期刊导航
期刊开放获取
上海教育软件发展有限公..
期刊文献
+
任意字段
题名或关键词
题名
关键词
文摘
作者
第一作者
机构
刊名
分类号
参考文献
作者简介
基金资助
栏目信息
任意字段
题名或关键词
题名
关键词
文摘
作者
第一作者
机构
刊名
分类号
参考文献
作者简介
基金资助
栏目信息
检索
高级检索
期刊导航
共找到
1
篇文章
<
1
>
每页显示
20
50
100
已选择
0
条
导出题录
引用分析
参考文献
引证文献
统计分析
检索结果
已选文献
显示方式：
文摘
详细
列表
相关度排序
被引量排序
时效性排序
柑橘裂皮类病毒(CEVd)的种群结构及遗传变异分析
1
作者
夏凯峰
戚志恩
+1 位作者
夏思丹
邢飞
《西南农业学报》
北大核心
2025年第5期912-919,共8页
【目的】柑橘裂皮类病毒(Citrus exocortis viroid,CEVd)是威胁全球柑橘产业健康发展的重要病原,了解CEVd全球种群的组成及遗传变异对于有效防控病害具有重要意义。【方法】基于GenBank数据库中已登录的306条CEVd全基因组序列,对其进行...
【目的】柑橘裂皮类病毒(Citrus exocortis viroid,CEVd)是威胁全球柑橘产业健康发展的重要病原,了解CEVd全球种群的组成及遗传变异对于有效防控病害具有重要意义。【方法】基于GenBank数据库中已登录的306条CEVd全基因组序列,对其进行多重序列比较、碱基变异分析、聚类分析及系统发育分析。【结果】相似性分析结果表明,306条CEVd序列由249种序列相似但不完全相同的变体组成,种群结构符合准种模式,以来自中国柑橘的HQ284019、来自塞浦路斯佛手柑的HF954920和柚子的HF954917为3种主流变体;与CEVd的参考序列(NC001464)相比,发现变异区域、变异碱基具有一定的偏好性,碱基转换中AG+GA间转换频率(1000次)高于CT+TC间转换频率(479次),AG转换发生频率最高(609次);碱基颠换中AT颠换发生变异频率最高(505次),CA颠换发生变异频率最低(88次);变异位点在基因组上分布不均匀,部分变异表现出地理和寄主特异性;分析变异在CEVd二级结构上分布发现,位于环状结构上的变异次数明显多于双链上,分别为3147次、1769次,并发现2个新的保守区域;使用轮廓系数评估确定聚类数为4时能够最佳反映序列数据的内部结构;Hamming距离计算结果显示,相比于其他3个Cluster,Cluster 4的群内相似性较低,组内序列存在显著的遗传差异,相似性热图和系统发育树结果表明Cluster 4聚类内序列的相似性分布较分散,在遗传关系上存在显著分歧,可能对CEVd的演化产生较大选择压力。【结论】研究揭示了CEVd在进化过程中经历了较大变异,序列变异频率高,种群结构多样,为CEVd监测、防控和致病性研究提供一定的参考。
展开更多
关键词
柑橘
CEVd
基因组
种群结构
遗传变异
在线阅读
下载PDF
职称材料
题名
柑橘裂皮类病毒(CEVd)的种群结构及遗传变异分析
1
作者
夏凯峰
戚志恩
夏思丹
邢飞
机构
忠县乡村建设服务中心
国家柑桔工程技术研究
中心
/西南大学柑桔研究所
出处
《西南农业学报》
北大核心
2025年第5期912-919,共8页
基金
中央高校基本科研业务费项目(SWU-KR22029)。
文摘
【目的】柑橘裂皮类病毒(Citrus exocortis viroid,CEVd)是威胁全球柑橘产业健康发展的重要病原,了解CEVd全球种群的组成及遗传变异对于有效防控病害具有重要意义。【方法】基于GenBank数据库中已登录的306条CEVd全基因组序列,对其进行多重序列比较、碱基变异分析、聚类分析及系统发育分析。【结果】相似性分析结果表明,306条CEVd序列由249种序列相似但不完全相同的变体组成,种群结构符合准种模式,以来自中国柑橘的HQ284019、来自塞浦路斯佛手柑的HF954920和柚子的HF954917为3种主流变体;与CEVd的参考序列(NC001464)相比,发现变异区域、变异碱基具有一定的偏好性,碱基转换中AG+GA间转换频率(1000次)高于CT+TC间转换频率(479次),AG转换发生频率最高(609次);碱基颠换中AT颠换发生变异频率最高(505次),CA颠换发生变异频率最低(88次);变异位点在基因组上分布不均匀,部分变异表现出地理和寄主特异性;分析变异在CEVd二级结构上分布发现,位于环状结构上的变异次数明显多于双链上,分别为3147次、1769次,并发现2个新的保守区域;使用轮廓系数评估确定聚类数为4时能够最佳反映序列数据的内部结构;Hamming距离计算结果显示,相比于其他3个Cluster,Cluster 4的群内相似性较低,组内序列存在显著的遗传差异,相似性热图和系统发育树结果表明Cluster 4聚类内序列的相似性分布较分散,在遗传关系上存在显著分歧,可能对CEVd的演化产生较大选择压力。【结论】研究揭示了CEVd在进化过程中经历了较大变异,序列变异频率高,种群结构多样,为CEVd监测、防控和致病性研究提供一定的参考。
关键词
柑橘
CEVd
基因组
种群结构
遗传变异
Keywords
Citrus
CEVd
Genome
Population structure
Genetic variation
分类号
S436.661 [农业科学—农业昆虫与害虫防治]
在线阅读
下载PDF
职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
柑橘裂皮类病毒(CEVd)的种群结构及遗传变异分析
夏凯峰
戚志恩
夏思丹
邢飞
《西南农业学报》
北大核心
2025
0
在线阅读
下载PDF
职称材料
已选择
0
条
导出题录
引用分析
参考文献
引证文献
统计分析
检索结果
已选文献
上一页
1
下一页
到第
页
确定
用户登录
登录
IP登录
使用帮助
返回顶部
