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由代谢网络分析发现菌种代谢工程改造新策略
被引量:
4
1
作者
袁倩倩
李斐然
+2 位作者
罗浩
马红武
赵学明
《化工进展》
EI
CAS
CSCD
北大核心
2017年第12期4592-4600,共9页
微生物菌种需要经过一系列代谢工程改造才能实现高产特定产品,而经过二十多年的研究积累,应用传统代谢工程方法通过局部途径分析发现菌种改造策略遇到严重瓶颈,急需从新的角度进行分析以发现新的改造策略。本文结合本实验室已有工作以...
微生物菌种需要经过一系列代谢工程改造才能实现高产特定产品,而经过二十多年的研究积累,应用传统代谢工程方法通过局部途径分析发现菌种改造策略遇到严重瓶颈,急需从新的角度进行分析以发现新的改造策略。本文结合本实验室已有工作以及文献报道的实例,阐述了应用代谢网络模型分析发现产品合成新途径进而指导代谢工程菌种改造方面的研究进展。本文总结了代谢网络模型的构建方法及应用代谢网络模型进行途径预测的常用方法,将已有的模型指导代谢途径改造的策略总结为两类,即模型指导的产品从无到有和从有到优的改造策略,并结合实例分别对这两类策略进行详细阐述。同时本文阐述了目前利用代谢网络模型进行途经预测中存在的问题,并且针对这些问题提出了一些可行的解决方案。
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关键词
代谢
生物工程
模型
优化设计
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职称材料
合成生物学助力碳中和:新底盘、新策略与新技术
被引量:
6
2
作者
孙韬
张卫文
+1 位作者
胡章立
元英进
《合成生物学》
CSCD
2022年第5期821-824,共4页
2020年9月22日,国家主席习近平在第七十五届联合国大会上宣布:中国力争2030年前二氧化碳排放达到峰值,努力争取2060年前实现碳中和目标。“双碳”目标既体现大国担当,又为构建人类命运共同体贡献了中国智慧。
关键词
合成生物学
碳中和
人类命运共同体
二氧化碳排放
联合国大会
新策略
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职称材料
多元模块工程在代谢工程中的应用与研究进展
3
作者
刘丁玉
孟娇
+2 位作者
王智文
陈涛
赵学明
《化工进展》
EI
CAS
CSCD
北大核心
2016年第11期3619-3626,共8页
随着代谢工程理论体系的发展,代谢工程的研究方法目前已从对单一途径的调控转变为对整个代谢网络的全局调控。同时,为了在工业微生物领域实现与化学工业生产规模相当的生物炼制过程,代谢工程需要一套通用的菌株优化策略。其中关键问题之...
随着代谢工程理论体系的发展,代谢工程的研究方法目前已从对单一途径的调控转变为对整个代谢网络的全局调控。同时,为了在工业微生物领域实现与化学工业生产规模相当的生物炼制过程,代谢工程需要一套通用的菌株优化策略。其中关键问题之一,是解决代谢通量的不平衡。本文介绍了基于传统的理性代谢工程与近年来兴起的组合工程中存在的问题,研究者提出了一种模块化的代谢网络优化策略——多元模块工程(multivariate modular metabolic engineering,MMME)。阐述了多元模块工程的原理和方法,列举了其常用的调控技术和手段,在此基础上综述了近年来模块化策略在代谢工程领域的应用进展,提出了该策略面临的主要问题并展望了其未来的发展方向。
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关键词
多元模块工程
代谢工程
组合工程
合成生物学
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职称材料
调控工程在光合蓝细菌中的应用
被引量:
2
4
作者
董正鑫
孙韬
+1 位作者
陈磊
张卫文
《合成生物学》
CSCD
2022年第5期966-984,共19页
能源短缺与环境污染问题限制着人类发展,光合蓝细菌因能够利用太阳能将CO固定生成燃料和化学品而受到广泛关注。迄今为止,在光合蓝细菌中已实现近百种燃料和化学品由CO的生物合成,有望促进CO的资源化利用并助力“碳中和”。调控工程能...
