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猫冠状病毒的临床流行特征及其遗传进化分析
被引量：
6
1
作者
刘林林
丁仰保
+11 位作者
黄崇强
李修文
张心琴
余星莹
何剑桥
崔柏杨
余良政
周华波
韦祖樟
欧阳康
黄伟坚
陈樱
《动物医学进展》
北大核心
2021年第10期25-30,共6页
为了解猫冠状病毒(FCoV)的流行情况,2018年-2020年收集来自广西、河南、广州和江西等地疑似猫传染性腹膜炎(FIP)病例108份。通过RT-nPCR方法对样品进行鉴定和部分S基因扩增和遗传进化分析。108份样品中阳性样品66份,阳性率61.1%,血清型...
为了解猫冠状病毒(FCoV)的流行情况,2018年-2020年收集来自广西、河南、广州和江西等地疑似猫传染性腹膜炎(FIP)病例108份。通过RT-nPCR方法对样品进行鉴定和部分S基因扩增和遗传进化分析。108份样品中阳性样品66份,阳性率61.1%,血清型分型均为Ⅰ型。将扩增所获得的57条S基因的分型序列与国内外其他参考毒株序列进行遗传进化分析,发现FCoV具有高度的遗传多样性,其中55个毒株与欧洲、日本和中国毒株都分别在不同分支,它们之间的核苷酸同源性为81.8%~93.7%。来自同一只猫的不同脏器毒株(FCoV GXBH-10)被划分在2个分支中,其中肺脏毒株与美国毒株OH11927亲缘关系较近,核苷酸同源性为93.8%,而其他脏器毒株却在另一个分支,暗示了共感染现象。对S蛋白3′末端19条氨基酸序列进行分析,发现突变位置主要发生在3个区域,分别为D^(1267)H^(1268)→EY/EQ、H^(1444)→N和T^(1454)→N/S,是否这些突变可作为遗传标记,有待进一步验证。论文针对近年来FCoV的流行趋势进行了系统分析,为掌握FCoV流行规律及早期临床诊断提供参考。
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关键词
猫冠状病毒
临床流行特征
遗传进化
S基因
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职称材料
四株分离自同一猪场的H3N2亚型猪流感病毒的进化分析
被引量：
2
2
作者
余良政
丁仰保
+6 位作者
何剑桥
刘林林
崔柏杨
韦祖樟
欧阳康
黄伟坚
陈樱
《畜牧兽医学报》
CAS
CSCD
北大核心
2020年第4期801-809,共9页
猪作为流感病毒异源毒株间发生基因重组的“混合容器”,其呼吸道上皮细胞上同时存在着能够感染人(SAα-2,6-Gal)和禽(SAα-2,3-Gal)两种流感病毒的受体,具备产生新型流感病毒的潜力。在我们的前期研究中,连续两年(2013年和2014年)从南...
