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题名药用植物青葙全长转录组测序分析
被引量：3
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作者
朱艳霞
姜建萍
郭晓云
韦坤华
缪剑华
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机构
广西壮族自治区药用植物园、广西药用资源保护与遗传改良重点实验室/广西壮族自治区中药资源智慧创制工程研究中心
广西壮族自治区药用植物园、广西中药材良种繁育工程技术研究中心/广西道地药材高品质形成与应用重点实验室
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出处
《中国现代中药》
CAS
2023年第7期1463-1472,共10页
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基金
广西创新驱动发展专项(桂科AA18242040)
对发展中国家科技援助项目(KY201904001)
广西中药材产业科技先锋队(桂科盟202111)。
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文摘
目的:构建药用植物青葙全长转录组,旨在为青葙功能基因组学研究提供遗传信息。方法:基于PacBio Sequel平台对青葙的根、茎、叶、花、果5个部位的混合样本进行高通量测序,对原始数据进行校正、筛选、聚类、去冗余、过滤、功能注释和结构分析,获得青葙全长转录组数据。结果:经质量控制后获得高质量测序reads数据量为13.46 Gb,拼接去冗余后获得155300条循环一致性序列(CCS),研究共获得521928个高质量isoforms和210189个转录本。利用非冗余蛋白(NR)、核苷酸序列(NT)、SwissProt、京都基因与基因组百科全书(KEGG)、真核生物相邻类的聚簇(KOG)、蛋白家族(Pfam)、基因本体(GO)7个数据库进行全长序列的功能注释,结果显示共有158562个转录本被成功注释。GO注释结果显示,转录本共富集在包含生物学过程、细胞组成和分子功能三大类的47个条目中。KEGG分析显示,转录本注释到代谢通路中的基因较多,其次是基因信息过程。基因结构分析结显示,共得到8350条蛋白质编码序列(CDS)、88574条lncRNA、45535个简单序列重复(SSRs),其中单核苷酸重复的占比最大,为52.94%,此外预测得到57类转录因子,如常见的MADS、WRKY、AP2-EREBP、bHLH等类型。结论:获得了青葙的全长转录组数据,为该植物后续分子功能研究提供了遗传信息和基础数据。
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关键词
青葙
全长转录组
功能注释
结构分析
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Keywords
Celosia argentea L.
full-length transcriptome
functional annotation
structural analysis
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分类号
R282
[医药卫生—中药学]
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题名杠板归不同部位代谢组差异研究
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作者
朱艳霞
姜建萍
郭晓云
韦筱媚
杨晓男
缪剑华
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机构
广西壮族自治区药用植物园、广西药用资源保护与遗传改良重点实验室/广西壮族自治区中药资源智慧创制工程研究中心
广西壮族自治区药用植物园、广西中药材良种繁育工程技术研究中心/广西道地药材高品质形成与应用重点实验室
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出处
《中国现代中药》
CAS
2023年第7期1555-1563,共9页
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基金
广西创新驱动发展专项(桂科AA18242040)
对发展中国家科技援助项目(KY201904001)。
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文摘
目的:比较杠板归不同部位代谢物积累的差异,为揭示其不同部位化学成分与功效的相关性和制定杠板归质量评价方法提供参考。方法:利用非靶向代谢组学方法检测杠板归茎、叶、果中代谢物,采用主成分分析和正交偏最小二乘法-判别分析等多元统计分析方法筛选出差异代谢物(DAMs),利用京都基因与基因组百科全书(KEGG)平台对DAMs进行富集分析。结果:从杠板归茎、叶、果中共鉴定出442个成分,其中酒石酸、L-苹果酸、N-α-乙酰基赖氨酸、L-谷氨酰胺、2-氯-L-苯丙氨酸、哌啶酸、2-甲基丙醛、甜菜碱、2-苯乙醇、L-丝氨酸等为茎、叶、果中共有的优势成分。杠板归茎、叶、果的代谢物质差异显著,茎和叶、茎和果、叶和果的DAMs数量分别为724、573、583个。果中黄酮类成分橙皮素、金丝桃苷、高良姜黄素、根皮苷和紫杉醇的含量显著高于茎和叶,而木犀草素-7-葡萄糖苷、异鼠李素、黄芩素和槲皮素-3-O-葡萄糖苷含量显著低于茎和叶。茎、叶、果的DAMs主要富集在氨酰tRNA生物合成通路、精氨酸生物合成通路、乙醛酸和二羧酸代谢通路上。结论:杠板归茎、叶、果之间有大量DAMs,这对其药效可能具有重要影响,研究结果可为杠板归药材质量评价提供参考。
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关键词
杠板归
代谢组
化学成分
黄酮
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Keywords
Polygonum perfoliatum L.
metabolome
chemical composition
flavone
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分类号
R282
[医药卫生—中药学]
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