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基于转录组分析体外培养华支睾吸虫后尾蚴的实验研究差异表达基因
1
作者 冼凤喜 李柏蓉 +7 位作者 邓雪玲 吴雨洪 李仕涛 蒋一琦 周思颖 李林芮 吴展帅 唐泽丽 《中国人兽共患病学报》 北大核心 2025年第7期718-725,共8页
目的通过转录组学研究华支睾吸虫囊蚴和体外培养1 h、3 h后尾蚴的差异表达基因,以探索其早期入侵宿主的机制。方法从感染华支睾吸虫的麦穗鱼中消化分离得到囊蚴,体外使其脱囊成后尾蚴,提取囊蚴与体外培养1 h、3 h后尾蚴的mRNA进行转录... 目的通过转录组学研究华支睾吸虫囊蚴和体外培养1 h、3 h后尾蚴的差异表达基因,以探索其早期入侵宿主的机制。方法从感染华支睾吸虫的麦穗鱼中消化分离得到囊蚴,体外使其脱囊成后尾蚴,提取囊蚴与体外培养1 h、3 h后尾蚴的mRNA进行转录组测序分析,筛选差异表达基因(DEGs)并进行GO和KEGG分析,同时构建蛋白互作网络(PPI),筛选出核心基因。结果共检测到1218个DEGs,GO分析显示主要富集于转录调节因子活性、门控通道(主要为K+)活性等功能,KEGG分析表明主要富集于胆固醇代谢、溶酶体、甲状旁腺激素的合成等通路,PPI分析筛选得到ZFAND4-2、BIRC6等核心基因。观察到脱囊前后有丰富的组织蛋白酶基因的差异表达,如Cathepsin L、Cathepsin F等。结论华支睾吸虫囊蚴在脱囊前后发生了显著的转录水平变化,主要富集于激活生长、物质代谢等信号通路,以调控虫体的生长发育,同时激发了利于虫体入侵、迁移和粘附的生物事件。 展开更多
关键词 华支睾吸虫 囊蚴 后尾蚴 差异表达基因 转录组
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CDK1、CCNB1和NDC80与乙型肝炎相关肝细胞癌的预后和进展相关:基于生物信息学方法 被引量：5
2
作者 李玉杰 吴登强 +2 位作者 韦常宏 杨雪佳 周素芳 《南方医科大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2021年第10期1509-1518,共10页
目的探讨HBV转化为HCC相关的关键基因,并探索相关的分子机制。方法分析基因表达综合(GEO)数据库中GSE55092、GSE84044和GSE121248的mRNA微阵列数据,其中包括119个HBV相关的HCC组织和252个HBV相关的非肿瘤组织。“sva”R包用于去除批间... 目的探讨HBV转化为HCC相关的关键基因,并探索相关的分子机制。方法分析基因表达综合(GEO)数据库中GSE55092、GSE84044和GSE121248的mRNA微阵列数据,其中包括119个HBV相关的HCC组织和252个HBV相关的非肿瘤组织。“sva”R包用于去除批间差。进行整合分析,获取HBV相关肝癌和HBV组织中的差异表达基因(DEGs),通过基因本体论(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)分析对差异表达基因进行功能注释。使用相互作用基因搜索工具(STRING)构建蛋白质-蛋白质相互作用网络,挖掘最重要的模块和关键基因。cBioportal用于分析hub基因的相关性。利用Kaplan-Meier和Oncomine数据库对TCGA数据库中肝癌基因表达数据进行验证,探讨hub基因与肝癌发生、发展和预后的关系。通过逆转录定量PCR(RT-qPCR)实验验证17对临床肝细胞癌样本与邻近非肿瘤组织中hub基因的表达。结果共获得121个DEGs(P<0.01),鉴定出3个遗传标记,细胞周期素依赖性激酶1(CDK1)、细胞周期蛋白B1(CCNB1)和核分裂周期蛋白80(NDC80),与细胞周期、嘧啶代谢和DNA复制有关,这3个基因高度相关(P<0.05)。UALCAN数据库证实这些基因在肝癌组织中高表达并获得相关预后信息。Kaplan-Meier表明,它们与HCC患者的低存活率相关。CDK1、CCNB1和NDC80与肝癌分级相关(P<0.05),RT-qPCR实验证实CDK1、CCNB1和NDC80的mRNA在肝细胞癌中的表达明显高于癌旁组织。结论CDK1、CCNB1和NDC80基因可作为HBV相关肝细胞癌的预后标志物,在肝癌的基础研究和临床治疗方面有一定的应用价值。 展开更多
关键词 肝细胞癌 慢性乙型肝炎病毒 关键基因 CDK1 CCNB1 NDC80
