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基于基因芯片技术构建与非小细胞肺癌患者预后相关的内源性竞争性RNA网络
被引量：
3
1
作者
李新洋
连相尧
+6 位作者
白璐
员文静
赵如涵
钮淋
刘镭
王阳
朱翠敏
《医学研究生学报》
CAS
北大核心
2022年第3期283-290,共8页
目的高通量测序技术的发展使得大量miRNA被发现。文中构建非小细胞肺癌(NSCLC)预后相关的内源性竞争性RNA(ceRNA)调控网络,探讨NSCLC中分子调控机制。方法通过miRNA芯片技术筛选NSCLC组织及其配对癌旁组织中差异表达的miRNA(DEmiRNA),应...
目的高通量测序技术的发展使得大量miRNA被发现。文中构建非小细胞肺癌(NSCLC)预后相关的内源性竞争性RNA(ceRNA)调控网络,探讨NSCLC中分子调控机制。方法通过miRNA芯片技术筛选NSCLC组织及其配对癌旁组织中差异表达的miRNA(DEmiRNA),应用targetScan、miRtarBase、miRDB、miRCode和lncBase数据库预测DEmiRNA的靶mRNA和与之作用的lncRNA,整合miRNA-mRNA和miRNA-lncRNA作用对,构建NSCLC的ceRNA网络。进一步,将靶mRNA基因导入DAVID数据库进行基因本体论(GO)注释和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,同时导入STRING数据库构建蛋白-蛋白相互作用(PPI)网络并筛选关键模块和基因。应用Kaplan-Meier Plotter在线数据库对关键基因进行生存分析,基于生存分析结果进一步提取与NSCLC患者预后相关的亚ceRNA网络。结果筛选在NSCLC组织及其配对癌旁组织中差异最显著的20个miRNA,根据数据库预测结果成功构建了包含有3个miRNA、130个mRNA和6个lncRNA的ceRNA网络。GO和KEGG分析结果显示共富集出有意义的861个生物过程、66个细胞组分、107个分子功能、32个KEGG条目。通过分析PPI网络结果,得到了3个关键模块和11个关键基因,其中8个关键基因与NSCLC患者预后有关。基于这8个基因,提取了包含有2个miRNA、5个lncRNA和8个mRNA预后相关的亚ceRNA网络。结论成功构建NSCLC预后相关的ceRNA网络,为NSCLC的机制研究提供了新的参考依据。
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关键词
基因芯片
非小细胞肺癌
预后
内源性竞争性RNA
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题名
基于基因芯片技术构建与非小细胞肺癌患者预后相关的内源性竞争性RNA网络
被引量：
3
1
作者
李新洋
连相尧
白璐
员文静
赵如涵
钮淋
刘镭
王阳
朱翠敏
机构
承德医学院
附属医院肿瘤科
承德医学院
附属医院血液科
承德医学院
基础
医学院
人体解剖
学
教研室
承德医学院基础医学院基础医学院免疫学教研室
出处
《医学研究生学报》
CAS
北大核心
2022年第3期283-290,共8页
基金
国家自然科学基金(81703001)
河北省自然科学基金(H2020406050)。
文摘
目的高通量测序技术的发展使得大量miRNA被发现。文中构建非小细胞肺癌(NSCLC)预后相关的内源性竞争性RNA(ceRNA)调控网络,探讨NSCLC中分子调控机制。方法通过miRNA芯片技术筛选NSCLC组织及其配对癌旁组织中差异表达的miRNA(DEmiRNA),应用targetScan、miRtarBase、miRDB、miRCode和lncBase数据库预测DEmiRNA的靶mRNA和与之作用的lncRNA,整合miRNA-mRNA和miRNA-lncRNA作用对,构建NSCLC的ceRNA网络。进一步,将靶mRNA基因导入DAVID数据库进行基因本体论(GO)注释和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,同时导入STRING数据库构建蛋白-蛋白相互作用(PPI)网络并筛选关键模块和基因。应用Kaplan-Meier Plotter在线数据库对关键基因进行生存分析,基于生存分析结果进一步提取与NSCLC患者预后相关的亚ceRNA网络。结果筛选在NSCLC组织及其配对癌旁组织中差异最显著的20个miRNA,根据数据库预测结果成功构建了包含有3个miRNA、130个mRNA和6个lncRNA的ceRNA网络。GO和KEGG分析结果显示共富集出有意义的861个生物过程、66个细胞组分、107个分子功能、32个KEGG条目。通过分析PPI网络结果,得到了3个关键模块和11个关键基因,其中8个关键基因与NSCLC患者预后有关。基于这8个基因,提取了包含有2个miRNA、5个lncRNA和8个mRNA预后相关的亚ceRNA网络。结论成功构建NSCLC预后相关的ceRNA网络,为NSCLC的机制研究提供了新的参考依据。
关键词
基因芯片
非小细胞肺癌
预后
内源性竞争性RNA
Keywords
gene chips
non-small cell lung cancer
prognosis
competitive endogenous RNA
分类号
R734 [医药卫生—肿瘤]
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题名
作者
出处
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1
基于基因芯片技术构建与非小细胞肺癌患者预后相关的内源性竞争性RNA网络
李新洋
连相尧
白璐
员文静
赵如涵
钮淋
刘镭
王阳
朱翠敏
《医学研究生学报》
CAS
北大核心
2022
3
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