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马尾松SAUR基因生物信息学分析及其响应侧枝发育的表达
1
作者
姚筱敏
胡颖
+1 位作者
陈虎
杨章旗
《广西林业科学》
2025年第1期1-12,共12页
为给马尾松(Pinus massoniana)SAUR(Small Auxin-up RNA)基因功能解析提供参考,分析其基本特征及其在马尾松侧枝发育中的作用,基于课题组前期获得的马尾松转录组数据,对马尾松中的SAUR基因进行筛选,从系统发育及蛋白理化性质、功能结构...
为给马尾松(Pinus massoniana)SAUR(Small Auxin-up RNA)基因功能解析提供参考,分析其基本特征及其在马尾松侧枝发育中的作用,基于课题组前期获得的马尾松转录组数据,对马尾松中的SAUR基因进行筛选,从系统发育及蛋白理化性质、功能结构、保守基序和保守结构域等方面对PmSAUR基因进行生物信息学分析,并采用qRT-PCR对PmSAUR基因响应GR24、6-BA、TIS-108和去顶梢处理的表达模式进行分析。结果表明,从马尾松转录组数据中共鉴定出32个SAUR基因,为PmSAUR1~PmSAUR32;PmSAUR蛋白编码113~234个氨基酸,蛋白分子量为12850.98~26563.57 Da,蛋白脂溶性系数为70.92~116.82,87.50%的PmSAUR蛋白理论等电点为偏碱性,87.50%的PmSAUR蛋白为不稳定蛋白,所有PmSAUR蛋白均为亲水蛋白。PmSAUR蛋白均存在α螺旋、延伸链、β转角和无规则卷曲,以α螺旋和无规则卷曲为主;PmSAUR蛋白亚细胞定位较分散,主要分布在叶绿体、线粒体、细胞质和细胞核上。Motif1(RFVIPTSYLNHPLFRALLEKA)高度保守,可作为鉴定PmSAUR基因的重要依据。PmSAUR7、PmSAUR11、PmSAUR21和PmSAUR32基因在6-BA处理第7天时均具有组织表达特异性,在针叶中均为高表达,在嫩茎中均为低表达;通过对4个PmSAUR基因的表达模式进行分析,推测PmSAUR7基因可能是影响马尾松侧枝发育的关键基因。
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关键词
SAUR基因
生物信息学
侧枝发育
表达模式
马尾松
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题名
马尾松SAUR基因生物信息学分析及其响应侧枝发育的表达
1
作者
姚筱敏
胡颖
陈虎
杨章旗
机构
广西
大学林学院
、中南
速生
材
繁育
国家
林业和
草原
局
重点
实验室
、
广西
森林生态与保育
重点
实验室
广西壮族自治区林业科学研究院、中南速生材繁育国家林业和草原局重点实验室、国家林业和草原局马尾松工程技术研究中心
出处
《广西林业科学》
2025年第1期1-12,共12页
基金
国家自然科学基金项目(32160382)
广西八桂学者专项(2019A26)
广西自然科学基金项目(2019GXNSFBA245064)。
文摘
为给马尾松(Pinus massoniana)SAUR(Small Auxin-up RNA)基因功能解析提供参考,分析其基本特征及其在马尾松侧枝发育中的作用,基于课题组前期获得的马尾松转录组数据,对马尾松中的SAUR基因进行筛选,从系统发育及蛋白理化性质、功能结构、保守基序和保守结构域等方面对PmSAUR基因进行生物信息学分析,并采用qRT-PCR对PmSAUR基因响应GR24、6-BA、TIS-108和去顶梢处理的表达模式进行分析。结果表明,从马尾松转录组数据中共鉴定出32个SAUR基因,为PmSAUR1~PmSAUR32;PmSAUR蛋白编码113~234个氨基酸,蛋白分子量为12850.98~26563.57 Da,蛋白脂溶性系数为70.92~116.82,87.50%的PmSAUR蛋白理论等电点为偏碱性,87.50%的PmSAUR蛋白为不稳定蛋白,所有PmSAUR蛋白均为亲水蛋白。PmSAUR蛋白均存在α螺旋、延伸链、β转角和无规则卷曲,以α螺旋和无规则卷曲为主;PmSAUR蛋白亚细胞定位较分散,主要分布在叶绿体、线粒体、细胞质和细胞核上。Motif1(RFVIPTSYLNHPLFRALLEKA)高度保守,可作为鉴定PmSAUR基因的重要依据。PmSAUR7、PmSAUR11、PmSAUR21和PmSAUR32基因在6-BA处理第7天时均具有组织表达特异性,在针叶中均为高表达,在嫩茎中均为低表达;通过对4个PmSAUR基因的表达模式进行分析,推测PmSAUR7基因可能是影响马尾松侧枝发育的关键基因。
关键词
SAUR基因
生物信息学
侧枝发育
表达模式
马尾松
Keywords
SAUR gene
bioinformatics
lateral branch development
expression pattern
Pinus massoniana
分类号
S791.248 [农业科学—林木遗传育种]
S722.3 [农业科学—林木遗传育种]
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作者
出处
发文年
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1
马尾松SAUR基因生物信息学分析及其响应侧枝发育的表达
姚筱敏
胡颖
陈虎
杨章旗
《广西林业科学》
2025
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