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基于信息传播的致病基因识别研究
1
作者
李家文
郭炳晖
+1 位作者
杨小博
郑志明
《计算机科学》
CSCD
北大核心
2022年第1期264-270,共7页
基因在生命科学领域的研究中占据着重要地位,而致病基因则是关键重心之一。对致病基因的精准识别可以揭示疾病在分子层面的发病机制,为疾病的预防、诊断及治疗等多个阶段提供强力支撑。准确识别致病基因的关键在于给出基因之间的相似性...
基因在生命科学领域的研究中占据着重要地位,而致病基因则是关键重心之一。对致病基因的精准识别可以揭示疾病在分子层面的发病机制,为疾病的预防、诊断及治疗等多个阶段提供强力支撑。准确识别致病基因的关键在于给出基因之间的相似性度量。文中利用复杂网络对生物系统进行建模,并提出了一种带有耗散机制的多源头重启随机游走模型DRWMR来度量基因之间的功能相似程度。首先基于NCBI等生物数据库构建人类基因相互作用网络,并在KEGG的疾病-基因关联数据集上开展实验对已知致病基因进行识别。与SP,RWR和PRINCE 3种现有模型进行对比,DRWMR准确预测了581种疾病中的156种,而其余模型平均正确预测了121.3种,DRWMR的平均预测分数相比其余模型的预测分数均值高出9.46%。最后使用所提模型预测哮喘、血友病和PEHO综合征的潜在致病基因,预测结果均在文献或数据库中找到了理论或实验支持。
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关键词
生物信息学
复杂网络
信息传播
基因功能预测
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职称材料
随机赋范模上非零连续线性泛函的存在性
被引量:
4
2
作者
郭铁信
曾小林
《工程数学学报》
CSCD
北大核心
2008年第1期117-123,共7页
本文证明了在任意满支承的随机赋范模上存在一个非零连续线性泛函的充要条件是它的基底空间至少存在一个原子;存在足够多非零连续线性泛函的充要条件是它的基底空间本质上由至多可数个原子生成。该结果表明经典的共轭空间理论对随机赋...
本文证明了在任意满支承的随机赋范模上存在一个非零连续线性泛函的充要条件是它的基底空间至少存在一个原子;存在足够多非零连续线性泛函的充要条件是它的基底空间本质上由至多可数个原子生成。该结果表明经典的共轭空间理论对随机赋范模是普遍失效的,进一步揭示了随机共轭空间理论对随机赋范模发展的突出重要性。同时本文也包括了许多结果,它们表明许多由随机赋范模生成的经典赋准范空间拥有一个或足够多的非零连续线性泛函的特征成为一目了然!
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关键词
随机赋范模
连续线性泛函
几乎处处有界随机线性泛函
经典共轭空间
随机共轭空间
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职称材料
基于熵值模糊层次分析法的科技战略评价
被引量:
17
3
作者
刘子琦
郭炳晖
+2 位作者
程臻
杨小博
殷子樵
《计算机科学》
CSCD
北大核心
2020年第S01期1-5,共5页
评价体系的科学性直接关系到对被评价对象优劣的认识程度,将科学方法应用于评价体系的构建具有重大意义。针对传统的模糊层次分析法(Fuzzy Analytic Hierarchy Process,FAHP)依靠专家对指标的评判结果和人工给定专家系数计算指标权重存...
评价体系的科学性直接关系到对被评价对象优劣的认识程度,将科学方法应用于评价体系的构建具有重大意义。针对传统的模糊层次分析法(Fuzzy Analytic Hierarchy Process,FAHP)依靠专家对指标的评判结果和人工给定专家系数计算指标权重存在较强的主观因素从而导致结果不准确的问题,提出了熵值模糊层次分析法。该方法将熵值法和FAHP结合,首先分析专家调查结果得到判断矩阵,进一步将模糊层次分析法中基于专家系数计算指标权重改为利用熵值法对判断矩阵计算得到指标权重,最终利用模糊评价法得到面向对象策略的评价分数。为了检验该算法的客观性及有效性,以国防科技战略事前有效性指标为研究对象,将《2016中国的航天》白皮书作为评估对象进行实例验证。结果表明,熵值法优化权重之后的评分有较大提升,说明熵值法与模糊层次分析法的结合是有效的。
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关键词
信息熵
层次分析法
模糊评价
判断矩阵
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职称材料
群智体系网络结构的自治调节:从生物调控网络结构谈起
被引量:
1
4
作者
殷子樵
郭炳晖
+3 位作者
马双鸽
米志龙
孙怡帆
郑志明
《计算机科学》
CSCD
北大核心
2021年第5期184-189,共6页
群体智能作为人工智能2.0时代最突出的研究方向之一,受到了工业界和学术界研究者们的广泛关注。传统的人工智能模型倾向于使用全连通网络结构,认为全连通网络结构的人工智能模型具有更高的准确率。然而,在面对存在强干扰的复杂对抗环境...
