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玄参科植物叶绿体基因组特征及系统发育分析
1
作者
李斌
苏香萍
+4 位作者
刘畅
王玉兵
张勇洪
周超
徐青
《生物技术通报》
北大核心
2025年第3期240-254,共15页
【目的】探究玄参科(Scrophulariaceae)叶绿体基因组(chloroplast DNA,cpDNA)的特征及其系统发育关系。【方法】对湖北玄参进行DNA测序,通过组装与注释获得了其叶绿体基因组序列,并从GenBank下载46条玄参科植物叶绿体基因组序列进行比...
【目的】探究玄参科(Scrophulariaceae)叶绿体基因组(chloroplast DNA,cpDNA)的特征及其系统发育关系。【方法】对湖北玄参进行DNA测序,通过组装与注释获得了其叶绿体基因组序列,并从GenBank下载46条玄参科植物叶绿体基因组序列进行比较分析。【结果】玄参科叶绿体基因组长度在142336-154710 bp,GC含量为37.7%-38.1%,展现出典型的四分体结构,其中大单拷贝区长度为83531-97103 bp,小单拷贝区为17375-18600 bp,反向重复区为13497-25695 bp。通过对玄参科叶绿体基因组成的比较,揭示了在进化过程中获得与丢失的模式。此外,共线性分析发现,玄参科叶绿体基因组排列较为保守,但也存在基因组重排事件。长重复序列分析结果显示,玄参科叶绿体基因组大多数是正向重复和回文重复;而简单重复序列分析则鉴定了117-156个SSR位点,其中以A/T组成的单核苷酸重复次数最多,占比高达85.50%-91.50%。通过相对同义密码子使用度(RSCU)分析,筛选出25个最优密码子,绝大部分以A/U结尾。分化时间分析表明,玄参科的共同祖先与近缘物种大约在70.5百万年前(MYA)分开,并在约52.4 MYA形成了一个单系分支,绝大多数玄参科物种出现在近50 MYA。【结论】玄参科叶绿体基因组虽具有相似的结构特征,但在其进化历程中,基因的获得与丢失以及基因组的重排现象亦有所发生。基于叶绿体基因组,构建了更为精细的玄参科系统发育树。此外,分化时间的研究表明,玄参科物种的快速分化主要发生在大约50百万年前。
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关键词
玄参科
叶绿体基因组
序列特征
系统发育分析
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职称材料
副干酪乳杆菌润肠通便及调节肠道菌群作用
被引量：
1
2
作者
左一帆
肖萌
+6 位作者
苏香萍
邹坤
刘玲彦
谈亚丽
李啸
杨静
郑泽江
《食品工业科技》
CAS
北大核心
2024年第21期329-337,共9页
本文主要研究了西藏来源副干酪乳杆菌对小鼠便秘的润肠通便作用及其对肠道菌群的影响。首先将160只雄性昆明鼠随机分为A、B两大组,每组又随机分为空白组、模型组、5株实验菌株(T1-5、T1-7、T1-9、T1-d、5B-1)组和6108对照菌株组做润肠...
本文主要研究了西藏来源副干酪乳杆菌对小鼠便秘的润肠通便作用及其对肠道菌群的影响。首先将160只雄性昆明鼠随机分为A、B两大组,每组又随机分为空白组、模型组、5株实验菌株(T1-5、T1-7、T1-9、T1-d、5B-1)组和6108对照菌株组做润肠通便实验,每组10只,其中A组80只用于测定小鼠小肠推进率,B组80只用于排便情况测定。然后挑选润肠通便效果好的菌株T1-5、T1-9、5B-1进行肠道菌群调节的检测,实验小鼠为雄性BALB/c小鼠共24只,分为空白组、T1-5组、T1-9组和5B-1组,每组6只。润肠通便实验结果表明:与模型组相比,T1-9和5B-1组小鼠小肠推进率显著高于模型组(P<0.01);T1-9组和5B-1组首次红便时间显著缩短(P<0.01);T1-9组、5B-1组以及对照菌株6108组6 h的排便颗粒数显著增加(P<0.05);T1-9组和6108组的粪便湿重显著提高(P<0.01、P<0.05)。肠道菌群调节实验的测序结果显示,与空白组相比,三组益生菌组T1-5、T1-9、5B-1有益菌乳杆菌科、理研菌科丰度明显增加,其中5B-1组有益菌普雷沃氏菌科丰度也明显增加。因此菌株T1-5、T1-9、5B-1能够促进肠道蠕动,也具有调节肠道菌群结构发挥缓解小鼠便秘的作用。
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关键词
副干酪乳杆菌
便秘
润肠通便
肠道菌群
16S
rDNA
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职称材料
题名
玄参科植物叶绿体基因组特征及系统发育分析
1
作者
李斌
苏香萍
刘畅
王玉兵
张勇洪
周超
徐青
机构
三峡大学生物与制药学院
三峡大学肿瘤微环境与免疫治疗湖北省重点实验室&基础医学院
杭州市中策职业学校钱塘学校
湖北医药学院基础医学院
出处
《生物技术通报》
北大核心
2025年第3期240-254,共15页
