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九里香全长转录组测序分析
1
作者
梁细妹
梁莹
+6 位作者
韦坤华
秦双双
胡营
韦桂丽
韦筱媚
韦范
缪剑华
《中国现代中药》
CAS
2023年第7期1505-1514,共10页
目的:获得九里香Murraya exotica L.Mant.全长转录组数据库,为深入挖掘其全长基因信息提供参考。方法:利用Pacino Sequel平台的第三代测序技术,对九里香的根、茎、叶、花、果混合样品进行全长转录组测序,并对原始转录组数据进行分析。结...
目的:获得九里香Murraya exotica L.Mant.全长转录组数据库,为深入挖掘其全长基因信息提供参考。方法:利用Pacino Sequel平台的第三代测序技术,对九里香的根、茎、叶、花、果混合样品进行全长转录组测序,并对原始转录组数据进行分析。结果:共获得94435个转录本,平均长度为76476.23 bp,80583条环形一致性序列,通过聚类、校正和去冗余后最终得到108443个高质量的isoforms,其中在非冗余蛋白(NR)、核苷酸序列(NT)、基因本体(GO)、真核生物相邻类的聚簇(KOG)、蛋白家族(Pfam)、京都基因与基因组百科全书(KEGG)和SwissProt共注释了100219个isoforms,同时检测出34182个简单序列重复(SSR)位点,其中18482个单核苷酸数量占主导位置;检测了2574个转录因子,29592个长链非编码RNAs(lncRNAs)和30322个mRNAs。结论:获得了较为可靠的九里香全长转录组数据,为深入研究九里香的生长发育、相关代谢途径、功能基因利用、基原物种鉴定等提供数据参考。
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关键词
九里香
单分子实时测序技术
简单序列重复标记
功能注释
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职称材料
天冬全长转录组测序分析
2
作者
陈芷宁
韦范
+6 位作者
韦坤华
梁莹
胡营
韦筱媚
林杨
汤丹峰
缪剑华
《中国现代中药》
CAS
2023年第7期1496-1504,共9页
目的:获得天冬Asparagus cochinchinensis(Lour.)Merr.全长转录组数据库,为探索其活性成分生物合成提供参考。方法:利用RNA-Seq技术对天冬的根、茎、叶进行转录组测序并分析。结果:从天冬转录组中共获得169319条isoforms,最终有147762条...
目的:获得天冬Asparagus cochinchinensis(Lour.)Merr.全长转录组数据库,为探索其活性成分生物合成提供参考。方法:利用RNA-Seq技术对天冬的根、茎、叶进行转录组测序并分析。结果:从天冬转录组中共获得169319条isoforms,最终有147762条isoforms在公共数据库中注释成功。非冗余蛋白(NR)数据库结果显示,天冬与石刁柏Asparagus officinalis L.同源性最高;真核生物相邻类的聚簇(KOG)功能注释信息334380条,可分为25个基因功能大类;京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析显示,代谢相关的通路分布最多,为74095条。在注释到的54个转录因子家族中,MYB家族数目最多,共309条。在所有isoform中共检测到48042个简单重复序列位点,从单核苷酸到六核苷酸重复单元均有分布。结论:获得了较为可靠的天冬全长转录组数据,可为深入研究天冬生物学特性、相关代谢途径、信号通路及其分子机制提供数据支持。
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关键词
天冬
全长转录组
代谢途径
转录因子
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职称材料
题名
九里香全长转录组测序分析
1
作者
梁细妹
梁莹
韦坤华
秦双双
胡营
韦桂丽
韦筱媚
韦范
缪剑华
机构
广西壮族自治区药用植物园/广西药用资源保护与遗传改良重点实验室/广西壮族自治区中药资源智慧创制工程研究中心
广西
中医药大学
出处
《中国现代中药》
CAS
2023年第7期1505-1514,共10页
基金
广西创新驱动发展专项(桂科AA18242040)
广西自然科学基金项目(2020GXNSFBA159018,2020GXNSFAA297069)
+4 种基金
