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乙型脑炎病毒寡核苷酸基因芯片研究 被引量:9
1
作者 张海燕 马文丽 +4 位作者 李凌 吴清华 徐秋林 温颖 郑文岭 《实用医学杂志》 CAS 2005年第12期1244-1247,共4页
目的:制备检测乙型脑炎病毒寡核苷酸(oligo)基因芯片。方法:应用生物信息学软件设计60-meroligo探针用于制备基因芯片,乙型脑炎病毒(JEV)基因片段经限制性显示技术扩增标记,用于芯片杂交,清洗和干燥后对芯片进行扫描和数据分析。结果:... 目的:制备检测乙型脑炎病毒寡核苷酸(oligo)基因芯片。方法:应用生物信息学软件设计60-meroligo探针用于制备基因芯片,乙型脑炎病毒(JEV)基因片段经限制性显示技术扩增标记,用于芯片杂交,清洗和干燥后对芯片进行扫描和数据分析。结果:大部分oligo探针都能特异性与相应样品杂交,呈现阳性荧光信号,而阴性对照和空白对照则基本不能检测到荧光信号。结论:实验中建立的oligo基因芯片检测病原体方法可行,具有应用于临床诊断的前景。 展开更多
关键词 乙型脑炎病毒 寡核苷酸基因芯片 限制性显示技术 基因芯片检测 生物信息学 软件设计 基因片段 数据分析 空白对照 阴性对照 临床诊断 光信号 特异性 病原体 制备 探针 杂交
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精子细胞中基因表达谱的研究 被引量:8
2
作者 毛向明 马文丽 +1 位作者 彭翼飞 郑文岭 《第一军医大学学报》 CSCD 北大核心 2002年第3期200-202,共3页
目的研究成熟精子细胞中的基因表达。方法采用限制性显示PCR(RD-PCR)获得大量正常和异常精子细胞中基因表达序列标签(EST)并以表达谱图的方式显示出来。结果通过RD-PCR技术得到大量正常精子细胞和异常精子细胞的EST及部分差异表达EST。... 目的研究成熟精子细胞中的基因表达。方法采用限制性显示PCR(RD-PCR)获得大量正常和异常精子细胞中基因表达序列标签(EST)并以表达谱图的方式显示出来。结果通过RD-PCR技术得到大量正常精子细胞和异常精子细胞的EST及部分差异表达EST。结论RD-PCR技术既能针对已知基因又能针对未知基因,快速收集大量长度适宜、大小均一、适于芯片制备的EST,较通过cDNA文库等方法得到靶基因片段具有独特的优势。关键词:精子;基因表达谱; 展开更多
关键词 精子 基因表达谱 限制性差异显示-聚合酶链反应 RD-PCR
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登革病毒cDNA的生物信息学分析及其Oligo探针设计 被引量:4
3
作者 肖维威 马文丽 +2 位作者 马晓冬 毛向明 郑文岭 《第一军医大学学报》 CSCD 北大核心 2003年第9期905-907,共3页
目的设计登革病毒诊断芯片的Oligo探针。方法利用BLAST软件对4型登革病毒的cDNA序列进行序列比对,得到有意义的特异序列;然后用生物学软件Oligo6.0设计特异性高、Tm值相近、长度均一的Oligo探针。结果获得48条70-mer Oligo探针,用于打印... 目的设计登革病毒诊断芯片的Oligo探针。方法利用BLAST软件对4型登革病毒的cDNA序列进行序列比对,得到有意义的特异序列;然后用生物学软件Oligo6.0设计特异性高、Tm值相近、长度均一的Oligo探针。结果获得48条70-mer Oligo探针,用于打印成DNA芯片,进行登革病毒的检测。结论利用BLAST系统和生物学软件Oligo6.0设计登革病毒诊断芯片的探针,是一种简便可行、有效的方法。 展开更多
关键词 登革病毒 CDNA 生物信息学 O1igo探针 生物芯片 BLAST软件
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人胎盘基因表达谱芯片的初步研究 被引量:4
4
作者 朱利娜 马文丽 +3 位作者 毛向明 李 凌 冯春琼 郑文岭 《第一军医大学学报》 CSCD 北大核心 2002年第5期400-402,共3页
