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CDK1、CCNB1和NDC80与乙型肝炎相关肝细胞癌的预后和进展相关:基于生物信息学方法 被引量:5
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作者 李玉杰 吴登强 +2 位作者 韦常宏 杨雪佳 周素芳 《南方医科大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2021年第10期1509-1518,共10页
目的探讨HBV转化为HCC相关的关键基因,并探索相关的分子机制。方法分析基因表达综合(GEO)数据库中GSE55092、GSE84044和GSE121248的mRNA微阵列数据,其中包括119个HBV相关的HCC组织和252个HBV相关的非肿瘤组织。“sva”R包用于去除批间... 目的探讨HBV转化为HCC相关的关键基因,并探索相关的分子机制。方法分析基因表达综合(GEO)数据库中GSE55092、GSE84044和GSE121248的mRNA微阵列数据,其中包括119个HBV相关的HCC组织和252个HBV相关的非肿瘤组织。“sva”R包用于去除批间差。进行整合分析,获取HBV相关肝癌和HBV组织中的差异表达基因(DEGs),通过基因本体论(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)分析对差异表达基因进行功能注释。使用相互作用基因搜索工具(STRING)构建蛋白质-蛋白质相互作用网络,挖掘最重要的模块和关键基因。cBioportal用于分析hub基因的相关性。利用Kaplan-Meier和Oncomine数据库对TCGA数据库中肝癌基因表达数据进行验证,探讨hub基因与肝癌发生、发展和预后的关系。通过逆转录定量PCR(RT-qPCR)实验验证17对临床肝细胞癌样本与邻近非肿瘤组织中hub基因的表达。结果共获得121个DEGs(P<0.01),鉴定出3个遗传标记,细胞周期素依赖性激酶1(CDK1)、细胞周期蛋白B1(CCNB1)和核分裂周期蛋白80(NDC80),与细胞周期、嘧啶代谢和DNA复制有关,这3个基因高度相关(P<0.05)。UALCAN数据库证实这些基因在肝癌组织中高表达并获得相关预后信息。Kaplan-Meier表明,它们与HCC患者的低存活率相关。CDK1、CCNB1和NDC80与肝癌分级相关(P<0.05),RT-qPCR实验证实CDK1、CCNB1和NDC80的mRNA在肝细胞癌中的表达明显高于癌旁组织。结论CDK1、CCNB1和NDC80基因可作为HBV相关肝细胞癌的预后标志物,在肝癌的基础研究和临床治疗方面有一定的应用价值。 展开更多
关键词 肝细胞癌 慢性乙型肝炎病毒 关键基因 CDK1 CCNB1 NDC80
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黑素瘤相关抗原D4(MAGE-D4)的生物信息学分析及真核表达载体的构建 被引量:1
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作者 李霞琼 邓芸婷 +5 位作者 顾永耀 高精洧 罗育 林文珍 谢小薰 贺菽嘉 《细胞与分子免疫学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2020年第10期884-889,共6页