基金
肿瘤微环境与免疫治疗湖北省重点实验室开放基金(2023KZL026)
武当特色中药研究湖北省重点实验室开放课题(WDCM2023014)。
文摘
【目的】探究玄参科(Scrophulariaceae)叶绿体基因组(chloroplast DNA,cpDNA)的特征及其系统发育关系。【方法】对湖北玄参进行DNA测序,通过组装与注释获得了其叶绿体基因组序列,并从GenBank下载46条玄参科植物叶绿体基因组序列进行比较分析。【结果】玄参科叶绿体基因组长度在142336-154710 bp,GC含量为37.7%-38.1%,展现出典型的四分体结构,其中大单拷贝区长度为83531-97103 bp,小单拷贝区为17375-18600 bp,反向重复区为13497-25695 bp。通过对玄参科叶绿体基因组成的比较,揭示了在进化过程中获得与丢失的模式。此外,共线性分析发现,玄参科叶绿体基因组排列较为保守,但也存在基因组重排事件。长重复序列分析结果显示,玄参科叶绿体基因组大多数是正向重复和回文重复;而简单重复序列分析则鉴定了117-156个SSR位点,其中以A/T组成的单核苷酸重复次数最多,占比高达85.50%-91.50%。通过相对同义密码子使用度(RSCU)分析,筛选出25个最优密码子,绝大部分以A/U结尾。分化时间分析表明,玄参科的共同祖先与近缘物种大约在70.5百万年前(MYA)分开,并在约52.4 MYA形成了一个单系分支,绝大多数玄参科物种出现在近50 MYA。【结论】玄参科叶绿体基因组虽具有相似的结构特征,但在其进化历程中,基因的获得与丢失以及基因组的重排现象亦有所发生。基于叶绿体基因组,构建了更为精细的玄参科系统发育树。此外,分化时间的研究表明,玄参科物种的快速分化主要发生在大约50百万年前。
关键词
玄参科
叶绿体基因组
序列特征
系统发育分析
Keywords
Scrophulariaceae
chloroplast genome
sequence features
phylogenetic analysis
分类号
Q943.2 [生物学—植物学]
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职称材料
题名
副干酪乳杆菌润肠通便及调节肠道菌群作用
被引量：
1
2
作者
左一帆
肖萌
苏香萍
邹坤
刘玲彦
谈亚丽
李啸
杨静
郑泽江
机构
三峡大学生物与制药学院天然产物研究与利用湖北省重点实验室
三峡大学湖北省生物酵素工程技术研究中心
杭州市中策职业学校钱塘学校
安琪生物科技股份有限公司
三峡大学国家中医药管理局中药药理科研三级实验室
出处
《食品工业科技》
CAS
北大核心
2024年第21期329-337,共9页
基金
国家自然科学基金资助项目(82204237)。
文摘
本文主要研究了西藏来源副干酪乳杆菌对小鼠便秘的润肠通便作用及其对肠道菌群的影响。首先将160只雄性昆明鼠随机分为A、B两大组,每组又随机分为空白组、模型组、5株实验菌株(T1-5、T1-7、T1-9、T1-d、5B-1)组和6108对照菌株组做润肠通便实验,每组10只,其中A组80只用于测定小鼠小肠推进率,B组80只用于排便情况测定。然后挑选润肠通便效果好的菌株T1-5、T1-9、5B-1进行肠道菌群调节的检测,实验小鼠为雄性BALB/c小鼠共24只,分为空白组、T1-5组、T1-9组和5B-1组,每组6只。润肠通便实验结果表明:与模型组相比,T1-9和5B-1组小鼠小肠推进率显著高于模型组(P<0.01);T1-9组和5B-1组首次红便时间显著缩短(P<0.01);T1-9组、5B-1组以及对照菌株6108组6 h的排便颗粒数显著增加(P<0.05);T1-9组和6108组的粪便湿重显著提高(P<0.01、P<0.05)。肠道菌群调节实验的测序结果显示,与空白组相比,三组益生菌组T1-5、T1-9、5B-1有益菌乳杆菌科、理研菌科丰度明显增加,其中5B-1组有益菌普雷沃氏菌科丰度也明显增加。因此菌株T1-5、T1-9、5B-1能够促进肠道蠕动,也具有调节肠道菌群结构发挥缓解小鼠便秘的作用。
关键词
副干酪乳杆菌
便秘
润肠通便
肠道菌群
16S
rDNA
Keywords
Lactobacillus paracasei
constipation
laxative function
intestinal microbiota
16S rDNA
分类号
Q939.97 [生物学—微生物学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
玄参科植物叶绿体基因组特征及系统发育分析
李斌
苏香萍
刘畅
王玉兵
张勇洪
周超
徐青
《生物技术通报》
北大核心
2025
0
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职称材料
2
副干酪乳杆菌润肠通便及调节肠道菌群作用
左一帆
肖萌
苏香萍
邹坤
刘玲彦
谈亚丽
李啸
杨静
郑泽江
《食品工业科技》
CAS
北大核心
2024
1
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