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从养殖贝类和大菱鲆分离的海洋发光弧菌的分类地位分析
1
作者
刘斌
叶德赞
+3 位作者
Gunter Jost
林义
黄翔玲
郑森林
《海洋科学》
CAS
CSCD
北大核心
2011年第11期29-34,共6页
海洋发光弧菌是海水养殖中重要的条件致病菌。从福建省晋江市附近水产养殖场花蛤、牡蛎软组织及波罗地海大菱鲆肠道内含物中分离得到16株发光细菌,采用ARDRA(amplified ribosomal DNA restriction analysis)、16S rDNA序列测定、Biolog...
海洋发光弧菌是海水养殖中重要的条件致病菌。从福建省晋江市附近水产养殖场花蛤、牡蛎软组织及波罗地海大菱鲆肠道内含物中分离得到16株发光细菌,采用ARDRA(amplified ribosomal DNA restriction analysis)、16S rDNA序列测定、Biolog碳源代谢分析及药敏试验等方法对这些菌株的分类地位进行了分析。结果表明:基于ARDRA分析指纹图谱,16株发光菌分属于3个OTUs(Operational Taxonomic Unit,OTU);对菌落和细胞形态、ARDRA指纹图谱及来源不同的5个菌株进行16S rDNA序列测定和系统发育分析,结果显示这些菌株均属于Vibrio属,分别与Vibrio campbellii,V.orientalis,V.fischeri及V.azureus等亲缘关系最近,表明ARDRA方法存在一定的局限性,难以区分同一属内的近缘种;Biolog碳源代谢分析无法将海洋细菌鉴定至种的水平,但可将亲缘关系较近的菌株划分至同一群体;5株菌的药敏试验结果显示各株菌均对复方新诺明和庆大霉素等敏感,且亲缘关系较近的菌株也具有相似的药物敏感性。四种方法相结合可将细菌区分为属内分类地位相一致的不同群体,为后续更精确的在生理生化方面鉴定细菌提供参考,同时为海水养殖中防治潜在的由发光弧菌引发的病害提供有益的帮助。
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关键词
海洋发光弧菌
ARDRA
系统发育分析
BIOLOG
碳源代谢分析
药敏试验
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职称材料
基于16S rDNA和看家基因序列分析技术的鲍鱼养殖水体弧菌种类的鉴定
被引量：
4
2
作者
龚婷
骆祝华
+1 位作者
于艳萍
JOST Gunter
《应用海洋学学报》
CAS
CSCD
2014年第4期531-538,共8页
采用TCBS选择性培养基从厦门某鲍鱼养殖场的养殖水体中分离到19株细菌.经16S rDNA序列分析,所有菌株均属于弧菌属(Vibrio),且与最近似的弧菌模式种的同源性都在98.99%以上.由于弧菌种间16S rDNA序列相似度极高,无法仅靠16S rDNA序列比...
采用TCBS选择性培养基从厦门某鲍鱼养殖场的养殖水体中分离到19株细菌.经16S rDNA序列分析,所有菌株均属于弧菌属(Vibrio),且与最近似的弧菌模式种的同源性都在98.99%以上.由于弧菌种间16S rDNA序列相似度极高,无法仅靠16S rDNA序列比对来鉴定这些菌株到种的水平.16S rDNA序列的系统发育分析也显示,大多数菌株与弧菌模式种无法归为一簇,表明16S rDNA基因在弧菌种的分类鉴定上分辨率不高.进一步采用基于4种看家基因(rpo A、pyr H、gap A和top A)的多位点序列分析技术(MLSA)对分离到的弧菌菌株进行分类鉴定,结果显示19株海洋弧菌归于溶藻弧菌(Vibrio alginalyticus)与魔鬼弧菌(Vibrio diabolicus)2个种,表明这两种弧菌是该鲍鱼养殖场水体环境中的优势弧菌种,在鲍鱼养殖弧菌病害防治方面需要重点关注.此外,看家基因与16S rDNA基因的多态性分析表明,4种看家基因的多态位点比率均高于16S rDNA.4种看家基因串联后的多态位点比率高达41.1%,远高于16S r DNA基因的13.4%,表明看家基因相较于16S rDNA基因有着更高的分辨率,更适合于海洋弧菌的分类鉴定.