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不同提取方法对小鼠海马AD相关蛋白电泳的影响 被引量：2
3
作者 许倩倩 滕夏虹 +1 位作者 郝彦利 邹春林 《神经解剖学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2018年第4期491-496,共6页
目的:探索不同提取方法对小鼠海马AD相关蛋白电泳结果的影响,为更准确地研究不同干预条件下AD小鼠模型中海马AD相关蛋白表达量的变化提供研究基础。方法:分别采用新鲜组织试剂盒提取法、新鲜组织超声波破碎法、速冻组织试剂盒提取法和... 目的:探索不同提取方法对小鼠海马AD相关蛋白电泳结果的影响,为更准确地研究不同干预条件下AD小鼠模型中海马AD相关蛋白表达量的变化提供研究基础。方法:分别采用新鲜组织试剂盒提取法、新鲜组织超声波破碎法、速冻组织试剂盒提取法和速冻组织研磨法提取C57BL/6小鼠海马组织蛋白,然后利用SDSPAGE电泳技术进行蛋白分离,考马斯亮蓝染色观察不同提取方法中蛋白条带的分布和数量,并进一步通过Western Blot分析不同提取方法对脑组织特异性蛋白免疫印迹结果的影响。结果:四种提取方法均能有效提取脑组织蛋白,其中新鲜组织超声法提取的海马组织蛋白总量最高。考马斯亮蓝染色结果显示:新鲜组织超声法提取的海马组织蛋白条带最为清晰,条带数量最多,但Western Blot分析结果显示:p-Tau(S396)通过新鲜组织试剂盒提取法获得的蛋白条带丰度最高,而Neurofilament-L通过新鲜组织超声波破碎法和速冻组织试剂盒法所获得的蛋白条带丰度最高,其他AD相关蛋白采用速冻组织研磨法均可获得较高丰度的特异性蛋白条带。结论:不同蛋白提取方法对不同脑组织蛋白的提取效率存在明显差异,速冻组织研磨法可高效提取大部分小鼠海马AD相关蛋白。 展开更多
关键词 蛋白提取 蛋白电泳 脑组织 AD相关蛋白 小鼠
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昼夜节律因子在神经退行性疾病中作用的研究进展 被引量：1
4
作者 齐淑雅 黄青芸 +3 位作者 束会娟 郭忠信 井学超 谭国鹤 《神经解剖学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2020年第1期99-102,共4页
随着人类寿命的增加以及人口老龄化程度的加深,神经退行性疾病发病率逐年升高,严重威胁着人类的健康。目前神经退行性疾病常常存在发病机制不清、有效治疗手段较少、发病进程不可逆等特征。而生理昼夜节律作为维持生物体日常生命活动以... 随着人类寿命的增加以及人口老龄化程度的加深,神经退行性疾病发病率逐年升高,严重威胁着人类的健康。目前神经退行性疾病常常存在发病机制不清、有效治疗手段较少、发病进程不可逆等特征。而生理昼夜节律作为维持生物体日常生命活动以及体内稳态的重要调节因素,受昼夜节律因子的调节,其失调可导致神经退行性疾病相关致病蛋白的积累、诱导相关致病激素的异常分泌,进而加重疾病的发病进程。本文围绕阿尔茨海默症(AD)、帕金森症(PD)和亨廷顿舞蹈症(HD)等常见的神经退行性疾病,论述昼夜节律因子调控神经退行性疾病的研究进展,以期为相关疾病发病机制以及干预治疗提供新的视角。 展开更多
关键词 昼夜节律 节律因子 阿尔茨海默症 帕金森症 亨廷顿舞蹈症
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1型糖尿病食蟹猴左心室心肌组织超微结构变化 被引量：3
5
作者 滕夏虹 陈帅 +3 位作者 邹春林 杜可晨 曹津津 宋琼 《安徽医科大学学报》 CAS 北大核心 2022年第5期759-763,共5页
目的探讨长期高血糖对链脲佐菌素诱导的1型糖尿病(T1DM)食蟹猴左心室心肌组织超微结构的影响。方法通过静脉注射链脲佐菌素诱导构建T1DM食蟹猴模型为模型组,正常食蟹猴为对照组,运用透射电镜观察模型组和对照组的左心室心肌组织超微结... 目的探讨长期高血糖对链脲佐菌素诱导的1型糖尿病(T1DM)食蟹猴左心室心肌组织超微结构的影响。方法通过静脉注射链脲佐菌素诱导构建T1DM食蟹猴模型为模型组,正常食蟹猴为对照组,运用透射电镜观察模型组和对照组的左心室心肌组织超微结构并进行定量分析。结果与对照组相比,模型组左心室心肌细胞胞质中线粒体数量减少(P<0.01),单位线粒体面积内相对电子密度、线粒体体积密度、表面积密度均降低(P<0.0001,P<0.001,P<0.05),差异有统计学意义;而线粒体表面积体积比、线粒体平均面积差异无统计学意义;左心室心肌细胞胞质中脂滴增多,左心室心肌微血管内皮细胞吞饮小泡数量减少、基底膜增厚(P<0.0001)。结论长期高血糖引起T1DM食蟹猴左心室心肌细胞和心肌微血管内皮细胞结构受损。 展开更多
