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广西区内四种鸭蛋卵磷脂与氨基酸测定分析 被引量:3
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作者 吴洁 莫国东 +5 位作者 刘征 凌钦润 罗元义 万火福 廖玉英 韦凤英 《广西畜牧兽医》 2017年第4期189-192,共4页
本试验以广西区内桂林龙胜翠鸭、柳州融水香鸭、防城港上思那琴香鸭和红树林海鸭等四种产蛋鸭的蛋为材料,研究其卵磷脂含量和氨基酸成分差异。结果表明:(1)四种鸭蛋的卵磷脂含量差异极显著(p<0.01),其中防城港红树林海鸭蛋含量最高,... 本试验以广西区内桂林龙胜翠鸭、柳州融水香鸭、防城港上思那琴香鸭和红树林海鸭等四种产蛋鸭的蛋为材料,研究其卵磷脂含量和氨基酸成分差异。结果表明:(1)四种鸭蛋的卵磷脂含量差异极显著(p<0.01),其中防城港红树林海鸭蛋含量最高,达2.894g/100g,其他三种依次为龙胜翠鸭蛋2.788 g/100g、那琴香鸭蛋2.772g/100g、融水香鸭蛋2.211 g/100g。(2)四种鸭蛋的氨基酸总量(T)在12.010~13.491g/100 g之间,其中桂林龙胜翠鸭蛋的氨基酸总量最高,达13.491g/100g,其他三种依次为防城港红树林海鸭蛋13.367 g/100g、柳州融水香鸭蛋13.347 g/100g、上思那琴香鸭蛋12.010 g/100g,各品种间差异极显著(p<0.01)。(3)龙胜翠鸭蛋中的必需氨基酸(E)、儿童必须氨基酸(CE)含量和鲜味氨基酸(F)的含量均为最高。(4)四种鸭蛋中各种必须氨基酸(E)占总氨基酸(T)的质量分数的比值(E/T)均接近或高于WHO/FAO氨基酸模式谱参考值。 展开更多
关键词 鸭蛋 卵磷脂 氨基酸
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广西德保猪抵抗素基因的克隆与分析 被引量:4
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作者 廖玲玲 李俊 +3 位作者 杨厚德 刘庆友 谢炳坤 崔奎青 《南方农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2014年第7期1276-1280,共5页
【目的】克隆广西德保猪抵抗素(Resistin,RENT)基因并进行系统生物信息学分析,阐明德保猪脂肪细胞分化与脂肪生成的分子机制。【方法】根据NCBI已公布的猪RENT基因序列(NM_213783.2)设计特异性引物,以从德保猪血液中提取的总RNA为模板,... 【目的】克隆广西德保猪抵抗素(Resistin,RENT)基因并进行系统生物信息学分析,阐明德保猪脂肪细胞分化与脂肪生成的分子机制。【方法】根据NCBI已公布的猪RENT基因序列(NM_213783.2)设计特异性引物,以从德保猪血液中提取的总RNA为模板,PCR扩增RENT基因序列,T-A克隆至pEASY-T1载体后进行测序分析,并将所得测序结果用BLAST程序、MEGA 5.0软件、EXPASY服务器、SMART程序、SignIP程序、Softberry服务器和DNASTAR软件进行生物信息学分析。【结果】扩增获得468 bp的RENT基因序列片段,包含全长的德保猪RENT基因编码区和部分非编码区序列。多重序列比较分析结果显示,德保猪RENT基因编码区核酸序列与猪、牛、山羊、绵羊、人、兔、猕猴和豚鼠的同源性分别为100.0%、85.5%、85.5%、84.5%、81.2%、80.3%、80.0%和77.3%。德保猪RENT蛋白结构预测结果显示,其理论分子质量11.69 ku,等电点7.82,为弱碱性蛋白;N-末端存在信号肽,定位于胞质外,仅具有1个低复杂度结构域,包含1个α-螺旋、8个β-折叠、7个T-转角及两个无规则卷曲。【结论】RENT基因在德保猪中呈高度保守特征,是其脂肪细胞分化中的重要调控基因。 展开更多
