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基于CRISPR对大肠埃希菌O157∶H7的检测
被引量：
5
1
作者
梁文娟
张荣光
+6 位作者
段广才
王颖芳
洪丽娟
张冰
王鹏飞
郗园林
杨海燕
《西安交通大学学报（医学版）》
CAS
CSCD
北大核心
2016年第5期748-753,共6页
目的基于成簇的规律间隔短回文重复序列（CRISPR）,建立对大肠埃希菌O157∶H7的新型检测方法。方法应用PCR扩增实验室保存的443株肠道细菌（310株非O157∶H7大肠埃希菌、35株大肠埃希菌O157∶H7、89株志贺菌和9株沙门菌）的CRISPR1和CRI...
目的基于成簇的规律间隔短回文重复序列（CRISPR）,建立对大肠埃希菌O157∶H7的新型检测方法。方法应用PCR扩增实验室保存的443株肠道细菌（310株非O157∶H7大肠埃希菌、35株大肠埃希菌O157∶H7、89株志贺菌和9株沙门菌）的CRISPR1和CRISPR2,并将PCR产物测序;提取CRISPR database数据库中（标准法）100株肠道细菌（47株非O157∶H7大肠埃希菌、5株大肠埃希菌O157∶H7、9株志贺菌和39株沙门菌）的CRISPR1和CRISPR2序列。使用CRISPR Finder在线软件分析PCR产物测序序列和CRISPR database数据库的CRISPR序列。Clustal X软件进行间隔序列比对。比较标准法和PCR扩增CRISPR两种方法检测大肠埃希菌O157∶H7的一致性。结果共分析543株肠道细菌,其中75.6%的非O157∶H7大肠埃希菌、75.5%志贺菌、91.7%沙门菌和95%O157∶H7大肠埃希菌含有CRISPR1,其间隔序列数目为3～26、2～9、2～32、3。57.1%的非O157∶H7大肠埃希菌、77.6%志贺菌、85.4%沙门菌和100%O157∶H7大肠埃希菌含有CRISPR2,其间隔序列数目为1～20、1～6、2～27、1或4个。95%的O157∶H7大肠埃希菌的CRISPR1和90%CRISPR2分别含有3条独特间隔序列（S1-1,S1-2,S1-3）和1条独特间隔序列（S2-1）。间隔序列比对结果显示,S1-1＋S1-2＋S1-3和S2-1检测O157∶H7大肠埃希菌的特异性分别是100%和99.6%。标准法检测和PCR扩增CRISPR1和CRISPR2检测大肠埃希菌O157∶H7的一致性分别达99.6%和99.3%。基于CRISPR检测大肠埃希菌O157∶H7在模拟样品中的应用,结果显示在原样品大肠埃希菌O157∶H7浓度约2.3CFU/mL时,经12h增菌后即能检测出来。大肠埃希菌O157∶H7聚类分析显示,40株O157∶H7大肠埃希菌可分为3类。结论基于CRISPR的大肠埃希菌O157∶H7的检测方法,可以作为监测大肠埃希菌O157∶H7感染和高毒株大肠埃希菌O157∶H7有价值的流行病学工具。
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关键词
大肠埃希菌O157∶H7
成簇的规律间隔短回文重复序列(CRISPR)
聚合酶链反应
检测
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职称材料
基于BPNN的手足口病重症化进程中的相关因素变化及预测分析
被引量：
2
2
作者
马晓梅
闫国立
+5 位作者
刘颖
孙春阳
隋美丽
任静朝
郗园林
段广才
《西安交通大学学报（医学版）》
CAS
CSCD
北大核心
2016年第5期721-725,共5页
目的探讨BP神经网络（BPNN）模型在儿童手足口病（HFMD）重症化进程预测中的应用价值,为HFMD重症病例早期识别提供参考依据。方法采用MATLAB 7.0软件对2013年4～6月河南郑州某医院收治的445例HFMD患儿临床资料构建BPNN模型,得出平均影...
目的探讨BP神经网络（BPNN）模型在儿童手足口病（HFMD）重症化进程预测中的应用价值,为HFMD重症病例早期识别提供参考依据。方法采用MATLAB 7.0软件对2013年4～6月河南郑州某医院收治的445例HFMD患儿临床资料构建BPNN模型,得出平均影响值（MIV）排序并归一化;从中挑选32例符合重症标准且自发病到重症的病例作为重症组,对照组纳入60例普通病例,以较大MIV值的因素为变量重新整理数据,统计分析得出单个因素水平和综合因素水平在重症化期间的变化趋势,阐述其与HFMD重症早期识别的关系。结果在HFMD重症化进程中,精神差、颈强直、易惊的变化是先上升,重症当天及前一天平稳且至最高,随后下降;呼吸频率、心率、嗜睡、热程≥3d及血糖水平的变化是先升后降,重症当天最高;手足抖动的变化是先升后降,重症前一天最高;呕吐呈下降趋势;热峰大致呈下降趋势,重症当天略微回升,之后降至正常体温;白细胞计数变化基本不大,均高于正常值范围,在重症次日恢复至正常值水平;综合因素水平是先上升至重症当天并达到最高,之后下降。结论 BPNN模型可用于分析HFMD重症化进程中的相关因素变化,可为重症病例的早期识别提供参考依据。
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关键词
BPNN
HFMD
重症化
MIV
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职称材料
题名
基于CRISPR对大肠埃希菌O157∶H7的检测
被引量：
5
1
作者
梁文娟
张荣光
段广才
王颖芳
洪丽娟
张冰
王鹏飞
郗园林
杨海燕
机构
郑州大学公共卫生
学院
流行病与卫生统计学系
新乡医学院分子诊断与医学检验技术河南省协同创新中心
河南
科技大学预防
医学
教研室
出处
《西安交通大学学报（医学版）》