猪作为流感病毒异源毒株间发生基因重组的“混合容器”,其呼吸道上皮细胞上同时存在着能够感染人(SAα-2,6-Gal)和禽(SAα-2,3-Gal)两种流感病毒的受体,具备产生新型流感病毒的潜力。在我们的前期研究中,连续两年(2013年和2014年)从南宁地区某个规模化养猪场当中分离获得了2株新型甲型流感病毒重配的H3N2亚型猪流感病毒(swine influenza viruses,SIVs)。为了解SIVs在同一地方的遗传进化规律,我们在2018年至2019年间对该猪场进行了持续的监测,并于2019年再次成功分离获得了2株H3N2亚型的三源重组毒株,命名为A/swine/Guangxi/JG13/2019(简称JG13/2019)和A/swine/Guangxi/JG20/2019(简称JG20/2019)。遗传进化分析表明其基因重配形式与2013年分离株A/swine/Guangxi/JGB4/2013(简称JGB4/2013)和2014年分离株A/swine/Guangxi/JG1/2014(简称JG1/2014)相同,表面基因HA和NA来源于类人H3N2谱系,内部基因NP、M、PA、PB 1和PB 2来源于2009年甲型H1N1大流感谱系(pdm/09H1N1),NS基因来源于古典型H1N1谱系。此外,新分离株JG13/2019和JG20/2019同早期分离株JGB4/2013和JG1/2014 HA和NA基因的核苷酸相似性分别为95.3%~97.4%和93.9%~97.0%,内部基因(NP、M、PA、PB 1和PB 2)的核苷酸相似性为96.2%~98.1%,NS基因的核苷酸相似性为97.1%~97.6%。通过分析比较这些年代不同毒株之间的关键氨基酸位点差异,结果发现JG20/2019和JG13/2019的HA蛋白仍旧保持了与人型受体结合的分子特征(190D、226I和228S),却也出现了V223I或P227S的新变化,JG13/2019的PA蛋白(R356K)和PB2蛋白(I588T)也与之前的毒株有所不同。这些位点上的氨基酸改变是否影响到病毒的致病能力、复制能力以及跨种间传播能力,有待今后进一步研究。历经6年,携带有pdm/09 H1N1多种内部基因片段(PB 2、PB 1、PA、M、NP)和类人表面基因(HA和NA)的H3N2亚型SIVs依旧在同一个猪场的猪群中流行,虽然其关键的功能区域出现了基因突变,但是仍然保持着能够感染人的受体结合特性。因此,加强对SIVs流行情况的监测,将为今后防控人类流感大暴发提供预警。
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关键词
H3N2亚型
猪流感病毒
进化分析
分子特征
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职称材料
题名
猫冠状病毒的临床流行特征及其遗传进化分析
被引量：
6
1
作者
刘林林
丁仰保
黄崇强
李修文
张心琴
余星莹
何剑桥
崔柏杨
余良政
周华波
韦祖樟
欧阳康
黄伟坚
陈樱
机构
广西大学动物科学技术学院家畜传染病与分子免疫学实验室
南宁市华波宠物医院
出处
《动物医学进展》
北大核心
2021年第10期25-30,共6页
基金
大学生创新创业训练计划项目(201910593085)
广西自然科学基金联合资助培育项目(2018GXNSFAA294048)。
文摘
为了解猫冠状病毒(FCoV)的流行情况,2018年-2020年收集来自广西、河南、广州和江西等地疑似猫传染性腹膜炎(FIP)病例108份。通过RT-nPCR方法对样品进行鉴定和部分S基因扩增和遗传进化分析。108份样品中阳性样品66份,阳性率61.1%,血清型分型均为Ⅰ型。将扩增所获得的57条S基因的分型序列与国内外其他参考毒株序列进行遗传进化分析,发现FCoV具有高度的遗传多样性,其中55个毒株与欧洲、日本和中国毒株都分别在不同分支,它们之间的核苷酸同源性为81.8%~93.7%。来自同一只猫的不同脏器毒株(FCoV GXBH-10)被划分在2个分支中,其中肺脏毒株与美国毒株OH11927亲缘关系较近,核苷酸同源性为93.8%,而其他脏器毒株却在另一个分支,暗示了共感染现象。对S蛋白3′末端19条氨基酸序列进行分析,发现突变位置主要发生在3个区域,分别为D^(1267)H^(1268)→EY/EQ、H^(1444)→N和T^(1454)→N/S,是否这些突变可作为遗传标记,有待进一步验证。论文针对近年来FCoV的流行趋势进行了系统分析,为掌握FCoV流行规律及早期临床诊断提供参考。
关键词
猫冠状病毒
临床流行特征
遗传进化
S基因
Keywords
