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细胞间通信预测方法研究进展
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作者 任丽萍 潘贤润 +3 位作者 刘天元 杨煜 宁琳 张杨 《电子科技大学学报》 EI CAS CSCD 北大核心 2023年第5期667-674,共8页
基于配体-受体(L-R)互作的细胞间通信是细胞相互协同完成复杂生命活动的重要方式。随着单细胞测序技术的快速发展,在单细胞水平上系统地解析细胞间通信网络及功能迅速成为细胞生物学研究的热点。生物信息学家已开发了大量细胞间信号通... 基于配体-受体(L-R)互作的细胞间通信是细胞相互协同完成复杂生命活动的重要方式。随着单细胞测序技术的快速发展,在单细胞水平上系统地解析细胞间通信网络及功能迅速成为细胞生物学研究的热点。生物信息学家已开发了大量细胞间信号通信预测的方法及平台,为细胞间信号通信研究提供了重要技术支撑。该文简要阐述了细胞间通信的基本生物学过程;并系统比较了目前较具代表性的细胞间通信预测相关数据库、算法以及评测分析研究;最后系统总结了细胞间通信预测方法的发展趋势,并展望了其未来的研究方向。 展开更多
关键词 数据库 细胞间通信 配体 受体 单细胞测序 空间转录组
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发酵枸杞多糖对D-半乳糖致衰老模型小鼠肠道的保护作用 被引量:2
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作者 杨萍 李蓉 +7 位作者 李明鉴 刘博文 张镨月 叶子茹 李敏 杨岚 龚艳菊 黄永 《食品科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2024年第19期77-86,共10页
目的:探究发酵枸杞多糖(fermented Lycium barbarum polysaccharide,FLBP)对衰老模型小鼠肠道的保护作用。方法:通过长时间连续颈背部皮下注射1000 mg/(kg m_(b)·d)D-半乳糖建立小鼠衰老模型,再灌胃低(150 mg/(kg m_(b)·d))、... 目的:探究发酵枸杞多糖(fermented Lycium barbarum polysaccharide,FLBP)对衰老模型小鼠肠道的保护作用。方法:通过长时间连续颈背部皮下注射1000 mg/(kg m_(b)·d)D-半乳糖建立小鼠衰老模型,再灌胃低(150 mg/(kg m_(b)·d))、高(300 mg/(kg m_(b)·d))剂量的FLBP。10周后,对小鼠体质量、脏器指数、血清中炎症损伤标志物及抗炎指标,包括肿瘤坏死因子-α(tumor necrosis factor-α,TNF-α)、白细胞介素(interleukin,IL)-1β、IL-6、IL-10水平、小鼠肠道通透性、肠屏障损伤标志物脂多糖(lipopolysaccharide,LPS)和脂多糖结合蛋白(lipopolysaccharide binding protein,LBP)含量、结肠组织结构、结肠黏蛋白2(Mucin 2,MUC2)表达、肠道菌群组成及短链脂肪酸(short-chain fatty acids,SCFAs)含量进行检测并分析。结果:高剂量FLBP具有拮抗D-半乳糖诱导引起的小鼠生长迟缓、胸腺萎缩的作用,可降低模型组血清中TNF-α、IL-1β、IL-6水平,显著提高IL-10水平(P<0.05)。此外,FLBP显著改善小鼠结肠屏障损伤,具体表现为肠道通透性和血清LPS、LBP水平显著下降(P<0.05),结肠组织结构改变,MUC2分泌显著增加(P<0.05)。同时,FLBP可以调节肠道菌群组成,包括改变菌群α、β多样性,增加有益菌norank_f_Muribaculaceae、乳酸杆菌相对丰度,减少有害菌Atopostipes、Jeotgalicoccus的相对丰度,上调粪便中乙酸、丙酸、戊酸、异丁酸含量(P<0.05)。结论:FLBP在高剂量条件下可降低血清促炎症细胞因子水平,增强小鼠抗炎活性。这可能与改善小鼠结肠屏障功能、调节肠道菌群组成、提高肠道内有益SCFAs有关。本研究可为FLBP应用于有助于肠道健康的功能性食品提供理论参考。 展开更多
