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白藜芦醇衍生物作为新型LSD1/HDAC双靶点抑制剂的计算模拟研究
被引量：
1
1
作者
鲁文凤
路嘉瑞
+2 位作者
韩迪
高云龙
徐永涛
《化学研究与应用》
CAS
北大核心
2024年第3期572-580,共9页
本研究选择前期设计出来的6个白藜芦醇衍生物LSD1抑制剂R1~R6,通过分子对接、分子动力学模拟、分子力学/广义玻恩表面积(MM/GBSA)等计算模拟方法探索了这些衍生物与HDAC8的相互作用模式以及结合自由能。以HDAC8的共晶配体CRA-A作为参考...
本研究选择前期设计出来的6个白藜芦醇衍生物LSD1抑制剂R1~R6,通过分子对接、分子动力学模拟、分子力学/广义玻恩表面积(MM/GBSA)等计算模拟方法探索了这些衍生物与HDAC8的相互作用模式以及结合自由能。以HDAC8的共晶配体CRA-A作为参考,结果显示,白藜芦醇衍生物R1~R6均能以双齿配位的形式与Zn^(2+)结合,与HDAC8有效结合。在分子动力学模拟的过程中,小分子的羟肟酸基团的两个氧原子始终与Zn^(2+)双齿配位,且6个白藜芦醇衍生物始终在HDAC8的疏水腔内。R1~R6与HDAC8的结合自由能计算结果表明,R1和R3与HDAC8的结合能力最强(分别为-200.00 kcal·mol^(-1)和-202.62 kcal·mol^(-1)),和其与LSD1的结合能力一致。其中,静电相互作用是主要的稳定因素。能量分解结果揭示ASP164、ASP253和HIS166是小分子与HDAC8结合过程中的关键氨基酸。
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关键词
组蛋白去乙酰化酶
白藜芦醇衍生物
分子对接
分子动力学模拟
双靶点抑制剂
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职称材料
Mtb_G5K同源建模及其与[3,2-c]喹啉对接研究
被引量：
1
2
作者
刘鸿仪
杨敏
+3 位作者
陈依帆
贺子豪
张松杰
徐永涛
《化学研究与应用》
CAS
CSCD
北大核心
2020年第7期1200-1206,共7页
结核病一直困扰着人类的健康。谷氨酸5-激酶(G5K,Glutamate 5-Kinase)作为新型抗结核药物靶标,小分子活化剂与其结合后,激活生物合成途径,会产生过量的脯氨酸和活性氧,从而杀死结核分枝杆菌(Mtb)。本文基于结核分枝杆菌谷氨酸5-激酶(Mtb...
结核病一直困扰着人类的健康。谷氨酸5-激酶(G5K,Glutamate 5-Kinase)作为新型抗结核药物靶标,小分子活化剂与其结合后,激活生物合成途径,会产生过量的脯氨酸和活性氧,从而杀死结核分枝杆菌(Mtb)。本文基于结核分枝杆菌谷氨酸5-激酶(Mtb_G5K)的一级序列,采用同源模建的方法构建Mtb_G5K蛋白三维结构并对其优化,运用三种方法分别对模型的各个方面进行评估,从而得到合理的蛋白质三维模型;构建小分子并将其能量最小化获得药物分子的最低能量构象,用Autodock将小分子对接到Mtb_G5K的活性位点;分析探讨[3,2-c]喹啉类小分子结合模式,观察蛋白与小分子之间的相互作用并预测具有稳定结合的高活性药物,从而推断出喹啉环的取代基采用相对分子质量较大的官能团能够增强药物小分子的酶催化活性。本研究结果对将来抗结核小分子的研发设计提供了新的思路。
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关键词
结核分枝杆菌
谷氨酸激酶
活化剂
同源建模
分子对接
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职称材料
使用遗传算法优化登革热病毒信封蛋白的肽抑制剂
被引量：
3
3
作者
贺子豪
赵俊强
+2 位作者
杨敏
张松杰
徐永涛
《河南师范大学学报（自然科学版）》
CAS
北大核心
2019年第6期38-44,共7页
登革热病毒严重威胁了人类的健康.目前仍无有效的治疗措施.膜融合是登革热病毒入侵细胞的第一步.信封蛋白的构象变化在膜融合过程中起到关键作用.研发针对信封蛋白的肽抑制剂为治疗登革热提供了潜在的重要靶点.设计了优化针对信封蛋白...