群体智能作为人工智能2.0时代最突出的研究方向之一,受到了工业界和学术界研究者们的广泛关注。传统的人工智能模型倾向于使用全连通网络结构,认为全连通网络结构的人工智能模型具有更高的准确率。然而,在面对存在强干扰的复杂对抗环境时,智能决策体系需要面对由通信干扰甚至针对性攻击所造成的系统结构扰动。在不失准确性的前提下,为了能够更快、更稳定地进行实时响应,需要智能系统的结构具有实时自治响应调整机制。此类自治响应调整机制在自然界中的调控网络中很常见。文中通过引入DReSS表征族来定量分析随机网络与真实网络中结构扰动对于系统演化的影响,对比了不同网络结构对于结构扰动的抗干扰能力,并提出了一套群智体系网络结构的自治调节构想。
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关键词
群体智能
计算生物学
复杂网络
布尔网络
动力系统
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职称材料
用于多模态语义分析的嵌入共识自动编码器
被引量:
2
5
作者
孙圣姿
郭炳晖
杨小博
《计算机科学》
CSCD
北大核心
2021年第7期93-98,共6页
跨模态检索技术是一项近年来的研究热点。多模态数据具有异质性,而不同形式的信息之间又有着相似性。传统的单模态方法只能以一种方式重构原始数据,并未考虑到不同数据之间的语义相似性,不能进行有效的检索。因此,文中建立了一个跨模态...
跨模态检索技术是一项近年来的研究热点。多模态数据具有异质性,而不同形式的信息之间又有着相似性。传统的单模态方法只能以一种方式重构原始数据,并未考虑到不同数据之间的语义相似性,不能进行有效的检索。因此,文中建立了一个跨模态嵌入共识自动编码器(Cross-Modal Semantic Autoencoder with Embedding Consensus,ECA-CMSA),将原始数据映射到低维共识空间以保留语义信息,学习出对应的语义代码向量,并引入参数来实现去噪。然后,考虑到各模态之间的相似性,采用自动编码器将特征投影关联到语义代码向量。此外,对低维矩阵进行正则化稀疏约束,以平衡重构误差。在4个多模态数据集上验证所提方法的性能,实验结果证明其查询结果有所提升,实现了有效的跨模态检索。进一步,ECA-CMSA还可以应用于与计算机和网络有关的领域,如深度学习和子空间学习。该模型突破了传统方法中的障碍,创新地使用深度学习方法将多模态数据转换为抽象的表达,使其可以获得更好的准确度和识别结果。
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关键词
多模态检索
嵌入共识
自动编码器
稀疏正则
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职称材料
题名
基于信息传播的致病基因识别研究
1
作者
李家文
郭炳晖
杨小博
郑志明
机构
北京航空航天大学大数据与脑机智能高精尖中心
鹏程
实验室
北京航空航天大学
数学
科学学院
教育部数学信息与行为重点实验室
出处
《计算机科学》
CSCD
北大核心
2022年第1期264-270,共7页
基金
科技创新2030-“新一代人工智能”重大项目(2018AAA0102301)
国家自然科学基金项目(11671025)
民机项目(MJ-F-2012-04)。
文摘
基因在生命科学领域的研究中占据着重要地位,而致病基因则是关键重心之一。对致病基因的精准识别可以揭示疾病在分子层面的发病机制,为疾病的预防、诊断及治疗等多个阶段提供强力支撑。准确识别致病基因的关键在于给出基因之间的相似性度量。文中利用复杂网络对生物系统进行建模,并提出了一种带有耗散机制的多源头重启随机游走模型DRWMR来度量基因之间的功能相似程度。首先基于NCBI等生物数据库构建人类基因相互作用网络,并在KEGG的疾病-基因关联数据集上开展实验对已知致病基因进行识别。与SP,RWR和PRINCE 3种现有模型进行对比,DRWMR准确预测了581种疾病中的156种,而其余模型平均正确预测了121.3种,DRWMR的平均预测分数相比其余模型的预测分数均值高出9.46%。最后使用所提模型预测哮喘、血友病和PEHO综合征的潜在致病基因,预测结果均在文献或数据库中找到了理论或实验支持。
关键词
生物信息学
复杂网络
信息传播
基因功能预测
Keywords
Bioinformatics
Complex networks
Information propagation