关键词 枸杞多糖 衰老 肠道菌群 发酵 短链脂肪酸
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中药材及饮片质量控制和评价的关键技术评析 被引量:19
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作者 周勤梅 朱欢 +3 位作者 耿昭 何成军 苟琰 张三印 《环球中医药》 CAS 2023年第3期379-386,共8页
中药材及饮片作为中药产业链条的最前端,其质量评价策略对中药质量的提升具有引领作用。随着现代技术的应用与发展,我国已形成了较为完善的中药材及饮片质量控制体系。笔者结合近年来中药材及饮片质量评价技术的应用现状和产业需求,对... 中药材及饮片作为中药产业链条的最前端,其质量评价策略对中药质量的提升具有引领作用。随着现代技术的应用与发展,我国已形成了较为完善的中药材及饮片质量控制体系。笔者结合近年来中药材及饮片质量评价技术的应用现状和产业需求,对质量研究关键技术进行了梳理,强调了过程控制技术在中药饮片规范化生产中必要性,同时探讨人工智能仿生技术所具有的客观化、直观化特点在中药材及饮片检验中应用的可能性,在未来实现中药产业化进程中或具有重要意义。当前,指纹图谱和色谱—质谱联用技术作为代表性的化学成分分析手段,分别在中药材及饮片化学成分整体表征和痕量成分控制方面日益应用广泛;在生物技术应用中,DNA分子鉴定技术突破了传统鉴别手段,从中药种质源头进行质量控制;生物效应技术紧密结合临床功效进行质量评价,弥补了现行质量控制方法与功效相关性不足的特点。每种关键技术均具有其独特的优势,对于中药材及饮片质量的全面控制具有相辅相成的作用。本文对中药材及饮片质量控制的关键技术进行了总结和分析,并提出了相关的建议,以期对保障中药材及饮片的质量稳定及推动中医药大健康产业的可持续发展产生积极的作用。 展开更多
关键词 中药材 饮片 质量评价 关键技术 中药产业 过程控制 人工智能仿生技术 指纹图谱
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超高效液相色谱-三重四级杆质谱同时检测苦荞中10种真菌毒素 被引量:7
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作者 唐振涛 于刚 +2 位作者 刘菲 俞凌云 薛康 《安徽农业科学》 CAS 2021年第1期188-193,共6页
[目的]建立QuEChERS-超高效液相色谱-串联质谱法同时检测苦荞样品中10种真菌毒素。[方法]苦荞样品经水和乙腈提取后,采用QuEChERS方法净化。通过超高效液相色谱-三重四级杆质谱在多反应监测模式(MRM)下进行目标真菌毒素的分析。试验对... [目的]建立QuEChERS-超高效液相色谱-串联质谱法同时检测苦荞样品中10种真菌毒素。[方法]苦荞样品经水和乙腈提取后,采用QuEChERS方法净化。通过超高效液相色谱-三重四级杆质谱在多反应监测模式(MRM)下进行目标真菌毒素的分析。试验对样品前处理、仪器分析条件进行优化;考察方法的基质效应、检出限、精密度、回收率等参数。[结果]根据基质效应考察结果,50%的目标真菌毒素具有显著的信号抑制/增强效应。为了补偿基质效应的影响,选用基质配标法进行目标真菌毒素的分析。方法的线性范围为0.5~50.0μg/L(对于黄曲霉毒素B 2、G 2,线性范围为0.125~12.500μg/L),检出限和定量限分别低至0.011和0.040μg/L,回收率为89.70%~105.83%,RSD<9%(n=6)。[结论]建立的方法简便、可靠,具有较好的灵敏度和准确性,能有效用于苦荞样品中多组分真菌毒素的检测。 展开更多
关键词 苦荞 多组分真菌毒素 QUECHERS 超高效液相色谱-三重四级杆质谱
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肿瘤免疫微环境中免疫细胞间通讯景观探究 被引量:2
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作者 任丽萍 宁琳 +1 位作者 谢雷 张杨 《电子科技大学学报》 EI CAS CSCD 北大核心 2022年第2期177-183,共7页
