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口腔鳞状细胞癌预后相关的长链非编码RNA筛选及验证
1
作者
刘絮影
李锦存
+3 位作者
翟堃
胡晨
董文
马坚
《口腔医学研究》
北大核心
2025年第2期109-117,共9页
目的:基于口腔癌在线数据库鉴定与口腔鳞状细胞癌(oral squamous cell carcinoma,OSCC)预后相关的长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)和mRNA,构建ceRNA网络,分析其在OSCC发生发展中的作用。方法:从癌症基因组图谱(the cancer ge...
目的:基于口腔癌在线数据库鉴定与口腔鳞状细胞癌(oral squamous cell carcinoma,OSCC)预后相关的长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)和mRNA,构建ceRNA网络,分析其在OSCC发生发展中的作用。方法:从癌症基因组图谱(the cancer genome atlas program,TCGA)和基因表达综合数据库(gene expression omnibus database,GEO)中筛选出TCGA-OSCC、GSE23558和GSE30784数据集,进行表达谱分析,筛选出差异表达lncRNA和mRNA,并进行生存分析、基因本体论(Gene Ontology,GO)和京都基因和基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)富集分析,确定其与OSCC预后的相关性。利用starBase、miRTarBase数据库预测关键lncRNA及mRNA的共同靶标miRNA,以此构建竞争性内源性RNA(competing endogenous RNA,ceRNA)网络。通过实时荧光定量聚合酶链反应(real-time quantitative PCR,qRT-PCR)检测这些关键lncRNA在OSCC细胞系和肿瘤组织中表达水平。结果:表达谱分析鉴定出23个差异表达lncRNA,其中有6个lncRNA与OSCC患者预后相关;mRNA的表达分析鉴定出282个差异表达mRNA,主要富集在三磷酸鸟苷(guanosine triphosphate,GTP)酶激活剂活性、核苷酸结合寡聚化域(nucletide-binding oligomerization domain,NOD)样受体等信号通路,其中10个差异表达的mRNA与OSCC预后相关。ceRNA网络构建了包括6个lncRNA、10个mRNA和靶向预测的26个miRNA分子网络。qRT-PCR结果显示包含LINC01980在内的5个lncRNA在OSCC细胞中高表达,而MIR99AHG低表达。在OSCC组织中,LINC01980表达水平明显升高,而MIR99AHG表达水平降低。结论:本研究筛选的LINC01980和MIR99AHG与OSCC进展和预后相关,可作为OSCC的生物学标志物进一步探讨。
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关键词
口腔鳞状细胞癌
长链非编码RNA
预后
LINC01980
MIR99AHG
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职称材料
题名
口腔鳞状细胞癌预后相关的长链非编码RNA筛选及验证
1
作者
刘絮影
李锦存
翟堃
胡晨
董文
马坚
机构
宁夏医科大学
口腔
医学院
广西壮族自治区南溪山医院口腔科
宁夏医科大学总
医院
口腔
颌面外科
宁夏颅颌面畸形研究重点实验室
出处
《口腔医学研究》
北大核心
2025年第2期109-117,共9页
基金
宁夏回族自治区自然科学基金(编号:2020AAC03413、2022AAC03473)
宁夏回族自治区教育厅高等学校科学研究项目资助(编号:NYG2024155)
宁夏医科大学口腔医学院一流学科二期建设(编号:0019110104)。
文摘
目的:基于口腔癌在线数据库鉴定与口腔鳞状细胞癌(oral squamous cell carcinoma,OSCC)预后相关的长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)和mRNA,构建ceRNA网络,分析其在OSCC发生发展中的作用。方法:从癌症基因组图谱(the cancer genome atlas program,TCGA)和基因表达综合数据库(gene expression omnibus database,GEO)中筛选出TCGA-OSCC、GSE23558和GSE30784数据集,进行表达谱分析,筛选出差异表达lncRNA和mRNA,并进行生存分析、基因本体论(Gene Ontology,GO)和京都基因和基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)富集分析,确定其与OSCC预后的相关性。利用starBase、miRTarBase数据库预测关键lncRNA及mRNA的共同靶标miRNA,以此构建竞争性内源性RNA(competing endogenous RNA,ceRNA)网络。通过实时荧光定量聚合酶链反应(real-time quantitative PCR,qRT-PCR)检测这些关键lncRNA在OSCC细胞系和肿瘤组织中表达水平。结果:表达谱分析鉴定出23个差异表达lncRNA,其中有6个lncRNA与OSCC患者预后相关;mRNA的表达分析鉴定出282个差异表达mRNA,主要富集在三磷酸鸟苷(guanosine triphosphate,GTP)酶激活剂活性、核苷酸结合寡聚化域(nucletide-binding oligomerization domain,NOD)样受体等信号通路,其中10个差异表达的mRNA与OSCC预后相关。ceRNA网络构建了包括6个lncRNA、10个mRNA和靶向预测的26个miRNA分子网络。qRT-PCR结果显示包含LINC01980在内的5个lncRNA在OSCC细胞中高表达,而MIR99AHG低表达。在OSCC组织中,LINC01980表达水平明显升高,而MIR99AHG表达水平降低。结论:本研究筛选的LINC01980和MIR99AHG与OSCC进展和预后相关,可作为OSCC的生物学标志物进一步探讨。
关键词
口腔鳞状细胞癌
长链非编码RNA
预后
LINC01980
MIR99AHG
Keywords
oral squamous cell carcinoma
lncRNA
prognosis
LINC01980
MIR99AHG
分类号
R739.8 [医药卫生—肿瘤]
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作者
出处
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1
口腔鳞状细胞癌预后相关的长链非编码RNA筛选及验证
刘絮影
李锦存
翟堃
胡晨
董文
马坚
《口腔医学研究》
北大核心
2025
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