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题名丹参线粒体和叶绿体微卫星标记开发及多样性分析
被引量：8
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作者
沙秀芬
彭芳
陶珊
吴宇
刘继明
张超
李群
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机构
四川师范大学生命科学学院
四川省农业科学院经济作物育种栽培研究所
国家中药材产业技术体系成都试验站
彭州市农林局
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出处
《西北植物学报》
CAS
CSCD
北大核心
2018年第12期2215-2223,共9页
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基金
四川省财政创新提升工程(2016TSCY-001)
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文摘
该研究通过生物信息学方法,对丹参线粒体、叶绿体基因组序列进行SSR位点搜索,利用Primer3.0软件在线设计SSR引物,通过PCR扩增,筛选出扩增效果好、多态性高的10对cpSSR引物和13对mtSSR引物,用于分析61份丹参品种的遗传多样性和鼠尾草属植物种间的通用性。结果显示:(1)从2条基因组序列中搜索到32个cpSSR位点和24个mtSSR位点,其中叶绿体单核苷酸的重复序列最多为31个,占96.9%,重复类型中以A/T形式的微卫星最为丰富。(2)23对SSR引物共检测出46个等位基因,平均每个SSR位点等位基因数是2个,有效等位基因数为1.566;预期杂合度(He)为0.346,高于双子叶植物的平均水平(He=0.190);多态信息含量(PIC)为0.278,大于0.250小于0.500;Shannons信息指数为0.519,表明所采集的丹参呈中等水平的遗传多样性。(3)聚类分析表明,61份丹参材料的遗传相似系数在0.54～0.96之间,并在遗传相似系数为0.64处将61份丹参分为6个亚群:四川、山东和安徽省的丹参聚集在Ⅰ和Ⅱ亚群中,说明四川中江、山东和安徽地区的丹参亲缘关系较近,而来源于四川中江的丹参分布于所有亚群,表明四川中江的丹参具有丰富的多态性。(4)通用性检测结果显示,11对mtSSR引物在9种鼠尾草属中的平均通用性比率为64.63%,通用性较高;9对cpSSR引物在10种鼠尾草属中的平均通用性比率为44.66%,通用性较低;引物cp5p、cp8p和cp10p在野芝麻亚科植物属间的通用性较好。研究表明,开发的23对SSR引物在鼠尾草属内具有很好的适用性,可以为该属种间的亲缘关系和种内遗传分化研究提供分子依据。
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关键词
丹参
线粒体微卫星
叶绿体微卫星
遗传多样性
通用性
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Keywords
Salvia miltiorrhiza
mtSSR
cpSSR
genetic diversity
transferability
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分类号
Q346.5
[生物学—遗传学]
Q789
[生物学—分子生物学]
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