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题名桑黄菌丝体转录组SNP/Indel位点分析
被引量：1
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作者
王晖
付春正
温晴
昝程
张东豪
陈秀灵
宋永学
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机构
承德医学院蚕业研究所/河北省高校特色蚕桑应用技术研发中心
承德医学院中医学院
承德医学院生物医学院工程系
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出处
《北方蚕业》
2023年第2期6-10,共5页
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基金
河北省重点研发计划项目(20326327D)
河北省高等学校科学技术研究项目(QN2021005)
河北省科技厅“技术创新引导专项-科技工作会商”项目。
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文摘
通过对不同生长状态桑黄菌丝体进行转录组测序,分析SNP/Indel位点的分布和特征。结果表明,桑黄菌丝体的GC含量范围在不同的生长状态下变化不大,且处于51.38%~52.32%。共有6244个基因检测到SNP/Indel位点,4031个基因含有41663个SNP位点;5922个基因检含有22813个Indel位点,5756个基因检测到20164个插入位点,1852个基因检测到2649个缺失位点。SNP类型以转换为主,密码子第一位碱基出现SNP位点的数目最多,包含1个SNP位点的基因数最多,为有848个。缺失类型以3 bp、4 bp的类型最多,插入类型以1 bp的类型最多。1402个基因在KEGG数据库获得功能注释。上述结果表明,桑黄转录组SNP/Indel位点数量多、类型多样,为桑黄种质资源鉴定等提供参考。
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关键词
桑黄
转录组
单核苷酸多态性
插入缺失
分布规律
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Keywords
Inonotus hispidus
transcriptome
SNP Indel
distribution
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分类号
S567.3
[农业科学—中草药栽培]
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