关键词 德保猪 RENT基因 克隆 基因功能分析 同源性 蛋白结构预测
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广西3个地方黄牛品种mtDNA D-loop区序列多态性及起源分析 被引量:4
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作者 曹渊婷 黄英飞 +5 位作者 王自豪 滕少花 黄光云 雷初朝 孙俊丽 廖玉英 《中国牛业科学》 2022年第5期33-38,共6页
[目的]探究广西3个地方黄牛品种线粒体DNA控制区(mtDNA D-loop区)序列的多态性及其母系起源,为广西地方黄牛品种的选育、系统分类和开发利用提供科学依据。[方法]利用PCR扩增、测序和生物信息学方法对广西3个地方黄牛品种(南丹黄牛、隆... [目的]探究广西3个地方黄牛品种线粒体DNA控制区(mtDNA D-loop区)序列的多态性及其母系起源,为广西地方黄牛品种的选育、系统分类和开发利用提供科学依据。[方法]利用PCR扩增、测序和生物信息学方法对广西3个地方黄牛品种(南丹黄牛、隆林黄牛和涠洲黄牛)mtDNA D-loop序列进行多态性分析与系统发育进化树构建。[结果]从广西3个地方黄牛品种127个个体mtDNA D-loop区序列中检测到27种单倍型,其核苷酸多态位点65个,多态位点占所测核苷酸总长(908~912 bp)的7.143%,其中有61个转换、3个颠换和1个转换/颠换共存。广西3个地方黄牛品种mtDNA D-loop区单倍型多样度(H)为0.339~0.795,核苷酸多样度(π)为0.31%~2.54%,表明广西3个地方黄牛品种mtDNA D-loop区的遗传多样性存在较大差异,其中,南丹黄牛具有更丰富的遗传多样性,隆林黄牛次之,涠洲黄牛的遗传多样性较贫乏。聚类分析结果表明,广西3个地方黄牛品种具有普通牛和瘤牛2大母系起源,受瘤牛起源影响更明显。[结论]广西3个地方黄牛品种具有瘤牛和普通牛两大母系起源,但受瘤牛影响更明显。隆林黄牛与南丹黄牛为瘤牛和普通牛的混合母系起源,而涠洲黄牛为纯正的瘤牛母系起源,因此,应加强对广西地方黄牛品种资源,尤其是对涠洲黄牛品种资源的保护力度。 展开更多
关键词 广西黄牛 mtDNA D-loop 遗传多样性 母系起源
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陆川猪MYL9基因克隆及其表达差异分析 被引量:6
4
作者 焦迪 谢婉 +6 位作者 潘鹏丞 陈宝剑 关志惠 杨秀荣 兰干球 郭亚芬 谢炳坤 《南方农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第3期454-460,共7页
【目的】克隆陆川猪肌球蛋白调节轻链9基因(MYL9),并进行生物信息学分析及检测其在不同猪种中的表达差异,为明确陆川猪骨骼肌生长规律及研究MYL9的生理功能打下基础。【方法】根据NCBI上的家猪MYL9基因序列设计特异性引物,采用RT-PCR克... 【目的】克隆陆川猪肌球蛋白调节轻链9基因(MYL9),并进行生物信息学分析及检测其在不同猪种中的表达差异,为明确陆川猪骨骼肌生长规律及研究MYL9的生理功能打下基础。【方法】根据NCBI上的家猪MYL9基因序列设计特异性引物,采用RT-PCR克隆陆川猪MYL9基因,利用在线软件对其进行生物信息学分析,并以实时荧光定量PCR检测陆川猪和杜洛克猪背最长肌中MYL9基因的表达情况。