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胰腺癌特异性差异表达lncRNA相关的ceRNA调控网络的构建
被引量：
5
1
作者
何江洋
李奉喜
+1 位作者
黄垂国
牛跃平
《郑州大学学报（医学版）》
CAS
北大核心
2018年第4期457-462,共6页
目的:构建胰腺癌特异性长链非编码RNA(lncRNA)相关的竞争性内源性RNA(ceRNA)调控网络。方法:从TCGA数据库下载178个胰腺癌及4个正常胰腺样本的RNA表达谱数据及相应的临床资料,对比分析差异表达的lncRNA、miRNA和mRNA,基于lncRNA-miRNA...
目的:构建胰腺癌特异性长链非编码RNA(lncRNA)相关的竞争性内源性RNA(ceRNA)调控网络。方法:从TCGA数据库下载178个胰腺癌及4个正常胰腺样本的RNA表达谱数据及相应的临床资料,对比分析差异表达的lncRNA、miRNA和mRNA,基于lncRNA-miRNA在线预测工具miRcode数据库以及miRNA靶基因预测数据库(miRDB、miRTar Base、Target Scan)筛选,构建差异表达lncRNA相关的ceRNA调控网络。针对网络中的关键lncRNA和相应的靶基因进行生存分析。结果:成功构建了胰腺癌特异性lncRNA相关的ceRNA调控网络,该网络包括12个lncRNA,5个miRNA,54个mRNA。KEGG信号通路和GO功能分析结果表明,靶基因主要富集在"TNF signaling pathway""Jak-STAT signaling pathway""Apoptosis multiple species""MAPK signaling pathway"等通路,与"cellular process""biological regulation""regulation of cellular process"等功能关系密切。生存分析结果表明,lncRNA MIR600HR、C9orf139、RP11-796E2.4、AC104809.2,以及靶基因CDHR1、CYFIP2、IL10RA、MAP3K1、SSH2、TSPAN1、VAMP1,与胰腺癌预后关系密切。结论:成功构建了胰腺癌特异性lncRNA相关的ceRNA调控网络,为胰腺癌的诊断、治疗和预后评估提供了潜在靶点。
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关键词
胰腺癌
ceRNA
lncRNA
生物标志物
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题名
胰腺癌特异性差异表达lncRNA相关的ceRNA调控网络的构建
被引量：
5
1
作者
何江洋
李奉喜
黄垂国
牛跃平
机构
郑州大学第二附属
医院
普通外科
广西国际壮医医院普通外科
郑州大学第二附属
医院
泌尿
外科
出处
《郑州大学学报（医学版）》
CAS
北大核心
2018年第4期457-462,共6页
文摘
目的:构建胰腺癌特异性长链非编码RNA(lncRNA)相关的竞争性内源性RNA(ceRNA)调控网络。方法:从TCGA数据库下载178个胰腺癌及4个正常胰腺样本的RNA表达谱数据及相应的临床资料,对比分析差异表达的lncRNA、miRNA和mRNA,基于lncRNA-miRNA在线预测工具miRcode数据库以及miRNA靶基因预测数据库(miRDB、miRTar Base、Target Scan)筛选,构建差异表达lncRNA相关的ceRNA调控网络。针对网络中的关键lncRNA和相应的靶基因进行生存分析。结果:成功构建了胰腺癌特异性lncRNA相关的ceRNA调控网络,该网络包括12个lncRNA,5个miRNA,54个mRNA。KEGG信号通路和GO功能分析结果表明,靶基因主要富集在"TNF signaling pathway""Jak-STAT signaling pathway""Apoptosis multiple species""MAPK signaling pathway"等通路,与"cellular process""biological regulation""regulation of cellular process"等功能关系密切。生存分析结果表明,lncRNA MIR600HR、C9orf139、RP11-796E2.4、AC104809.2,以及靶基因CDHR1、CYFIP2、IL10RA、MAP3K1、SSH2、TSPAN1、VAMP1,与胰腺癌预后关系密切。结论:成功构建了胰腺癌特异性lncRNA相关的ceRNA调控网络,为胰腺癌的诊断、治疗和预后评估提供了潜在靶点。
关键词
胰腺癌
ceRNA
lncRNA
生物标志物
Keywords
pancreatic cancer
ceRNA
lncRNA
biological marker
分类号
R735.9 [医药卫生—肿瘤]
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题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
胰腺癌特异性差异表达lncRNA相关的ceRNA调控网络的构建
何江洋
李奉喜
黄垂国
牛跃平
《郑州大学学报（医学版）》
CAS
北大核心
2018
5
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