Gene function prediction
分类号
R319 [医药卫生—基础医学]
O29 [理学—应用数学]
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职称材料
题名
随机赋范模上非零连续线性泛函的存在性
被引量:
4
2
作者
郭铁信
曾小林
机构
北京航空航天大学理学院
数学
系
出处
《工程数学学报》
CSCD
北大核心
2008年第1期117-123,共7页
基金
国家自然科学基金(10471115)
文摘
本文证明了在任意满支承的随机赋范模上存在一个非零连续线性泛函的充要条件是它的基底空间至少存在一个原子;存在足够多非零连续线性泛函的充要条件是它的基底空间本质上由至多可数个原子生成。该结果表明经典的共轭空间理论对随机赋范模是普遍失效的,进一步揭示了随机共轭空间理论对随机赋范模发展的突出重要性。同时本文也包括了许多结果,它们表明许多由随机赋范模生成的经典赋准范空间拥有一个或足够多的非零连续线性泛函的特征成为一目了然!
关键词
随机赋范模
连续线性泛函
几乎处处有界随机线性泛函
经典共轭空间
随机共轭空间
Keywords
random normed modules
continuous linear functionals
a.s. bounded random linearfunctionals
classical conjugate spaces
random conjugate spaces
分类号
O177.3 [理学—基础数学]
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职称材料
题名
基于熵值模糊层次分析法的科技战略评价
被引量:
17
3
作者
刘子琦
郭炳晖
程臻
杨小博
殷子樵
机构
北京航空航天大学
数学
科学学院
鹏城
实验室
大数据科学与脑机智能高精尖中心
教育部数学信息与行为重点实验室
中国航天系统科学与工程研究院
出处
《计算机科学》
CSCD
北大核心
2020年第S01期1-5,共5页
基金
科技创新2030-“新一代人工智能”重大项目(2018AAA0102301)
国家自然科学基金项目(11671025)
民机项目(MJ-F-2012-04)。
文摘
评价体系的科学性直接关系到对被评价对象优劣的认识程度,将科学方法应用于评价体系的构建具有重大意义。针对传统的模糊层次分析法(Fuzzy Analytic Hierarchy Process,FAHP)依靠专家对指标的评判结果和人工给定专家系数计算指标权重存在较强的主观因素从而导致结果不准确的问题,提出了熵值模糊层次分析法。该方法将熵值法和FAHP结合,首先分析专家调查结果得到判断矩阵,进一步将模糊层次分析法中基于专家系数计算指标权重改为利用熵值法对判断矩阵计算得到指标权重,最终利用模糊评价法得到面向对象策略的评价分数。为了检验该算法的客观性及有效性,以国防科技战略事前有效性指标为研究对象,将《2016中国的航天》白皮书作为评估对象进行实例验证。结果表明,熵值法优化权重之后的评分有较大提升,说明熵值法与模糊层次分析法的结合是有效的。
关键词
信息熵
层次分析法
模糊评价
判断矩阵
Keywords
Information entropy
Analytic hierarchy process
Fuzzy evaluation
Judgment matrix
分类号
TP181 [自动化与计算机技术—控制理论与控制工程]
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职称材料
题名
群智体系网络结构的自治调节:从生物调控网络结构谈起
被引量:
1
4
作者
殷子樵
郭炳晖
马双鸽
米志龙
孙怡帆
郑志明
机构
北京航空航天大学
数学
科学学院
鹏城
实验室
教育部数学信息与行为重点实验室
北京大数据科学与脑机智能高精尖中心
耶鲁大学公共卫生学院
中国人民大学统计学院
出处
《计算机科学》
CSCD
北大核心
2021年第5期184-189,共6页
基金
科技创新2030-“新一代人工智能”重大项目(2018AAA0102301)
国家自然科学基金项目(11671025)
民机项目(MJ-F2012-04)。
文摘
