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新型牡蛎相关圆环病毒基因组的鉴定
1
作者
杨李玲
郭迎香
+4 位作者
位红颖
王萌
方艺菲
朱鹏
姜敬哲
《南方水产科学》
CAS
CSCD
北大核心
2022年第4期65-75,共11页
病原基因组信息的匮乏是牡蛎病害研究进展缓慢的主要原因之一。为鉴定更多牡蛎相关病毒,基于前期研究获得的华南沿海多地养殖的香港牡蛎(Crassostrea hongkongensis)病毒组测序数据进行质控、组装、物种注释后,挑选出其中疑似圆环病毒...
病原基因组信息的匮乏是牡蛎病害研究进展缓慢的主要原因之一。为鉴定更多牡蛎相关病毒,基于前期研究获得的华南沿海多地养殖的香港牡蛎(Crassostrea hongkongensis)病毒组测序数据进行质控、组装、物种注释后,挑选出其中疑似圆环病毒基因组序列进行进化树构建、基因组比较、蛋白结构域分析、三维结构预测和病毒丰度分析,在养殖牡蛎体内鉴定到了5个序列完整的新型牡蛎相关圆环病毒基因组,且5个病毒基因组在多个样品中存在。结果显示,5条病毒序列与已知的圆环病毒聚类在一个大的分支,说明其为圆环病毒科成员;5条病毒基因组序列均含有一个复制酶蛋白基因,且均与节肢动物圆环病毒复制酶蛋白序列最为相似;5条序列与另外7条公共数据库检索到的序列形成了一个独立的子分支,且该分支的序列来源多为动物相关样品。基于结构域分析软件(SMART)鉴定到多数序列中存在复制酶的保守结构域。
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关键词
圆环病毒
生物信息分析
香港牡蛎
复制酶
结构域
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职称材料
题名
新型牡蛎相关圆环病毒基因组的鉴定
1
作者
杨李玲
郭迎香
位红颖
王萌
方艺菲
朱鹏
姜敬哲
机构
天津农学院
中国水产科学研究院南海水产研究所/农业农村部南海渔业资源开发利用重点实验室
广州美格基因科技有限公司
从化区农业农村局
上海美吉生物医药
科技
有限公司
上海海洋大学
出处
《南方水产科学》
CAS
CSCD
北大核心
2022年第4期65-75,共11页
基金
国家自然科学基金面上项目(31972847)
广东省省级现代农业产业技术体系“水产疫病监测与综合防控共性关键技术研发创新团队”(2019KJ141)
中国水产科学研究院科技创新团队项目(2020TD42,2021SD05)。
文摘
病原基因组信息的匮乏是牡蛎病害研究进展缓慢的主要原因之一。为鉴定更多牡蛎相关病毒,基于前期研究获得的华南沿海多地养殖的香港牡蛎(Crassostrea hongkongensis)病毒组测序数据进行质控、组装、物种注释后,挑选出其中疑似圆环病毒基因组序列进行进化树构建、基因组比较、蛋白结构域分析、三维结构预测和病毒丰度分析,在养殖牡蛎体内鉴定到了5个序列完整的新型牡蛎相关圆环病毒基因组,且5个病毒基因组在多个样品中存在。结果显示,5条病毒序列与已知的圆环病毒聚类在一个大的分支,说明其为圆环病毒科成员;5条病毒基因组序列均含有一个复制酶蛋白基因,且均与节肢动物圆环病毒复制酶蛋白序列最为相似;5条序列与另外7条公共数据库检索到的序列形成了一个独立的子分支,且该分支的序列来源多为动物相关样品。基于结构域分析软件(SMART)鉴定到多数序列中存在复制酶的保守结构域。
关键词
圆环病毒
生物信息分析
香港牡蛎
复制酶
结构域
Keywords
Circovirus
Bioinformatics analysis
Crassostrea hongkongensis
Replication
Domain
分类号
S917.4 [农业科学—水产科学]
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题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
新型牡蛎相关圆环病毒基因组的鉴定
杨李玲
郭迎香
位红颖
王萌
方艺菲
朱鹏
姜敬哲
《南方水产科学》
CAS
CSCD
北大核心
2022
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