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‘槠叶齐’叶绿体与线粒体基因组密码子偏好性分析
1
作者
曾文娟
朱友鹏
+4 位作者
陈嘉欣
李洪玉
王双辉
龚意辉
陈致印
《茶叶科学》
北大核心
2025年第2期201-218,共18页
密码子使用偏好性作为基因表达调控与分子进化的重要驱动力,在植物细胞器基因组研究中具有特殊意义。‘槠叶齐’(Camellia sinensis cv.‘Zhuyeqi’)作为中国重要的茶树品种,其细胞器基因组密码子使用模式尚未见系统报道。本研究对‘槠...
密码子使用偏好性作为基因表达调控与分子进化的重要驱动力,在植物细胞器基因组研究中具有特殊意义。‘槠叶齐’(Camellia sinensis cv.‘Zhuyeqi’)作为中国重要的茶树品种,其细胞器基因组密码子使用模式尚未见系统报道。本研究对‘槠叶齐’52个叶绿体编码基因和29个线粒体编码基因开展系统生物学分析。结果表明:(1)‘槠叶齐’叶绿体基因组(ENC=44.64±3.25)和线粒体基因组(ENC=51.98±3.47)均呈现弱密码子偏好性,其中叶绿体偏好性主要受自然选择驱动(GC3s与ENC相关性R2=0.482),而线粒体受自然选择与突变压力共同作用(R2=0.312);(2)相对同义密码子使用度(RSCU)分析揭示两个细胞器基因组均显著偏好以A/U结尾的同义密码子,其中叶绿体基因组高表达基因(rpoC2、psbA等)呈现更强的密码子偏好;(3)通过多参数筛选获得20个叶绿体最优密码子(GCA、GCU等)和23个线粒体最优密码子(GCC、AGG等)。本研究阐明了‘槠叶齐’细胞器基因组密码子使用特征及其进化驱动力,为茶树分子育种体系优化和外源基因高效表达提供了重要理论依据。
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关键词
槠叶齐
叶绿体基因组
线粒体基因组
密码子使用偏好性
最优密码子
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职称材料
题名
‘槠叶齐’叶绿体与线粒体基因组密码子偏好性分析
1
作者
曾文娟
朱友鹏
陈嘉欣
李洪玉
王双辉
龚意辉
陈致印
机构
湖南人文科技学院湖南省湘中特色
农业
资源
开发
利用与质量安全控制重点实验室
湖南人文科技学院湖南省园艺生产与加工类创新创业教育中心
湖南人文科技学院湖南省创新创业示范基地
湖南人文科技学院
农业
与生物技术学院
新化县桃花源农业开发有限公司
出处
《茶叶科学》
北大核心
2025年第2期201-218,共18页
基金
湖南省自然科学基金(2023JJ50465)
湖南省科技创新计划项目(2024RC8289)
+1 种基金
娄底市科技创新计划项目(2023RC3501)
国家级大学生创新训练项目(S202310553022)。
文摘
密码子使用偏好性作为基因表达调控与分子进化的重要驱动力,在植物细胞器基因组研究中具有特殊意义。‘槠叶齐’(Camellia sinensis cv.‘Zhuyeqi’)作为中国重要的茶树品种,其细胞器基因组密码子使用模式尚未见系统报道。本研究对‘槠叶齐’52个叶绿体编码基因和29个线粒体编码基因开展系统生物学分析。结果表明:(1)‘槠叶齐’叶绿体基因组(ENC=44.64±3.25)和线粒体基因组(ENC=51.98±3.47)均呈现弱密码子偏好性,其中叶绿体偏好性主要受自然选择驱动(GC3s与ENC相关性R2=0.482),而线粒体受自然选择与突变压力共同作用(R2=0.312);(2)相对同义密码子使用度(RSCU)分析揭示两个细胞器基因组均显著偏好以A/U结尾的同义密码子,其中叶绿体基因组高表达基因(rpoC2、psbA等)呈现更强的密码子偏好;(3)通过多参数筛选获得20个叶绿体最优密码子(GCA、GCU等)和23个线粒体最优密码子(GCC、AGG等)。本研究阐明了‘槠叶齐’细胞器基因组密码子使用特征及其进化驱动力,为茶树分子育种体系优化和外源基因高效表达提供了重要理论依据。
关键词
槠叶齐
叶绿体基因组
线粒体基因组
密码子使用偏好性
最优密码子
Keywords
Camellia sinensis cv.‘Zhuyeqi’
chloroplast genome
mitochondrial genome
codon usage bias
optimal codons
分类号
S432.41 [农业科学—植物病理学]
Q52 [生物学—生物化学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
‘槠叶齐’叶绿体与线粒体基因组密码子偏好性分析
曾文娟
朱友鹏
陈嘉欣
李洪玉
王双辉
龚意辉
陈致印
《茶叶科学》
北大核心
2025
0
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参考文献
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