能源短缺与环境污染问题限制着人类发展,光合蓝细菌因能够利用太阳能将CO固定生成燃料和化学品而受到广泛关注。迄今为止,在光合蓝细菌中已实现近百种燃料和化学品由CO的生物合成,有望促进CO的资源化利用并助力“碳中和”。调控工程能够实现基因表达多层次调控及代谢网络的全局性调控,是提高光合蓝细菌CO固定效率的有效手段。本文首先归纳了光合蓝细菌底盘中的双组分信号转导系统、调控小RNA和σ因子等3种主要调控系统的分类、作用过程以及功能;介绍了光合蓝细菌调控系统中的调控元件功能研究,系统总结了光合蓝细菌中通过调控系统元件改造,提高底盘鲁棒性、优化产品生产所进行的调控工程;最后,讨论了光合蓝细菌中调控工程的未来研究方向,重点包括调控系统功能阐明、工具开发、多基因调控、调控系统蛋白工程改造和系统调控工程等。总之,有望通过系统调控工程,实现对光合蓝细菌底盘细胞全局代谢网络的精确调控。
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关键词
光合蓝细菌
自养型细胞工厂
碳中和
调控工程
双组分系统
小RNA
Σ因子
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职称材料
乙醇发酵过程中酿酒酵母的磷脂组变化
被引量:
6
5
作者
杨洁
丁明珠
+1 位作者
李炳志
元英进
《化工学报》
EI
CAS
CSCD
北大核心
2012年第6期1830-1835,共6页
引言生物燃料乙醇是一种具有发展潜力的清洁能源。与化石燃料相比,乙醇具有高辛烷值、低CO2排放的特性[1]。酵母发酵生产乙醇是复杂的生物过程,随酵母菌体的生长,糖类逐渐消耗,乙醇合成增加。
关键词
生物乙醇
酿酒酵母
细胞膜
磷脂组学
主成分分析
正交偏最小二乘
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职称材料
大肠杆菌生产L-组氨酸研究进展
被引量:
2
6
作者
康培
张亚
+2 位作者
刘双
王智文
陈涛
《食品与发酵工业》
CAS
CSCD
北大核心
2016年第11期249-254,共6页
L-组氨酸可用于生物医药领域治疗多种疾病,并且其生物合成路径广泛分布在细菌、古细菌、低等真核生物以及植物中。由于组氨酸的生物合成路径较长,调控机制复杂,一直是研究的热点。该文对大肠杆菌中L-组氨酸的生物合成路径进行了概述,同...
L-组氨酸可用于生物医药领域治疗多种疾病,并且其生物合成路径广泛分布在细菌、古细菌、低等真核生物以及植物中。由于组氨酸的生物合成路径较长,调控机制复杂,一直是研究的热点。该文对大肠杆菌中L-组氨酸的生物合成路径进行了概述,同时综述了当前国内外生产L-组氨酸大肠杆菌的研究进展,最后结合当前的研究进展进行了展望。
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关键词
L-组氨酸
生物合成途径
降解途径
大肠杆菌
改造策略
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职称材料
干粉浸提法提取菊粉及树脂脱色工艺研究
被引量:
1
7
作者
苌豹
任天宇
+4 位作者
王祎然
王海燕
朱少迪
尹玉阁
朱宏吉
《现代化工》
CAS
CSCD
北大核心
2014年第9期88-92,共5页
采用干粉浸提法从干燥的菊芋颗粒中提取菊粉,石灰-磷酸法除杂,得到澄清的菊粉提取液;利用脱色一号、D280、D296R、D301-G、201-7 5种阴离子树脂和AB-8大孔吸附树脂分别对菊粉提取液进行脱色处理,结果表明,D280型树脂脱色效果最好,综合...
采用干粉浸提法从干燥的菊芋颗粒中提取菊粉,石灰-磷酸法除杂,得到澄清的菊粉提取液;利用脱色一号、D280、D296R、D301-G、201-7 5种阴离子树脂和AB-8大孔吸附树脂分别对菊粉提取液进行脱色处理,结果表明,D280型树脂脱色效果最好,综合评分值最高为80.31%,脱色率为84.67%,菊粉保留率为75.9%。通过响应曲面实验探讨菊粉澄清液的pH、质量浓度和温度对综合评分值的影响,并对这3个因素进行了优化。确定树脂脱色的最佳条件为pH=5.11,质量浓度为103.6 g/L,温度为25.43℃。在此条件下综合评分值为95.10%。
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关键词
菊芋
菊粉
树脂
脱色
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职称材料
趋磁细菌运动特性的研究进展
被引量:
4
8
作者
刘琴
赵坤
《生物技术通报》
CAS
CSCD
北大核心
2021年第3期198-205,共8页
细菌的运动性是影响其生存及致病的一个关键条件,同时也为合成和开发仿生运动体、微型机器人等提供了有效的模型。趋磁细菌具有胞内磁小体从而能够感知磁场的变化,进而影响其运动行为。目前,这种外部磁场与生物体的远程响应模式已在环...