关键词 1型糖尿病 食蟹猴 心肌细胞 内皮细胞 超微结构
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前列腺癌诊断/预后和耐药分子标志物的筛选及其临床意义 被引量：2
6
作者 王丽惠 邹春林 《中国肿瘤生物治疗杂志》 CAS CSCD 北大核心 2020年第11期1246-1254,共9页
目的:基于已发表的芯片数据通过生物信息学方法筛选差异表达基因,以发现前列腺癌诊断/预后和耐药相关分子标志物。方法:筛选GEO数据库中已发表的前列腺癌m RNA芯片数据GSE6956和前列腺癌细胞多烯紫杉醇耐药m RNA芯片数据GSE33455进行差... 目的:基于已发表的芯片数据通过生物信息学方法筛选差异表达基因,以发现前列腺癌诊断/预后和耐药相关分子标志物。方法:筛选GEO数据库中已发表的前列腺癌m RNA芯片数据GSE6956和前列腺癌细胞多烯紫杉醇耐药m RNA芯片数据GSE33455进行差异表达分析;通过生物学功能注释、基因通路富集分析、蛋白质相互作用网络(protein-protein interaction,PPI)分析等生物信息学方法发现和识别与差异表达基因相关的生物学功能和信号通路;比对TCGA数据库,验证差异表达基因在前列腺癌组织及癌旁组织中的表达,并通过Kaplan-Meier分析差异表达基因对前列腺癌患者生存率的影响;用q PCR方法验证差异表达基因在前列腺癌细胞株PC3及多烯紫杉醇耐药细胞PC3-DTX中的表达情况。结果:共筛选出227个在前列腺癌和前列腺癌多烯紫杉醇耐药细胞芯片数据中共同差异表达基因。差异表达基因主要富集到了癌症相关通路(Lysosome、Sphingolipid、Fox O、Acute myeloid leukemia),并主要参与细胞黏附、自噬和胞内蛋白转运等生物学过程。构建PPI网络选取18个连接度最高的基因作为Hub基因。Hub基因和共同差异表达基因中,上调基因CITED2、LRP12和RPL17-C18orf32与前列腺癌患者的不良预后显著相关。q PCR验证显示CITED2在多烯紫杉醇耐药细胞PC3-DTX中高表达。结论:通过生物信息学方法筛选出在前列腺癌组织和耐药细胞中共同差异表达,且与前列腺癌患者的不良预后密切相关的基因,为前列腺癌诊断/预后和耐药分子标志物的研究提供了新的思路。 展开更多
关键词 前列腺癌 化疗耐药 诊断/预后分子标志物 生物信息学分析
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细胞骨架调控大脑皮层神经元迁移机制的研究进展 被引量：1
7
作者 王舒婷 熊欣欣 刘媛媛 《华中科技大学学报（医学版）》 CAS CSCD 北大核心 2022年第2期281-286,共6页
在大脑皮层的发育过程中,神经元迁移是一个关键环节,主要分为放射状迁移和切向迁移两种类型。这两者都涉及前导突的形成以及细胞或胞核的移动等因素。在这些生物学过程中,微丝、微管和中间纤维三种细胞骨架发挥着至关重要的调控作用。其... 在大脑皮层的发育过程中,神经元迁移是一个关键环节,主要分为放射状迁移和切向迁移两种类型。这两者都涉及前导突的形成以及细胞或胞核的移动等因素。在这些生物学过程中,微丝、微管和中间纤维三种细胞骨架发挥着至关重要的调控作用。其中,微丝由肌动蛋白单体聚合而成,可维持前导突的结构并确定迁移的方向;微管由α、β、γ三种微管蛋白聚合形成,可以促进细胞核的扭曲、延长和移位;中间纤维由中间纤维单体组成,能够介导神经元胞体转移过程中前导端的扭曲。同时,多种小分子蛋白也通过作用于细胞骨架的结构或功能从而参与调控神经元的迁移。该文围绕神经元迁移这一重要的生物学现象,就细胞骨架、细胞骨架的相关蛋白及其调控因子在大脑皮层神经元迁移过程中的作用,对这一领域的研究现状和发展趋势进行综述。这将有助于我们更好地理解神经系统发育的原理,并为相关疾病发病机制研究及药物靶点开发提供科学基础。 展开更多
关键词 细胞骨架 大脑皮层 神经元迁移
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