登革热病毒严重威胁了人类的健康.目前仍无有效的治疗措施.膜融合是登革热病毒入侵细胞的第一步.信封蛋白的构象变化在膜融合过程中起到关键作用.研发针对信封蛋白的肽抑制剂为治疗登革热提供了潜在的重要靶点.设计了优化针对信封蛋白的肽抑制剂的遗传算法,分别使用3种不同的选择算子(轮盘法、锦标赛法和并行法),对初始父代进行300代的优化.通过比较发现并行法的结果较好,命名最优的结果为DN58ga.与此同时还获得了一些多肽衍生物.通过计算验证,这些多肽比父代表现出与登革热病毒信封蛋白更好的结合能力.这些新的肽抑制剂有可能打断融合过程中的蛋白-蛋白相互作用,并有望作为开发登革热病毒信封蛋白新型抑制剂的起点.
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关键词
登革热病毒
膜融合
信封蛋白
肽抑制剂
遗传算法
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职称材料
题名
白藜芦醇衍生物作为新型LSD1/HDAC双靶点抑制剂的计算模拟研究
被引量：
1
1
作者
鲁文凤
路嘉瑞
韩迪
高云龙
徐永涛
机构
新乡
医学
院
医学
工程学院
新乡市生物医学信息研究重点实验室
河南省神经
信息
分析与药物智能设计国际联合
实验室
出处
《化学研究与应用》
CAS
北大核心
2024年第3期572-580,共9页
基金
国家自然科学基金委员会(GrantNo.21603180)资助
河南省高校科技创新人才(22HASTIT050)
+1 种基金
新乡医学院研究生科研研究创新支持计划项目(YJSCX202245Y)
新乡医学院博士人才支持计划项目(XYBSKYZZ202183)。
文摘
本研究选择前期设计出来的6个白藜芦醇衍生物LSD1抑制剂R1~R6,通过分子对接、分子动力学模拟、分子力学/广义玻恩表面积(MM/GBSA)等计算模拟方法探索了这些衍生物与HDAC8的相互作用模式以及结合自由能。以HDAC8的共晶配体CRA-A作为参考,结果显示,白藜芦醇衍生物R1~R6均能以双齿配位的形式与Zn^(2+)结合,与HDAC8有效结合。在分子动力学模拟的过程中,小分子的羟肟酸基团的两个氧原子始终与Zn^(2+)双齿配位,且6个白藜芦醇衍生物始终在HDAC8的疏水腔内。R1~R6与HDAC8的结合自由能计算结果表明,R1和R3与HDAC8的结合能力最强(分别为-200.00 kcal·mol^(-1)和-202.62 kcal·mol^(-1)),和其与LSD1的结合能力一致。其中,静电相互作用是主要的稳定因素。能量分解结果揭示ASP164、ASP253和HIS166是小分子与HDAC8结合过程中的关键氨基酸。
关键词
组蛋白去乙酰化酶
白藜芦醇衍生物
分子对接
分子动力学模拟
双靶点抑制剂
Keywords
histone deacetylases
resveratrol derivatives
molecular docking
molecular dynamics simulation
dual inhibitors
分类号
O641.3 [理学—物理化学]
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职称材料
题名
Mtb_G5K同源建模及其与[3,2-c]喹啉对接研究
被引量：
1
2
作者
刘鸿仪
杨敏
陈依帆
贺子豪
张松杰
徐永涛
机构
新乡
医学
院
生物医学
工程学院
新乡市生物医学信息研究重点实验室
临床与
生物医学
大数据融合技术河南省工程
实验室
出处
《化学研究与应用》
CAS
CSCD
北大核心
2020年第7期1200-1206,共7页
基金
国家自然科学基金项目(21603180)资助
新乡医学院科研启动经费(505060,505144)资助
新乡医学院研究生创新课题支持项目(YJSCX201917Z)资助。
文摘