目的分析黑素瘤相关抗原D4(MAGE-D4)蛋白的理化性质、结构和功能,构建MAGE-D4真核表达载体。方法通过生物信息学软件分析MAGE-D4蛋白的理化性质、结构和功能。以MAGE-D4/pMAL-C2原核重组质粒为模板,经PCR扩增、酶切后与pEGFP-C1真核表... 目的分析黑素瘤相关抗原D4(MAGE-D4)蛋白的理化性质、结构和功能,构建MAGE-D4真核表达载体。方法通过生物信息学软件分析MAGE-D4蛋白的理化性质、结构和功能。以MAGE-D4/pMAL-C2原核重组质粒为模板,经PCR扩增、酶切后与pEGFP-C1真核表达质粒连接,转化大肠杆菌。连接产物经抗生素筛选、酶切、测序鉴定后,通过脂质体转染A549肺癌细胞。结果MAGE-D4蛋白为不稳定亲水性蛋白,无跨膜结构和信号肽,二级结构以α螺旋为主,具有多个功能性修饰位点,主要定位在细胞核。SLLLVILGV可能为MAGE-D4来源的HLA-A*0201限制性T细胞表位。与MAGE-D4存在潜在相互作用的前3位蛋白依次是染色体成分4非结构维持蛋白同源物A(NSMCE4A)、T细胞识别的黑素瘤抗原1(MLANA/MART-1)、黑素瘤B抗原5(BAGE5)。测序结果证实重组质粒含有MAGE-D4的全长编码序列(CDS),能成功转染A549肺癌细胞。结论MAGE-D4蛋白为不稳定核蛋白,可通过与多种黑素瘤相关蛋白相互作用而发挥功能,其来源的短肽可能具有较强的免疫原性,并构建了MAGE-D4真核表达载体。 展开更多
关键词 黑素瘤相关抗原D4(MAGE-D4) 生物信息学分析 PEGFP-C1
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NUF2对泛癌的预后和免疫治疗效果的预测价值
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作者 王耀彬 陈柳燕 +2 位作者 罗伊凌 申继清 周素芳 《南方医科大学学报》 北大核心 2025年第1期137-149,共13页
目的探讨NUF2表达水平与肿瘤预后的关系及在肿瘤微环境中的作用。方法综合利用人类蛋白质图谱(HPA)、癌症基因组图谱(TCGA)、基因型-组织表达计划(GTEx)、癌细胞系百科全书(CCLE)、TIMER的数据集,采用生物信息学方法挖掘NUF2的潜在致癌... 目的探讨NUF2表达水平与肿瘤预后的关系及在肿瘤微环境中的作用。方法综合利用人类蛋白质图谱(HPA)、癌症基因组图谱(TCGA)、基因型-组织表达计划(GTEx)、癌细胞系百科全书(CCLE)、TIMER的数据集,采用生物信息学方法挖掘NUF2的潜在致癌作用,包括剖析NUF2在各种类型肿瘤组织中的表达水平、预后价值及免疫价值;采用RT-qPCR、Western blotting、免疫组化(IHC)等实验检测NUF2在肝癌细胞系和肝癌患者癌组织及血液中的表达情况。利用基因本体论(GO)、基因组百科全书(KEGG)和基因集富集分析(GSEA)探索NUF2及相关基因的分子机制并在肝癌中构建了NUF2的竞争性内源RNA(ceRNA)网络。结果与正常组织相比,NUF2表达在27种肿瘤中上调并与多种类型肿瘤的临床分期相关(P<0.05)。在部分肿瘤中,NUF2的表达上调与肿瘤患者的不良预后(总体生存期、疾病特异性生存期、无病生存期和无进展生存期)相关(P<0.05)。NUF2表达水平与多种肿瘤的肿瘤突变负荷、微卫星不稳定、浸润免疫细胞(B细胞、髓样树突状细胞、中性粒细胞、CD4+T细胞)、免疫细胞maker基因(CCR7、CD163、CD19、CD4、CD79A、CD8A、CD8B、IRF5、ITGAX和MS4A4A)以及免疫检查点基因(CTLA4、HAVCR2、LAG3、PDCD1和PDCD1LG2)呈正相关(P<0.05)。RT-qPCR等实验结果显示NUF2在肝癌细胞系、肝癌患者癌组织和血液中表达上调(P<0.05),其中肝癌患者经手术治疗之后,使得血液中NUF2表达下调(P<0.05)。GO和KEGG富集分析表明,NUF2相关基因与染色体分离、微管运动以及细胞周期相关(P<0.05)。GSEA分析提示,在肝癌中NUF2高表达与甘氨酸、丝氨酸和苏氨酸代谢以及调控神经活性配体受体相互作用有关(P<0.05)。结论NUF2在27种肿瘤中表达上调并与部分肿瘤的临床分期、不良预后有关。此外NUF2的表达与多种肿瘤的免疫细胞浸润密切相关,可能作为这些癌症免疫治疗效果的潜在预测因子。 展开更多
关键词 NUF2 泛癌分析 免疫浸润 预后
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氨基酸代谢重编程对肝细胞癌发生发展及治疗的影响
