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多耐药大肠埃希菌NB8株全基因组耐药基因检测
被引量：
2
1
作者
翁幸鐾
糜祖煌
+1 位作者
王春新
朱健铭
《中国人兽共患病学报》
CAS
CSCD
北大核心
2016年第8期741-745,共5页
目的检测1株多耐药大肠埃希菌NB8株的遗传学背景。方法病原分离自2012年4月宁波市第一医院住院患者尿液,作16SrDNA和gyrA基因测序、BLASTn比对确认为大肠埃希菌,采用Illumina HiSeq与Ion Torrent PGM两种大规模并行测序仪进行全基因组分...
目的检测1株多耐药大肠埃希菌NB8株的遗传学背景。方法病原分离自2012年4月宁波市第一医院住院患者尿液,作16SrDNA和gyrA基因测序、BLASTn比对确认为大肠埃希菌,采用Illumina HiSeq与Ion Torrent PGM两种大规模并行测序仪进行全基因组分析,再行人工测序。最后NB8株和9株已完成全基因组测序的大肠埃希菌耐药基因的比较基因组学研究。结果多耐药大肠埃希菌NB8株全基因组测序得到一条推定的染色体序列,长4 550 369bp(内含14个缺口),得到一条推定的质粒序列,长635 377bp(内含33个缺口)。从NB8株全基因组数据中挖掘出了β-内酰胺类、氨基糖苷类、喹诺酮类、大环内酯类、磺胺类、四环素类、多粘菌素的耐药基因,并挖掘出接合性质粒、转座子、插入序列、整合子的遗传标记,以及5大类外排泵基因。结论多耐药大肠埃希菌NB8株遗传学背景明确,主动外排机制增强也会导致或者增强NB8株的耐药性。质粒、转座子和整合子等可移动遗传元件可以使细菌的耐药性得以快速传播,使受体菌表现为多重耐药。
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关键词
大肠埃希菌
全基因组
多耐药
耐药基因
可移动遗传元件
外排泵基因
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职称材料
题名
多耐药大肠埃希菌NB8株全基因组耐药基因检测
被引量：
2
1
作者
翁幸鐾
糜祖煌
王春新
朱健铭
机构
宁波市第一
医院
检验
科
无锡市克隆遗传技术研究所生物信息学室
南京医
科
大学附属无锡人民
医院
医学
检验
科
杭州市余杭区中医院检验科
出处
《中国人兽共患病学报》
CAS
CSCD
北大核心
2016年第8期741-745,共5页
基金
宁波市自然科学基金(No.2012A610186)
浙江省中医药基金(No.2011ZB126)资助~~
文摘
目的检测1株多耐药大肠埃希菌NB8株的遗传学背景。方法病原分离自2012年4月宁波市第一医院住院患者尿液,作16SrDNA和gyrA基因测序、BLASTn比对确认为大肠埃希菌,采用Illumina HiSeq与Ion Torrent PGM两种大规模并行测序仪进行全基因组分析,再行人工测序。最后NB8株和9株已完成全基因组测序的大肠埃希菌耐药基因的比较基因组学研究。结果多耐药大肠埃希菌NB8株全基因组测序得到一条推定的染色体序列,长4 550 369bp(内含14个缺口),得到一条推定的质粒序列,长635 377bp(内含33个缺口)。从NB8株全基因组数据中挖掘出了β-内酰胺类、氨基糖苷类、喹诺酮类、大环内酯类、磺胺类、四环素类、多粘菌素的耐药基因,并挖掘出接合性质粒、转座子、插入序列、整合子的遗传标记,以及5大类外排泵基因。结论多耐药大肠埃希菌NB8株遗传学背景明确,主动外排机制增强也会导致或者增强NB8株的耐药性。质粒、转座子和整合子等可移动遗传元件可以使细菌的耐药性得以快速传播,使受体菌表现为多重耐药。
关键词
大肠埃希菌
全基因组
多耐药
耐药基因
可移动遗传元件
外排泵基因
Keywords
Escherichia coli
whole genome
multi-drug resistance
resistant gene
mobile genetic element
efflux pump gene
分类号
R378 [医药卫生—病原生物学]
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作者
出处
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被引量
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1
多耐药大肠埃希菌NB8株全基因组耐药基因检测
翁幸鐾
糜祖煌
王春新
朱健铭
《中国人兽共患病学报》
CAS
CSCD
北大核心
2016
2
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