目的 制备人胎盘基因表达谱芯片,前用于基因差异表达分析。方法用基因芯片点样仪将胎盘基因文库探针打印在氨基包被的玻片上制备表达谱芯片。分别提取对照组三氧化二砷处理的K562细胞总RNA,纯化mRNA后反转录成cDNA。再以限制性显示技术... 目的 制备人胎盘基因表达谱芯片,前用于基因差异表达分析。方法用基因芯片点样仪将胎盘基因文库探针打印在氨基包被的玻片上制备表达谱芯片。分别提取对照组三氧化二砷处理的K562细胞总RNA,纯化mRNA后反转录成cDNA。再以限制性显示技术进行荧光标记,将两组荧光标记的样品混合后与芯片进行杂交。杂交后清洗芯片,干燥后对芯片进行扫描,分析杂交结果。结果 建立了较可靠的制备与检测基基表达芯片的方法,并筛选出45个差异表达基因片段。结论 制备的人胎盘基因表达谱芯片可有效地应用于基因的差异表达分析。 展开更多
关键词 基因芯片 基因表达谱 胎盘 基因差异表达 DNA
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HIV基因芯片的初步研究 被引量:4
5
作者 李凌 马文丽 +2 位作者 毛向明 祝骥 郑文岭 《第一军医大学学报》 CSCD 北大核心 2002年第8期724-727,共4页
目的建立HIV基因检测芯片的分析技术。方法分离HIV1U26942基因限制性显示片段作探针,应用PixSys 5500点样仪将探针打印在氨基包被的玻片上制作基因芯片。然后与随机引物荧光标记的HIV样品进行杂交,以分析限制性显示基因片段的杂交动力... 目的建立HIV基因检测芯片的分析技术。方法分离HIV1U26942基因限制性显示片段作探针,应用PixSys 5500点样仪将探针打印在氨基包被的玻片上制作基因芯片。然后与随机引物荧光标记的HIV样品进行杂交,以分析限制性显示基因片段的杂交动力学。经杂交后清洗和干燥,扫描芯片进行检测。结果对基因检测芯片的制作与检测的实验条件进行了初步研究并筛选了12个限制性显示基因探针。结论建立的检测芯片的实验方法可行且较特异。 展开更多
关键词 基因芯片 DNA微矩阵 HIV感染 限制性显示
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Agilent 2100 Bioanalyzer在基因差异表达研究中的应用 被引量:2
6
作者 刘翠华 马文丽 +2 位作者 石嵘 欧阳谦 郑文岭 《第一军医大学学报》 CSCD 北大核心 2002年第12期1066-1069,共4页
目的观察Agilent 2100 Bioanalyzer 芯片分析系统(以下简称Bioanalyzer)在基因差异表达研究中的应用。方法应用限制性显示技术分别从正常和热休克处理后的酿酒酵母细胞中分离出cDNA片段,然后再用Bioanalyzer和传统的琼脂糖凝胶电泳技术... 目的观察Agilent 2100 Bioanalyzer 芯片分析系统(以下简称Bioanalyzer)在基因差异表达研究中的应用。方法应用限制性显示技术分别从正常和热休克处理后的酿酒酵母细胞中分离出cDNA片段,然后再用Bioanalyzer和传统的琼脂糖凝胶电泳技术对RD-PCR产物进行检测分析。结果Bioanalyzer能更快速、敏感地分离和显示差异表达的基因片段,并且通过对差异片段进行定量比较,发现了数个表达有明显差异的基因片段。结论Bioanalyzer在基因差异表达研究中具有重要的应用价值。 展开更多
关键词 芯片分析系统 Agilent2100 Bioanalyzer 限制性显示技术 琼脂糖凝胶电泳 热休克 基因差异表达
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应用RD-PCR技术制备HIV基因芯片探针 被引量:13
7
作者 李凌 马文丽 +5 位作者 祝骥 朱利娜 宋艳斌 吴清华 郭秋野 郑文岭 《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2002年第1期105-109,共5页
利用限制性显示 (RD PCR)技术快速分离HIV 1基因片段制备DNA芯片探针 .以Sau3AⅠ酶切HIV基因 ,得到许多大小适合芯片的限制性酶切片段 .然后在片段两端接上接头 ,根据酶切位点、接头的序列设计通用引物 .在该通用引物的 3′端分别延伸... 利用限制性显示 (RD PCR)技术快速分离HIV 1基因片段制备DNA芯片探针 .以Sau3AⅠ酶切HIV基因 ,得到许多大小适合芯片的限制性酶切片段 .然后在片段两端接上接头 ,根据酶切位点、接头的序列设计通用引物 .在该通用引物的 3′端分别延伸一个碱基后 ,通过引物间的两两组合 ,将PCR反应分成 10个亚组 .纯化各组PCR产物 ,克隆到T载体上 .阳性克隆经鉴定、扩大培养后提取质粒 .以质粒为模板扩增靶片段并进行序列分析 .每个亚型得到了十几个 10 0~ 10 0 0bp的HIV基因片段 .研究表明 ,RD 展开更多