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作者 张青 周青鸟 林文珍 《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第10期1392-1399,共8页
在肿瘤细胞中,特定氨基酸的改变会对癌细胞的代谢产生显著影响,并使肿瘤微环境中的免疫细胞发生改变,影响肿瘤的发生发展和治疗效果。本文首先介绍肿瘤中氨基酸的作用,从外源性氨基酸的摄入,氨基酸修饰,支链氨基酸的代谢探讨肿瘤中必需... 在肿瘤细胞中,特定氨基酸的改变会对癌细胞的代谢产生显著影响,并使肿瘤微环境中的免疫细胞发生改变,影响肿瘤的发生发展和治疗效果。本文首先介绍肿瘤中氨基酸的作用,从外源性氨基酸的摄入,氨基酸修饰,支链氨基酸的代谢探讨肿瘤中必需氨基酸的代谢,并阐明非必需氨基酸在非必需氨基酸营养缺陷型肿瘤中的作用。其次,阐述了氨基酸代谢重编程对肝细胞癌发生发展的影响。必需氨基酸和非必需氨基酸在肝细胞癌中存在不可或缺的作用。在肝癌细胞内,必需氨基酸含量异常升高,促进肝癌细胞的发生发展,但支链氨基酸含量的升高却存在双重作用。非必需氨基酸在肝癌细胞中常作为抑制因子发挥作用,但精氨酸可联合天冬酰胺形成正反馈循环促进肝细胞癌的发生发展。最后阐述了氨基酸代谢重编程对肝细胞癌治疗的影响。谷氨酸、丝氨酸,支链氨基酸,S-腺苷甲硫氨酸,甘氨酸,精氨酸等可作为肝细胞癌的作用靶点,抑制氧化戊二酸脱氢酶的表达可以提高肝细胞癌患者对索拉非尼的药物敏感性。肝细胞癌肿瘤微环境中的氨基酸代谢重编程促进了肝癌细胞的恶性增殖和免疫逃逸,研究其中特异性改变的氨基酸有利于为患者制定个性化的免疫治疗。 展开更多
关键词 氨基酸代谢 支链氨基酸 非必需氨基酸 肿瘤 肝细胞癌
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陆生植物鲨烯合酶适应性进化正选择位点分析 被引量:11
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作者 刘镛 吴耀生 +3 位作者 胡艳玲 晁耐霞 唐银琳 蒋东 《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2013年第1期91-97,共7页
鲨烯合酶是三萜类皂苷生物合成途径中的关键酶,其活性的高低决定了三萜皂苷、植物甾醇等后续次生代谢物的含量.对鲨烯合酶进行正选择位点分析,可为识别重要的功能位点提供有意义的信息.本研究在克隆获得五加科三七、葫芦科绞股蓝鲨烯合... 鲨烯合酶是三萜类皂苷生物合成途径中的关键酶,其活性的高低决定了三萜皂苷、植物甾醇等后续次生代谢物的含量.对鲨烯合酶进行正选择位点分析,可为识别重要的功能位点提供有意义的信息.本研究在克隆获得五加科三七、葫芦科绞股蓝鲨烯合酶cDNA的基础上,结合GenBank中所登载的植物鲨烯合酶cDNA序列信息,利用位点模型检测并分析了38种陆生植物鲨烯合酶的适应性进化.结果显示,进化上相对保守的鲨烯合酶受到正选择作用,检测到的21个正选择位点大部分集中于第2跨膜区及其两侧,其中189S、194S、196S、265I、389P、390T、408A、410R和414N等9个位点很可能与鲨烯合酶的活性有关.本研究从分子进化角度为调控三萜类化合物的生物合成提供了一个新的思路. 展开更多
关键词 鲨烯合酶 适应性进化 正选择 陆生植物
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衰老标记蛋白-30及其研究进展 被引量:4
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作者 周素芳 罗国容 《科学技术与工程》 2004年第8期725-731,共7页
衰老标记蛋白-30(SMP30)也称为regucalcin是1992年发现的一种新型钙结合蛋白质,在细胞内信 号转导途径中起调节作用,其含量随年龄增加而减少。就其蛋白质生物学特性及其功能进行了综述。