细菌的运动性是影响其生存及致病的一个关键条件,同时也为合成和开发仿生运动体、微型机器人等提供了有效的模型。趋磁细菌具有胞内磁小体从而能够感知磁场的变化,进而影响其运动行为。目前,这种外部磁场与生物体的远程响应模式已在环境、医疗、材料等领域有广泛应用。因此,聚焦于趋磁细菌的运动特性,综述了趋磁细菌运动行为的表征、运动机理以及应用等方面的最新研究进展,并对该领域的发展和面临的挑战进行了展望。
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关键词
趋磁细菌
磁小体
运动机制
纳米机器人
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职称材料
题名
由代谢网络分析发现菌种代谢工程改造新策略
被引量:
4
1
作者
袁倩倩
李斐然
罗浩
马红武
赵学明
机构
天津大学化工学院
天津大学
教育部系统生物工程重点实验室
中国科学院天津工业
生物
技术研究所
出处
《化工进展》
EI
CAS
CSCD
北大核心
2017年第12期4592-4600,共9页
基金
国家重点基础研究发展计划(2012CB725203)
国家自然科学基金(21621004,21390201)
+1 种基金
天津科技支撑项目(14ZCZDSY00060)
中国科学院重点研究项目(ZDRW-ZS-2016-3)
文摘
微生物菌种需要经过一系列代谢工程改造才能实现高产特定产品,而经过二十多年的研究积累,应用传统代谢工程方法通过局部途径分析发现菌种改造策略遇到严重瓶颈,急需从新的角度进行分析以发现新的改造策略。本文结合本实验室已有工作以及文献报道的实例,阐述了应用代谢网络模型分析发现产品合成新途径进而指导代谢工程菌种改造方面的研究进展。本文总结了代谢网络模型的构建方法及应用代谢网络模型进行途径预测的常用方法,将已有的模型指导代谢途径改造的策略总结为两类,即模型指导的产品从无到有和从有到优的改造策略,并结合实例分别对这两类策略进行详细阐述。同时本文阐述了目前利用代谢网络模型进行途经预测中存在的问题,并且针对这些问题提出了一些可行的解决方案。
关键词
代谢
生物工程
模型
优化设计
Keywords
metabolism
biological engineering
model
optimal design
分类号
Q-1 [生物学]
Q-332 [生物学]
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职称材料
题名
合成生物学助力碳中和:新底盘、新策略与新技术
被引量:
6
2
作者
孙韬
张卫文
胡章立
元英进
机构
天津大学化工学院
天津大学
生物
安全战略研究中心
教育部系统生物工程重点实验室
和合成
生物
学前沿科学中心
深圳大学生命与海洋科学学院
广东省海洋藻类
工程
技术研究中心
出处
《合成生物学》
CSCD
2022年第5期821-824,共4页
文摘
2020年9月22日,国家主席习近平在第七十五届联合国大会上宣布:中国力争2030年前二氧化碳排放达到峰值,努力争取2060年前实现碳中和目标。“双碳”目标既体现大国担当,又为构建人类命运共同体贡献了中国智慧。
关键词
合成生物学
碳中和
人类命运共同体
二氧化碳排放
联合国大会
新策略
分类号
Q81 [生物学—生物工程]
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职称材料
题名
多元模块工程在代谢工程中的应用与研究进展
3
作者
刘丁玉
孟娇
王智文
陈涛
赵学明
机构
天津大学化工学院
教育部系统生物工程重点实验室
天津化学化工协同创新中心
出处
《化工进展》
EI
CAS
CSCD
北大核心
2016年第11期3619-3626,共8页
基金
国家自然科学基金(NSFC-21576200
NSFC-21576191)
+1 种基金
国家973计划(2012CB725203)
天津市自然科学基金(15JCQNJC06000)项目
文摘
随着代谢工程理论体系的发展,代谢工程的研究方法目前已从对单一途径的调控转变为对整个代谢网络的全局调控。同时,为了在工业微生物领域实现与化学工业生产规模相当的生物炼制过程,代谢工程需要一套通用的菌株优化策略。其中关键问题之一,是解决代谢通量的不平衡。本文介绍了基于传统的理性代谢工程与近年来兴起的组合工程中存在的问题,研究者提出了一种模块化的代谢网络优化策略——多元模块工程(multivariate modular metabolic engineering,MMME)。阐述了多元模块工程的原理和方法,列举了其常用的调控技术和手段,在此基础上综述了近年来模块化策略在代谢工程领域的应用进展,提出了该策略面临的主要问题并展望了其未来的发展方向。
关键词
多元模块工程
代谢工程
组合工程
合成生物学