CAS
CSCD
北大核心
2016年第5期748-753,共6页
基金
国家科技重大专项(No.2013ZX100046070)
新乡医学院分子诊断与医学检验技术河南省协同创新中心(No.XTCX-2015-PY4)~~
文摘
目的基于成簇的规律间隔短回文重复序列（CRISPR）,建立对大肠埃希菌O157∶H7的新型检测方法。方法应用PCR扩增实验室保存的443株肠道细菌（310株非O157∶H7大肠埃希菌、35株大肠埃希菌O157∶H7、89株志贺菌和9株沙门菌）的CRISPR1和CRISPR2,并将PCR产物测序;提取CRISPR database数据库中（标准法）100株肠道细菌（47株非O157∶H7大肠埃希菌、5株大肠埃希菌O157∶H7、9株志贺菌和39株沙门菌）的CRISPR1和CRISPR2序列。使用CRISPR Finder在线软件分析PCR产物测序序列和CRISPR database数据库的CRISPR序列。Clustal X软件进行间隔序列比对。比较标准法和PCR扩增CRISPR两种方法检测大肠埃希菌O157∶H7的一致性。结果共分析543株肠道细菌,其中75.6%的非O157∶H7大肠埃希菌、75.5%志贺菌、91.7%沙门菌和95%O157∶H7大肠埃希菌含有CRISPR1,其间隔序列数目为3～26、2～9、2～32、3。57.1%的非O157∶H7大肠埃希菌、77.6%志贺菌、85.4%沙门菌和100%O157∶H7大肠埃希菌含有CRISPR2,其间隔序列数目为1～20、1～6、2～27、1或4个。95%的O157∶H7大肠埃希菌的CRISPR1和90%CRISPR2分别含有3条独特间隔序列（S1-1,S1-2,S1-3）和1条独特间隔序列（S2-1）。间隔序列比对结果显示,S1-1＋S1-2＋S1-3和S2-1检测O157∶H7大肠埃希菌的特异性分别是100%和99.6%。标准法检测和PCR扩增CRISPR1和CRISPR2检测大肠埃希菌O157∶H7的一致性分别达99.6%和99.3%。基于CRISPR检测大肠埃希菌O157∶H7在模拟样品中的应用,结果显示在原样品大肠埃希菌O157∶H7浓度约2.3CFU/mL时,经12h增菌后即能检测出来。大肠埃希菌O157∶H7聚类分析显示,40株O157∶H7大肠埃希菌可分为3类。结论基于CRISPR的大肠埃希菌O157∶H7的检测方法,可以作为监测大肠埃希菌O157∶H7感染和高毒株大肠埃希菌O157∶H7有价值的流行病学工具。
关键词
大肠埃希菌O157∶H7
成簇的规律间隔短回文重复序列(CRISPR)
聚合酶链反应
检测
Keywords
Escherichia coli O157∶H7
clustered regularly interspaced short palindromic repeat（CRISPR）
PCR
detection
分类号
R37 [医药卫生—病原生物学]
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职称材料
题名
基于BPNN的手足口病重症化进程中的相关因素变化及预测分析
被引量：
2
2
作者
马晓梅
闫国立
刘颖
孙春阳
隋美丽
任静朝
郗园林
段广才
机构
河南
中
医学院
基础
医学院
郑州大学公共卫生
学院
流行病学教研室
新乡医学院分子诊断与医学检验技术河南省协同创新中心
出处
《西安交通大学学报（医学版）》
CAS
CSCD
北大核心
2016年第5期721-725,共5页
基金
国家自然科学基金资助项目(No.81172740)~~
文摘
目的探讨BP神经网络（BPNN）模型在儿童手足口病（HFMD）重症化进程预测中的应用价值,为HFMD重症病例早期识别提供参考依据。方法采用MATLAB 7.0软件对2013年4～6月河南郑州某医院收治的445例HFMD患儿临床资料构建BPNN模型,得出平均影响值（MIV）排序并归一化;从中挑选32例符合重症标准且自发病到重症的病例作为重症组,对照组纳入60例普通病例,以较大MIV值的因素为变量重新整理数据,统计分析得出单个因素水平和综合因素水平在重症化期间的变化趋势,阐述其与HFMD重症早期识别的关系。结果在HFMD重症化进程中,精神差、颈强直、易惊的变化是先上升,重症当天及前一天平稳且至最高,随后下降;呼吸频率、心率、嗜睡、热程≥3d及血糖水平的变化是先升后降,重症当天最高;手足抖动的变化是先升后降,重症前一天最高;呕吐呈下降趋势;热峰大致呈下降趋势,重症当天略微回升,之后降至正常体温;白细胞计数变化基本不大,均高于正常值范围,在重症次日恢复至正常值水平;综合因素水平是先上升至重症当天并达到最高,之后下降。结论 BPNN模型可用于分析HFMD重症化进程中的相关因素变化,可为重症病例的早期识别提供参考依据。
关键词
BPNN
HFMD
重症化
MIV
Keywords
back propagation neural network（BPNN）
hand-foot-mouth disease（HFMD）
aggravation
MIV
分类号
R511 [医药卫生—内科学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
基于CRISPR对大肠埃希菌O157∶H7的检测
梁文娟
张荣光
段广才
王颖芳
洪丽娟
张冰
王鹏飞
郗园林
杨海燕
《西安交通大学学报（医学版）》
CAS
CSCD
北大核心
2016
5
在线阅读
下载PDF
职称材料
2
基于BPNN的手足口病重症化进程中的相关因素变化及预测分析
马晓梅
闫国立
刘颖
孙春阳
隋美丽
任静朝
郗园林
段广才
《西安交通大学学报（医学版）》
CAS
CSCD
北大核心
2016
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