【结果】陆川猪MYL9基因编码区(CDS)序列长519bp,共编码172个氨基酸;与NCBI上已公布的家猪MYL9基因(NM_001244472.1)CDS序列比对,陆川猪MYL9基因存在2处碱基突变,分别是195 bp处C→A和498 bp处T→C,均为同义突变;陆川猪MYL9基因推导氨基酸序列与家猪MYL9基因推导氨基酸序列的同源性最高,为99.6%,与鸡的同源性最低,为88.4%。陆川猪MYL9蛋白存在3个N糖基化位点和15个磷酸化位点,不存在跨膜结构域和信号肽,符合一般EFh-PEF超家族的结构特征。陆川猪MYL9蛋白二级结构中α-螺旋占54.65%,无规则卷曲占35.47%,β-转角占8.14%,延伸链占1.74%。MYL9基因在杜洛克猪背最长肌中的相对表达量极显著高于陆川猪背最长肌(P<0.01)。【结论】MYL9基因序列在不同物种中具有较高的保守性,其在10周龄陆川猪背最长肌中的相对表达量极显著低于杜洛克猪,与其在不同猪种背最长肌中的磷酸化程度有关,也说明MYL9基因对猪肌肉生长速度有一定影响。 展开更多
关键词 陆川猪 肌球蛋白轻链9基因(MYL9) 克隆 生物信息学分析 肌肉 磷酸化
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陆川猪IGFBP5基因克隆及其差异表达分析 被引量:4
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作者 焦迪 潘鹏丞 +6 位作者 谢婉 张其伟 曾令湖 孙甜甜 陈宝剑 关志惠 谢炳坤 《南方农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第6期1347-1355,共9页
【目的】克隆陆川猪胰岛素生长因子结合蛋白5(IGFBP5)基因,并明确其在不同猪种中的表达情况,为今后揭示IGFBP5基因在陆川猪肌肉发育中的作用机理提供理论依据。【方法】通过TRIzol法提取陆川猪背最长肌总RNA,反转录合成cDNA后进行PCR扩... 【目的】克隆陆川猪胰岛素生长因子结合蛋白5(IGFBP5)基因,并明确其在不同猪种中的表达情况,为今后揭示IGFBP5基因在陆川猪肌肉发育中的作用机理提供理论依据。【方法】通过TRIzol法提取陆川猪背最长肌总RNA,反转录合成cDNA后进行PCR扩增,将正确的测序结果采用在线生物信息软件进行生物信息学分析,并以实时荧光定量PCR检测分析IGFBP5基因在陆川猪和杜洛克猪背最长肌中的表达差异。【结果】陆川猪IGFBP5基因编码区(CDS)序列全长816bp,编码271个氨基酸,与NCBI上已公布的野猪IGFBP5基因(NM_214099.1)CDS序列相比,存在3处碱基差异,其核苷酸同源性为99.6%。陆川猪IGFBP5氨基酸序列与NCBI上已公布的野猪(NM_214099.1)、牛(NM_001105327.2)、水牛(NM_001290940.1)、马(NM_001308603.2)、人类(NM_000599.3)、猕猴(NM_001284032.1)、小鼠(NM_010518.2)和大鼠(NM_012817.1)IGFBP5氨基酸序列同源性分别为98.9%、98.2%、98.9%、97.4%、96.7%、97.4%、95.2%和95.2%;基于IGFBP5氨基酸序列同源性构建的系统发育进化树也显示,陆川猪与野猪的遗传距离最近。陆川猪IGFBP5蛋白二级结构由α-螺旋、延伸链、β-转角和无规则卷曲组成,其中无规则卷曲占比最高,为65.68%;陆川猪IGFBP5蛋白不存在跨膜结构,在第1~20位氨基酸残基存在1个信号肽序列;蛋白修饰结构预测结果表明,陆川猪IGFBP5蛋白存在2个O糖基化位点、2个N糖基化位点和多个潜在磷酸化位点,包含IB保守结构域和Thyroglobulin-1保守结构域。IGFBP5基因在杜洛克猪背最长肌中的相对表达量极显著高于其在陆川猪背最长肌中的相对表达量(P<0.01)。【结论】IGFBP5基因保守性较强,其在不同猪种间的差异表达可能是导致猪肉瘦肉率差异的主要原因,可作为陆川猪胴体重和瘦肉率等生长性状的遗传标记予以开发利用。 展开更多
