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马立克氏病病毒pp38基因启动子和增强子的克隆和序列分析
被引量：
3
1
作者
丁家波
赵文明
+3 位作者
姜世金
张纪元
王增福
崔治中
《畜牧兽医学报》
CAS
CSCD
北大核心
2004年第1期93-96,共4页
参考GeneBank发表的马立克氏病病毒(MDV)国际标准强毒株GA的基因序列,设计合成一对引物,分别以RB1B,814,GD2(广东分离株),J 1 E(北京分离株),Md11,Md5,CVI988等不同毒株的MDV基因组DNA为模板,通过PCR扩增,获得了预期大小的PCR产物。该...
参考GeneBank发表的马立克氏病病毒(MDV)国际标准强毒株GA的基因序列,设计合成一对引物,分别以RB1B,814,GD2(广东分离株),J 1 E(北京分离株),Md11,Md5,CVI988等不同毒株的MDV基因组DNA为模板,通过PCR扩增,获得了预期大小的PCR产物。该产物经pGEM T easy克隆后测序,将所得序列进行比较分析。结果发现:不同毒株间pp38基因的启动子和增强子序列间有缺失突变,序列的同源性大于95 9%,其中大多数的突变发生在MDV复制的原点附近。
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关键词
鸡
马立克氏病
病毒
PP38基因
启动子
增强子
基因克隆
序列分析
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职称材料
基于多层结构模型的生物信息分析平台研究
被引量：
2
2
作者
赵友杰
张剑峰
+1 位作者
曹永忠
陆王红
《计算机应用研究》
CSCD
北大核心
2007年第11期55-56,59,共3页
针对生物信息分析平台的构建,给出一种复合C/S、B/S的多层体系结构模型——BIOCMSM,并以构建新城疫病毒(NDV)生物信息分析平台为例,研究了该多层结构模型的实现过程。实验证明,BIOCMSM较好地解决了生物数据更新、数据集成、应用集成等...
针对生物信息分析平台的构建,给出一种复合C/S、B/S的多层体系结构模型——BIOCMSM,并以构建新城疫病毒(NDV)生物信息分析平台为例,研究了该多层结构模型的实现过程。实验证明,BIOCMSM较好地解决了生物数据更新、数据集成、应用集成等问题。
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关键词
二级数据库
多层体系结构
代理程序
数据处理层
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职称材料
基于密度K中心方法的核酸序列聚类
3
作者
赵友杰
曹永忠
+1 位作者
张剑峰
陆王红
《计算机工程》
EI
CAS
CSCD
北大核心
2006年第19期280-282,共3页
针对传统K中心聚类算法存在的初始化敏感、聚类结果多样化等问题,提出一种基于密度的K中心聚类方案,并与序列比对、动态规划等方法有机地融合在一起,实现了对核酸序列的聚类分析。实验表明,该方案与传统K中心聚类算法相比较,初始化较理...
针对传统K中心聚类算法存在的初始化敏感、聚类结果多样化等问题,提出一种基于密度的K中心聚类方案,并与序列比对、动态规划等方法有机地融合在一起,实现了对核酸序列的聚类分析。实验表明,该方案与传统K中心聚类算法相比较,初始化较理想,迭代次数较少,聚类效果更优。
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关键词
K中心聚类
直接密度可达
序列比对
动态规划
生物信息学
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职称材料
题名
马立克氏病病毒pp38基因启动子和增强子的克隆和序列分析
被引量：
3
1
作者
丁家波
赵文明
姜世金
张纪元
王增福
崔治中
机构
山东农业
大学
动物科技学院畜禽疫病防制中心
扬州大学科研处
出处
《畜牧兽医学报》
CAS
CSCD
北大核心
2004年第1期93-96,共4页
基金
国家自然科学基金(30070544)
文摘
参考GeneBank发表的马立克氏病病毒(MDV)国际标准强毒株GA的基因序列,设计合成一对引物,分别以RB1B,814,GD2(广东分离株),J 1 E(北京分离株),Md11,Md5,CVI988等不同毒株的MDV基因组DNA为模板,通过PCR扩增,获得了预期大小的PCR产物。该产物经pGEM T easy克隆后测序,将所得序列进行比较分析。结果发现:不同毒株间pp38基因的启动子和增强子序列间有缺失突变,序列的同源性大于95 9%,其中大多数的突变发生在MDV复制的原点附近。
关键词
鸡
马立克氏病
病毒
PP38基因
启动子
增强子
基因克隆
序列分析
Keywords
MDV
Promoter-enhancer
Absent mutant
Replication origin
分类号
S858.31 [农业科学—临床兽医学]
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职称材料
题名
基于多层结构模型的生物信息分析平台研究
被引量：
2
2
作者
赵友杰
张剑峰
曹永忠
陆王红
机构
扬州大学
信息工程学院
扬州大学科研处
出处
《计算机应用研究》
CSCD
北大核心
2007年第11期55-56,59,共3页
基金
国家科技部资助项目
江苏省动物预防医学重点实验室开放课题资助项目(K04005)
文摘
针对生物信息分析平台的构建,给出一种复合C/S、B/S的多层体系结构模型——BIOCMSM,并以构建新城疫病毒(NDV)生物信息分析平台为例,研究了该多层结构模型的实现过程。实验证明,BIOCMSM较好地解决了生物数据更新、数据集成、应用集成等问题。
关键词
二级数据库
多层体系结构
代理程序
数据处理层
Keywords
secondary database
multi-tier architecture
agent program
data process layer
分类号
TP311 [自动化与计算机技术—计算机软件与理论]
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职称材料
题名
基于密度K中心方法的核酸序列聚类
3
作者
赵友杰
曹永忠
张剑峰
陆王红
机构
扬州大学
信息工程学院
扬州大学科研处
出处
《计算机工程》
EI
CAS
CSCD
北大核心
2006年第19期280-282,共3页
基金
科技部"新城疫防制技术平台"基金资助项目
江苏省动物预防医学重点实验室开放课题资助项目(K04005)
文摘
针对传统K中心聚类算法存在的初始化敏感、聚类结果多样化等问题,提出一种基于密度的K中心聚类方案,并与序列比对、动态规划等方法有机地融合在一起,实现了对核酸序列的聚类分析。实验表明,该方案与传统K中心聚类算法相比较,初始化较理想,迭代次数较少,聚类效果更优。
关键词
K中心聚类
直接密度可达
序列比对
动态规划
生物信息学
Keywords
K-medoids cluster
Direct arrived density
Sequence alignment
Dynamic programming
Bioinformatics
分类号
TP311 [自动化与计算机技术—计算机软件与理论]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
马立克氏病病毒pp38基因启动子和增强子的克隆和序列分析
丁家波
赵文明
姜世金
张纪元
王增福
崔治中
《畜牧兽医学报》
CAS
CSCD
北大核心
2004
3
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职称材料
2
基于多层结构模型的生物信息分析平台研究
赵友杰
张剑峰
曹永忠
陆王红
《计算机应用研究》
CSCD
北大核心
2007
2
在线阅读
下载PDF
职称材料
3
基于密度K中心方法的核酸序列聚类
赵友杰
曹永忠
张剑峰
陆王红
《计算机工程》
EI
CAS
CSCD
北大核心
2006
0
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职称材料
已选择
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