法。利用转录组数据构建系统发育进行树的方法可用于其他缺乏基因组数据的物种系统发育研究。
关键词
河八王
SSR
SNP
转录组
系统发育分析
Keywords
Narenga porphyrocoma(Hance)Bor.
SSR
SNP
transcriptome
phylogeny analysis
分类号
S566.103.53 [农业科学—作物学]
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职称材料
题名
浅谈母猪难产的原因与处理方法
被引量：
2
2
作者
李欢
机构
广西柳州市
柳城县东泉镇农业农村服务中心
出处
《猪业科学》
2023年第7期114-116,共3页
文摘
母猪难产是猪养殖业中常见且具有挑战性的问题,其发生不仅严重影响母猪的生产性能、健康和福利,还降低了繁殖效率和养殖业的经济效益。难产的原因涉及解剖性、功能性、胎儿因素以及环境和管理等多个方面。因此,深入了解母猪难产的原因和处理方法对于减少难产发生率、提高繁殖效果具有重要意义。本综述将对母猪难产的原因进行分析,探讨各种处理方法,以及阐述预防措施,旨在为养殖户提供科学的养殖和繁殖管理建议,从而降低母猪难产发生率,提高养殖业的生产效益和动物福利。
关键词
母猪难产
动物福利
繁殖效率
养殖业
繁殖效果
解剖性
预防措施
难产发生率
分类号
S858.28 [农业科学—临床兽医学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
河八王转录组SSR和SNP序列特征及系统发育分析
李海碧
吴杨
祝开
桂意云
韦金菊
周会
张荣华
唐利球
覃天贤
刘昔辉
《南方农业学报》
CAS
CSCD
北大核心
2023
3
在线阅读
下载PDF
职称材料
2
浅谈母猪难产的原因与处理方法
李欢
《猪业科学》
2023
2
在线阅读
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职称材料
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