关键词 陆川猪 IGFBP5基因 背最长肌 生物信息学 生长发育 差异表达
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陆川猪ANKRD1基因克隆及其表达差异分析 被引量:2
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作者 潘鹏丞 焦迪 +3 位作者 谢婉 陈宝剑 关志惠 谢炳坤 《南方农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2020年第6期1470-1477,共8页
【目的】克隆陆川猪心肌锚蛋白重复域1基因(ANKRD1),并进行生物信息学及组织表达谱分析,为研究ANKRD1在陆川猪机体内的功能作用提供参考依据。【方法】根据NCBI已公布的野猪ANKRD1基因序列(NM_213922.1)设计特异性引物,采用TRIzol法提... 【目的】克隆陆川猪心肌锚蛋白重复域1基因(ANKRD1),并进行生物信息学及组织表达谱分析,为研究ANKRD1在陆川猪机体内的功能作用提供参考依据。【方法】根据NCBI已公布的野猪ANKRD1基因序列(NM_213922.1)设计特异性引物,采用TRIzol法提取陆川猪心脏、肝脏、脾脏、肺脏、肾脏、背最长肌和皮下脂肪的总RNA,反转录合成cDNA,并以此为模板进行ANKRD1基因克隆,通过MegAlign、Protaram、Protscale、MHMM Server和SignalP等在线分析软件进行生物信息学分析,最后以实时荧光定量PCR检测ANKRD1基因在陆川猪各组织中的表达情况。【结果】陆川猪ANKRD1基因蛋白编码区(CDS)序列全长960 bp,编码319个氨基酸残基,与NCBI已公布野猪ANKRD1基因(NM_213922.1)的CDS序列存在4处碱基突变,但均为同义突变,二者的ANKRD1氨基酸序列同源性为99.6%。陆川猪ANKRD1基因编码蛋白分子量为36125.70 Da,理论等电点(pI)为7.09,属于稳定蛋白,其二级结构中α-螺旋占46.39%、无规则卷曲占39.81%、β-转角占9.09%、延伸链占4.70%;陆川猪ANKRD1蛋白不存在跨膜结构,也无信号肽,有多个磷酸化位点。陆川猪ANKRD1基因在其心脏、肝脏、脾脏、肺脏、肾脏、背最长肌和皮下脂肪等7个组织中均有表达,其中以心脏中的相对表达量最高,显著高于在其他组织中的相对表达量(P<0.05,下同),在脾脏中的相对表达量最低,显著低于在心脏、肝脏、肺脏和背最长肌中的相对表达量。【结论】ANKRD1基因在陆川猪的心脏、肝脏、脾脏、肺脏、肾脏、背最长肌和皮下脂肪等组织中均有表达,且存在明显差异,故推测ANKRD1基因在不同组织中发挥不同作用。 展开更多
关键词 陆川猪 ANKRD1基因 克隆 生物信息学 组织表达谱
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猪精液冷冻保存的剂型及品种效应 被引量:2
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作者 刘德玉 杨尚雪 +5 位作者 黄明光 李美珍 李珣 潘天彪 黄光云 胡传活 《湖北农业科学》 北大核心 2014年第20期4917-4919,4923,共4页