关键词 RD-PCR HIV DNA芯片 基因芯片探针 制备
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Agilent2100 Bioanalyzer在人乳头瘤病毒检测中的应用 被引量:6
8
作者 刘翠华 马文丽 +3 位作者 石嵘 欧阳谦 彭翼飞 郑文岭 《第一军医大学学报》 CSCD 北大核心 2003年第3期213-215,共3页
目的探讨Agilent 2100 Bioanalyzer 芯片分析系统(简称Bioanalyzer)在人乳头瘤病毒(HPV)的PCR检测和分型中的应用。方法先分别进行通用引物介导PCR(GP-PCR)和型特异性引物介导PCR,扩增HPV高保守区(L1区)的共同序列和各型(包括HPV6、11... 目的探讨Agilent 2100 Bioanalyzer 芯片分析系统(简称Bioanalyzer)在人乳头瘤病毒(HPV)的PCR检测和分型中的应用。方法先分别进行通用引物介导PCR(GP-PCR)和型特异性引物介导PCR,扩增HPV高保守区(L1区)的共同序列和各型(包括HPV6、11、16和18型)的特异性序列,然后分别用常规的琼脂糖凝胶电泳技术和Bioanalyzer对PCR产物进行检测,并比较两种检测方法的准确度、重复性和灵敏度。结果Bioanalyzer在确定片段长度时的准确度和重复性比琼脂糖凝胶电泳高,前者的准确度在95%以上,后者仅为85%;Bioanalyzer的检测灵敏度比琼脂糖凝胶电泳高100倍。结论Bioanalyzer芯片分析系统结合PCR方法可对HPV进行特异、准确、稳定、灵敏的检测和型别鉴定,具有重要的推广价值。 展开更多
关键词 芯片分析系统 Agilent2100Bioanalyzer 琼脂糖凝胶电泳 乳头瘤病毒
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利用基因芯片技术筛选HIV-1F亚型基因限制性显示探针 被引量:3
9
作者 李凌 马文丽 +2 位作者 祝骥 石嵘 郑文岭 《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2002年第5期564-567,共4页
为筛选限制性显示技术制备的HIV 1F亚型基因探针 ,应用基因芯片打印仪将其有序地打印在玻片上制备基因芯片 .在随机引物延伸的过程中进行HIV样品的荧光标记 ,然后与芯片进行杂交 .杂交后清洗玻片并干燥 ,对芯片进行扫描 ,分析各探针的... 为筛选限制性显示技术制备的HIV 1F亚型基因探针 ,应用基因芯片打印仪将其有序地打印在玻片上制备基因芯片 .在随机引物延伸的过程中进行HIV样品的荧光标记 ,然后与芯片进行杂交 .杂交后清洗玻片并干燥 ,对芯片进行扫描 ,分析各探针的杂交信号 .从中筛选了 14个基因片段作为芯片下一步研究的探针 .实验证明 。 展开更多
关键词 基因芯片技术 筛选 HIV-1F亚型基因 限制性显示探针 DNA微阵
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SARS冠状病毒N基因的扩增与克隆 被引量:2
10
作者 肖维威 马文丽 +6 位作者 张宝 王艳 毛向明 彭翼飞 宋艳斌 吴清华 郑文岭 《第一军医大学学报》 CSCD 北大核心 2004年第1期39-41,共3页
目的RT-PCR扩增、克隆SARS冠状病毒N蛋白基因。方法根据GenBank数据库中TOR2株的全基因组序列,利用Primer Premier 5.0软件设计引物RT-PCR巢式扩增SARS冠状病毒的N基因,PCR产物克隆后进行测序鉴定。结果序列分析表明,pMD18-T载体中已成... 目的RT-PCR扩增、克隆SARS冠状病毒N蛋白基因。方法根据GenBank数据库中TOR2株的全基因组序列,利用Primer Premier 5.0软件设计引物RT-PCR巢式扩增SARS冠状病毒的N基因,PCR产物克隆后进行测序鉴定。结果序列分析表明,pMD18-T载体中已成功重组了N基因。结论N蛋白基因的扩增、克隆成功,为N蛋白的表达、N蛋白结构与功能的研究奠定了基础。 展开更多