国家中医药管理局中医药创新团队及人才支持计划项目(ZYYCXTD-D-202005)
广西农业科技创新联盟项目(桂农科盟202211)
科技基础资源调查专项(2018FY100700)
对发展中国家科技援助项目(KY201904001)
广西科技计划项目(桂科AD22080012)。
文摘
目的:获得九里香Murraya exotica L.Mant.全长转录组数据库,为深入挖掘其全长基因信息提供参考。方法:利用Pacino Sequel平台的第三代测序技术,对九里香的根、茎、叶、花、果混合样品进行全长转录组测序,并对原始转录组数据进行分析。结果:共获得94435个转录本,平均长度为76476.23 bp,80583条环形一致性序列,通过聚类、校正和去冗余后最终得到108443个高质量的isoforms,其中在非冗余蛋白(NR)、核苷酸序列(NT)、基因本体(GO)、真核生物相邻类的聚簇(KOG)、蛋白家族(Pfam)、京都基因与基因组百科全书(KEGG)和SwissProt共注释了100219个isoforms,同时检测出34182个简单序列重复(SSR)位点,其中18482个单核苷酸数量占主导位置;检测了2574个转录因子,29592个长链非编码RNAs(lncRNAs)和30322个mRNAs。结论:获得了较为可靠的九里香全长转录组数据,为深入研究九里香的生长发育、相关代谢途径、功能基因利用、基原物种鉴定等提供数据参考。
关键词
九里香
单分子实时测序技术
简单序列重复标记
功能注释
Keywords
Murraya exotica L.Mant.
SMRT sequencing
SSR markers
function annotation
分类号
R282 [医药卫生—中药学]
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职称材料
题名
天冬全长转录组测序分析
2
作者
陈芷宁
韦范
韦坤华
梁莹
胡营
韦筱媚
林杨
汤丹峰
缪剑华
机构
广西壮族自治区药用植物园/广西药用资源保护与遗传改良重点实验室/广西壮族自治区中药资源智慧创制工程研究中心
中国药科大学
中药
学院
出处
《中国现代中药》
CAS
2023年第7期1496-1504,共9页
基金
广西创新驱动发展专项(桂科AA18242040)
广西科技计划项目(桂科AD22080012)
对发展中国家科技援助项目(KY201904001)。
文摘
目的:获得天冬Asparagus cochinchinensis(Lour.)Merr.全长转录组数据库,为探索其活性成分生物合成提供参考。方法:利用RNA-Seq技术对天冬的根、茎、叶进行转录组测序并分析。结果:从天冬转录组中共获得169319条isoforms,最终有147762条isoforms在公共数据库中注释成功。非冗余蛋白(NR)数据库结果显示,天冬与石刁柏Asparagus officinalis L.同源性最高;真核生物相邻类的聚簇(KOG)功能注释信息334380条,可分为25个基因功能大类;京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析显示,代谢相关的通路分布最多,为74095条。在注释到的54个转录因子家族中,MYB家族数目最多,共309条。在所有isoform中共检测到48042个简单重复序列位点,从单核苷酸到六核苷酸重复单元均有分布。结论:获得了较为可靠的天冬全长转录组数据,可为深入研究天冬生物学特性、相关代谢途径、信号通路及其分子机制提供数据支持。
关键词
天冬
全长转录组
代谢途径
转录因子
Keywords
Asparagus cochinchinensis(Lour.)Merr.
full-length transcriptome
metabolism pathway
transcription factor
分类号
R282 [医药卫生—中药学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
九里香全长转录组测序分析
梁细妹
梁莹
韦坤华
秦双双
胡营
韦桂丽
韦筱媚
韦范
缪剑华
《中国现代中药》
CAS
2023
0
在线阅读
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职称材料
2
天冬全长转录组测序分析
陈芷宁
韦范
韦坤华
梁莹
胡营
韦筱媚
林杨
汤丹峰
缪剑华
《中国现代中药》
CAS
2023
0
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