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基于CRISPR对大肠埃希菌O157∶H7的检测 被引量：5
1
作者 梁文娟 张荣光 +6 位作者 段广才 王颖芳 洪丽娟 张冰 王鹏飞 郗园林 杨海燕 《西安交通大学学报（医学版）》 CAS CSCD 北大核心 2016年第5期748-753,共6页
目的基于成簇的规律间隔短回文重复序列（CRISPR）,建立对大肠埃希菌O157∶H7的新型检测方法。方法应用PCR扩增实验室保存的443株肠道细菌（310株非O157∶H7大肠埃希菌、35株大肠埃希菌O157∶H7、89株志贺菌和9株沙门菌）的CRISPR1和CRI... 目的基于成簇的规律间隔短回文重复序列（CRISPR）,建立对大肠埃希菌O157∶H7的新型检测方法。方法应用PCR扩增实验室保存的443株肠道细菌（310株非O157∶H7大肠埃希菌、35株大肠埃希菌O157∶H7、89株志贺菌和9株沙门菌）的CRISPR1和CRISPR2,并将PCR产物测序;提取CRISPR database数据库中（标准法）100株肠道细菌（47株非O157∶H7大肠埃希菌、5株大肠埃希菌O157∶H7、9株志贺菌和39株沙门菌）的CRISPR1和CRISPR2序列。使用CRISPR Finder在线软件分析PCR产物测序序列和CRISPR database数据库的CRISPR序列。Clustal X软件进行间隔序列比对。比较标准法和PCR扩增CRISPR两种方法检测大肠埃希菌O157∶H7的一致性。结果共分析543株肠道细菌,其中75.6%的非O157∶H7大肠埃希菌、75.5%志贺菌、91.7%沙门菌和95%O157∶H7大肠埃希菌含有CRISPR1,其间隔序列数目为3～26、2～9、2～32、3。57.1%的非O157∶H7大肠埃希菌、77.6%志贺菌、85.4%沙门菌和100%O157∶H7大肠埃希菌含有CRISPR2,其间隔序列数目为1～20、1～6、2～27、1或4个。95%的O157∶H7大肠埃希菌的CRISPR1和90%CRISPR2分别含有3条独特间隔序列（S1-1,S1-2,S1-3）和1条独特间隔序列（S2-1）。间隔序列比对结果显示,S1-1＋S1-2＋S1-3和S2-1检测O157∶H7大肠埃希菌的特异性分别是100%和99.6%。标准法检测和PCR扩增CRISPR1和CRISPR2检测大肠埃希菌O157∶H7的一致性分别达99.6%和99.3%。基于CRISPR检测大肠埃希菌O157∶H7在模拟样品中的应用,结果显示在原样品大肠埃希菌O157∶H7浓度约2.3CFU/mL时,经12h增菌后即能检测出来。大肠埃希菌O157∶H7聚类分析显示,40株O157∶H7大肠埃希菌可分为3类。结论基于CRISPR的大肠埃希菌O157∶H7的检测方法,可以作为监测大肠埃希菌O157∶H7感染和高毒株大肠埃希菌O157∶H7有价值的流行病学工具。 展开更多
关键词 大肠埃希菌O157∶H7 成簇的规律间隔短回文重复序列(CRISPR) 聚合酶链反应 检测
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志贺菌成簇的规律间隔短回文重复序列的检测及同源性分析 被引量：4
2
作者 王鹏飞 王颖芳 +5 位作者 段广才 王琳琳 郭向娇 薛泽润 郗园林 杨海燕 《吉林大学学报（医学版）》 CAS CSCD 北大核心 2015年第2期261-268,I0003,共9页
目的:检测志贺菌成簇的规律间隔短回文重复序列(CRISPR),并与GenBank全基因组中志贺菌重复序列和间隔序列对比,分析其结构特征及同源性。方法:利用PCR法扩增获得志贺菌CRISPR,采用生物信息学方法对重复序列及间隔序列进行同源性分析;运... 目的:检测志贺菌成簇的规律间隔短回文重复序列(CRISPR),并与GenBank全基因组中志贺菌重复序列和间隔序列对比,分析其结构特征及同源性。方法:利用PCR法扩增获得志贺菌CRISPR,采用生物信息学方法对重复序列及间隔序列进行同源性分析;运用多序列比对分析间隔序列特点及其与侧翼序列间的联系;BLAST分析间隔序列与质粒和噬菌体的同源性;weblogo分析重复序列碱基频率及RNAfold预测其RNA二级结构;重复序列的同源聚类分析并用BLAST分析重复序列与其他细菌的同源性。结果:被测3株临床志贺菌及9株全基因组志贺菌中均含有不同数量CRISPR;同一个CRISPR中,间隔序列有的相似、有的完全不同,某些CRISPR间隔序列的部分序列与CRISPR侧翼序列存在同源性,某些间隔序列可能是信息基因和操纵基因的拼接重组;重复序列保守性不一致,可能与细菌进化存在一定的联系,重复序列碱基的差异影响茎的长度,从而影响二级结构的稳定性及CRISPR的功能。重复序列与个别远缘菌种具有较高的同源性。结论:志贺菌存在多样的CRISPR结构,不同CRISPR的重复序列保守性不同。某些间隔序列部分与CRISPR侧翼序列同源,某些间隔序列是多基因拼接而成。 展开更多
关键词 志贺菌 成簇的规律间隔短回文重复序列 重复序列 间隔序列 同源性
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基于BPNN的手足口病重症化进程中的相关因素变化及预测分析 被引量：2
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作者 马晓梅 闫国立 +5 位作者 刘颖 孙春阳 隋美丽 任静朝 郗园林 段广才 《西安交通大学学报（医学版）》 CAS CSCD 北大核心 2016年第5期721-725,共5页
目的探讨BP神经网络（BPNN）模型在儿童手足口病（HFMD）重症化进程预测中的应用价值,为HFMD重症病例早期识别提供参考依据。方法采用MATLAB 7.0软件对2013年4～6月河南郑州某医院收治的445例HFMD患儿临床资料构建BPNN模型,得出平均影... 目的探讨BP神经网络（BPNN）模型在儿童手足口病（HFMD）重症化进程预测中的应用价值,为HFMD重症病例早期识别提供参考依据。方法采用MATLAB 7.0软件对2013年4～6月河南郑州某医院收治的445例HFMD患儿临床资料构建BPNN模型,得出平均影响值（MIV）排序并归一化;从中挑选32例符合重症标准且自发病到重症的病例作为重症组,对照组纳入60例普通病例,以较大MIV值的因素为变量重新整理数据,统计分析得出单个因素水平和综合因素水平在重症化期间的变化趋势,阐述其与HFMD重症早期识别的关系。结果在HFMD重症化进程中,精神差、颈强直、易惊的变化是先上升,重症当天及前一天平稳且至最高,随后下降;呼吸频率、心率、嗜睡、热程≥3d及血糖水平的变化是先升后降,重症当天最高;手足抖动的变化是先升后降,重症前一天最高;呕吐呈下降趋势;热峰大致呈下降趋势,重症当天略微回升,之后降至正常体温;白细胞计数变化基本不大,均高于正常值范围,在重症次日恢复至正常值水平;综合因素水平是先上升至重症当天并达到最高,之后下降。结论 BPNN模型可用于分析HFMD重症化进程中的相关因素变化,可为重症病例的早期识别提供参考依据。 展开更多
关键词 BPNN HFMD 重症化 MIV
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