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加权基因共表达网络挖掘并验证调控前列腺癌转移的枢纽基因
被引量：
2
1
作者
张河元
陈南辉
+7 位作者
王晓红
高白云
凌木安
陈果
吴志明
李宇同
钟伟枫
潘斌
《南方医科大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2021年第11期1631-1640,共10页
目的通过加权基因共表达网络分析(WGCNA)挖掘并验证前列腺癌转移的关键枢纽基因。方法对前列腺癌全基因组芯片GSE6919进行主成分分析(PCA),通过R语言分析差异表达基因(DEGs);利用WGCNA构建基因共表达网络并筛选关键基因;在TCGA公共数据...
目的通过加权基因共表达网络分析(WGCNA)挖掘并验证前列腺癌转移的关键枢纽基因。方法对前列腺癌全基因组芯片GSE6919进行主成分分析(PCA),通过R语言分析差异表达基因(DEGs);利用WGCNA构建基因共表达网络并筛选关键基因;在TCGA公共数据中分析基因表达量及其与患者预后的关系;设计和验证针对转移相关的关键基因HNRNPA2B1的小分子干扰片段,通过MTT、流式细胞术、克隆形成、Transwell等实验验证其对前列腺癌细胞系生长、凋亡、克隆形成、迁移和侵袭的影响。结果PCA分析显示癌转移组和原位及癌旁组明显分开聚类,基因表达差异显著。WGCNA分析得到与癌转移组密切相关的模块,与干细胞分化、氨基酸代谢及免疫反应密切相关。进一步筛选得到与前列腺癌发生相关的(BDH1、PAK4、EXTL3)和转移相关的(NKTR、CTBP2、HNRNPA2B1)6个枢纽基因,在TCGA数据库中有表达差异,且与患者的总生存期相关。Western blotting结果显示HNRNPA2B1小分子干扰成功;干扰片段转染PC3及LNCap细胞,MTT实验结果显示沉默HNRNPA2B1可抑制前列腺癌细胞的生长,流式细胞术结果显示沉默HNRNPA2B1可诱导细胞凋亡,克隆形成实验显示沉默HNRNPA2B1可抑制其克隆形成,Transwell实验显示沉默HNRNPA2B1显著抑制前列腺癌细胞的迁移和侵袭(P<0.05)。结论发现前列腺癌发生相关的BDH1、PAK4、EXTL3和转移相关的NKTR、CTBP2、HNRNPA2B16个枢纽基因,为前列腺癌调控机制的研究提供了新思路。
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关键词
前列腺癌
转移
加权基因共表达网络分析
枢纽基因
TCGA
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职称材料
题名
加权基因共表达网络挖掘并验证调控前列腺癌转移的枢纽基因
被引量：
2
1
作者
张河元
陈南辉
王晓红
高白云
凌木安
陈果
吴志明
李宇同
钟伟枫
潘斌
机构
广东省梅州市
人民医院
泌
尿
外科
南方医科大学南方
医院
泌
尿
外科
南方医科大学第三附属
医院
肾内科
暨南大学附属第一
医院
泌
尿
外科
广州市第十二人民医院泌尿外科
中山大学肿瘤防治中心
泌
尿
外科
出处
《南方医科大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2021年第11期1631-1640,共10页
基金
国家自然科学基金青年基金(81802567)
广东省自然科学基金(2018A0303070016,2020A1515010015)
领航专科建设专项-暨南大学附属第一医院(711006)。
文摘
目的通过加权基因共表达网络分析(WGCNA)挖掘并验证前列腺癌转移的关键枢纽基因。方法对前列腺癌全基因组芯片GSE6919进行主成分分析(PCA),通过R语言分析差异表达基因(DEGs);利用WGCNA构建基因共表达网络并筛选关键基因;在TCGA公共数据中分析基因表达量及其与患者预后的关系;设计和验证针对转移相关的关键基因HNRNPA2B1的小分子干扰片段,通过MTT、流式细胞术、克隆形成、Transwell等实验验证其对前列腺癌细胞系生长、凋亡、克隆形成、迁移和侵袭的影响。结果PCA分析显示癌转移组和原位及癌旁组明显分开聚类,基因表达差异显著。WGCNA分析得到与癌转移组密切相关的模块,与干细胞分化、氨基酸代谢及免疫反应密切相关。进一步筛选得到与前列腺癌发生相关的(BDH1、PAK4、EXTL3)和转移相关的(NKTR、CTBP2、HNRNPA2B1)6个枢纽基因,在TCGA数据库中有表达差异,且与患者的总生存期相关。Western blotting结果显示HNRNPA2B1小分子干扰成功;干扰片段转染PC3及LNCap细胞,MTT实验结果显示沉默HNRNPA2B1可抑制前列腺癌细胞的生长,流式细胞术结果显示沉默HNRNPA2B1可诱导细胞凋亡,克隆形成实验显示沉默HNRNPA2B1可抑制其克隆形成,Transwell实验显示沉默HNRNPA2B1显著抑制前列腺癌细胞的迁移和侵袭(P<0.05)。结论发现前列腺癌发生相关的BDH1、PAK4、EXTL3和转移相关的NKTR、CTBP2、HNRNPA2B16个枢纽基因,为前列腺癌调控机制的研究提供了新思路。
关键词
前列腺癌
转移
加权基因共表达网络分析
枢纽基因
TCGA
Keywords
prostate cancer
metastasis
weighted gene co-expression network analysis
hub gene
TCGA
分类号
R737.25 [医药卫生—肿瘤]
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作者
出处
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被引量
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1
加权基因共表达网络挖掘并验证调控前列腺癌转移的枢纽基因
张河元
陈南辉
王晓红
高白云
凌木安
陈果
吴志明
李宇同
钟伟枫
潘斌
《南方医科大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2021
2
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