关键词 衰老标记蛋白-30 钙结合蛋白质 细胞内信号转导 细胞定位 生物学活性
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眼镜蛇毒NGF通过PI3K/Akt促人肝星状细胞凋亡的机制研究 被引量:7
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作者 蔡凤桃 张学荣 +5 位作者 孙林 王秀男 廖明 班建东 陈缨 农君 《中国药理学通报》 CAS CSCD 北大核心 2018年第1期23-27,共5页
目的探讨眼镜蛇毒神经生长因子NGF对肝纤维化关键细胞LX2的作用及机制。方法采用CCK-8法检测不同浓度NGF和LY294002对LX2细胞增殖的影响,流式法检测NGF对LX2细胞凋亡的影响,Western blot法研究NGF和LY294002单用与联用对p-Akt蛋白水平... 目的探讨眼镜蛇毒神经生长因子NGF对肝纤维化关键细胞LX2的作用及机制。方法采用CCK-8法检测不同浓度NGF和LY294002对LX2细胞增殖的影响,流式法检测NGF对LX2细胞凋亡的影响,Western blot法研究NGF和LY294002单用与联用对p-Akt蛋白水平表达的影响。结果NGF可降低LX2细胞存活率,最小有效浓度为1 mg·L^(-1);增加LX2细胞凋亡率;降低p-Akt表达水平,而对Akt的表达水平无明显影响。结论 NGF可通过抑制PI3K/Akt信号通路的激活,促进LX2细胞凋亡,并有一定的浓度依赖性。本研究对阐明肝纤维化的发病机制,为临床上治疗肝纤维化均有重要意义。 展开更多
关键词 肝纤维化 人肝星状细胞 眼镜蛇毒 神经生长因子 凋亡 PI3K/AKT
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基于TCGA分析GALNT14在肾透明细胞癌中的表达及预后意义
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作者 韦玉琴 吴帆 +5 位作者 张胜锋 谭炎林 臧宁 晁耐霞 吴群英 周青鸟 《广西科学》 CAS 北大核心 2022年第6期1111-1124,共14页
本研究拟探索N-acetylgalactosaminyltransferase 14 ( GALNT14)的表达水平对肾透明细胞癌(Kidney Renal Clear Cell Carcinoma, KIRC)的临床预后意义及其在疾病进展中的功能。从The Cancer Genome Atlas(TCGA)数据库获取肾透明细胞癌... 本研究拟探索N-acetylgalactosaminyltransferase 14 ( GALNT14)的表达水平对肾透明细胞癌(Kidney Renal Clear Cell Carcinoma, KIRC)的临床预后意义及其在疾病进展中的功能。从The Cancer Genome Atlas(TCGA)数据库获取肾透明细胞癌的临床信息和相应的mRNA表达数据,使用R语言进行差异表达分析和配对差异表达分析,检测 GALNT14在肾透明细胞癌的表达;通过Logistic回归分析、Kaplan-Meier生存分析和COX回归分析探究 GALNT14的表达量与肾透明细胞癌临床特征的相关性;从STRING数据库中获得GALNT14相互作用的蛋白质,通过Linkedomics和GeneMANIA数据库分析GALNT14的蛋白质-蛋白质相互关系;通过基因集富集分析(Gene Set Enrichment Analysis, GSEA)探索 GALNT14在肾透明细胞癌中介导的生物信号通路。结果表明,肾透明细胞癌组织中 GALNT14的mRNA相对表达量显著高于癌旁组织;肾透明细胞癌 GALNT14的高表达与肿瘤原发灶大小、Tumor Node Metastasis (TNM)分期、患者年龄、组织分级显著相关;肾透明细胞癌患者 GALNT14的高表达与患者总生存率(Overall Survival, OS)正相关,与无病生存率(Disease Free Survival, DFS)负相关;GALNT14可作为肾透明细胞癌患者的独立预后因子;GALNT14的共调控基因与肾透明细胞癌关系密切;GALNT14的高表达与肿瘤细胞中氨基酸代谢、脂肪酸代谢和糖代谢等信号通路相关。因此, GALNT14在肾透明细胞癌中高表达且与患者预后相关,可作为该疾病的独立预后因子。 展开更多
