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基于生物信息学途径探究肝细胞癌的关键基因
被引量：
3
1
作者
曾洁
邓伟
黄天壬
《中山大学学报（医学版）》
CAS
CSCD
北大核心
2018年第5期780-790,共11页
【目的】采用生物信息学方法探究肝细胞癌(HCC)发生的关键基因,望有助于了解HCC发生发展的分子机制。【方法】从GEO数据库中选择基因表达谱GSE76427,该数据集包含115例肝癌组织样本和52例肝癌临近非肿瘤组织样本。通过GEO2R工具在线分析...
【目的】采用生物信息学方法探究肝细胞癌(HCC)发生的关键基因,望有助于了解HCC发生发展的分子机制。【方法】从GEO数据库中选择基因表达谱GSE76427,该数据集包含115例肝癌组织样本和52例肝癌临近非肿瘤组织样本。通过GEO2R工具在线分析,筛选出肝癌组织中差异表达基因(DEG),利用GO数据库获取DEG的功能注释,利用KEGG数据库进行通路富集分析。基于STRING数据库,利用MCC算法,筛选具有高度连接性的关键基因,基于TCGA数据库在线软件分析关键基因的预后效应。【结果】共筛选出190个DEG,其中,上调基因有16个,下调基因有174个。功能富集分析显示,下调的差异基因显著富集于细胞对铬离子、锌离子的反应,也可能参与环氧化酶P450途径和氧化还原反应等功能。下调的差异基因可能参与视黄醇的新陈代谢和矿物质的吸收等通路功能。筛选出15个具有高度连接性的关键基因,发现CDC20、KIAA0101、PRC1、PTTG1和UBE2C等5个基因与乙肝相关性肝癌的患者总体生存率(OS)相关。PTTG1的诊断效能最佳。【结论】CDC20、KIAA0101、PRC1、PTTG1和UBE2C可能在乙型肝炎病毒相关性肝癌的发生发展中发挥重要作用。
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关键词
肝细胞癌
TCGA
GEO
关键基因
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题名
基于生物信息学途径探究肝细胞癌的关键基因
被引量：
3
1
作者
曾洁
邓伟
黄天壬
机构
广西医科大学附属肿瘤医院肿瘤实验研究部
出处
《中山大学学报（医学版）》
CAS
CSCD
北大核心
2018年第5期780-790,共11页
基金
广西壮族人民自治区科学基金项目(81660561)
文摘
【目的】采用生物信息学方法探究肝细胞癌(HCC)发生的关键基因,望有助于了解HCC发生发展的分子机制。【方法】从GEO数据库中选择基因表达谱GSE76427,该数据集包含115例肝癌组织样本和52例肝癌临近非肿瘤组织样本。通过GEO2R工具在线分析,筛选出肝癌组织中差异表达基因(DEG),利用GO数据库获取DEG的功能注释,利用KEGG数据库进行通路富集分析。基于STRING数据库,利用MCC算法,筛选具有高度连接性的关键基因,基于TCGA数据库在线软件分析关键基因的预后效应。【结果】共筛选出190个DEG,其中,上调基因有16个,下调基因有174个。功能富集分析显示,下调的差异基因显著富集于细胞对铬离子、锌离子的反应,也可能参与环氧化酶P450途径和氧化还原反应等功能。下调的差异基因可能参与视黄醇的新陈代谢和矿物质的吸收等通路功能。筛选出15个具有高度连接性的关键基因,发现CDC20、KIAA0101、PRC1、PTTG1和UBE2C等5个基因与乙肝相关性肝癌的患者总体生存率(OS)相关。PTTG1的诊断效能最佳。【结论】CDC20、KIAA0101、PRC1、PTTG1和UBE2C可能在乙型肝炎病毒相关性肝癌的发生发展中发挥重要作用。
关键词
肝细胞癌
TCGA
GEO
关键基因
Keywords
hepatocellular carcinoma
TCGA
GEO
key core genes
分类号
R73 [医药卫生—肿瘤]
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题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
基于生物信息学途径探究肝细胞癌的关键基因
曾洁
邓伟
黄天壬
《中山大学学报（医学版）》
CAS
CSCD
北大核心
2018
3
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