Keywords
multivariate modular metabolic engineering
metabolic engineering
combinatorial engineering
synthetic biology
分类号
Q819 [生物学—生物工程]
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职称材料
题名
调控工程在光合蓝细菌中的应用
被引量:
2
4
作者
董正鑫
孙韬
陈磊
张卫文
机构
天津大学化工学院合成微
生物
学
实验室
天津大学
生物
安全战略研究中心
教育部系统生物工程重点实验室
教育部
合成
生物
学前沿科学中心
化学化工协同创新中心
出处
《合成生物学》
CSCD
2022年第5期966-984,共19页
基金
国家重点研发计划(2018YFA0903000,2019YFA0904600,2018YFA0903600)。
文摘
能源短缺与环境污染问题限制着人类发展,光合蓝细菌因能够利用太阳能将CO固定生成燃料和化学品而受到广泛关注。迄今为止,在光合蓝细菌中已实现近百种燃料和化学品由CO的生物合成,有望促进CO的资源化利用并助力“碳中和”。调控工程能够实现基因表达多层次调控及代谢网络的全局性调控,是提高光合蓝细菌CO固定效率的有效手段。本文首先归纳了光合蓝细菌底盘中的双组分信号转导系统、调控小RNA和σ因子等3种主要调控系统的分类、作用过程以及功能;介绍了光合蓝细菌调控系统中的调控元件功能研究,系统总结了光合蓝细菌中通过调控系统元件改造,提高底盘鲁棒性、优化产品生产所进行的调控工程;最后,讨论了光合蓝细菌中调控工程的未来研究方向,重点包括调控系统功能阐明、工具开发、多基因调控、调控系统蛋白工程改造和系统调控工程等。总之,有望通过系统调控工程,实现对光合蓝细菌底盘细胞全局代谢网络的精确调控。
关键词
光合蓝细菌
自养型细胞工厂
碳中和
调控工程
双组分系统
小RNA
Σ因子
Keywords
photosynthetic cyanobacteria
autotrophic cell factory
carbon neutrality
regulatory engineering
two-component systems
small RNAs
sigma factors
分类号
Q819 [生物学—生物工程]
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职称材料
题名
乙醇发酵过程中酿酒酵母的磷脂组变化
被引量:
6
5
作者
杨洁
丁明珠
李炳志
元英进
机构
天津大学化工学院制药
工程
系
出处
《化工学报》
EI
CAS
CSCD
北大核心
2012年第6期1830-1835,共6页
基金
国家重点基础研究发展计划项目(2011CBA00802)
国家自然科学基金重点项目(20736006)
重大国际合作项目(21020102040)~~
文摘
引言生物燃料乙醇是一种具有发展潜力的清洁能源。与化石燃料相比,乙醇具有高辛烷值、低CO2排放的特性[1]。酵母发酵生产乙醇是复杂的生物过程,随酵母菌体的生长,糖类逐渐消耗,乙醇合成增加。
关键词
生物乙醇
酿酒酵母
细胞膜
磷脂组学
主成分分析
正交偏最小二乘
Keywords
bioethanol
Saccharomyces cerevisiae
cell membrane
phospholipidome
principal component analysis
orthogonal partial least squares
分类号
TQ920.1 [轻工技术与工程—发酵工程]
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职称材料
题名
大肠杆菌生产L-组氨酸研究进展
被引量:
2
6
作者
康培
张亚
刘双
王智文
陈涛
机构
天津大学化工学院
天津化学化工协同创新中心
出处
《食品与发酵工业》
CAS
CSCD
北大核心
2016年第11期249-254,共6页
基金
国家“973”计划(2012CB725203)
文摘
L-组氨酸可用于生物医药领域治疗多种疾病,并且其生物合成路径广泛分布在细菌、古细菌、低等真核生物以及植物中。由于组氨酸的生物合成路径较长,调控机制复杂,一直是研究的热点。该文对大肠杆菌中L-组氨酸的生物合成路径进行了概述,同时综述了当前国内外生产L-组氨酸大肠杆菌的研究进展,最后结合当前的研究进展进行了展望。
关键词
L-组氨酸
生物合成途径
降解途径
大肠杆菌
改造策略
Keywords
L-histidine
biosynthesis pathway
degradation pathway
Escherichia coli
reconstruction strategy
分类号
