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棉花基因编辑标记基因GhOMT1和GhPGF高效sgRNA的筛选
1
作者
郭浩猛
代培红
+3 位作者
张锦恩
张国帅
雷建峰
刘晓东
《棉花学报》
北大核心
2025年第2期153-164,共12页
【目的】筛选棉花类黄酮O-甲基转移酶编码基因GhOMT1和腺体形成相关基因GhPGF编辑的单链引导RNA(single guide RNA,sg RNA),为快速检测突变体植株奠定基础。【方法】基于Cas9蛋白超表达棉花材料Jin668,设计能够靶向敲除GhOMT1和Gh PGF...
【目的】筛选棉花类黄酮O-甲基转移酶编码基因GhOMT1和腺体形成相关基因GhPGF编辑的单链引导RNA(single guide RNA,sg RNA),为快速检测突变体植株奠定基础。【方法】基于Cas9蛋白超表达棉花材料Jin668,设计能够靶向敲除GhOMT1和Gh PGF基因的sg RNA。利用棉花叶皱缩病毒(cotton leaf crumple virus,CLCr V)载体介导的基因编辑、高通量突变追踪(high-throughput tracking of mutations,Hi-TOM)等技术,检测sg RNA的编辑效率和特异性。【结果】GhOMT1-sg RNA2和GhPGF-sg RNA可分别导致Gh OMT1和Gh PGF基因在靶位点处产生突变。Hi-TOM测序结果表明,转化GhOMT1-sg RNA2的15株棉花中有12株发生了突变,突变效率为80%;转化单株在A、D亚基因组上的编辑效率分别为7.90%~43.72%、9.60%~56.32%。Gh PGF-sg RNA的突变效率为80%,基因编辑效率为10.23%~30.27%。GhOMT1-sg RNA2的3个潜在脱靶位点均未发现脱靶现象;Gh PGF-sg RNA在基因组编码区无潜在脱靶位点。说明这2个sg RNA不仅可以靶向敲除靶基因,而且具有专一性。【结论】利用CLCr V介导的基因编辑系统筛选出1个能靶向敲除Gh OMT1的sg RNA和1个能靶向敲除GhPGF的sg RNA。
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关键词
棉花
标记基因
GhOMT1
GhPGF
棉花叶皱缩病毒
sg
RNA
特异性
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职称材料
GhALMT10在干旱胁迫下的功能鉴定
2
作者
马鑫
雷建峰
+4 位作者
黄诗雨
张国帅
郭浩猛
李月
代培红
《棉花学报》
北大核心
2025年第3期175-184,共10页
【目的】探究铝激活苹果酸转运蛋白(aluminum-activated malate transporter,ALMT)家族基因GhALMT10在棉花抗旱过程中的生物学功能,为深入了解棉花抗旱机制奠定基础。【方法】通过聚合酶链式反应(polymerase chain reaction,PCR)从陆地...
【目的】探究铝激活苹果酸转运蛋白(aluminum-activated malate transporter,ALMT)家族基因GhALMT10在棉花抗旱过程中的生物学功能,为深入了解棉花抗旱机制奠定基础。【方法】通过聚合酶链式反应(polymerase chain reaction,PCR)从陆地棉TM-1扩增GhALMT10基因编码序列,并进行生物信息学分析。利用实时荧光定量PCR(quantitative real-time PCR,qRT-PCR)检测该基因在棉花不同组织部位和干旱胁迫下的表达模式。通过病毒诱导的基因沉默(virus-induced gene silencing,VIGS)技术,初步验证了该基因在棉花响应干旱胁迫中发挥的生物学功能。【结果】GhALMT10基因编码区长度为1401 bp,编码1个包含466个氨基酸残基的蛋白,预测其为稳定、疏水蛋白。系统进化分析表明GhALMT10与GrALMT10、GaALMT10-like、HsALMT10和TcALMT10亲缘关系较近。qRT-PCR结果显示,该基因在棉花根、茎、叶中都有表达,且在根中的表达量最高。与清水处理相比,干旱胁迫处理3 h该基因的表达量较低,6 h、9 h的表达量显著升高,24 h的表达量显著降低。与阴性对照棉株相比,GhALMT10基因沉默棉株在干旱胁迫下的存活率显著提高,离体叶片失水率显著降低,叶片的叶绿素含量显著升高而丙二醛含量显著降低。【结论】GhALMT10基因沉默棉株对干旱胁迫的耐受能力显著提高,GhALMT10基因负调控棉花抗旱性。
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关键词
棉花
GhALMT10
干旱胁迫
表达模式分析
病毒诱导的基因沉默
生理生化指标
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职称材料
题名
棉花基因编辑标记基因GhOMT1和GhPGF高效sgRNA的筛选
1
作者
郭浩猛
代培红
张锦恩
张国帅
雷建峰
刘晓东
机构
新疆农业大学
生命科学学院/
新疆农业大学高效基因组编辑技术研发与精准育种应用创新中心
新疆农业大学
农学院
出处
《棉花学报》
北大核心
2025年第2期153-164,共12页
基金
国家自然科学基金(32301282)
新疆维吾尔自治区自然科学基金青年基金(2022D01B23)
新疆维吾尔自治区“天山英才”培养计划“三农”骨干人才-现代农牧业发展高层次人才项目(2024SNGGGCC014)。
