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马铃薯转录组数据中的病毒序列挖掘
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作者 陈家茹 杨曼华 +5 位作者 陈汝豪 孟繁烨 余涛 柴婷婷 许彬燕 聂碧华 《中国马铃薯》 2024年第1期1-9,共9页
转录组测序数据中包含寄主所感染的病毒序列信息。为分析和验证马铃薯转录组数据中存在的病毒序列,试验收集了关于马铃薯块茎发育、抗病、抗逆等研究的9个马铃薯转录组测序数据样本,过滤掉来源于马铃薯转录本的读段,组装并与病毒数据库... 转录组测序数据中包含寄主所感染的病毒序列信息。为分析和验证马铃薯转录组数据中存在的病毒序列,试验收集了关于马铃薯块茎发育、抗病、抗逆等研究的9个马铃薯转录组测序数据样本,过滤掉来源于马铃薯转录本的读段,组装并与病毒数据库进行本地比对,获得样本中相关病毒序列的种类和数量信息。病毒来源的读段在各样本中普遍存在,占总读段的0.12%~20.24%。这些读段组装得到10种植物病毒,包括9种RNA病毒和1种DNA病毒。其中来源于马铃薯S病毒(Potato virus S,PVS)的序列最多,组装得到28条近全长序列。进一步系统进化分析表明,这些样品中同时存在PVSA和PVSO两种株系类型。此外,通过RT-PCR对转录组数据原始样本中的马铃薯H病毒(Potato virus H,PVH)、马铃薯卷叶病毒(Potato leafroll virus,PLRV)、马铃薯M病毒(Potato virus M,PVM)、PVS、马铃薯X病毒(Potato virus X,PVX)和马铃薯Y病毒(Potato virus Y,PVY)6种病毒进行检测,结果显示RT-PCR验证结果与测序数据组装结果基本一致。该研究为马铃薯病毒多样性和进化分析提供一种高通量测序的方法。 展开更多
关键词 马铃薯 病毒 高通量测序 转录组 RT-PCR
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延长马铃薯种质资源低温保存条件的探究 被引量:2
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作者 陈汝豪 周艳华 +3 位作者 赵喜娟 焦文标 宋波涛 柴婷婷 《中国马铃薯》 2023年第5期419-427,共9页
试管苗离体保存是马铃薯目前应用最广泛的种质资源保存方法,探究延长试管苗继代周期的保存条件可以有效减少风险并降低保存成本。从实验室种质资源库中挑选了6个不同基因型的马铃薯材料,以植株状态、株高和存活率作为指标,探究不同预生... 试管苗离体保存是马铃薯目前应用最广泛的种质资源保存方法,探究延长试管苗继代周期的保存条件可以有效减少风险并降低保存成本。从实验室种质资源库中挑选了6个不同基因型的马铃薯材料,以植株状态、株高和存活率作为指标,探究不同预生根处理、保存温度、培养基蔗糖浓度和继代方式对马铃薯试管苗保存的影响,以探索广泛适用于马铃薯试管苗长期低温保存的条件。不进行预生根处理的试管苗在低温保存的第60d几乎不生长,随后死亡,说明预生根处理是试管苗低温保存的必要条件。4℃条件下试管苗的生长比7℃更缓慢,在第90d时的株高明显更小,4个材料的试管苗存活率仅为53.75%,而7℃条件下存活率为100%,说明7℃更适于不同基因型马铃薯种质资源的低温保存。8%蔗糖浓度培养基中的试管苗在第90d时的株高明显低于4%蔗糖浓度,存活率统计显示4%蔗糖浓度培养基中的试管苗在7℃保存第270d时全部死亡,8%蔗糖浓度培养基中的试管苗存活率达到61.25%,表明8%蔗糖浓度能明显延长马铃薯试管苗的低温保存时间。由此可见,可以采用8%蔗糖浓度培养基和7℃环境温度用于大部分马铃薯株系的长期低温保存。此外,探究了一种试管苗-组培盒苗交替继代培养的方法,能有效改善长势弱的种质资源的保存,将这些材料在低温保存第90 d的存活率从直接继代试管苗22.50%提高到试管苗-组培盒苗交替继代95.00%。此研究对优化马铃薯种质资源的长期保存条件具有重要的指导作用。 展开更多
