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基于转录组学筛选哈萨克马泌乳量相关基因
1
作者
孟晨
曾亚琦
+7 位作者
王建文
姚新奎
罗鹏辉
解晓钰
李鹏程
刘晓晓
王川坤
孟军
《中国畜牧兽医》
CAS
CSCD
北大核心
2024年第12期5392-5404,共13页
【目的】筛选影响哈萨克马泌乳量的基因,为选育乳用型哈萨克马提供数据支撑。【方法】采集12匹泌乳高峰期哈萨克马血样进行转录组测序,对测序数据质控后筛选差异表达基因(differentially expressed gene,DEG),对其进行GO功能和KEGG通路...
【目的】筛选影响哈萨克马泌乳量的基因,为选育乳用型哈萨克马提供数据支撑。【方法】采集12匹泌乳高峰期哈萨克马血样进行转录组测序,对测序数据质控后筛选差异表达基因(differentially expressed gene,DEG),对其进行GO功能和KEGG通路富集分析,绘制富集通路桑基气泡图,筛选与哈萨克马泌乳量相关的基因,并构建基因互作网络。随机选择6个DEGs进行实时荧光定量PCR检测,验证转录组数据的准确性。【结果】在哈萨克马高、低泌乳量组中共鉴定出286个DEGs,其中上调基因198个,下调基因98个。GO功能分析共富集到27个条目,包括细胞结构、细胞酶活性及物质运输等;KEGG通路分析共富集到13条通路,包括细胞自噬、增殖、迁移相关细胞过程,以及神经信号传导、激素分泌、蛋白质代谢、环境适应及免疫疾病。通过STRING程序构建了1个由95个DEGs组成的基因互作调控网络,并筛选出了10个与泌乳量相关的Hub DEGs。实时荧光定量PCR结果表明,6个基因在哈萨克马高、低泌乳量组变化趋势与转录组测序结果基本一致。【结论】本研究筛选出KCNN 4、CAMK 2 B、CACNA 1 D、CACNA 1 E、GRIA 4等基因与泌乳高峰期哈萨克马泌乳量有关,这些基因可能通过复杂的互作机制参与跨膜运输、离子通道、胰岛素和皮质醇分泌、ErbB等信号通路来调控哈萨克马泌乳。
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关键词
哈萨克马
泌乳量
转录组测序
差异表达基因
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题名
基于转录组学筛选哈萨克马泌乳量相关基因
1
作者
孟晨
曾亚琦
王建文
姚新奎
罗鹏辉
解晓钰
李鹏程
刘晓晓
王川坤
孟军
机构
新疆农业大学动物科学学院/马产业研究院
新疆
马
繁育与运动生理重点实验室
新疆
维吾尔自治区畜牧总站
出处
《中国畜牧兽医》
CAS
CSCD
北大核心
2024年第12期5392-5404,共13页
基金
新疆维吾尔自治区重大科技专项“国产马专门化品系高效繁育技术体系构建”(2022A02013-1)
自治区创新环境(人才、基地)建设专项“马种质创新培育与高效健康养殖重点实验室平台建设”(PT2311)
中央引导地方科技发展专项资金项目“专门化运动马培育技术服务支撑”(ZYYD2023C02)。
文摘
【目的】筛选影响哈萨克马泌乳量的基因,为选育乳用型哈萨克马提供数据支撑。【方法】采集12匹泌乳高峰期哈萨克马血样进行转录组测序,对测序数据质控后筛选差异表达基因(differentially expressed gene,DEG),对其进行GO功能和KEGG通路富集分析,绘制富集通路桑基气泡图,筛选与哈萨克马泌乳量相关的基因,并构建基因互作网络。随机选择6个DEGs进行实时荧光定量PCR检测,验证转录组数据的准确性。【结果】在哈萨克马高、低泌乳量组中共鉴定出286个DEGs,其中上调基因198个,下调基因98个。GO功能分析共富集到27个条目,包括细胞结构、细胞酶活性及物质运输等;KEGG通路分析共富集到13条通路,包括细胞自噬、增殖、迁移相关细胞过程,以及神经信号传导、激素分泌、蛋白质代谢、环境适应及免疫疾病。通过STRING程序构建了1个由95个DEGs组成的基因互作调控网络,并筛选出了10个与泌乳量相关的Hub DEGs。实时荧光定量PCR结果表明,6个基因在哈萨克马高、低泌乳量组变化趋势与转录组测序结果基本一致。【结论】本研究筛选出KCNN 4、CAMK 2 B、CACNA 1 D、CACNA 1 E、GRIA 4等基因与泌乳高峰期哈萨克马泌乳量有关,这些基因可能通过复杂的互作机制参与跨膜运输、离子通道、胰岛素和皮质醇分泌、ErbB等信号通路来调控哈萨克马泌乳。
关键词
哈萨克马
泌乳量
转录组测序
差异表达基因
Keywords
Kazakh horse
lactation
RNA-Seq
differentially expressed gene
分类号
S821.89 [农业科学—畜牧学]
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题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
基于转录组学筛选哈萨克马泌乳量相关基因
孟晨
曾亚琦
王建文
姚新奎
罗鹏辉
解晓钰
李鹏程
刘晓晓
王川坤
孟军
《中国畜牧兽医》
CAS
CSCD
北大核心
2024
0
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