为了评价细管类型在不同品种公猪精液冷冻中的效果,为猪精液冷冻的实际生产中冷冻细管的选择提供理论依据,试验将长白、大约克与杜洛克3种美系公猪(每品种7头次)精液进行不同细管类型(5.00、0.50、0.25 m L)的分装冷冻,比较各种细管类... 为了评价细管类型在不同品种公猪精液冷冻中的效果,为猪精液冷冻的实际生产中冷冻细管的选择提供理论依据,试验将长白、大约克与杜洛克3种美系公猪(每品种7头次)精液进行不同细管类型(5.00、0.50、0.25 m L)的分装冷冻,比较各种细管类型下不同品种公猪之间和同一品种公猪不同细管类型精液冻后质量(冻后精子活力、畸形率及顶体完整率)。结果表明,1相同剂型下,除了0.25 m L细管分装时杜洛克公猪冻后精子顶体完整率显著(P<0.05)高于长白公猪外,3种公猪之间在3个指标上差异均不显著(P>0.05);23种公猪冻后精子活力最高的剂型均为0.50 m L细管,冻后精子畸形率及顶体完整率最好的剂型均为5.00 m L细管。总之,3种细管类型中,仅0.25 m L剂型存在品种效应,而3个品种公猪却存在着基本类似的剂型效应。 展开更多
关键词 精液 冷冻保存 剂型 品种
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陆川猪CSRP3基因克隆及其组织表达差异分析 被引量:3
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作者 陈云 潘鹏丞 +6 位作者 陈钊 姜长津 关志惠 陈宝剑 梁晶 谢炳坤 覃兆鲜 《南方农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2022年第4期977-984,共8页
【目的】克隆陆川猪的富含半胱氨酸和甘氨酸蛋白3(CSRP3)基因,并对其进行生物信息学和组织表达谱分析,为研究CSRP3基因在陆川猪肌肉生长过程中的作用机制打下基础。【方法】根据NCBI已公布的野猪CSRP3基因序列设计特异性定量引物和克隆... 【目的】克隆陆川猪的富含半胱氨酸和甘氨酸蛋白3(CSRP3)基因,并对其进行生物信息学和组织表达谱分析,为研究CSRP3基因在陆川猪肌肉生长过程中的作用机制打下基础。【方法】根据NCBI已公布的野猪CSRP3基因序列设计特异性定量引物和克隆引物,运用RT-PCR克隆CSRP3基因并进行生物信息学在线分析,采用实时荧光定量PCR检测CSRP3基因在陆川猪各组织中的表达差异。【结果】陆川猪CSRP3基因编码区(CDS)全长854 bp,编码194个氨基酸残基,与NCBI已公布的野猪CSRP3基因CDS序列相比存在5处同义碱基突变,且陆川猪与野猪氨基酸序列相似性达100.0%;陆川猪CSRP3基因的编码蛋白分子量为20935.82 Da,分子式为C_(964)H_(1404)N_(262)O_(274)S_(19),理论等电点(pI)为8.89,不稳定系数为39.11,表明其是偏碱性的稳定蛋白;CSRP3蛋白二级结构主要由无规则卷曲构成,三级结构可能有一种模型;陆川猪CSRP3蛋白除有多个磷酸化位点之外,无跨膜结构和信号肽;陆川猪CSRP3基因在心脏中表达量最高,背最长肌次之,在肝脏中的表达量最低。【结论】CSRP3基因在陆川猪心脏中表达量最高,背最长肌次之且明显高于其他组织,说明该基因可能对肌肉生长有一定影响。 展开更多
关键词 陆川猪 CSRP3基因 基因克隆 生物信息学分析
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四种禽类肉质特性及营养风味分析评价 被引量:17
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作者 黄英飞 莫国东 +4 位作者 廖玉英 周志杨 吴强 韦凤英 汪燕玲 《中国家禽》 北大核心 2016年第22期41-45,共5页