关键词 马铃薯 种质资源 试管苗 低温保存
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马铃薯淀粉酶StBAM9互作蛋白的鉴定及其互作机制分析 被引量:2
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作者 杜鹃 彭晓君 +3 位作者 侯娟 刘腾飞 刘增 宋波涛 《作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第10期2643-2653,共11页
本实验室前期研究表明β-淀粉酶9(StBAM9)在马铃薯抗低温糖化中具有重要作用,但其并无β-淀粉酶活性。为了研究StBAM9在马铃薯抗低温糖化中的功能机制,我们构建了低温贮藏后块茎cDNA酵母双杂交文库,并以StBAM9蛋白为诱饵,对其进行了互... 本实验室前期研究表明β-淀粉酶9(StBAM9)在马铃薯抗低温糖化中具有重要作用,但其并无β-淀粉酶活性。为了研究StBAM9在马铃薯抗低温糖化中的功能机制,我们构建了低温贮藏后块茎cDNA酵母双杂交文库,并以StBAM9蛋白为诱饵,对其进行了互作蛋白的筛选和分析,结果显示分别以全长StBAM9和截去转运肽的StBAM9为诱饵筛选到的候选互作蛋白中有12个是共有的。酵母双杂交结果显示有4个蛋白(StDUF842、StTPR01660、StTPR22129和StTPR45174)与StBAM9互作。进一步通过谷胱甘肽-S-转移酶融合蛋白沉降技术验证表明,其中的2个蛋白StTPR01660和StTPR4517与StBAM9互作。双分子荧光互补结果显示只有StTPR01660与StBAM9互作于淀粉粒上,而StTPR01660自身定位于细胞质。因此,我们推测StBAM9可能通过从细胞质中招募StTPR01660到淀粉粒上发挥淀粉降解的功能。 展开更多
关键词 马铃薯 低温糖化 淀粉降解 Β-淀粉酶 蛋白互作
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小薯专用品种‘华薯16号’配套栽培措施研究
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作者 王颖 李晨曦 +3 位作者 夏军辉 陈惠兰 宋波涛 赵喜娟 《中国马铃薯》 2025年第1期45-54,共10页
‘华薯16号’作为鲜食小薯专用品种,具有地上部生物量大、主茎多及小薯产量高等特征。试验研究种薯大小(5~80 g)、全生育期(70~141 d)、种植密度(4500~9000株/667m^(2))及植物生长调节剂(矮壮素、烯效唑)关键栽培因子对‘华薯16号’生... ‘华薯16号’作为鲜食小薯专用品种,具有地上部生物量大、主茎多及小薯产量高等特征。试验研究种薯大小(5~80 g)、全生育期(70~141 d)、种植密度(4500~9000株/667m^(2))及植物生长调节剂(矮壮素、烯效唑)关键栽培因子对‘华薯16号’生长特性、产量及块茎分布的影响。种薯大小与播种早晚对母薯芽长和芽粗均具有极显著影响,其中种薯大小对芽粗影响更为显著,而播种早晚对芽长影响较大。适当延长全生育期促进产量提升,当全生育期超过127 d时,30 g以上块茎占比呈现增长趋势。7500株/667m^(2)为临界值,超过该密度时出苗率与产量均下降。烯效唑处理虽能有效控制株高并增加31~60 g块茎占比,但会导致产量显著降低。针对‘华薯16号’品种特性,建议选用31~50 g种薯,种植密度控制在7500~9000株/667m^(2),保证全生育期≥127 d以保证小薯率与产量。 展开更多
关键词 华薯16号 小薯 控旺 全生育期 种薯大小
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