TQ922 [轻工技术与工程—发酵工程]
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职称材料
题名
干粉浸提法提取菊粉及树脂脱色工艺研究
被引量:
1
7
作者
苌豹
任天宇
王祎然
王海燕
朱少迪
尹玉阁
朱宏吉
机构
天津大学化工学院
出处
《现代化工》
CAS
CSCD
北大核心
2014年第9期88-92,共5页
文摘
采用干粉浸提法从干燥的菊芋颗粒中提取菊粉,石灰-磷酸法除杂,得到澄清的菊粉提取液;利用脱色一号、D280、D296R、D301-G、201-7 5种阴离子树脂和AB-8大孔吸附树脂分别对菊粉提取液进行脱色处理,结果表明,D280型树脂脱色效果最好,综合评分值最高为80.31%,脱色率为84.67%,菊粉保留率为75.9%。通过响应曲面实验探讨菊粉澄清液的pH、质量浓度和温度对综合评分值的影响,并对这3个因素进行了优化。确定树脂脱色的最佳条件为pH=5.11,质量浓度为103.6 g/L,温度为25.43℃。在此条件下综合评分值为95.10%。
关键词
菊芋
菊粉
树脂
脱色
Keywords
Jerusalem artichoke
Jerusalem artichoke powder
resin
decoloration
分类号
TS244 [轻工技术与工程—制糖工程]
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职称材料
题名
趋磁细菌运动特性的研究进展
被引量:
4
8
作者
刘琴
赵坤
机构
天津大学化工学院
教育部系统生物工程重点实验室
出处
《生物技术通报》
CAS
CSCD
北大核心
2021年第3期198-205,共8页
基金
天津市自然科学基金青年项目(19JCQNJC14900)。
文摘
细菌的运动性是影响其生存及致病的一个关键条件,同时也为合成和开发仿生运动体、微型机器人等提供了有效的模型。趋磁细菌具有胞内磁小体从而能够感知磁场的变化,进而影响其运动行为。目前,这种外部磁场与生物体的远程响应模式已在环境、医疗、材料等领域有广泛应用。因此,聚焦于趋磁细菌的运动特性,综述了趋磁细菌运动行为的表征、运动机理以及应用等方面的最新研究进展,并对该领域的发展和面临的挑战进行了展望。
关键词
趋磁细菌
磁小体
运动机制
纳米机器人
Keywords
magnetotactic bacteria
magnetosome
mechanism of motility
nano-robot
分类号
Q938 [生物学—微生物学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
由代谢网络分析发现菌种代谢工程改造新策略
袁倩倩
李斐然
罗浩
马红武
赵学明
《化工进展》
EI
CAS
CSCD
北大核心
2017
4
在线阅读
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职称材料
2
合成生物学助力碳中和:新底盘、新策略与新技术
孙韬
张卫文
胡章立
元英进
《合成生物学》
CSCD
2022
6
在线阅读
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职称材料
3
多元模块工程在代谢工程中的应用与研究进展
刘丁玉
孟娇
王智文
陈涛
赵学明
《化工进展》
EI
CAS
CSCD
北大核心
2016
0
在线阅读
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职称材料
4
调控工程在光合蓝细菌中的应用
董正鑫
孙韬
陈磊
张卫文
《合成生物学》
CSCD
2022
2
在线阅读
下载PDF
职称材料
5
乙醇发酵过程中酿酒酵母的磷脂组变化
杨洁
丁明珠
李炳志
元英进
《化工学报》
EI
CAS
CSCD
北大核心
2012
6
在线阅读
下载PDF
职称材料
6
大肠杆菌生产L-组氨酸研究进展
康培
张亚
刘双
王智文
陈涛
《食品与发酵工业》
CAS
CSCD
北大核心
2016
2
在线阅读
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职称材料
7
干粉浸提法提取菊粉及树脂脱色工艺研究
苌豹
任天宇
王祎然
王海燕
朱少迪
尹玉阁
朱宏吉
《现代化工》
CAS
CSCD
北大核心
2014
1
在线阅读
下载PDF
职称材料
8
趋磁细菌运动特性的研究进展
刘琴
赵坤
《生物技术通报》
CAS
CSCD
北大核心
2021
4
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职称材料
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