文摘
【目的】筛选棉花类黄酮O-甲基转移酶编码基因GhOMT1和腺体形成相关基因GhPGF编辑的单链引导RNA(single guide RNA,sg RNA),为快速检测突变体植株奠定基础。【方法】基于Cas9蛋白超表达棉花材料Jin668,设计能够靶向敲除GhOMT1和Gh PGF基因的sg RNA。利用棉花叶皱缩病毒(cotton leaf crumple virus,CLCr V)载体介导的基因编辑、高通量突变追踪(high-throughput tracking of mutations,Hi-TOM)等技术,检测sg RNA的编辑效率和特异性。【结果】GhOMT1-sg RNA2和GhPGF-sg RNA可分别导致Gh OMT1和Gh PGF基因在靶位点处产生突变。Hi-TOM测序结果表明,转化GhOMT1-sg RNA2的15株棉花中有12株发生了突变,突变效率为80%;转化单株在A、D亚基因组上的编辑效率分别为7.90%~43.72%、9.60%~56.32%。Gh PGF-sg RNA的突变效率为80%,基因编辑效率为10.23%~30.27%。GhOMT1-sg RNA2的3个潜在脱靶位点均未发现脱靶现象;Gh PGF-sg RNA在基因组编码区无潜在脱靶位点。说明这2个sg RNA不仅可以靶向敲除靶基因,而且具有专一性。【结论】利用CLCr V介导的基因编辑系统筛选出1个能靶向敲除Gh OMT1的sg RNA和1个能靶向敲除GhPGF的sg RNA。
关键词
棉花
标记基因
GhOMT1
GhPGF
棉花叶皱缩病毒
sg
RNA
特异性
Keywords
cotton
marker genes
GhOMT1
GhPGF
cotton leaf crumple virus
sgRNA
specificity
分类号
S562 [农业科学—作物学]
在线阅读
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职称材料
题名
GhALMT10在干旱胁迫下的功能鉴定
2
作者
马鑫
雷建峰
黄诗雨
张国帅
郭浩猛
李月
代培红
机构
新疆农业大学
生命科学学院
新疆
极端环境生物生态适应与进化重点实验室
新疆农业大学
农学院
新疆农业大学高效基因组编辑技术研发与精准育种应用创新中心
出处
《棉花学报》
北大核心
2025年第3期175-184,共10页
基金
新疆维吾尔自治区“天山英才”培养计划(2024SNGGGCC014)
新疆维吾尔自治区自然科学基金(2022D01A184)
+2 种基金
新疆维吾尔自治区自然科学基金杰出青年科学基金(2023D01E03)
新疆农业大学创新团队开放课题(ITB202106)
新疆维吾尔自治区大学生创新项目(dxscx2024485)。
文摘
【目的】探究铝激活苹果酸转运蛋白(aluminum-activated malate transporter,ALMT)家族基因GhALMT10在棉花抗旱过程中的生物学功能,为深入了解棉花抗旱机制奠定基础。【方法】通过聚合酶链式反应(polymerase chain reaction,PCR)从陆地棉TM-1扩增GhALMT10基因编码序列,并进行生物信息学分析。利用实时荧光定量PCR(quantitative real-time PCR,qRT-PCR)检测该基因在棉花不同组织部位和干旱胁迫下的表达模式。通过病毒诱导的基因沉默(virus-induced gene silencing,VIGS)技术,初步验证了该基因在棉花响应干旱胁迫中发挥的生物学功能。【结果】GhALMT10基因编码区长度为1401 bp,编码1个包含466个氨基酸残基的蛋白,预测其为稳定、疏水蛋白。系统进化分析表明GhALMT10与GrALMT10、GaALMT10-like、HsALMT10和TcALMT10亲缘关系较近。qRT-PCR结果显示,该基因在棉花根、茎、叶中都有表达,且在根中的表达量最高。与清水处理相比,干旱胁迫处理3 h该基因的表达量较低,6 h、9 h的表达量显著升高,24 h的表达量显著降低。与阴性对照棉株相比,GhALMT10基因沉默棉株在干旱胁迫下的存活率显著提高,离体叶片失水率显著降低,叶片的叶绿素含量显著升高而丙二醛含量显著降低。【结论】GhALMT10基因沉默棉株对干旱胁迫的耐受能力显著提高,GhALMT10基因负调控棉花抗旱性。
关键词
棉花
GhALMT10
干旱胁迫
表达模式分析
病毒诱导的基因沉默
生理生化指标
Keywords
cotton
GhALMT10
drought stress
expression pattern analysis
virus-induced gene silencing
physiological and biochemical indicators
分类号
S562 [农业科学—作物学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
棉花基因编辑标记基因GhOMT1和GhPGF高效sgRNA的筛选
郭浩猛
代培红
张锦恩
张国帅
雷建峰
刘晓东
《棉花学报》
北大核心
2025
0
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下载PDF
职称材料
2
GhALMT10在干旱胁迫下的功能鉴定
马鑫
雷建峰
黄诗雨
张国帅
郭浩猛
李月
代培红
《棉花学报》
北大核心
2025
0
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