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关键词
海洋生物学
鲍鱼
海洋弧菌
16S
RDNA
看家基因
多位点序列分析
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职称材料
题名
从养殖贝类和大菱鲆分离的海洋发光弧菌的分类地位分析
1
作者
刘斌
叶德赞
Gunter Jost
林义
黄翔玲
郑森林
机构
国家海洋局第三海洋
研究所
国家海洋局海洋生物遗传资源重点实验室
德国莱布尼兹波罗的海研究所
出处
《海洋科学》
CAS
CSCD
北大核心
2011年第11期29-34,共6页
基金
中德合作项目(HB080302(1))
海洋公益性创业科研专项(200905011)
文摘
海洋发光弧菌是海水养殖中重要的条件致病菌。从福建省晋江市附近水产养殖场花蛤、牡蛎软组织及波罗地海大菱鲆肠道内含物中分离得到16株发光细菌,采用ARDRA(amplified ribosomal DNA restriction analysis)、16S rDNA序列测定、Biolog碳源代谢分析及药敏试验等方法对这些菌株的分类地位进行了分析。结果表明:基于ARDRA分析指纹图谱,16株发光菌分属于3个OTUs(Operational Taxonomic Unit,OTU);对菌落和细胞形态、ARDRA指纹图谱及来源不同的5个菌株进行16S rDNA序列测定和系统发育分析,结果显示这些菌株均属于Vibrio属,分别与Vibrio campbellii,V.orientalis,V.fischeri及V.azureus等亲缘关系最近,表明ARDRA方法存在一定的局限性,难以区分同一属内的近缘种;Biolog碳源代谢分析无法将海洋细菌鉴定至种的水平,但可将亲缘关系较近的菌株划分至同一群体;5株菌的药敏试验结果显示各株菌均对复方新诺明和庆大霉素等敏感,且亲缘关系较近的菌株也具有相似的药物敏感性。四种方法相结合可将细菌区分为属内分类地位相一致的不同群体,为后续更精确的在生理生化方面鉴定细菌提供参考,同时为海水养殖中防治潜在的由发光弧菌引发的病害提供有益的帮助。
关键词
海洋发光弧菌
ARDRA
系统发育分析
BIOLOG
碳源代谢分析
药敏试验
Keywords
marine luminous bacteria ARDRA phylogenetic analysis biolog system drug sensitive test
分类号
Q93 [生物学—微生物学]
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职称材料
题名
基于16S rDNA和看家基因序列分析技术的鲍鱼养殖水体弧菌种类的鉴定
被引量：
4
2
作者
龚婷
骆祝华
于艳萍
JOST Gunter
机构
国家海洋局第三海洋
研究所
、国家海洋局海洋生物遗传资源重点实验室
德国莱布尼兹波罗的海研究所
出处
《应用海洋学学报》
CAS
CSCD
2014年第4期531-538,共8页
基金
国家海洋局第三海洋研究所基本科研业务费专项资金资助项目(海三科2011003)
国家海洋局中德海洋与极地合作资助项目(HC140303)
+1 种基金
福建省科技计划重点资助项目(2011N0018)
厦门市科技计划资助项目(3502Z20112006)
文摘
采用TCBS选择性培养基从厦门某鲍鱼养殖场的养殖水体中分离到19株细菌.经16S rDNA序列分析,所有菌株均属于弧菌属(Vibrio),且与最近似的弧菌模式种的同源性都在98.99%以上.由于弧菌种间16S rDNA序列相似度极高,无法仅靠16S rDNA序列比对来鉴定这些菌株到种的水平.16S rDNA序列的系统发育分析也显示,大多数菌株与弧菌模式种无法归为一簇,表明16S rDNA基因在弧菌种的分类鉴定上分辨率不高.进一步采用基于4种看家基因(rpo A、pyr H、gap A和top A)的多位点序列分析技术(MLSA)对分离到的弧菌菌株进行分类鉴定,结果显示19株海洋弧菌归于溶藻弧菌(Vibrio alginalyticus)与魔鬼弧菌(Vibrio diabolicus)2个种,表明这两种弧菌是该鲍鱼养殖场水体环境中的优势弧菌种,在鲍鱼养殖弧菌病害防治方面需要重点关注.此外,看家基因与16S rDNA基因的多态性分析表明,4种看家基因的多态位点比率均高于16S rDNA.4种看家基因串联后的多态位点比率高达41.1%,远高于16S r DNA基因的13.4%,表明看家基因相较于16S rDNA基因有着更高的分辨率,更适合于海洋弧菌的分类鉴定.
关键词
海洋生物学
鲍鱼
海洋弧菌
16S
RDNA
看家基因
多位点序列分析
Keywords
marine biology
abalone
marine Vibrio
16S rDNA
housekeeping genes
multilocus sequence analysis
分类号
P735 [天文地球—海洋生物学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
从养殖贝类和大菱鲆分离的海洋发光弧菌的分类地位分析
刘斌
叶德赞
Gunter Jost
林义
黄翔玲
郑森林
《海洋科学》
CAS
CSCD
北大核心
2011
0
在线阅读
下载PDF
职称材料
2
基于16S rDNA和看家基因序列分析技术的鲍鱼养殖水体弧菌种类的鉴定
龚婷
骆祝华
于艳萍
JOST Gunter
《应用海洋学学报》
CAS
CSCD
2014
4
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职称材料
已选择
0
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