本试验以孔雀、贵妃鸡、广西麻鸡、东兰乌鸡4种不同禽类为素材,屠宰后研究其肉质特性,氨基酸成分分析和风味评价。结果:1四种禽类的胸肌、腿肌pH值差异不显著(P>0.05);孔雀胸肌与腿肌的肉色、剪切力和电导率均比其他三个品种高,差异... 本试验以孔雀、贵妃鸡、广西麻鸡、东兰乌鸡4种不同禽类为素材,屠宰后研究其肉质特性,氨基酸成分分析和风味评价。结果:1四种禽类的胸肌、腿肌pH值差异不显著(P>0.05);孔雀胸肌与腿肌的肉色、剪切力和电导率均比其他三个品种高,差异显著(P<0.05);2肌肉中氨基酸类物质总含量最高的是孔雀(42.993 g/100 g),与广西麻鸡(20.861 g/100 g)差异显著(P<0.05),贵妃鸡(17.891 g/100 g)、东兰乌鸡(19.351 g/100 g)差异极显著(P<0.01);孔雀、贵妃鸡、广西麻鸡、东兰乌鸡肉汤中总氨基酸类物质含量分别为0.519 g/100 mL、0.396 g/100 mL、0.121 g/100 mL、0.145 g/100 mL,部分氨基酸种类含量低;3肌肉中各种必需氨基酸占总氨基酸的质量分数的比值大部分高于WHO/FAO推荐的氨基酸模式谱的参考值;4肌肉风味评定得分最高的是广西麻鸡,而肉汤风味评定得分最高的是孔雀。 展开更多
关键词 肉质特性 氨基酸 营养评价 风味评定
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基于TMT蛋白组学及生物信息学分析牦牛抗冻差异蛋白 被引量:4
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作者 贾银海 张成福 +7 位作者 张强 姬秋梅 黄光云 姜辉 文信旺 黄明光 彭夏云 吴柱月 《南方农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2022年第1期1-11,共11页
【目的】从蛋白水平阐明牦牛抗寒性能机理,并进一步从营养学角度提高其代谢性能,为牦牛有效抵御外界恶劣气候条件提供科学依据。【方法】应用TMT蛋白组学技术对寒冷季节(1月)和温暖季节(8月)的牦牛抗冻蛋白进行挖掘,并对鉴定到的牦牛抗... 【目的】从蛋白水平阐明牦牛抗寒性能机理,并进一步从营养学角度提高其代谢性能,为牦牛有效抵御外界恶劣气候条件提供科学依据。【方法】应用TMT蛋白组学技术对寒冷季节(1月)和温暖季节(8月)的牦牛抗冻蛋白进行挖掘,并对鉴定到的牦牛抗冻蛋白进行亚细胞定位、结构域、GO功能富集、KEGG信号通路注释、蛋白相互作用等生物信息学分析。【结果】从牦牛耳组织中共鉴定获得21856个肽段(Peptide),其中特有肽段(Unique peptide)序列为18452个,定量获得4519个蛋白,最终筛选出144个差异蛋白,其中上调蛋白89个、下调蛋白55个。144个牦牛抗冻差异蛋白亚细胞定位到7个条目上,分别是细胞核蛋白56个、细胞质蛋白51个、质膜蛋白24个、细胞外蛋白23个、线粒体蛋白18个、细胞骨架蛋白1个和溶酶体蛋白1个;共鉴定到194个结构域。GO功能富集分析结果显示,生物过程主要富集到细胞过程蛋白79个、代谢过程蛋白70个和生物调控蛋白42个等,分子功能主要富集到结合功能蛋白75个和催化活性蛋白64个等,细胞组分主要富集到细胞部分蛋白89个和细胞蛋白89个等。144个牦牛抗冻差异蛋白在KEGG数据库中注释到205条KEGG信号通路,主要涉及核糖体、氮代谢、胞质DNA感受、动物体内生热作用、氧化磷酸化、白细胞介素-17及钙离子信号等通路。牦牛抗冻差异蛋白相互作用网络分析发现L8IHE5的关联度最高,且冷诱导RNA结合蛋白(CIRP)和HSP70结合蛋白在蛋白相互作用网络中具有更多的相互作用关系。【结论】基于TMT蛋白组学对牦牛抗冻差异蛋白进行挖掘,结果鉴定获得144个抗冻差异蛋白(上调蛋白89个,下调蛋白55个),其中CIRP和HSP70在冷应激条件下呈上调趋势,能促使牦牛肌体适应低温环境,可作为牦牛抗冻性育种的候选分子标记。 展开更多
关键词 牦牛 TMT蛋白组学 生物信息学 抗冻性 差异蛋白
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