关键词 肾透明细胞癌 GALNT14 生物信息学 表达分析 预后因子
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雷帕霉素靶蛋白与自噬在衰老中的交互作用 被引量:1
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作者 王俊杰 蓝秀万 吴耀生 《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2018年第5期494-501,共8页
衰老是一个非常复杂的过程,与细胞和组织中累积的各种大分子(DNA、蛋白质和脂质)损伤密不可分,并且是由细胞中不同的信号通道共同调控的结果,而雷帕霉素靶标途径就是其中的一种。该途径整合了各种来自细胞内外的信号以调控细胞的生长、... 衰老是一个非常复杂的过程,与细胞和组织中累积的各种大分子(DNA、蛋白质和脂质)损伤密不可分,并且是由细胞中不同的信号通道共同调控的结果,而雷帕霉素靶标途径就是其中的一种。该途径整合了各种来自细胞内外的信号以调控细胞的生长、增殖和代谢。越来越多证据表明,雷帕霉素靶蛋白(target of rapamycin,TOR)控制着细胞和组织老化的速度,影响着整个机体衰老过程。另外TOR参与调控自噬的发生,而自噬能使生物大分子和细胞器降解并回收重复利用。多种生物模型研究发现,衰老其实是与自噬的不足有关联。本文对TOR和自噬在衰老过程中的作用和相互关系进行综述,为发展与老年疾病相关的新型治疗方法提供思路。 展开更多
关键词 衰老 寿命 雷帕霉素靶蛋白 自噬
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基于CRISPR/Cas9技术构建与鉴定敲除ACE2基因的Huh7肝癌细胞株 被引量:1
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作者 张祖霖 刘方芳 +3 位作者 周青鸟 赵瑞强 贺菽嘉 林文珍 《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第6期181-188,共8页
利用CRISPR-Cas9基因编辑技术敲除人Huh7肝癌细胞的血管紧张素转化酶2(ACE2)基因,构建ACE2基因敲除细胞株,为研究ACE2在肝细胞癌的作用提供细胞模型。首先,对ACE2结构域进行鉴定,利用在线网站设计两条破坏所有结构域、靶向作用于ACE2外... 利用CRISPR-Cas9基因编辑技术敲除人Huh7肝癌细胞的血管紧张素转化酶2(ACE2)基因,构建ACE2基因敲除细胞株,为研究ACE2在肝细胞癌的作用提供细胞模型。首先,对ACE2结构域进行鉴定,利用在线网站设计两条破坏所有结构域、靶向作用于ACE2外显子的sgRNA。其次,构建重组载体并转染肝癌细胞Huh7,嘌呤霉素筛选出单克隆细胞株。最后,免疫印迹鉴定敲除效果。结构域鉴定结果显示,在340-520号氨基酸位置存在Zn结合位点和激活位点,根据sgRNA靶点设计原则,采用片段敲除的方式,针对ACE2的第9、第10外显子设计两对sgRNA,并成功构建PX459-ACE2-sgRNA重组质粒。嘌呤霉素成功筛选出单克隆细胞株,并测序证实了发生片段敲除,ACE2蛋白在敲除细胞株中不表达;成功构建ACE2敲除的Huh7细胞株,为日后研究ACE2在肝细胞癌的发生机制奠定基础。 展开更多
关键词 血管紧张素转化酶2 肝细胞癌 CRISPR-Cas9 单克隆细胞株
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