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1起ST19型鼠伤寒沙门氏菌引起的食物中毒调查、溯源分析与探讨
被引量：
3
1
作者
余树坤
刘浪
+3 位作者
谭雅心
崔紫妍
徐兴宇
陶志阳
《中国人兽共患病学报》
CAS
CSCD
北大核心
2024年第1期82-89,共8页
目的分析武汉市某区1起食物中毒事件的致病原因,探讨分离菌株之间的分子流行病学关系,为食源性疾病暴发溯源和临床诊治提供参考依据。方法采集食物中毒相关样本20份,提取样本总DNA进行18种食源性致病菌多重PCR检测,同时按时GB4789.4-201...
目的分析武汉市某区1起食物中毒事件的致病原因,探讨分离菌株之间的分子流行病学关系,为食源性疾病暴发溯源和临床诊治提供参考依据。方法采集食物中毒相关样本20份,提取样本总DNA进行18种食源性致病菌多重PCR检测,同时按时GB4789.4-2016进行病原菌分离鉴定;应用传统玻片凝集法和微量肉汤稀释法对阳性菌株进行血清型分型和耐药性检测,并提取所有菌株核酸进行全基因组测序组装,利用Abricate和SeqSero在线预测每株菌的血清型和耐药基因,然后与传统方法进行比较分析。对分离的9株沙门氏菌分别采用脉冲场凝胶电泳(PFGE)和全基因组序列方法(WGS)递进分析。结果共检出12株沙门氏菌(菌株编号DXH001~DXH012),其中病例肛拭子样本7份、病例粪便样本2份,工作人员肛拭子样本3份。常规血清型分型均为B群鼠伤寒沙门氏菌,与全基因组测序鉴定分型结果一致。12株菌株耐药谱完全一致,对阿米卡星、氨苄西林、头孢唑啉、庆大霉素、哌拉西林、四环素均耐药。基于全基因组预测的氨基糖苷类、头孢菌素、青霉烷、四环素的耐药性与耐药表型结果完全一致。选取DXH001~DXH009开展PFGE和WGS分析。9株鼠伤寒沙门氏菌获得完全一致的PFGE图谱,全基因组序列大小无明显差异,约为4.9 Mbp,MLST型均为ST19。从SNP的最小生成树来看共存在17个变异位点,各菌株间SNP差异数为1~6。全基因组系统发育进化树分析显示,9株沙门氏菌自成一簇,与数据库其他沙门氏菌相差甚远,属于新的克隆分支。同源性最高的来源于江西的GCF_020221795.1参考样本。结论本次食物中毒事件致病源为鼠伤寒沙门氏菌ST19,为同一暴发来源。9株沙门氏菌遗传距离较近,但与数据库中其他沙门氏菌遗传距离较远,自成一簇属于新的克隆分支。本研究中沙门氏菌具有多重耐药性,需加强对多重耐多药菌株的监控及抗菌药物使用的监管。
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关键词
鼠伤寒沙门氏菌
全基因组测序
PFGE分型
耐药基因
血清型
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题名
1起ST19型鼠伤寒沙门氏菌引起的食物中毒调查、溯源分析与探讨
被引量：
3
1
作者
余树坤
刘浪
谭雅心
崔紫妍
徐兴宇
陶志阳
机构
武汉市东西湖区疾病预防控制中心
杭州柏熠科技有限公司
出处
《中国人兽共患病学报》
CAS
CSCD
北大核心
2024年第1期82-89,共8页
基金
湖北省卫生健康委员会联合基金项目(No.WJ2019H406)
武汉市中青年医学骨干人才培养工程项目联合资助。
文摘
目的分析武汉市某区1起食物中毒事件的致病原因,探讨分离菌株之间的分子流行病学关系,为食源性疾病暴发溯源和临床诊治提供参考依据。方法采集食物中毒相关样本20份,提取样本总DNA进行18种食源性致病菌多重PCR检测,同时按时GB4789.4-2016进行病原菌分离鉴定;应用传统玻片凝集法和微量肉汤稀释法对阳性菌株进行血清型分型和耐药性检测,并提取所有菌株核酸进行全基因组测序组装,利用Abricate和SeqSero在线预测每株菌的血清型和耐药基因,然后与传统方法进行比较分析。对分离的9株沙门氏菌分别采用脉冲场凝胶电泳(PFGE)和全基因组序列方法(WGS)递进分析。结果共检出12株沙门氏菌(菌株编号DXH001~DXH012),其中病例肛拭子样本7份、病例粪便样本2份,工作人员肛拭子样本3份。常规血清型分型均为B群鼠伤寒沙门氏菌,与全基因组测序鉴定分型结果一致。12株菌株耐药谱完全一致,对阿米卡星、氨苄西林、头孢唑啉、庆大霉素、哌拉西林、四环素均耐药。基于全基因组预测的氨基糖苷类、头孢菌素、青霉烷、四环素的耐药性与耐药表型结果完全一致。选取DXH001~DXH009开展PFGE和WGS分析。9株鼠伤寒沙门氏菌获得完全一致的PFGE图谱,全基因组序列大小无明显差异,约为4.9 Mbp,MLST型均为ST19。从SNP的最小生成树来看共存在17个变异位点,各菌株间SNP差异数为1~6。全基因组系统发育进化树分析显示,9株沙门氏菌自成一簇,与数据库其他沙门氏菌相差甚远,属于新的克隆分支。同源性最高的来源于江西的GCF_020221795.1参考样本。结论本次食物中毒事件致病源为鼠伤寒沙门氏菌ST19,为同一暴发来源。9株沙门氏菌遗传距离较近,但与数据库中其他沙门氏菌遗传距离较远,自成一簇属于新的克隆分支。本研究中沙门氏菌具有多重耐药性,需加强对多重耐多药菌株的监控及抗菌药物使用的监管。
关键词
鼠伤寒沙门氏菌
全基因组测序
PFGE分型
耐药基因
血清型
Keywords
Salmonella typhimurium
whole genome sequences
pulsed-field gel electrophoresis
drug resistance genes
serotype
分类号
R378.22 [医药卫生—病原生物学]
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题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
1起ST19型鼠伤寒沙门氏菌引起的食物中毒调查、溯源分析与探讨
余树坤
刘浪
谭雅心
崔紫妍
徐兴宇
陶志阳
《中国人兽共患病学报》
CAS
CSCD
北大核心
2024
3
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