结核病一直困扰着人类的健康。谷氨酸5-激酶(G5K,Glutamate 5-Kinase)作为新型抗结核药物靶标,小分子活化剂与其结合后,激活生物合成途径,会产生过量的脯氨酸和活性氧,从而杀死结核分枝杆菌(Mtb)。本文基于结核分枝杆菌谷氨酸5-激酶(Mtb_G5K)的一级序列,采用同源模建的方法构建Mtb_G5K蛋白三维结构并对其优化,运用三种方法分别对模型的各个方面进行评估,从而得到合理的蛋白质三维模型;构建小分子并将其能量最小化获得药物分子的最低能量构象,用Autodock将小分子对接到Mtb_G5K的活性位点;分析探讨[3,2-c]喹啉类小分子结合模式,观察蛋白与小分子之间的相互作用并预测具有稳定结合的高活性药物,从而推断出喹啉环的取代基采用相对分子质量较大的官能团能够增强药物小分子的酶催化活性。本研究结果对将来抗结核小分子的研发设计提供了新的思路。
关键词
结核分枝杆菌
谷氨酸激酶
活化剂
同源建模
分子对接
Keywords
mycobacterium tuberculosis
glutamate kinase
activator
homology modeling
molecular docking
分类号
O643.1 [理学—物理化学]
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职称材料
题名
使用遗传算法优化登革热病毒信封蛋白的肽抑制剂
被引量：
3
3
作者
贺子豪
赵俊强
杨敏
张松杰
徐永涛
机构
新乡
医学
院
生物医学
工程学院
新乡
医学
院三全学院
新乡市生物医学信息研究重点实验室
临床与
生物医学
大数据融合技术河南省工程
实验室
新乡市
智能
医学
虚拟
重点
实验室
出处
《河南师范大学学报（自然科学版）》
CAS
北大核心
2019年第6期38-44,共7页
基金
国家自然科学基金(201603180)
中国国家留学基金委(201708410492)
+5 种基金
新乡医学院科研启动经费(505060
505144)
新乡医学院生物医学工程学院开放课题(2018-BME-KFKT-01
2018-BME-KFKT-10
2018-BME-KFKT-11)
河南省高等学校青年骨干教师培养计划(2017GGJS219)
文摘
登革热病毒严重威胁了人类的健康.目前仍无有效的治疗措施.膜融合是登革热病毒入侵细胞的第一步.信封蛋白的构象变化在膜融合过程中起到关键作用.研发针对信封蛋白的肽抑制剂为治疗登革热提供了潜在的重要靶点.设计了优化针对信封蛋白的肽抑制剂的遗传算法,分别使用3种不同的选择算子(轮盘法、锦标赛法和并行法),对初始父代进行300代的优化.通过比较发现并行法的结果较好,命名最优的结果为DN58ga.与此同时还获得了一些多肽衍生物.通过计算验证,这些多肽比父代表现出与登革热病毒信封蛋白更好的结合能力.这些新的肽抑制剂有可能打断融合过程中的蛋白-蛋白相互作用,并有望作为开发登革热病毒信封蛋白新型抑制剂的起点.
关键词
登革热病毒
膜融合
信封蛋白
肽抑制剂
遗传算法
Keywords
Dengue virus
membrane fusion
envelope protein
peptide inhibitor
genetic algorithm
分类号
R318.04 [医药卫生—生物医学工程]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
白藜芦醇衍生物作为新型LSD1/HDAC双靶点抑制剂的计算模拟研究
鲁文凤
路嘉瑞
韩迪
高云龙
徐永涛
《化学研究与应用》
CAS
北大核心
2024
1
在线阅读
下载PDF
职称材料
2
Mtb_G5K同源建模及其与[3,2-c]喹啉对接研究
刘鸿仪
杨敏
陈依帆
贺子豪
张松杰
徐永涛
《化学研究与应用》
CAS
CSCD
北大核心
2020
1
在线阅读
下载PDF
职称材料
3
使用遗传算法优化登革热病毒信封蛋白的肽抑制剂
贺子豪
赵俊强
杨敏
张松杰
徐永涛
《河南师范大学学报（自然科学版）》
CAS
北大核心
2019
3
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职称材料
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