肿瘤免疫微环境(TIME)内细胞间通讯为肿瘤发生发展提供了重要的微环境,但目前单细胞相关研究多关注免疫细胞与肿瘤之间的通讯,对不同免疫细胞间的信号交流研究较少。由此收集11套CD45+细胞的单细胞测序数据,推测出TIME中不同免疫细胞间... 肿瘤免疫微环境(TIME)内细胞间通讯为肿瘤发生发展提供了重要的微环境,但目前单细胞相关研究多关注免疫细胞与肿瘤之间的通讯,对不同免疫细胞间的信号交流研究较少。由此收集11套CD45+细胞的单细胞测序数据,推测出TIME中不同免疫细胞间的信号通讯网络。结果发现,肿瘤样本中免疫细胞间的交流更加频繁与密切,进一步分析得到12条与肿瘤相关的差异信号通讯关系,主要包括各种趋化因子−趋化因子受体信号、白介素−白介素受体信号以及Notch通路信号。这些通讯信号关系及其下游转录因子与肿瘤发生发展密切相关。此外,发现部分关键转录因子与各种肿瘤的预后显著相关。最后,通过构建TIME中不同免疫细胞间存在的细胞间通讯全局景观,挖掘出肿瘤中特异及缺失的免疫细胞间通讯关系,为理解TIME中免疫系统调控及肿瘤发展机制提供了线索,也为肿瘤的临床诊疗研究提供了新的设计思路。 展开更多
关键词 免疫细胞 细胞间通讯 单细胞测序 肿瘤免疫微环境
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外显子跳跃模式中组蛋白修饰的组合模式分析 被引量:1
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作者 田园芳 陈伟 《电子科技大学学报》 EI CAS CSCD 北大核心 2022年第5期668-674,共7页
可变剪接是基因表达调控的重要过程。组蛋白修饰参与了可变剪接,但具体调控机制尚不清楚。为了研究组蛋白修饰与可变剪接的关系,首先基于人胚肺成纤维细胞系的RNA-Seq数据,获得了该细胞系外显子跳跃模式的可变剪接数据。在此基础上,分... 可变剪接是基因表达调控的重要过程。组蛋白修饰参与了可变剪接,但具体调控机制尚不清楚。为了研究组蛋白修饰与可变剪接的关系,首先基于人胚肺成纤维细胞系的RNA-Seq数据,获得了该细胞系外显子跳跃模式的可变剪接数据。在此基础上,分析了外显子跳跃模式中排除和包含外显子中组蛋白修饰间的相关性。通过构建组蛋白修饰间的贝叶斯网络,推断了人胚肺成纤维细胞系外显子跳跃可变剪接事件中组蛋白修饰之间的因果关系。 展开更多
关键词 可变剪接 贝叶斯网络 外显子跳跃 组蛋白修饰
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珍稀濒危动植物药材替代策略的再思考 被引量:1
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作者 田瑶 王成维 +5 位作者 吴雨柔 刘子博 叶洵 王晨 张三印 吴纯洁 《环球中医药》 CAS 2023年第3期387-394,共8页
珍稀濒危动植物药材在中医药临床使用中优势明显,需求量大,因其资源稀缺与临床用药需求矛盾凸显,极大限制中医药的发展,积极寻找和开发替代品是推进中医药高质量发展的重要举措。从理论层面与实际应用中不难发现不同替代策略均有各自的... 珍稀濒危动植物药材在中医药临床使用中优势明显,需求量大,因其资源稀缺与临床用药需求矛盾凸显,极大限制中医药的发展,积极寻找和开发替代品是推进中医药高质量发展的重要举措。从理论层面与实际应用中不难发现不同替代策略均有各自的优势与劣势,本文以羚羊角与山羊角、黄山药和穿龙薯蓣等为典例,阐明基于亲缘关系寻找替代品的方法与优势;以犀角和水牛角、虎骨和塞隆骨等为典例,阐明基于功效相似寻找替代品的原因与成效;以人工合成麝香、人工合成冰片、体外培育牛黄等为典例,阐明基于成分相似寻找替代品的思路与劣势。综合阐述了三种替代策略现况,分析发现现有替代策略难以遵循中医药理论基础从而发展缓慢,因此,在干细胞/类器官等前沿生物技术快速发展的时期,创新提出从亲缘关系角度同基原替代品的研究新策略:利用动植物自身干细胞培育药用部位,分泌代谢产物,该策略兼顾同基原、同质性要求的替代手段。 展开更多
关键词 珍稀濒危动植物药材 替代品 亲缘关系 成效相似 策略 生物技术 干细胞 类器官
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