关键词 SARS 严重急性呼吸综合症 传染性非典型肺炎 冠状病毒 基因扩增 基因克隆 N蛋白
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HIV-1基因限制性显示片段的克隆与序列分析 被引量:1
11
作者 李凌 马文丽 +3 位作者 宋艳斌 吴清华 郭秋野 郑文岭 《第一军医大学学报》 CSCD 北大核心 2001年第11期815-818,共4页
目的 克隆并分析经限制性显示-聚合酶链反应(RD-PCR)扩增的HIV-1基因片段。方法 将所有HIV-1基因片段 分成10组并进行RD-PCR扩增,纯化各组PCR产物后将之克隆至T载体上并快速鉴定。从阳性克隆中提取... 目的 克隆并分析经限制性显示-聚合酶链反应(RD-PCR)扩增的HIV-1基因片段。方法 将所有HIV-1基因片段 分成10组并进行RD-PCR扩增,纯化各组PCR产物后将之克隆至T载体上并快速鉴定。从阳性克隆中提取质粒,扩 增靶片段并测序。结果 序列分析表明,所扩增的片段均属于HIV基因。结论 改良了一种多片段的克隆及鉴定方法并 用于限制性显示扩增片段的克隆。 展开更多
关键词 HIV-1 基因片段 克隆 序列分析 限制性显示-聚合酶链反应 艾滋病
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Poly-L-Lysine玻片在寡核苷酸芯片制备中的改进 被引量:1
12
作者 吴清华 马文丽 +5 位作者 石嵘 郭秋野 张宝 李凌 张海燕 郑文岭 《第一军医大学学报》 CSCD 北大核心 2004年第11期1236-1241,共6页
目的为了制得适合固定未修饰寡核苷酸的芯片,提高检测灵敏性,对Patrick Brown 实验室的多聚左旋赖氨酸包被玻片的方法进行改进。方法玻片经清洗后用缩水甘油-丙氧基三甲氧基硅烷进行硅烷化,然后应用Poly-L-Lysine在玻片表面形成聚合物涂... 目的为了制得适合固定未修饰寡核苷酸的芯片,提高检测灵敏性,对Patrick Brown 实验室的多聚左旋赖氨酸包被玻片的方法进行改进。方法玻片经清洗后用缩水甘油-丙氧基三甲氧基硅烷进行硅烷化,然后应用Poly-L-Lysine在玻片表面形成聚合物涂层,经次亚苯基二异硫氰酸盐表面活化后可使寡核苷酸共价连接在芯片表面。设计了各种实验考察方法改进前后芯片表面的性能,并将改进后的玻片初步应用于SARS冠状病毒寡核苷酸芯片检测中。结果方法改进后芯片表面性能优良:固定效率高、点的同一性好、杂交效率和热稳定性好、寡核苷酸结合牢固、芯片可以重复利用。结论利用共价连接,方法改进后的芯片表面适合固定未修饰的寡核苷酸,解决了寡核苷酸与玻片之间物理结合不稳定、易剥离的缺陷,提高了芯片检测的灵敏性。 展开更多
关键词 寡核苷酸芯片 制备工艺 多聚左旋赖氨酸包被玻片 芯片检测
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限制性显示-聚合酶链反应扩增苏云金杆菌基因片段的克隆与分析
13
作者 李侠 马文丽 +3 位作者 庞义 张宝 姜立 郑文岭 《第一军医大学学报》 CSCD 北大核心 2003年第4期323-325,共3页
目的运用限制性显示-PCR技术(RD-PCR)扩增苏云金杆菌(Bacillus thuringiensis,Bt)基因片段,并进行克隆、测序分析.方法设计特异性引物扩增长片段Bt基因,对扩增产物进行RD-PCR扩增,扩增后的产物克隆至pMD18-T载体并进行快速鉴定.提取阳... 目的运用限制性显示-PCR技术(RD-PCR)扩增苏云金杆菌(Bacillus thuringiensis,Bt)基因片段,并进行克隆、测序分析.方法设计特异性引物扩增长片段Bt基因,对扩增产物进行RD-PCR扩增,扩增后的产物克隆至pMD18-T载体并进行快速鉴定.提取阳性克隆质粒进行测序分析.结果运用RD-PCR技术,将长片断的基因(2 000-3 000 bp)分为多个短的片段,片段长度较为均一(200~600 bp).测序结果表明,所扩增的片段均属于特异扩增的Bt基因.结论运用RD-PCR技术可以将长片段基因进行片段化,使其适用于基因芯片的探针. 展开更多
关键词 苏云金杆菌 限制性显示-聚合酶链反应 基因克隆 基因芯片
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