Feline coronavirus
clinical prevalence characteristics
S gene
分类号
S852.65 [农业科学—基础兽医学]
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职称材料
题名
四株分离自同一猪场的H3N2亚型猪流感病毒的进化分析
被引量：
2
2
作者
余良政
丁仰保
何剑桥
刘林林
崔柏杨
韦祖樟
欧阳康
黄伟坚
陈樱
机构
广西大学动物科学技术学院家畜传染病与分子免疫学实验室
出处
《畜牧兽医学报》
CAS
CSCD
北大核心
2020年第4期801-809,共9页
基金
广西自然科学基金青年基金项目(2016GXNSFBA380219)
广西自然科学基金联合资助培育项目(2018GXNSFAA294048)
广西创新驱动发展专项资金项目(桂科AA17204057-1)。
文摘
猪作为流感病毒异源毒株间发生基因重组的“混合容器”,其呼吸道上皮细胞上同时存在着能够感染人(SAα-2,6-Gal)和禽(SAα-2,3-Gal)两种流感病毒的受体,具备产生新型流感病毒的潜力。在我们的前期研究中,连续两年(2013年和2014年)从南宁地区某个规模化养猪场当中分离获得了2株新型甲型流感病毒重配的H3N2亚型猪流感病毒(swine influenza viruses,SIVs)。为了解SIVs在同一地方的遗传进化规律,我们在2018年至2019年间对该猪场进行了持续的监测,并于2019年再次成功分离获得了2株H3N2亚型的三源重组毒株,命名为A/swine/Guangxi/JG13/2019(简称JG13/2019)和A/swine/Guangxi/JG20/2019(简称JG20/2019)。遗传进化分析表明其基因重配形式与2013年分离株A/swine/Guangxi/JGB4/2013(简称JGB4/2013)和2014年分离株A/swine/Guangxi/JG1/2014(简称JG1/2014)相同,表面基因HA和NA来源于类人H3N2谱系,内部基因NP、M、PA、PB 1和PB 2来源于2009年甲型H1N1大流感谱系(pdm/09H1N1),NS基因来源于古典型H1N1谱系。此外,新分离株JG13/2019和JG20/2019同早期分离株JGB4/2013和JG1/2014 HA和NA基因的核苷酸相似性分别为95.3%~97.4%和93.9%~97.0%,内部基因(NP、M、PA、PB 1和PB 2)的核苷酸相似性为96.2%~98.1%,NS基因的核苷酸相似性为97.1%~97.6%。通过分析比较这些年代不同毒株之间的关键氨基酸位点差异,结果发现JG20/2019和JG13/2019的HA蛋白仍旧保持了与人型受体结合的分子特征(190D、226I和228S),却也出现了V223I或P227S的新变化,JG13/2019的PA蛋白(R356K)和PB2蛋白(I588T)也与之前的毒株有所不同。这些位点上的氨基酸改变是否影响到病毒的致病能力、复制能力以及跨种间传播能力,有待今后进一步研究。历经6年,携带有pdm/09 H1N1多种内部基因片段(PB 2、PB 1、PA、M、NP)和类人表面基因(HA和NA)的H3N2亚型SIVs依旧在同一个猪场的猪群中流行,虽然其关键的功能区域出现了基因突变,但是仍然保持着能够感染人的受体结合特性。因此,加强对SIVs流行情况的监测,将为今后防控人类流感大暴发提供预警。
关键词
H3N2亚型
猪流感病毒
进化分析
分子特征
Keywords
H3N2 subtype
swine influenza virus
evolutionary analysis
molecular characteristics
分类号
S852.659.5 [农业科学—基础兽医学]
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题名
作者
出处
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被引量
操作
1
猫冠状病毒的临床流行特征及其遗传进化分析
刘林林
丁仰保
黄崇强
李修文
张心琴
余星莹
何剑桥
崔柏杨
余良政
周华波
韦祖樟
欧阳康
黄伟坚
陈樱
《动物医学进展》
北大核心
2021
6
在线阅读
下载PDF
职称材料
2
四株分离自同一猪场的H3N2亚型猪流感病毒的进化分析
余良政
丁仰保
何剑桥
刘林林
崔柏杨
韦祖樟
欧阳康
黄伟坚
陈樱
《畜牧兽医学报》
CAS
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