群体智能作为人工智能2.0时代最突出的研究方向之一,受到了工业界和学术界研究者们的广泛关注。传统的人工智能模型倾向于使用全连通网络结构,认为全连通网络结构的人工智能模型具有更高的准确率。然而,在面对存在强干扰的复杂对抗环境时,智能决策体系需要面对由通信干扰甚至针对性攻击所造成的系统结构扰动。在不失准确性的前提下,为了能够更快、更稳定地进行实时响应,需要智能系统的结构具有实时自治响应调整机制。此类自治响应调整机制在自然界中的调控网络中很常见。文中通过引入DReSS表征族来定量分析随机网络与真实网络中结构扰动对于系统演化的影响,对比了不同网络结构对于结构扰动的抗干扰能力,并提出了一套群智体系网络结构的自治调节构想。
关键词
群体智能
计算生物学
复杂网络
布尔网络
动力系统
Keywords
Crowd intelligence
Computational biology
Complex networks
Boolean networks
Dynamic systems
分类号
TP181 [自动化与计算机技术—控制理论与控制工程]
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职称材料
题名
用于多模态语义分析的嵌入共识自动编码器
被引量:
2
5
作者
孙圣姿
郭炳晖
杨小博
机构
北京航空航天大学大数据与脑机智能高精尖中心
鹏程
实验室
教育部数学信息与行为重点实验室
和北京航空航天大学
数学
科学学院
出处
《计算机科学》
CSCD
北大核心
2021年第7期93-98,共6页
基金
科技创新2030-“新一代人工智能”重大项目(2018AAA0102301)
国家自然科学基金(11671025)
民机项目(MJ-F-2012-04)。
文摘
跨模态检索技术是一项近年来的研究热点。多模态数据具有异质性,而不同形式的信息之间又有着相似性。传统的单模态方法只能以一种方式重构原始数据,并未考虑到不同数据之间的语义相似性,不能进行有效的检索。因此,文中建立了一个跨模态嵌入共识自动编码器(Cross-Modal Semantic Autoencoder with Embedding Consensus,ECA-CMSA),将原始数据映射到低维共识空间以保留语义信息,学习出对应的语义代码向量,并引入参数来实现去噪。然后,考虑到各模态之间的相似性,采用自动编码器将特征投影关联到语义代码向量。此外,对低维矩阵进行正则化稀疏约束,以平衡重构误差。在4个多模态数据集上验证所提方法的性能,实验结果证明其查询结果有所提升,实现了有效的跨模态检索。进一步,ECA-CMSA还可以应用于与计算机和网络有关的领域,如深度学习和子空间学习。该模型突破了传统方法中的障碍,创新地使用深度学习方法将多模态数据转换为抽象的表达,使其可以获得更好的准确度和识别结果。
关键词
多模态检索
嵌入共识
自动编码器
稀疏正则
Keywords
Cross-modal retrieval
Embedding consensus
Autoencoder
Sparse regularization
分类号
TP39 [自动化与计算机技术—计算机应用技术]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
基于信息传播的致病基因识别研究
李家文
郭炳晖
杨小博
郑志明
《计算机科学》
CSCD
北大核心
2022
0
在线阅读
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职称材料
2
随机赋范模上非零连续线性泛函的存在性
郭铁信
曾小林
《工程数学学报》
CSCD
北大核心
2008
4
在线阅读
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职称材料
3
基于熵值模糊层次分析法的科技战略评价
刘子琦
郭炳晖
程臻
杨小博
殷子樵
《计算机科学》
CSCD
北大核心
2020
17
在线阅读
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职称材料
4
群智体系网络结构的自治调节:从生物调控网络结构谈起
殷子樵
郭炳晖
马双鸽
米志龙
孙怡帆
郑志明
《计算机科学》
CSCD
北大核心
2021
1
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下载PDF
职称材料
5
用于多模态语义分析的嵌入共识自动编码器
孙圣姿
郭炳晖
杨小博
《计算机科学》
CSCD
北大核心
2021
2
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职称材料
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