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基于PCR熔解曲线技术的结核分枝杆菌Spoligotyping基因分型的临床应用研究
被引量：
9
1
作者
蓝如束
叶婧
+5 位作者
罗丹
覃慧芳
黄莉雯
苏华斌
罗淋尹
林玫
《中国人兽共患病学报》
CAS
CSCD
北大核心
2021年第4期285-291,328,共8页
目的利用基于PCR熔解曲线技术的结核分枝杆菌Spoligotyping基因分型方法(McSpoligotyping)对结核分枝杆菌分离株进行基因分型,以评价其在结核病流行病学调查中的应用价值。方法对广西2017年结核耐药监测点收集的949株结核分枝杆菌,采用M...
目的利用基于PCR熔解曲线技术的结核分枝杆菌Spoligotyping基因分型方法(McSpoligotyping)对结核分枝杆菌分离株进行基因分型,以评价其在结核病流行病学调查中的应用价值。方法对广西2017年结核耐药监测点收集的949株结核分枝杆菌,采用McSpoligotyping分型方法对其进行基因分型。首先,通过对其中的361株菌株的McSpoligotyping分型结果与全基因组测序(WGS)结果的一致性比较来评价McSpoligotyping分型方法。其次,对949株菌株分型数据与SITVITWEB数据库进行比对,获取间隔区寡核苷酸国际型别(spoligotype intemational type,SIT)编号,将分型结果提交到https://www.miru-vntrplus.org/MIRU/index.faces网站进行聚类分析。结果McSpoligotyping分型与WGS结果一致率为94.18%(340/361),在结果不一致标本中,出现不一致较多间隔序列在第5间隔。在949株菌株中新发现基因型为121株,已定义基因型为828株;其中已定义基因型共分为84种基因型,主要归属于5种基因家族(BEIJING、T、H、EAI、LAM)和3个家系(Lineage 1、Lineage 2、Lineage 4);5种基因家族主要流行为BEIJING和T基因家族,家系中主要流行为Lineage 2。949株菌株中的822株聚为49个簇(2~528株),最大一簇为Beijing家族SIT1基因型,其余的127株菌表现为独特的基因型。结论利用PCR熔解曲线技术可快速对MTB进行基因分型,此技术较传统方法操作简便、耗时短,对结核病疫情处置及结核病分子流行病学研究具有重要意义。
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关键词
结核分枝杆菌
McSpoligotying
PCR熔解曲线技术
WGS
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职称材料
题名
基于PCR熔解曲线技术的结核分枝杆菌Spoligotyping基因分型的临床应用研究
被引量：
9
1
作者
蓝如束
叶婧
罗丹
覃慧芳
黄莉雯
苏华斌
罗淋尹
林玫
机构
广西
壮族自治区江滨医院
广西
壮族自治区疾病预防控制中心
广西中医药大学公共卫生与管理学院生物统计学教研室
出处
《中国人兽共患病学报》
CAS
CSCD
北大核心
2021年第4期285-291,328,共8页
基金
国家自然科学基金(No.81560549)
广西自然科学基金(No.2017GXNSFAA198330)联合资助。
文摘
目的利用基于PCR熔解曲线技术的结核分枝杆菌Spoligotyping基因分型方法(McSpoligotyping)对结核分枝杆菌分离株进行基因分型,以评价其在结核病流行病学调查中的应用价值。方法对广西2017年结核耐药监测点收集的949株结核分枝杆菌,采用McSpoligotyping分型方法对其进行基因分型。首先,通过对其中的361株菌株的McSpoligotyping分型结果与全基因组测序(WGS)结果的一致性比较来评价McSpoligotyping分型方法。其次,对949株菌株分型数据与SITVITWEB数据库进行比对,获取间隔区寡核苷酸国际型别(spoligotype intemational type,SIT)编号,将分型结果提交到https://www.miru-vntrplus.org/MIRU/index.faces网站进行聚类分析。结果McSpoligotyping分型与WGS结果一致率为94.18%(340/361),在结果不一致标本中,出现不一致较多间隔序列在第5间隔。在949株菌株中新发现基因型为121株,已定义基因型为828株;其中已定义基因型共分为84种基因型,主要归属于5种基因家族(BEIJING、T、H、EAI、LAM)和3个家系(Lineage 1、Lineage 2、Lineage 4);5种基因家族主要流行为BEIJING和T基因家族,家系中主要流行为Lineage 2。949株菌株中的822株聚为49个簇(2~528株),最大一簇为Beijing家族SIT1基因型,其余的127株菌表现为独特的基因型。结论利用PCR熔解曲线技术可快速对MTB进行基因分型,此技术较传统方法操作简便、耗时短,对结核病疫情处置及结核病分子流行病学研究具有重要意义。
关键词
结核分枝杆菌
McSpoligotying
PCR熔解曲线技术
WGS
Keywords
Mycobacterium tuberculosis
McSpoligotyping
PCR melting curve technology
WGS
分类号
R378.91 [医药卫生—病原生物学]
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题名
作者
出处
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被引量
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1
基于PCR熔解曲线技术的结核分枝杆菌Spoligotyping基因分型的临床应用研究
蓝如束
叶婧
罗丹
覃慧芳
黄莉雯
苏华斌
罗淋尹
林玫
《中国人兽共患病学报》
CAS
CSCD
北大核心
2021
9
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